Gene Design

Which codon

コードン用法－ＡＧＡかＣＧＴ－それが問題です。

遺伝暗号はタンパク質の根本の順序となる20のアミノ酸のうち18の様々なコードンオプションを提供します。 しかしながら、コードンオプションはあるコードンのために明確な傾向を示す異なった種類の等しくない頻度で使用され、その種の特定のコードンの部分集合が、ｍＲＮＡ表現と関連することがすぐに明確となり、それゆえにたんぱく質生産にも関連しています。 通常、頻繁に使用されたコードンが最も豊富なtRNAsの共同物質に対応すると考えられています。したがって、それらを使用すると、tRNA物不足を避けて、トランスレーションを加速し、異種表現はしばしば劇的に増加します。

ＣＧ含有量

遺伝子表現は編集活動、tRNA供給およびmRNAの安定性の複雑な相互作用によって調整される。 第3因子は、他の中でヌクレオチドの構成によって、GC の内容、とりわけ影響を及ぼすことができる。Konu等。mRNAの表現のレベルがマウス及びラットのコードンの第3ヌクレオチドの位置のGまたはCの存在に関連したことが(JmolEvol、2002)判明しました。 CG or atまた、総合的なGC内容の表現率への影響が昆虫で観測された、(Shieldset al、1988、)イースト((Woo, et al. 2002; Outchkourov et al. 2002; Gurkan et al., 2003), 植物(Perlak他 1991; Strizhov他 1996) そして、様々な哺乳類の遺伝子(グラフ他2000、グラフ他2006)。

ｍＲＮＡ組織

Reduce secondary structure一般的に、複雑で安全なmRNAの二次構造は、トランスレーションの開始と過程の妨げになると、認証されています。（例えば、１９９２年Wilkstrim et al、１９９０年Gross et al、１９９０年Changeetal） mRNAの二次構造を予測するのが非常に複雑化されていますが、逆さの反復を避けることによってそれらを分裂させるのはとても簡単です。

特定のモチーフをホスティングしてください

多くの場合、最大の表現を採用せず、どのワイルドタイプ系列を使用するかは問題ではありません。これは特にヘテグロス表現において正確です。ワイルドタイプオープン・リーディング・フレーム内で、シャインダルガーノ系列、接続サイト、ポリーアデニル化信号またはいかなる他のシス作用動機も取り除いてください。プロジェクトをセットアップし、パターンの発生を避け、最小にしたいと思う系列パターンを定義してください。例えばシャインダルガーノ系列は、(5'-AGGAGGU-3')は、mRNAにリボゾームを集め蛋白質の統合の開始を助けます。例えば哺乳類の遺伝子が、ヘテロロゴウスタンパク質のためのE.coliに移行されるなら、ワイルドタイプオープン・リーディング・フレームの中の表現シャインダルガーノ系列は否定的にタンパク質表現レベルに影響を及ぼすかもしれません。
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