基因新闻 第100页

2018年1月15日 讯 /基因宝jiyinbao.com/ –最近，美国FDA批准了首个治疗BRCA突变引发的恶性乳腺癌的药物。

这些突变基因(BRCA1以及BRCA2)首次出现在大众视野中是2013年好莱坞影星安吉丽娜朱莉接受双侧乳房切除术。朱莉称她携带有BRCA1基因突变，这一突变将极大程度上提升女性患乳腺癌以及卵巢癌的风险。

Lynparza是一类有力的癌症药物（PRAP抑制剂），也是首个用于治疗乳腺癌的药物。此外，Lynparza也被已经批准用于治疗卵巢癌。

PRAP抑制剂在治疗BRCA突变的卵巢癌以及特定类型的BRCA突变相关乳腺癌方面已经取得了不错的成果。“这项批准表明目前我们开发靶向遗传突变相关癌症的药物的标准”，FDA癌症中心的主任Richard Pazdur博士说道。

根据FDA的说法，BRCA突变占据了四分之一的乳腺癌的病例，而且具有遗传性特征。此外，这些基因在非遗传性癌症的发生过程中也存在着十分之一的影响。

正常状态下，BRCA能够帮助修复DNA的损伤，以及预防肿瘤的发生，但当上述基因发生突变的时候，将会导致乳腺癌的发生。

PRAP抑制剂，例如Lynparza，能够干扰突变BRCA对乳腺细胞的影响，促使其死亡而非复制。从而起到抑制肿瘤生长的效果。目前Lynparza在女性BRCA突变相关恶性乳腺癌患者中已经证明了其有效性以及安全性，相关临床试验囊括了3000名患者。

当然，该药物也存在负面作用，例如会导致贫血、白细胞数量降低、恶心、疲劳、头痛、关节痛、感冒与呼吸道感染风险增高等等。此外，使用该药物的女性患者也当避免母乳喂养。（生物谷Bioon.com）

资讯出处：FDA approves first drug for tumors tied to breast cancer genes

2018年1月20日 讯 /生物谷BIOON/ –MYC基因对乳腺癌细胞的增殖和癌症进展都非常重要，在乳腺癌细胞内MYC的mRNA维持在很高水平，并且经常不依赖于基因扩增。众所周知MYC基因表达的产物能够在转录水平、转录后水平和翻译后水平得到多层次调控，但是乳腺癌细胞中MYC的mRNA究竟以何种机制维持高水平还不得而知。

在最近一项发表在国际学术期刊Molecular and Cellular Biology上的研究中，来自美国的研究人员发现呈雌激素受体（ER）阳性的乳腺癌细胞受到雌激素刺激会通过SRC依赖性的RNA结合蛋白△N-IMP1使MYC的mRNA得到稳定。

研究人员还发现在缺少雌激素刺激的情况下，肿瘤抑制因子p53的缺失会增加MYC 的mRNA水平。但是在携带野生型p53的细胞中，SRC仍然能够越过p53对细胞周期的抑制，在雌激素刺激下使细胞进入细胞周期。

因此该研究证明了SRC会以两种方式促进乳腺癌细胞的增殖：通过调控RNA结合蛋白稳定MYC mRNA或者抑制p53功能。研究人员利用体外和体内模型说明了SRC-p53-MYC信号轴对ER阳性乳腺癌细胞增殖的重要性。由于ER阳性乳腺癌通常会表达野生型p53，这项研究也对如何利用p53的表达水平预测SRC抑制剂对这种亚型乳腺癌的治疗效果做出了合理解释。（生物谷Bioon.com）

原始出处：

Christopher Abdullah, et al. SRC increases MYC mRNA expression in ER+ breast cancer via mRNA stabilization and inhibition of p53 function. Mol. Cell. Biol. doi:10.1128/MCB.00463-17

2018年2月10日讯 /基因宝jiyinbao.com /——在美国匹兹堡大学马吉妇科研究所（MWRI）和UPMC希尔曼癌症研究中心，一大群致力于研究最常见乳腺癌耐药机制的临床医生和实验研究人员发现了雌激素受体（ER）上的一个新突变会导致耐药性。ER+乳腺癌占乳腺癌病例的2/3，由体内的雌激素提供能量生长。抗雌激素疗法在治疗初期通常有效，但是ER+乳腺癌却通常会由于肿瘤产生耐药性而复发。

图片来源：Public Domain

在一项最新发表在《Annals of Oncology》上的研究中，研究人员发现耐药肿瘤组织中出现了ER基因ESR1融合蛋白。这是首次在人乳腺癌组织中发现ESR1融合蛋白，探索它们发挥功能的方式将改善这种癌症的治疗。

“我们在一个患有ER+乳腺癌、接受抗雌激素疗法并复发去世的病人身上发现了这个改变。”通讯作者、MWRI和UMC希尔曼癌症研究中心女性癌症研究中心主任、匹兹堡大学药学和化学生物学教授Adrian Lee博士说道。“我们实验室的一个成员在进行组织基因分析时注意到了这个突变，随着时间延长，我们在许多复发病人体内都发现了这个突变。”这项工作由他们与基因测序公司Foundation Medicine Inc.合作完成，该公司利用他们的FoundationOne CDx测试检测了接近10000乳腺癌病人的ESR1融合情况。

据Lee所说，ESR1融合蛋白可以分解为原来的1一半并清除抗雌激素疗法靶向的结合位点以避开这种治疗。

“医生将继续给病人进行抗雌激素治疗，但是并没有意识到已经发生了这个基因突变。”Lee说道。“现在我们知道了这个变化，我们可通过血检检测这个突变，这将帮助改善这种肿瘤的治疗现状。”

“基因测序正在告诉我们更多关于乳腺癌的信息。我相信我们的研究将在不久的将来对临床实践产生巨大影响，我们的工作将为改善病人护理和生存率带来希望。”（生物谷Bioon.com）

参考资料：

Adrian Lee et al.Recurrent hyperactive ESR1 fusion proteins in endocrine therapy resistant breast cancer.Annals of Oncology, mdy025, https://doi.org/10.1093/annonc/mdy025

2017年的最后一周，我国启动了“中国十万人基因组计划”，绘制中国人的精细基因组图谱，这是我国在人类基因组研究领域实施的首个重大国家计划，需要在四年内完成全部的基因测序与分析任务。

作为六家单位之一，北京诺禾致源参与了此次十万人基因组计划，借助阿里云的计算和存储能力，诺禾致源能在17分钟内就加载完1万个人类全基因组数据，仅用1.5小时就可完成单个基因测序pipeline，比此前快了46倍之多，极大缩短了测序的时间。

在云计算快速发展的这几年中，诺禾致源一直在努力推进基因测序上云建设。目前，诺禾致源已将基因测序业务陆续迁移到阿里云，为基因行业全面云化实现云上数据采集、基因测序、结果交付的梦想，迈出坚实且重要的一步。

基因业务快速增长本地IT资源遇难题

诺禾致源成立于2011年，彼时之云计算还处于起步阶段，诺禾选择了自建本地IT资源来承载业务。然而随着近年业务的增长，以及本地IT资源面临升级改造的时间节点，问题逐渐暴露：

——服务器配置不足，运行性能不理想

· 系统运行速度慢

· 业务卡顿不流畅

· 数据上传速度慢，非常耗时

——传统存储无法满足业务快速增长

· 物理存储介质有安全隐患，老化、意外丢失、损坏

· 存储容量有限，无法应对突发业务

· 需要专人运维保管，增加人力成本

· 售后服务差，沟通成本

——定制化分析较困难

· 业务与IT资源匹配沟通成本高

· IT资源无法定制化，技术不匹配

· 本地资源排队，数据分析延误长达1个月

CPFS+FPGA 存储+计算的云上基因平台

日前，阿里云推出了基于NAS的并行文件系统——CPFS，可提供高达1亿的IOPS和1TB/s的吞吐能力，支持大型并行数据处理能力，可大幅提升基因测序、科学计算等高性能计算的工作效率。

具体来说，CPFS可将数据条带化后均匀分布在整个存储集群上，允许client并行访问，吞吐和IOPS随存储节点的数量实现线性增长，整个存储集群对外提供超高的聚合带宽和IOPS。同时，采用融合以太网的RDMA协议(RoCE)网络缩短IO访问的网络时延，进一步提高了IO访问速度。

此外，基于Paxos ring的仲裁调度，CPFS可自动检测服务节点异常，快速切换到备用节点，保障服务的可用性。

诺禾致源第一时间在云端构建了基于阿里云CPFS的基因测序解决方案。如下图所示，通过专线连接阿里云，人基因数据从测序仪下机后，样本数据通过专线上传到云端的OSS对象存储中，再通过CPFS并行文件系统配合ECS计算集群完成基因测序任务。

业务系统上云后，数据分析过程都在云端完成，除了常规的ECS弹性计算外，诺禾致源还创新引入了阿里云推出的FPGA云服务器，这是一款现场可编程门阵列(FPGA)的计算实例，这类异构计算实例支持并行计算，计算能力、吞吐量、能耗比比传统CPU或GPU要强上十倍。

由于FPGA硬件的可重配特性，用户可以对已创建的FPGA硬件加速应用，进行快速擦写和重配，达到低时延硬件与弹性伸缩最好的结合。基于FPGA+CPFS的黄金组合，诺禾致源将单个基因测序pipeline从传统模式下的70个小时缩短为仅用1.5个小时即可完成。同时，仅需17分钟即可加载完1万个人类全基因组数据，这些原始数据多达300GB。这一速度对临床医学的快速诊断、科研成果的快速转换具有重大意义。

云计算助力精准医学基因科学如虎添翼

借助于阿里云提供的海量云存储和批量弹性计算，诺禾致源能够以更大的吞吐、更快的速度、更低的成本分析人类基因组数据，助力精准医学。

截至目前，诺禾致源运营有25台Novaseq和三套Hiseq X Ten，每年可完成28万人的全基因组测序，是全球最大的基因测序平台，业务覆盖科技服务、肿瘤基因检测及遗传检测三大领域，极大地提升了国人遗传疾病分析和诊断的效率。

云带来的不仅是效率的提升，还有成本的下降，目前机构的检测成本已低至数百美元。这一价格还将持续下降。今后，人类做一次检测，或将和用体温计量一次体温一样便捷。

或许在数年之内，每个新生儿都会被绘制基因组图，每个成年人都通晓生命出路。(生物谷Bioon.com）

新锐名称：Prevail Therapeutics

公司坐标：纽约， 美国

官方网站：https：//www.prevailtherapeutics.com/

融资情况：A 轮 7500 万美元

管理团队：创始人兼首席执行官 Asa Abeliovich 博士，初创发起人：Jonathan Silverstein 先生

去年刚成立的神经疾病基因疗法新锐 Prevail Therapeutics 近日宣布，获得 A 轮投资 7500 万美元，用于推进开发独特的溶酶体功能相关基因疗法，治疗特定基因亚型的神经退行性疾病。本次融资由 OrbiMed 领投，Pontifax Fund， RA Capital Management， EcoR1 Capital， Omega Funds， BVF Partners， Boxer Capital， Adage Capital Management 和 Alexandria Venture Investments 跟投。

Prevail 成立于 2017 年，最初由 OrbiMed 旗下全球私募基金联席负责人 Jonathan Silverstein 先生发起成立，他在 2016 年确诊患有因葡糖脑苷脂酶基因（GBA1）突变引起的帕金森病，此后他特别成立了 GBA1 基因变异亚型帕金森病专项研究基金，该专项基金联合 OrbiMed 再投资成立了 Prevail 公司，旨在开创独特基因疗法，来改善遗传基因变异型的神经退行性疾病的治疗。

在核心技术方面， Prevail 获得了由 Regenxbio 开发的名为 NAV AAV9 的腺相关病毒（AAV）基因治疗载体技术的专利许可，将用来开发基因治疗候选产品。

不同于以往针对神经系统淀粉样变、Tau 蛋白等靶点新药，Prevail 带来了更深入、更精细的全新研发策略：细化了目标适应症，专门针对那些由溶酶体功能障碍相关的特定基因变异引起的神经退行性疾病。溶酶体功能相关特定基因突变，可见于各临床亚型的帕金森病（包括年轻早发型）、某些类型的阿茨海默病、以及额颞叶失智症（痴呆）等。

该新锐正在开发的先导基因疗法 PR001，针对 GBA1 基因变异靶点，主要用于治疗 GBA1 突变相关的帕金森病（帕金森病的 GBA1 突变率约 10%），未来希望扩展 PR001 用于帕金森病的治疗作用。

“这轮融资，有助于我们推进强劲的基因疗法产品管线计划，聚焦于改善特定基因亚型神经退行性疾病患者的生活，” Prevail 的创始人兼首席执行官 Asa Abeliovich 博士说：“我们的先导基因疗法项目将针对帕金森病患者，未来计划扩展到其他由于溶酶体功能障碍导致的疾病领域。”

神经系统淀粉样变等靶点新药，近来屡屡受挫。打破神经系统新药受挫阴霾，或许就从 Prevail 的独特基因疗法开始。拭目以待！(生物谷Bioon.com）