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Nat Commun:乳腺癌基因有望成为开发肝母细胞瘤靶向性疗法的潜在靶点

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2019年9月11日 讯 /生物谷BIOON/ –肝母细胞瘤(hepatoblastoma)是一种罕见的肝癌,其发病率仅为百万分之几,然而其却是引发婴儿和幼儿患肝癌的主要原因,大部分的患者往往会在三岁之前确诊为这类癌症。尽管手术和化疗研究的进展意味着肝母细胞瘤患者的预后总体上表现较好,但侵袭性肝母细胞瘤往往会让患者失去几乎所有治疗选择,同时患者长期的生存率也较低。

Nat Commun:乳腺癌基因有望成为开发肝母细胞瘤靶向性疗法的潜在靶点

图片来源:commons.wikimedia.org

近日,一项刊登在国际杂志Nature Communications上的研究报告中,来自大阪大学的科学家们基于此前研究在理解肝母细胞瘤发病原因上取得了重大进展,研究人员鉴别出了一种关键基因,有望帮助后期开发治疗肝母细胞瘤的新型疗法。早在1999年,研究人员就意识到,一大部分肝母细胞瘤患者(在某些群体中高达90%)都携带有β-连环蛋白(β-catenin)基因突变,作为Wnt/β-连环蛋白信号通路的一部分,β-连环蛋白能够激活细胞生长和分化所需的基因的表达,如果任其发展,β-连环蛋白的积累就会导致肿瘤形成,Wnt/β-连环蛋白信号通路组分的突变会导致β-连环蛋白的积累,同时其在多种形式的癌症中也非常常见。

研究者Shinji Matsumoto说道,为此我们决定对肝脏肿瘤细胞中不典型的Wnt/β-连环蛋白靶点基因进行筛选来识别在肝母细胞瘤发生过程中扮演关键角色的新型基因,其中一个表达量最丰富的基因就是乳腺癌雌激素调控蛋白GREB1(growth regulation by estrogen in breast cancer 1),其是一种能够参与乳腺癌细胞生长的雌激素效应基因;尽管在乳腺癌中有着明显的特征,但目前并没有人确定GREB1实际上是Wnt/β-连环蛋白信号的一个靶点,而且研究者也并没有证实GREB1在非激素敏感性肿瘤发生中所扮演的关键角色。

对GREB1蛋白进行详细研究后,研究人员发现,GREB1是肝母细胞瘤发生过程中的一个关键角色;研究者Akira Kikuchi指出,小鼠肝癌模型中β-连环蛋白的过量表达会导致肿瘤的形成以及GREB1的增加,如果我们能够抑制GREB1的产生,我们就能观察到肝母细胞瘤细胞增殖水平的下降,以及研究动物中肿瘤产生量的减少。由于GREB1在细胞核中处于激活状态,因此研究者就想尝试利用氨基桥接核酸修饰反义寡核苷酸(amido-bridged nucleic acid-modified antisense oligonucleotides)来抑制肿瘤的形成,这些小型的单链DNA分子能够通过与mRNA的结合来特异性地干扰靶向蛋白的产生,GREB1靶向性寡核苷酸能够成功减少GREB1的产生并抑制肝母细胞瘤肿瘤的产生。

最后研究者表示,利用这种新型策略,未来研究人员有望利用GREB1靶向性疗法来特异性的靶向抑制肝母细胞瘤,从而治疗患者并改善患者的生活质量。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Shinji Matsumoto, Taku Yamamichi, Koei Shinzawa, et al. GREB1 induced by Wnt signaling promotes development of hepatoblastoma by suppressing TGFβ signaling. Nature Communications, 2019; 10 (1) DOI:10.1038/s41467-019-11533-x

中国基因测序仪往事

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导语:从关山难越,到部分引领,中国基因测序仪的研制开发攀越关山、跋涉荆棘,经历了起伏跌宕的20年。
9月9日,来自深圳的消息,国产基因测序仪DNBSEQ-T7(原命名MGISEQ-T7)正式交付商用。从去年10月发布以来,诸多业内人士和媒体将T7誉为中国基因产业突破上游技术壁垒,实现跨越发展的现实注脚。
从关山难越,到部分引领,中国基因测序仪的研制开发攀越关山、跋涉荆棘,经历了起伏跌宕的20年。
1986年,一位名叫杜尔贝科的美国生物学家震惊了医学界。他发表了一篇名叫《癌症研究的转折点——人类基因组的全序列分析》文章,首次提出了从基因角度研究癌症,攻克癌症的新思路。
在20世纪前后,好奇的人类已经在探索未知的路上开展了两大科学工程,其中一个叫做“曼哈顿原子弹计划”,另一个则是大家熟知的“阿波罗登月计划”。
在杜尔贝科发表的这篇论文过去4年的时间,美国国立卫生研究院和能源部宣布了第三项人类科学工程:“人类基因组计划”。
这个计划将测定组成人类染色体所包含的核苷酸序列,从而绘制人类基因组图谱,最后达到破译人类遗传信息的最终目的。
跟原子弹和登月计划不同的是,人类基因组计划是一项跨国跨学科的科学探索工程,因为人类种族多样,遍布全球,只靠美国一己之力无法完成。起初,英、日、法、德等国家先后加入。
在美国,一名叫福莱特利(Jay Flatly)的年轻人成为了人类基因组计划”的一员。8年之后,他被一家刚刚融资不久的基因公司招入麾下。时至今日,这家公司已经是全球市场份额最大的基因测序仪制造公司。公司的名字叫Illumina,而这家公司的董事会执行主席正是福莱特利。
同样是在90年代,有一位比福莱特利小一岁的中国研究员在“人类基因组计划”中跳了出来,他跟几位中国科学家一起,代表中国承担了人类基因组计划的1%测序任务,即人类3号染色体短臂上约3000万个碱基对的测序任务。中国也成为“人类基因组计划”的第六个、也是最后一个参与国。
这位研究员叫做汪建,几乎跟Illumina同一时间,汪建等人在1999年成立了中国第一家基因公司——华大基因(下称华大),2016年4月,华大下属测序设备业务板块——深圳华大智造成立,后者也在今天成为了测序仪领域的明星公司。
在 “人类基因组计划”完成后的20年后,华大和Illumina都站上了基因领域的技术和商业之巅。一家在中国被认为“基因界的腾讯”,另外一家则是长期以来基因组分析工具的霸主。
但福莱特利和汪建可能都不曾想到,曾经联手为人类秘密做出贡献的两位科学家,会在若干年后短兵相接。
2019年的三个月时间里,这两家公司已经在专利战上有了超过5次的交锋。4月至6月,Illumina先是在德国、丹麦等地对华大智造发起专利诉讼。5月,华大智造则在美国起诉Illumina专利侵权。
在更早之前,两家公司已经在基因测序仪领域进行着激烈的“赛马”。
2018年10月,华大智造发布了自主研发的超高通量基因测序仪——“DNBISEQ-T7”(发布时产品名MGISSEQ-T7)。这台堪称“超级生命计算机”日产出数据达6Tb,算得上是目前全球日生产能力最强的基因测序仪。
另一方面,2018年年末,Illumina斥资12亿美元收购PacBio,除此之外,Illumina公司MiSeq™Dx基因测序仪获得国家药品监督管理局的批准上市。
这是基因测序设备领域第一次如此密集、针对性的两家公司的技术交锋。基因测序仪领域的冠亚军,正在掀起了一场有史以来最凶猛的技术之战。
崭露头角的中国基因测序仪,也因此被全球生命科技产业链所广泛关注。从萌芽、潜行、到突破、对决,中国基因测序仪往事精彩纷呈,足堪“回味”。
测序仪的15年往事
“登上月球和治愈癌症,你觉得哪个更容易实现?”上世纪美国媒体的一次民调中,被问到这个问题的多数人都会回答,癌症可能治愈,登上月球是不可能的。
然而时至今日,阿波罗号飞船已经登月50年,人类依旧奋斗在治愈癌症的征途中。今天,生物医学界对癌症的其中一个主要共识是:癌症是一类基因病,几乎所有癌症都是由于基因的变化(突变)引起的。可以说,人类攻克癌症的第一步就是破译基因序列。
但在本世纪初,第一个个人全基因组测序耗费13年,花费30亿美元才得以绘制完成,这也基因科技难以快速突破和普及的主要原因。
成本,速度,质量是基因测序领域的三大要义。做好以上三点,才可能获取足够多的基因数据量,以构建庞大的数据库,进一步探究某个基因的变异所代表的确切含义。
换句话说,癌症的秘密,人体生老病死的秘密,万物生长的秘密都受控于生命的遗传密码——基因组,但要更高质量、更快速和更低成本获取这些数据,实现对生命的认知和掌控,需要的核心工具就是基因测序仪。
有医学领域的研究人士表示,只有测序仪不断迭代推动测序成本下降,整个基因科技产业才可能走进公众医疗领域,进而拥有商业前景。
一位基因领域的研发人士曾对记者说:因为测序仪制造需要整合光、机、电、液、生化、芯片、算法等诸多前沿学科能力,并且需要经过长期磨合。因此,基因测序仪技术壁垒极高。
在“人类基因组计划”过去的15年里,涌现了大量投身测序仪制造的公司,在技术和商业的更迭中,这些公司也不断经历起伏、消失、竞合。
最初的市场领先者是美国应用生物系统公司(ABI),这家公司在上世纪80年代中期设计了第一台自动荧光测序仪,帮助生命科学研究进入了自动测序的新时代。但新时代并不总是开满“鲜花”,进入新世纪后,它的领先地位就被撼动了。
测序仪的另一个浪潮出现在2005年,几家推动行业格局嬗变并影响至今的公司开始崭露头角
这一年,第一台高通量基因测序仪由454公司推出,这是第一个基于焦磷酸测序原理的高通量基因组测序系统。随后,罗氏公司以1.55亿美元收购了454公司,并在2006年推出了更新的GS FLX测序系统。
同是在2005年,出现一家叫做Complete Genomics的公司(简称CG),具备自主研发测序仪的能力,且有测序仪产品。在日后,这家公司对于中国测序仪的发展有着极为重要的意义。
第二年,Solexa公司也推出了自己的测序仪系统——Genome Analyzer,简称GA。2007年,Illumina公司以6亿美元的高价收购了Solexa,使GA得以商品化,自此进入快速发展阶段
2008年,ABI与Invitrogen合并,成立了Life Technologies。并在两年后推出了Ion PGM桌面型测序,而在2013年,这家公司就被Thermo Fisher所收购。
在诸多西方公司的努力下,基因测序的成本也开始不断下降。通过测序设备和技术的迭代,显着降低测序成本并进而赢得市场优势,也成为基因测序领域诸多竞合、并购的背后逻辑,草蛇灰线,深刻影响今日的行业格局。
一个数字是,2010年,全基因组测序的成本已经从亿元的成本开始下降到了5000美元。2011年,进一步降至4000美元。
对于此时远在中国的华大基因来说,在过去很长一段时间,其技术积累都在基因组学研究与基因测序技术应用,而不是上游测序仪。
2000年,汪建和他的团队第一次被大众所了解。时任美国总统克林顿、英国首相布莱尔宣布人类基因组工作框架图绘制完成之时,特别感谢了中国的科学家。
紧接着华大自主启动、独立完成了第一个大型项目:水稻基因组。
令华大更加声名鹊是起在3年后。在非典肆虐,用30个小时就测出了SARS病毒序列,用96个小时做出了SARS检测试剂酶联免疫试剂盒。
有媒体报道称,在2004年,华大曾想过自主研发基因测序仪,并计划在杭州进行国产化尝试,但最终未果。
2007年,华大从中科院体系分离,南下落户深圳。同在这一年,美国公司Illumina基于边合成边测序方法的高通量测序仪开始投入市场,基因科技迅速迭代突破,国际科技竞争越来越激烈。
做上游硬件还是中下游应用选择测序仪还是测序服务在基因领域奋战的公司们纷纷做出抉择。当时,投身中国基因测序的力量,还在市场化的浪潮里起伏不定,国产测序仪不得其门而入。
测序仪战争的前夜
时间来到2010年。
经过了超十年的发展,华大已经形成了较为成熟的业务,公司主要的领域集中在产业的中下游,即测序业务。但在上游测序设备则几乎处于空白地带。
缺乏测序仪的华大在当时面临着艰难的境遇。基因测序服务业务正在大幅上升,受制于测序平台能力有限,华大不得不需要购入大量的测序仪,重新“武装”测序平台。
当时全球最好的测序仪制造公司之一就是Illumina。Illumina当时在技术上具有前瞻性,新型测序仪既保留了边合成边测序的模式,也增加了光学和系统设计,这让华大创始人汪建颇为心动。
最终,为了购买Illumina的仪器,华大和汪建走了一步震动行业的“险棋”。当时,华大资金有限,便向中国国家开发银行申请了15亿美元的信贷,而其中花费了1亿美元购买128台Illumina生产的HiSeq2000测序仪,每台的市场价为69万美元左右,相当于一台豪华跑车的价格。
顶着外界的质疑,华大斥巨资购入了Illumina的仪器。当时对于这个举动的质疑之一是,测序技术更迭迅速,仪器价格会下降很快,是否有必要购买这么多台、如此昂贵的测序仪;质疑之二,是否真的有这么大的市场,来支撑这128台测序仪的运转。
但最终从结果来看,华大赌对了。
在买入设备之后,其中的88台仪器部署在华大香港中心,20台放在深圳总部,其他放在各地实验室,为全球客户提供服务。
2010年,华大的营收突破十亿。2009年,这一数字还只是3.43亿元。利用这128台测序仪,华大一跃成为全球最大的基因组学研究机构。
这项合作也让Illumina收获颇丰。一个数据是,华大的订单是Illumina迄今为止最大的单笔交易,占据了Illumina2010年全部产量的70%。
这也许是华大跟Illumina的唯一而又短暂的蜜月期,好景不长,随后的两年,华大跟Illumina的关系开始急转直下。
对于这段历史,一位华大的管理层曾对媒体表示,原本Illumina 出售给华大的仪器价格就比北美市场的售价高出一倍,但后续出售给华大的试剂,仍不断提价,每年的涨幅约为4%,而且到货时间不定,损坏的仪器也未及时地维修,严重影响华大与下游机构的合作和科研进展。
除此之外,在华大准备按国家规定,基于购买的Illumina设备向国家监管部门申请基因测序设备注册审批时,遭到了Illumina的消极对待。
在基因行业的资深人士看来,Illumina这样做的主要原因在于,华大已经在中下游测序服务领域占据了较大的份额,Illumina作为上游企业,希望通过设备和技术壁垒,“垄断“整个产业链条的话语权,而消极对待这位大客户,核心是为了遏制华大的快速发展。
2011年至2012年,因上游设备受限,华大的测序服务业务遭遇了前所未有的阻力。遭遇到“卡脖子”的切肤之痛,被按下“暂停键”的中国基因测序仪开发被再次启动。
国产测序仪曙光初现
在芯片领域,上游受限的“卡脖子”情况司空见惯。比如近期发生的日本停止给韩国供应原材料,也让韩国公司颇为被动。
基因领域同样如此。汪建等人清清楚楚地看到了技术壁垒所带来的威胁,但同时存在的矛盾在于,解决这个问题的路径艰难且狭窄:要么从零开始做研发,要么与拥有技术产权的上游制造商展开合作。
通过自主研发仪器是华大首先考虑的方式。但因为测序仪制造属于资金密集和技术密集领域,需要长时间的技术积累,自主开发难度太大。
因此退而求其次,收购成为唯一可行且现实突破路径。但收购的标的在何处呢?
在当时,除了Illumina,测序仪产业链上的公司并不多,Complete Genomics、Thermo fisher、罗氏等算得上是测序仪领域的优质企业。
不久后,机会来了。
2012年,华大收到了Complete Genomics(以下简称CG)的公司的收购邀请函。这是一家位于硅谷的公司,地处美国加州山景城。
虽然Illumina已经是明星公司,但CG在技术实力方面,也颇为硬核。CG成立于2005年,具备自主研发测序仪的能力,且有测序仪产品,但它只提供测序服务,不售卖测序仪。在它的创始人看来,这能降低科研工作者在设备上的经费和时间投入,把更多的时间用在研究本身。
《科学》杂志曾于2009年刊登了CG、哈佛医学院和华盛顿大学的研究人员的科研成果,他们完整地测序和分析了三个人的全基因组序列,在保证精度的同时,成功地将个人基因组测序的成本降至 1726 美元。
其中的奥秘便是CG独特的联合探针锚定聚合等关键性技术,一次测序每台机器能获得1000Gb的数据。
虽然技术先进,但CG的商业运营并不是太顺畅,作为纳斯达克上市公司,CG在产品商业化上面临来自投资人与产业环境的双重压力。
在资金短缺的情况下,CG于当年6月宣布寻求战略合作和并购买家。在华大之外,Illumina等厂商均表达了收购意愿。
“CG与华大的目标相近,优势互补。华大能获得测序仪专利技术,比如联合探针锚定聚合的关键性技术,还能摆脱 Illumina 对其发展的束缚,获得主动权,降低测序成本”,一名基因行业高层人士对界面新闻记者表示。
在CG的创始人Radoje Drmanac博士看来,Illumina主要出售测序工具。相较而言,华大才是数十家表达收购意愿的机构中最完美的合作者。华大不仅会沿用和大力发展CG独特的测序技术,还可以为CG提供从基因组到蛋白质组学的整体解决方案,这是CG想要的发展方向。
曙光初现,但即便是你情我愿的收购,中国基因测序仪的“萌芽”也需要冲破重重“铁闸”。
0.05美元之差的惊魂收购
“华大并没有 100%的成功把握”,一名参与当时交易的人士曾在事后对媒体披露。
中国民营机构收购海外纳斯达克上市公司,并没有成功先例可循。此前华为、中兴以及中海油在美国的收购计划都因为各种阻挠而最终失败。
就在华大宣布收购 CG 之前,三一重工在美国投资风电站的计划刚被拒绝。这也为收购 CG 增添了新的压力。此次收购风险高,不确定性大,竞争者强大。
其中,竞争者 Illumina 便是最大的不确定性之一。同为具有测序设备生产能力的企业,Illumina是 CG 的竞争者, Illumina 以其强大的市场占有率成为基因产业上游的领头羊。两家测序仪生产商都有自己独特的核心技术,如果 Illumina 拥有CG,或许会为了巩固自己的技术地位而让 CG 的技术在市场上消失。
在并购前夕,Illumina开始向CG 提起诉讼,告它侵犯自己的专利权。这一“策略”一时让华大进退两难——如果这一侵权成立,华大看重的联合探针锚定聚合的关键性技术,将不再为 CG 所有,收购将变得毫无意义。
同时,CG 随时面临破产风险,一旦CG 在收购尚未完成前宣布破产而被拍卖,华大便再无收购的可能。面对这一风险,几方人员都在等待靴子的落地。
竞拍要求参与者对每股价格进行报价,价高者得。“”这意味着如果报价比对手高出很多,虽然能让对手出局,但也会提高收购成本。而如果报价比对手低,出局的便是自己”,
华大的财务团队经过估算给出了 3 美元的建议价格,而此次收购的财务顾问花旗则给出了 3.7 美元的报价。
上述参与过交易的人士回忆,华大最终给出了3.15美元的报价,奇妙的是,这一报价以 0.05 美元的优势击败 Illumina。华大与 CG 达成每股 3.15 美元的收购协议。
2013 年 3 月 18 日,华大以 1.17 亿美元的价格完成对 CG 的收购。这一全额收购方式既保留了 CG 的完整性,也让华大获得CG 的专利技术,并迅速完成技术升级、产业升级,得以在测序服务之外,在上游测序设备领域突破布局。
仅仅有了CG公司的专利和早期技术,并不意味着就能直接转化出量产且成功的国产基因测序仪,不然该公司也不会选择出售的道路。
当时的项目组成员,拿到CG公司的基因测序仪原型时曾感到一筹莫展:设备整体设计精密、追求硬件系统的完美,但也造就了重达两吨的个头和数千万元的售价,从定位上和产品形态上,像极了“超算”。
在华大工程师看来,追求极限的原有设计,在早期测序仪集中在少数玩家的情况下比较适合,但是在测序仪逐渐普及到许多企业客户、高校和临床医院的时候,更需要性价比高、更灵活而同样精确的“台式机”、甚至“笔记本”。
这也最终成为中国基因测序仪潜心突破的“路线图”。
在收购了CG三年之后,2016年4月,深圳华大智造科技有限公司成立,这是华大集团为了上游测序仪产业而独立设置的业务板块。
《财新》的报道指出,华大与Illumina的专利争议上,华大的测序信号放大技术正是来自于美国CG公司创始人Radoje Drmanac。
这几年来,华大智造发展迅猛,根据其官方提供的数据,成立三年来收入复合增长率超过200%,中国市场占比超过三分之一。
截至2019 年 9 月,华大智造测序仪全球装机量突破 1200 台,用户超 300 家,遍布24个国家及地区。截至 2019 年 8 月,基于华大智造测序平台累计产出数据超28Pb,发表高水平论文超500篇。
国产替代也开始了,数据显示,2014年-2016年,华大从Illumina的采购金额分别为1.96亿元、1.99亿元和1.38亿元,在当年的采购额中分别占比40.46%,44.27%和25.93%,而在2017年,华大对Illumina的采购额同比下降30.65%。与此对应的媒体报道是,华大表示在2017年公司内部已“完全实现自主替代”。
目前,全球只有两个国家、三个公司可以量产临床级别的高通量基因测序仪,分别是Illumina、华大智造、Thermo Fisher。
国产基因测序仪,就是在这样一个寡头之争的环境中,破局伊始,就开启了技术与专利的大战。

征途刚刚开始
“尼克松先生,你能攻克癌症。”
1969 年,拉斯克医学奖创建人玛丽·拉斯克(Mary Lasker)花了 2.2 万美元登了这个广告,巨大的标题几乎占了《纽约时报》的整个版面。
标题下方还写有一句话,“我们就快找到解药了,只缺把人送上月球的那种决心、资金和全盘计划”,这句话来自被公认为癌症研究教父的波士顿医生悉尼·法伯(Sidney Farber)。
在人类基因组计划中,美国每年准备斥资2亿美元投入这个项目,预计15年完成。
1984 年 12 月,在美国犹他(Utah)州阿尔塔(Alta)的一个小会议室里,美国能源部召集起来的一众遗传学顶尖科学家们正讨论如何探索美国在日本广岛投下第一颗原子弹后,居住在下风口的人口中基因突变的发生情况。但众人经过长久的讨论,也并未得出任何可行的方法。
几十年的基因探索,决心有了,资金到位,计划周全,但人类的基因仍旧没有获得完美的解答。
“人类对于自己的了解可能还只是区区1%”,一名基因行业人士对界面新闻记者说。
基因领域的人都明白,目前整个行业最需要做的,还是要想方设法让测序数据通量不断增大,价格再不断下降,这是基因科技最终能走向大众唯一,核心,必要的条件。
测序成本的新一轮竞争已经再次开始,这一次的“主角”换成中国基因测序仪。前文提到已正式交付的国产超高通量测序仪DNBSEQ T7,已将每Gb的测序成本降低至约5美元,这也是目前全球最低的测序成本。
在2018年天津达沃斯上,福莱特利与汪建见面了,他们在一场论坛上成为了嘉宾,和谐而自由地表达各自的见解,就像一对老朋友一样在场上谈笑风生。
他们俩的心理应该都明白,50年基因探索,其实征途才刚刚开始。技术层出不穷,周期不断压缩、成本逐年下降。这个行业从不乏新玩家,因循不同的技术路线, Oxford Nanopore等公司正成为市场的追赶者,一如当年的Illumina和华大。
最重要的是,中国基因测序仪,在几经波折,蓄力潜行20年后,终于走上世界舞台,初试啼声。
(本文素材来自界面,有删减)

解密癌细胞的“逃脱绝技” 基因突变之外还有这种方法!

基因君

 

解密癌细胞的“逃脱绝技” 基因突变之外还有这种方法!

历史上著名的魔术大师哈里·胡迪尼(Harry Houdini)最拿手的绝技就是“逃脱戏法”,他能够从任何手铐、绳索、保险柜等束缚中成功逃脱。而癌细胞似乎也是细胞中的“胡迪尼”,无论采用什么类型的疗法,总有一些癌细胞能够逃脱疗法的杀伤而卷土重来。它们又有什么“绝技”能够屡屡逃脱抗癌疗法的追杀?近日,Nature Reviews Drug Discovery上发表的一篇综述对癌细胞的“逃脱戏法”进行了盘点。今天药明康德内容团队将结合这篇综述与其它公开材料的内容,为读者介绍一下癌细胞的“逃脱绝技”和我们能够采取的应对策略。

两种不同的“逃脱方法”

在癌症耐药性的研究中,历史上最受研发人员关注的是基因突变驱动的耐药性。简单来说,抗癌疗法,尤其是靶向药物,通常通过抑制特定靶点的功能来导致癌细胞的死亡。而癌细胞可以通过产生基因突变,导致它们可以绕过靶点被抑制的影响,比如在靶点蛋白上的突变导致药物无法再跟靶点结合;或者激活信号通路下游的效应子,或者激活替代生存信号通路。这些基因突变可能原先就在很少的细胞中存在,也可能在接受药物治疗的过程中产生。带来的结果是携带突变的癌细胞对靶向疗法产生耐药性。

而近年来的研究表明,癌细胞在不产生基因突变的情况下,也能够对靶向疗法产生耐药性。这种“逃脱方法”与癌细胞的可塑性(plasticity)相关,有些癌细胞通过在基因表达和表观遗传学方面的改变,转变成为更能够耐受抗癌疗法的形态。这种耐药性的产生方式近年来成为科学家们研究的重要方向。下面我们来看看这种耐药性产生的机制。

药物诱导可塑性(drug-induced plasticity)的机制

接受药物治疗后细胞可塑性的分子机制目前尚未完全阐明,不过癌细胞形态的转变过程很可能分为两步:第一步,癌细胞进入一个生长缓慢的药物耐受状态,然后这种细胞进一步重新编程,成为耐药性细胞。

分裂缓慢的细胞的出现

从对药物敏感的增殖状态转变为生长缓慢、对药物耐受的状态并不是癌细胞的“独门绝技”。事实上,这种细胞状态的改变最初在细菌中被发现,细菌在遇到抗生素挑战后可以呈现对药物产生耐受,但是生长缓慢的状态。然而在去掉抗生素之后,它们又会恢复到增殖状态,并且重新对抗生素敏感。这个现象表明耐药的可塑性并不是由基因变化介导的。

有趣的是,在体外试验表明,癌细胞也采用了类似的策略。这种对原本致命药物产生暂时耐受能力的癌细胞亚群称为“drug-tolerant persisters”(DTPs),它们最初在非小细胞肺癌(NSCLC)中被发现,而后在结肠癌、黑色素瘤和胶质母细胞瘤中也被发现。与细菌一样,当去掉抗癌药物之后,这些原本对药物耐受的细胞又会生成对药物敏感的细胞,意味着它们的耐药状态是暂时的。

进一步的研究表明,细胞进入分裂缓慢的状态是对药物产生耐受的先决条件,而且这种耐药机制似乎独立于癌症类型和药物类型。这一发现意味着靶向细胞转变为分裂缓慢状态的过程是一种有趣的抗癌策略。例如,在基底细胞癌(BCC)中,如果迫使对药物产生耐受的缓慢分裂细胞加快增殖,会让它们重新对Hedgehog(Hh)信号通路抑制剂vismodegib敏感,导致细胞的死亡。

转变为对药物产生永久抗性的细胞状态

这些对药物产生耐受,分裂缓慢的细胞能够通过进一步的重新编程,获得对药物的永久抗性。这一重新编程的过程与表观遗传学和转录变化相关。此外,肿瘤的微环境和癌细胞的起源可能在抗性状态的产生中也起到重要作用。

调控细胞可塑性的表观遗传学机制

细胞对药物耐受能力的可逆性表明,表观遗传学层面上的重新编程起到了非常重要的作用,近来的研究也表明,细胞表型的变化与组蛋白甲基化的显着改变相关。例如,具有组蛋白甲基转移酶功能的EZH2蛋白在神经内分泌前列腺癌中高度表达。神经内分泌前列腺癌是一种严重的去势抵抗性前列腺癌。这些癌细胞转化成为不依靠雄激素受体介导的信号通路进行增殖的形态,因此对靶向雄激素信号通路的疗法产生耐药性。使用遗传学或者药理手段在转化为神经内分泌形态的前列腺癌细胞中抑制EZH2蛋白的活性,能够逆转这种细胞表型的转变,恢复它们对药物的敏感性。

值得注意的是,EZH2的高度表达在肺癌小鼠模型中促进肺癌细胞分化为神经内分泌形态,这意味着EZH2可能在多种癌症类型中介导神经内分泌表型的分化。

除了EZH2以外,名为REST的表观遗传学因子也在神经内分泌前列腺癌和肺癌中介导癌细胞向神经内分泌表型的分化。

调控细胞可塑性的重要转录因子和信号通路

科学家们对癌细胞转录组的分析发现了与细胞可塑性相关的重要转录因子,其中SOX基因家族中的多个成员在介导药物引发的细胞可塑性方面起到重要作用。其中,在动物试验中,SOX2可以诱导前列腺癌和肺癌细胞分化为神经内分泌表型。而SOX10能够诱导黑色素瘤乳腺癌细胞分化为与神经脊(neural crest)细胞类似的状态,并且对药物产生抗性。

近年来的研究还发现了与药物引发的细胞可塑性相关的多条信号通路。它们包括WNT-β-连环素信号通路, IL-6-STAT3信号通路,以及类维生素A X受体(retinoid X receptor, RXR)信号通路。

肿瘤微环境对细胞可塑性的影响

实体瘤不但包括癌细胞,还包括成纤维细胞、内皮细胞、肿瘤浸润免疫细胞等多种复杂成分。复杂的肿瘤微环境通过分泌因子和细胞外基质能够调控细胞的可塑性,从而介导药物抗性的产生。

癌症相关成纤维细胞(CAFs)在黑色素瘤中通过分泌肝细胞生长因子(HGF)等可溶性因子,以及与癌细胞的接触,促进疗法抗性产生。临床试验数据表明,血浆中HGF因子水平越高,患者对BRAF抑制剂vemurafenib的响应越差。

除了CAFs以外,巨噬细胞、炎症、和血管密度/分布都与药物抗性的产生相关。

靶向癌细胞可塑性的策略

由于细胞可塑性在药物耐受和抗性的产生方面具有的重要作用,靶向促进细胞可塑性的机制有望带来更深入和持久的疗效。针对细胞可塑性的治疗策略可以分为三大类:通过抑制调控细胞可塑性的分子机制,防止可塑性的产生;特异性靶向细胞转化之后的形态;逆转细胞转化的过程。下面我们来看看科学家们在这三个方面取得了哪些进展。

防止肿瘤细胞可塑性的产生

因为对产生耐受的残余癌细胞进行持续治疗可能导致它们转变为永久耐药的形态,理论上使用间歇性治疗可能帮助抑制抗性的产生。有趣的是,在使用vemurafenib治疗黑色素瘤细胞时,间歇性给药方式将细胞对药物敏感的时间延长了一倍。间歇性治疗方式在控制前列腺癌患者的肿瘤进展方面也表现出可喜的效果。

而应付细胞可塑性产生的另一个方法是靶向导致细胞表型变化的关键信号节点。目前有多款在研疗法在临床前和早期临床试验中靶向在细胞形态转化中起到重要作用的表观遗传学因子、转录因子以及关键性信号通路。

特异性靶向细胞转化后的形态

细胞转化为对药物产生抗性的形态之后,虽然对已有疗法产生了抗性,但是可能暴露出新的弱点,靶向新的弱点可能带来新疗法。

例如,在NSCLC中,受体酪氨酸激酶AXL的表达与癌细胞的上皮间质转化(EMT)特征相关,这意味着AXL可能成为治疗NSCLC的新靶点。AXL抑制剂SGI-7079与EGFR抑制剂erlotinib联用,能够在小鼠模型中提高间质样NSCLC细胞对erlotinib的敏感性。黑色素瘤细胞在接受药物治疗后也会提高AXL的表达,在肿瘤移植模型中,使用靶向AXL的抗体偶联药物和MAPK抑制剂能够协同作用,抑制肿瘤的生长。

逆转细胞可塑性

由于细胞可塑性主要受到表观遗传机制的调控,因此使用药物疗法逆转这一过程,理论上可以让这些细胞重新对药物变得敏感。

如前所述,EZH2的高度表达与前列腺癌在接受第二代雄激素疗法治疗后转化为神经内分泌前列腺癌相关。因此,多款EZH2抑制剂在多项临床试验中接受检验。然而,葛兰素史克(GSK)公司的EZH2抑制剂GSK2816126在1期临床试验中并没有表现出足够的临床活性。这意味着研究人员可能需要考虑其它表观遗传学调节因子,例如REST。

此外,使用靶向蛋白降解手段,可以靶向原先难于成药的转录因子蛋白(例如SOX蛋白),从而对逆转调控细胞可塑性的基因表达过程。在逆转EMT过程方面,靶向E-钙粘蛋白合成过程的JMF3086导致E-钙粘蛋白的重新表达,并且让NSCLC细胞系对EGFR酪氨酸激酶抑制剂重新产生敏感性。

结语

虽然靶向疗法的问世给癌症治疗带来了长足的进步,但是癌细胞也发展出相应的“逃脱绝技”。除了已被深入研究的基因突变以外,近来的研究发现细胞可塑性是癌细胞逃脱疗法杀伤的重要原因。

靶向细胞可塑性有望提供一种改善已有疗法的疗效和持久性的独特渠道。虽然近年来的研究发现了介导细胞可塑性的一些分子机制,但是想要更好地了解和靶向这一过程,我们还需要克服多重挑战。其中包括发现更多预测性生物标志物,让我们能够依据细胞可塑性对患者进行细分。更精确地了解肿瘤细胞表型变化的动态进展,不同的患者在接受药物治疗后,残余的肿瘤细胞可能处于不同的耐药状态。由于肿瘤的异质性,残余的肿瘤细胞也可能采用不同的机制诱发可塑性的产生。因此,对残余肿瘤细胞的分析将是指导进一步治疗的关键。

我们期待随着科技的进步,科学家们能够克服这些挑战,设计出堵死癌细胞逃脱之路的方法,延长患者的缓解时间,甚至让治愈成为可能!(生物谷Bioon.com)

 

Small:非病毒基因疗法加速癌症研究

基因君

2019年10月24日讯 /生物谷BIOON /–墨尔本皇家理工大学(RMIT大学)的研究人员开发的非病毒生物基因传递方法在实验室测试中被证明是有效的,比标准的病毒方法更安全。
基因疗法被广泛认为是癌症研究的下一个前沿领域,它包括在病人的细胞中引入新的基因,以取代导致疾病的缺失或功能失调的基因。
Small:非病毒基因疗法加速癌症研究
图片来源:RMIT University
由于细胞本身的特点导致细胞吸收基因或任何外来DNA物质的能力较差,因此基因治疗的最大挑战是将治疗基因植入细胞内部。
目前研究的重点是使用病毒传递系统穿透细胞,然而,将病毒引入人体的风险限制了基因疗法从实验室到临床的进展,迄今为止只有三种基于病毒的疗法获得了FDA的批准。
尽管非病毒方法更安全、成本相对较低,但由于研究结果的差异,非病毒方法在基因治疗研究中所占的比例不到0.25%。
该研究首席研究员Ravi Shukla博士表示,解决合适的非病毒方法与病毒方法之间的差距,将是基因疗法走出实验室进入临床的关键一步。
他说:”一种有效的非病毒疗法对患者来说更安全,而且可以显着减少将新疗法推向市场所需的时间和费用。我们现在已经成功地测试了一种非病毒疗法,它可以让我们避开病毒疗法的风险,帮助释放基因疗法的全部潜力。”
Shukla和他的团队利用金属有机框架(MOFs)开发了一种新的非病毒基因递送载体。金属有机框架是一种用途极其广泛的超多孔纳米材料,可以用来存储、分离、释放或保护几乎任何生物分子。
这项研究得到了联邦科学与工业研究组织(CSIRO)的支持,该组织开发了一种技术来制造工业规模的MOFs。
主要用于工业或化学领域的MOFs的生物应用越来越广泛,这些最新发现表明,它们在非病毒基因治疗方面具有良好的潜力。
研究人员使用了一种以其生物相容性和生物降解特性而闻名的MOF亚型,将DNA携带进细胞。基于MOF的给药方法被发现对前列腺癌细胞有效,为肺癌、乳腺癌以及其他遗传性疾病的治疗打开了大门。
博士研究员Arpita Poddar与Shukla合作完成了这一研究,他说这一发现是开辟了一条至今被忽视的研究路线的第一步。
“现在我们已经证明了相关概念,我们可以研究其他应用,包括转基因、植入,甚至作物改良,”她说道。(生物谷Bioon.com)

参考资料:

Nat Commun:无需基因改造,延长端粒就可显著延长寿命,抗击衰老

基因君

2019年11月5日讯/生物谷BIOON/—端粒是位于真核生物染色体末端的核蛋白结构。它们由串联重复的TTAGGG DNA序列组成,这种序列被称为shelterin的六蛋白复合物所结合。端粒对于DNA修复活性和保护染色体末端免受DNA降解至关重要,它们在染色体稳定性中起着重要作用。由于所谓的“末端复制问题(end replication problem)”,端粒随着细胞的每一次分裂而缩短。

Nat Commun:无需基因改造,延长端粒就可显著延长寿命,抗击衰老
人类基因组,图片来自Wikipedia。

端粒酶是一种核糖核酸蛋白DNA聚合酶,可通过在染色体末端重新添加TTAGGG重复序列来延长端粒,从而补偿端粒消减。端粒酶由一个逆转录酶催化亚基(称为TERT)和相关的RNA组分(Terc)组成,其中Terc用作合成TTAGGG重复序列的模板。在成年有机体中,端粒酶活性仅限于成体干细胞区室,不过,在这些区室中,不论是在人类中,还是在小鼠中,端粒酶仅有部分活性,即便在这些成体干细胞中,端粒酶的表达也不足以在整个有机体的寿命中维持端粒稳态,这也就无法阻止随着年龄的增长而发生的渐进性端粒缩短(progressive telomere shortening)。

端粒的长度由遗传决定,端粒的平均长度和端粒缩短的速率在不同物种之间有所不同。在这方面,人类天生具有比小鼠更短的端粒,但是小鼠端粒的缩短速率比人类快100倍。当端粒缩短到极限长度时,它们会诱导持续的DNA损伤反应(DNA damage response)和基因组不稳定性,从而引发其他的细胞事件,比如细胞衰老和/或凋亡,以及削弱干细胞再生组织的能力。端粒缩短被认为是衰老的特征之一,这是因为较短的端粒足以引起有机体衰老和寿命缩短。科学家们已发现使用不同的端粒酶过表达方法(包括基因治疗策略)来维持成年小鼠中的端粒长度可以延缓衰老和年龄相关病理特征,并延长它们的寿命。

但是,端粒酶在大多数人类癌症中都被重新激活,这引起了人们对端粒酶重新激活在促进肿瘤发生中的潜在负面长期影响的关注。在这方面,越来越多的证据表明即使在癌基因受到激活的情况下,通过使用非整合型AAV病毒载体使得成年小鼠中的端粒酶重新激活也不会导致癌症的增加。然而,大型人群研究已表明在人类中,更长端粒的存在与肺癌等某些癌症的发病率增加有关。此外,Pot1 shelterin基因发生的导致更长端粒的生殖细胞突变与多种类型的家族性癌症—比如黑色素瘤和神经胶质瘤—有关。尽管在后一种情况下,Pot1突变不仅导致更长的端粒,而且还导致端粒畸变增加,这种端粒畸变增加也可能是导致癌症易感性增加的原因。因此,在端粒酶不被激活或不发生其他端粒变化的情况下,探究较长的端粒本身是否可以促进肿瘤发生具有重要意义。

在小鼠中,西班牙国立癌症研究中心(CNIO)的Maria A. Blasco研究团队和其他人之前已证实端粒酶在胚泡阶段被激活,在该阶段,端粒在内细胞团(ICM)中延长,以这种方式设定了给定物种的正常端粒长度。有趣的是,Blasco团队还发现源自ICM的胚胎干细胞(ESC)在体外增殖时允许它们的端粒进一步延长而超过这个物种的正常端粒长度,从而产生所谓的超长端粒胚胎干细胞(hyper-long telomere ESC)。这种端粒的延长与多能性阶段的表观遗传变化有关,这些表观遗传变化允许更“开放”的端粒染色质结构,并且在不存在明显的基因表达变化的情况下允许端粒酶介导的端粒延伸。近期,Blasco团队证实这些具有超长端粒的小鼠ESC可以聚合成桑椹胚(morulae),从而获得嵌合体小鼠,这些嵌合体小鼠也由具有比正常情形下更长端粒的细胞组成。因此,具有超长端粒的ESC能够产生所有的成年器官,并且不会影响这些器官的正常结构和功能。但是,有必要开展进一步的研究来解决增加一种物种的天然端粒长度的长期影响。

为此,在一项新的研究中,Blasco团队百分百地利用具有超长端粒的ESC培育出嵌合体小鼠,即超长端粒小鼠(hyper-long telomere mice),随后在它们的整个生命周期中对它们进行了跟踪。相关研究结果近期发表在Nature Communications期刊上,论文标题为“Mice with hyper-long telomeres show less metabolic aging and longer lifespans”。

Nat Commun:无需基因改造,延长端粒就可显著延长寿命,抗击衰老

这些研究人员发现这些由具有超长端粒的ESC培育出的小鼠在较大年龄时具有比正常情形下更长的端粒,而且未显示出任何病理异常。相应地,与具有正常端粒长度的对照小鼠相比,在超长端粒小鼠中,随着年龄的增长,呈现出整体DNA损伤以及端粒缩短诱导的DNA损伤的细胞数量显著减少。同样,在超长端粒小鼠中,衰老标志物p21的水平下降了。

有趣的是,从第40周开始,超长端粒小鼠的体重比对照小鼠减轻了。这些研究人员进一步发现这种体重减小的原因是在瘦体重变化不大的情况下脂肪堆积减少。此外,超长端粒小鼠表现出“年轻”的代谢表型迹象,这表明在它们的一生中,血清中的LDL、ALT和胆固醇水平显著下降。再者,它们显示出对葡萄糖和胰岛素摄入的敏感性增加,即使在年老时也是如此,因此这就表明相比于具有正常端粒长度的对照组小鼠,超长端粒小鼠具有“更年轻”的代谢年龄。

先前的报道已表明线粒体功能下降与端粒功能障碍有关。与这些先前的发现相一致的是,Blasco团队的当前数据表明具有超长端粒的小鼠具有改善的线粒体功能。特别是,他们发现在超长端粒小鼠中,Pgc1-α/β以及其靶基因Errα和Pparα的表达增加了。此外,与具有正常端粒长度的对照组小鼠相比,超长端粒小鼠还显示出增加的线粒体DNA拷贝数和增加的OXPHOS线粒体基因细胞色素C、ATP合酶、细胞色素C亚基6和细胞色素C亚基5a表达水平。总之,这些发现表明,超长端粒小鼠的线粒体活性增强,这可能有助于它们的代谢性能的改善。

Nat Commun:无需基因改造,延长端粒就可显著延长寿命,抗击衰老
超长端粒小鼠比正常小鼠瘦。图片来自Nature Communications, 2019, doi:10.1038/s41467-019-12664-x。

重要的是,Blasco团队并没有观察到超长端粒小鼠具有增加的自发性肿瘤发生率,相反,与具有正常端粒长度的对照小鼠相比,它们显示出明显的减少自发性肿瘤的趋势,因此这就表明较长的端粒本身并不增加肿瘤的发生,相反似乎会降低癌症风险,这与更年轻状态时的情形相一致。同样与此相一致的是,他们发现超长端粒小鼠的寿命比对照小鼠长,中位生存期增加12.75%,最大生存期增加8.4%。可能有人提出,在这项研究中使用的100%嵌合小鼠可能来自供体滋养层细胞,其性别可能会影响这些小鼠的生存。然而,众所周知,滋养层细胞的全部作用在于它们能够形成胎盘和羊膜囊,这不太可能影响成年小鼠。

由此可知,Blasco团队在这项研究中提供了一种在没有基因操作的情况下可以延迟衰老的小鼠模型。这个小鼠模型具有抗衰老表型,这些抗衰老表型也存在于先前描述的具有延迟衰老特性的几种转基因小鼠模型中。特别地,Blasco团队开发的这个小鼠模型显示出与生长激素(GH)突变侏儒小鼠相类似的体型减小,胰岛素敏感性增强,甚至致命性肿瘤的发生率下降,不过也存在明显的差异,比如,前者具有更低的身体脂肪,然而这种侏儒小鼠容易堆积身体脂肪。在这方面,超长端粒小鼠与胰岛素样生长因子(IGF)突变小鼠更相似,后者还具有身体脂肪堆积减少的特点。

总而言之,Blasco团证实通过增加胚胎干细胞的传代数量并在不进行基因修饰的情况下,可以产生端粒比自然物种长得多的小鼠。这些超长端粒小鼠表现出更年轻的表型,体现为线粒体功能改善、代谢参数改善、癌症减少和寿命延长。这些结果还表明,在物种中,端粒较长的个体并不存在负性选择,因此,人们可以预见,在特定物种中,有利于端粒较长的个体的自然选择过程可能会延长物种寿命。最后,这些发现提出了一种诱导具有更长端粒的个体的潜在方法可能是在端粒被延长的胚胎发育过程中调节多能性阶段的持续时间。(生物谷 Bioon.com)

参考资料:


Miguel A. Mu?oz-Lorente et al. Mice with hyper-long telomeres show less metabolic aging and longer lifespans. Nature Communications, 2019, doi:10.1038/s41467-019-12664-x.

研究发布碧凤蝶染色体水平基因组

基因君

 

研究发布碧凤蝶染色体水平基因组

 

蝴蝶因其丰富的形态多样性,自达尔文时代就作为研究物种适应性进化的重要类群之一,近几年更被认为是研究形态遗传、进化和发育的理想模型,已成为发育生物学、进化生物学、种群遗传学、保护生物学和生态学等研究领域的重要模式生物之一。凤蝶科是具有重要进化地位的蝴蝶支系,其丰富的色彩和形态等多样性是昆虫生态与进化研究的主题。

中国科学院昆明动物研究所科研团队在2015年完成所有蝴蝶模式种金凤蝶及其近缘种柑橘凤蝶两种凤蝶基因组(Li et al., 2015, Nature Communications)的基础上,对广泛分布在东亚、南亚以及东南亚并对体色进化及物种分化具有重要研究意义的碧凤蝶Papilio bianor Cramer, 1777进行了基因组研究。运用三代长读长测序技术(PacBio),结合高通量染色体构象捕获(Hi-C)技术,成功地组装了碧凤蝶染色体(29条常染色体和1条性染色体)水平的基因组,这是首个利用Hi-C技术完成的染色体水平的蝴蝶基因组。该基因组总长约为421.52 Mb,contig N50与scaffold N50分别高达5.50 Mb和12.51 Mb。基因组注释的结果表明碧凤蝶基因组大小的一半以上为重复序列(233.09 Mb, 55%),是所有已发表的蝴蝶基因组中重复序列最高的基因组。注释到的蛋白编码基因共15375个。利用4D位点以及直系同源基因构建的进化树提示凤蝶属起源于39-57百万年之间,碧凤蝶与柑橘凤蝶和金凤蝶的分歧时间在23-35百万年之间。通过PSMC对碧凤蝶的历史种群动态进行分析结果显示,碧凤蝶种群从最近的一次间冰期开始增加,直至末次盛冰期为止,这与先前对其他昆虫的研究结果一致。碧凤蝶染色体水平的参考基因组不仅为研究碧凤蝶特殊生物学特性的遗传和分子机制奠定了基础,也为凤蝶乃至整个蝴蝶资源开发和生物多样性保护提供了基础资料。(生物谷Bioon.com)

 

Adv Materials:基因“剪刀”可用于诊断疾病

基因君


2019年11月27日 讯 /基因宝jiyinbao.com/ –CRISPR / Cas技术不仅可以改变基因:根据弗莱堡大学的一项研究,通过使用所谓的基因剪刀,可以更好地诊断癌症等疾病。
 
在这项研究中,研究人员介绍了一种微流控芯片,该芯片可识别RNA的小片段,从而比目前可用的技术更快,更准确地指示特定类型的癌症。该结果最近发表在科学杂志“ Advanced Materials”上。
 
他们对从四个被诊断出患有脑肿瘤的孩子的血液样本中测试了CRISPR生物传感器的性能。文章作者,弗莱堡微系统工程师Can Dincer博士解释说:“我们的电化学生物传感器的灵敏度比其他使用CRISPR / Cas进行RNA分析的应用高五到十倍。”
 

Adv Materials:基因“剪刀”可用于诊断疾病
(图片来源:Www.pixabay.com)

microRNA(miRNA)的是由基因组中编码产生的RNA分子,但与其它RNA不同,microRNA不会翻译成蛋白质。在某些疾病,例如癌症或神经退行性疾病(阿尔茨海默氏病)中,血液中的特定miRNA水平升高。临床上目前已经在使用miRNA作为某些类型癌症的生物标记,但需要检测大量这样的信号分子才能进行适当的诊断。研究人员现在正在研究一种生物传感器,可以同时识别多达八个不同的RNA标记。
 
CRISPR生物传感器的工作原理如下:将一滴血清与反应溶液混合,然后滴到传感器上。如果它包含靶RNA,则该分子与溶液中的蛋白质复合物结合并激活基因剪刀-类似于打开门锁的钥匙的方式。如此激活后,CRISPR蛋白切断或切割与信号分子连接的报告RNA,从而产生电流。切割导致电流信号的减少,该电流信号可以电化学方式测量并指示样品中是否存在所寻求的miRNA。 Dincer解释说:“我们的系统的特殊之处在于它无需复制miRNA就可以工作,因为在这种情况下,将需要专用的设备和化学药品。这使我们的系统成本低廉,并且比其他技术或方法要快得多。”(生物谷Bioon.com)

资讯出处:Using gene scissors to detect diseases

原始出处:Richard Bruch, Julia Baaske, Claire Chatelle, Mailin Meirich, Sibylle Madlener, Wilfried Weber, Can Dincer, Gerald Anton Urban. CRISPR/Cas13a‐Powered Electrochemical Microfluidic Biosensor for Nucleic Acid Amplification‐Free miRNA Diagnostics. Advanced Materials, 2019; 1905311 DOI: 10.1002/adma.201905311

Oncotarget:新型乳腺癌药物能击败诱发多种类型癌症的癌基因-Ras

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2017年10月12日 讯 /生物谷BIOON/ –很多科学家都认为,阻断癌基因Ras的功能是癌症治疗的“必杀技”,因为这些基因的突变会驱动癌症多种不同类型癌症的发展,人类机体中存在三种不同的Ras基因:H-Ras、K-Ras和N-Ras,这些Ras基因和癌症的发生直接相关;近日,一项刊登在国际杂志Oncotarget上的研究报告中,来自弗吉尼亚联邦大学Massey癌症中心的研究人员通过研究发现,一种批准的乳腺癌药物来那替尼(neratinib)不仅能够阻断Ras基因的功能,还能够阻断其它多个致癌基因的功能。

Oncotarget:新型乳腺癌药物能击败诱发多种类型癌症的癌基因-Ras

图片来源:Paul Dent, Ph.D

这项研究中,研究人员想通过研究确定是否药物来那替尼单独使用或同其它药物制剂联合使用,能够帮助杀灭非小细胞肺癌细胞(NSCLC),这类癌细胞会对药物阿法替尼(afatinib)产生耐药性,阿法替尼和来那替尼被认为能够抑制EGFR和HER2激酶的功能,这些激酶能够调节癌细胞的生长以及化疗耐药性;阿法替尼类似于来那替尼,然而来那替尼却能够不可逆地将其吸附到EGFR和HER2激酶上,这种吸附作用就能够永久阻断受体的功能,诱发细胞被靶向降解,如今研究者发现,药物来那替尼实际上能够杀灭对阿法替尼耐药的NSCLC细胞。 研究者Dent博士表示,当我们在显微镜下观察细胞时,我们能够看到来那替尼(而不是阿法替尼)能够促进较大的囊泡在细胞外膜附近形成,在这些囊泡中,我们发现,EGFR和HER2的受体会被破碎,但同时我们还发现了阴性的对照受体—c-MET;在科学研究中,阴性的对照实验常常并不会发挥作用,而且这就进一步验证了科学家们想要证明的实验结果。如果来那替尼能够在不吸附的情况下对c-MET进行破碎,那么获取其还会破碎其它的细胞膜蛋白。

研究人员所观察到的囊泡是自噬过程的一部分,自噬是一种天然的机制,其会破碎并且再循环细胞中多余的组分,由于其是一种膜蛋白,随后研究人员就开始对Ras进行研究,有证据显示,常用的癫痫药物丙戊酸能够影响细胞自噬的调节,因此研究者决定检测是否这种药物能够同来那替尼一起联合作用来阻断Ras的活性。

除了对阿法替尼耐药的NSCLC细胞外,研究人员还检测了丙戊酸和来那替尼联合对人类胰腺癌和卵巢癌衍生细胞上的作用效果,这些癌细胞中分别含有K-Ras突变及N-Ras突变。Dent表示,我们发现,药物来那替尼能够诱发细胞质膜出现一系列的“地震波”,不仅会促进ERBB家族受体(EGFF和HER2)降解,还会促使细胞膜中其它相关的受体被降解。我们计划进行额外的实验来更好地理解该过程。

本文研究还阐明了药物来那替尼其它临床用途,研究人员对乳腺癌动物模型进行研究发现,药物来那替尼能够增强以前建立的药物组合对乳腺癌的治疗效果,包括药物培美曲塞和索拉非尼,这些药物目前正在进行II期临床试验。最后研究者Dent说道,我们对相关的研究结果非常高兴,这项研究中我们发现了药物来那替尼能够帮助治疗多种类型癌症,同时还可以弥补当前的疗法,目前我们正在计划进行临床试验,并希望获得更多的资金支持。由于目前来那替尼和丙戊酸已经获得FDA批准,下一步我们将会将相关的研究结果快速转化到临床研究中去。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Laurence Booth, Jane L. Roberts, Andrew Poklepovic, et al. HDAC inhibitors enhance neratinib activity and when combined enhance the actions of an anti-PD-1 immunomodulatory antibody in vivo. Oncotarget (2017). DOI: 10.18632/oncotarget.21660

Criculation:“血癌”基因能够预防心脏衰竭?

基因君

2017年10月18日/基因宝jiyinbao.com/—最近一项发表在《Criculation》杂志上的一篇文章揭示了基因Runx1在受损的心肌细胞中表达量出现上调的现象。该研究是由来自Glasgow大学的研究者们做出的,他们发现该基因表达受阻的小鼠的心脏更不容易发生心脏衰竭的风险。
冠心病是目前世界上引起死亡的主要疾病之一。根据英国心脏协会的图表,每年英国都有70000人因该病死亡。大部分死亡的直接原因是心脏病发作(心肌梗塞),即通向心脏的血流受阻,进而导致心肌的损伤。
过去几十年来,医疗水平的上升导致该疾病患者的存活率上升,然而其对心肌细胞造成的损伤会导致患者出现心脏衰竭的风险,即心脏难以泵出足够的血液供机体各个部位使用。
Criculation:“血癌”基因能够预防心脏衰竭?
(图片来源:University of Glasgow)
Runx1基因在白血病中得到了详细的研究,它对于血细胞的发育具有重要的作用。然而,该基因对于心脏功能的影响此前了解的并不清楚。
如今,研究者们认为心脏病发作后心肌细胞中Runx1基因表达量的上调是导致心脏结构改变以及泵血能力失调的原因。
该文章的主要作者,来自Glasgow’s大学心血管医学科学研究所的Christopher Loughrey博士称:”我们的研究揭示了Runx1基因与心肌梗塞之间的关系,以及其对于心脏病发生的影响”。
目前英国境内有500000人受到了心脏衰竭疾病的困扰,尽管医疗水平十分先进,而死亡率仍然高居不下。因此,开发新型的,更加有效的治疗心脏衰竭的手段迫不及待。
Loughrey博士称:”这项研究不仅仅揭示了Runx1基因对心脏健康的影响,而且提供了新的治疗方案,活血能够有效提高心脏病患者心脏泵血的能力”。(生物谷Bioon.com)


资讯出处:
Blood cancer gene could be key to preventing heart failure

A型血友病基因疗法获FDA突破性疗法认定

基因君

A型血友病基因疗法获FDA突破性疗法认定
BioMarin Pharmaceutical宣布美国FDA授予其A型血友病基因疗法valoctocogene roxaparvovec(曾用名BMN 270)突破性疗法认定。
A型血友病也叫做因子VIII(FVIII)缺乏症或经典血友病,是由凝血蛋白质因子VIII缺失或缺陷引起的遗传病。因为A型血友病是一种X染色体连锁障碍,所以它主要影响男性,每4000-5000名男性中就有一例A型血友病患者。这些患者不能有效地凝血,很可能会因为轻微的伤口而失血过多,危及生命。有43%的A型血友病患者属于比较严重的类型,他们常常自发流血,并流入肌肉或关节。对于这些患者的标准治疗方法是每周三次输注因子VIII的预防性治疗。但即便这样,仍有许多患者会出现轻微出血或自发出血事件,导致进行性关节损伤。这一患者群体急需一款新的疗法来改变现状。
BioMarin的valoctocogene roxaparvovec有望为这些患者带来治疗曙光。它是一种使用AAV因子VIII载体基因治疗产品。在动物模型中,它能将因子VIII的浓度恢复到与正常人类相当的水平。本月初,FDA完成了对该化合物的新药研究申请(IND)的审查,并为它亮了绿灯。此外,欧洲药品管理局(EMA)也为其颁发了PRIME认定。
此次,该疗法获得FDA颁发的突破性疗法认定是基于一项正在进行的1/2期临床试验的数据。在第36周,4e13 vg/kg剂量组的6名患者中有5名患者的因子VIII水平达到正常范围,另外一名患者也有一定水平的因子VIII。4周后,4e13和6e13 vg/kg剂量组的中位年出血率和因子VIII使用率均为零。
FDA颁布突破性疗法认定的消息以及EMA于2017年初授予的欧盟PRIME认定,证明了全球健康监管机构对valoctocogene roxaparvovec及其快速研发和注册途径的大力支持,”BioMarin全球研发部总裁Hank Fuchs博士表示:“这些患者非常需要实现正常稳定的因子VIII水平,以消除自发性出血,避免次优矫正出血障碍的并发症,提高生活质量,使患者能最大限度地生存。”
我们期待着这一新药的研发和上市能够顺利,早日为患者带来治疗希望。(生物谷Bioon.com)

健康一生

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