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研究揭示水稻NLR类抗病基因突变导致的白叶枯病感病机制

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研究揭示水稻NLR类抗病基因突变导致的白叶枯病感病机制

含有核苷酸结合结构域和富含亮氨酸重复序列的蛋白,即NLR(nucleotide-binding leucine-rich repeat)蛋白是动植物中广泛存在的一大类免疫受体蛋白。NLR类受体通常通过识别病原菌的一些特定效应蛋白来触发小种特异性免疫反应,即ETI(effector-triggered immunity,效应因子触发的免疫反应)。迄今发现的多个NLR蛋白功能获得性(gain-of-function)突变均能触发类似ETI的抗病反应,引起组成性的细胞程序性死亡。

近日,中国科学院遗传与发育生物学研究所储成才研究组及中国水稻所钱前研究组合作报道了一个较为罕见的NLR蛋白突变wed(weaker defense)。该突变导致水稻对大多数白叶枯病病原小种的感病性增强。而这一表型在某些遗传组合中表现为显性,在某些组合中则表现为隐性。基因克隆发现wed引起了一个新的水稻NLR蛋白上核苷酸结合结构域中一个苯丙氨酸突变成亮氨酸。对203份水稻微核心种质进行基因分析表明,WED基因存在自然变异,其中84.7%的水稻中缺失该基因。对应遗传分析表明wed对野生型的WED位点表现为隐性(或弱效应的不完全显性),而对自然的缺失等位表现为完全显性。通过对基因干涉突变体、正反互补转基因株系以及回复突变体的综合分析证明,wed实质上是一个NLR蛋白的功能获得性突变。这与已有报道的NLR蛋白的功能获得性突变均触发自主免疫反应的现象截然相反,表明水稻中可能存在一种新的NLR类蛋白的作用模式或调节机制。也暗示自然界中可能存在这样一种潜在的感病机制,即特定生理小种可能通过行使类似wed突变的致病效果来修饰特定NLR蛋白,进而对多个抗病信号途径进行抑制,最终导致植物致病性。

白叶枯病是水稻三大传统病害之一,迄今已在不同水稻品种中鉴定到多个白叶枯病抗病蛋白。由于这些抗病蛋白在结构上存在多样性,不同类型抗病蛋白介导的抗病机制没有明确的交互现象,使得人们一直以来认为水稻中存在多样性的抗病蛋白介导的白叶枯病抗病信号途径。有意思的是,NLR蛋白突变wed不仅破坏了水稻对白叶枯病的基本抗性,即PTI(PAMP-triggered immunity,病原相关分子模式触发的免疫反应),也在不同程度上抑制了至少三种类型抗病蛋白:Xa3/Xa26-,Xa4-及Xa21-介导的抗病性。这一发现首次明确了水稻中不同类型的白叶枯病抗病信号途径间存在共同的调控机制。

通过对水杨酸含量的测定,该研究同时揭示了wed的感病性伴随着水杨酸含量的升高以及水杨酸信号节点基因NPR1的表达下调,这与拟南芥中报道的水杨酸作为抗病信号分子正调控NPR1的表达以及拟南芥的抗病性相反。暗示了水稻中可能存在水杨酸合成的反馈调控机制。此外,研究人员通过一系列的机制分析,排除了已知抗病相关蛋白RAR1,OsRac1,以及PhyB对WED功能的影响,也进一步证明了WED介导的水稻抗病信号途径具有显着的特殊性。(生物谷Bioon.com)

 

Nat Chem Biol:利用CRISPR/Cas9鉴定出调节抗体-药物偶联物毒性作用的基因

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2019年9月15日讯/生物谷BIOON/—化学疗法起作用的基本前提是杀死所有快速生长的细胞,以消灭肿瘤细胞。这种策略虽然通常是有效的,却会造成相当多的脱靶伤亡,比如,它会杀死产生毛发的细胞和位于胃部内壁的细胞。

科学家们试图通过制造类似导弹的药物来解决这个问题,这些药物特异性地攻击癌细胞而不会伤害健康细胞。

美国斯坦福大学医学院遗传学研究生Kimberly Tsui表示,这些类似导弹的药物称为抗体-药物偶联物(antibody-drug conjugates, ADC),已开展了数十年的研究,但是仅在近年来,它们才进入临床试验

这些进展至少部分上是由于对ADC的工作原理有了更好的理解:在每个细胞的表面上都有突出来的蛋白—这些蛋白中的一些仅在癌细胞上发现,这就使得它们成为定制药物递送的完美靶标。ADC含有可以识别并攻击这些癌症特异性蛋白的穿梭分子,从而运送能够让细胞失去功能的药物。

Tsui说,“ADC在临床上显示出很多潜力,但是我们对它们实际上如何发挥作用并不了解太多。我们并不太了解ADC如何被摄入到细胞中,或者药物是如何被运送到不同的区室中以便最终杀死细胞。”

如今,在一项新的研究中,Tsui、斯坦福大学医学院遗传学助理教授Michael Bassik博士和一组研究人员正在利用基因编辑技术来更好地了解ADC如何对癌细胞给予致命打击。相关研究结果近期发表在Nature Chemical Biology期刊上,论文标题为“CRISPR-Cas9 screens identify regulators of antibody–drug conjugate toxicity”。Tsui是论文第一作者。这项研究是与斯坦福大学ChEM-H主任Carolyn Bertozzi博士合作完成的。

Nat Chem Biol:利用CRISPR/Cas9鉴定出调节抗体-药物偶联物毒性作用的基因
图片来自CC0 Public Domain。

Bassik和Tsui使用基因编辑技术CRISPR/Cas9来确定哪些基因可以帮助ADC进入癌细胞。

Tsui说,“通过我们的CRISPR筛查系统,我们可以一次关闭一个基因,从而找出哪些基因对ADC的毒性作用很重要。”通过使用这种方法,他们试图了解哪些基因有助于加强ADC的毒性作用,或者抑制ADC的毒性作用。

这个想法是为了更好地理解ADC如何与肿瘤细胞相互作用并利用这些信息让ADC具有更强的毒性作用。

Tsui说,“总的来说,这项研究从基础生物学开始,了解可能影响ADC毒性作用的基因。”比如,如果特定基因被“敲除”或无法发挥功能,而且ADC停止对癌细胞产生毒性作用,那么这就表明这个基因是ADC在癌细胞中发挥作用所必需的。她说,“这甚至可能对潜在的ADC抗性机制产生重要影响。”

为了杀死细胞,ADC必须接受多次考核,其中的大多数考核都是由特定的基因控制着的。但并不是所有的ADC都是通过相同机制进入细胞并造成损伤,这使得了解ADC在肿瘤细胞破坏方面的变化变得更加重要。

人们通常认为所有ADC在造成破坏之前都必须被切割或“消化”。一般的理解是任何一种ADC与肿瘤细胞表面结合,并通过内体(endosome)进入肿瘤细胞。内体随后将药物引导到细胞的一个称为溶酶体的新区室。在那里,ADC被分解,药物就与作为穿梭分子的抗体分离开来。药物随后被转移到细胞质中的另一个新位置,并最终造成损伤。

然而,究竟是什么基因支撑这一系列步骤并不完全清楚。这就是Bassik和Tsui希望他们的筛选方法发挥作用的地方。事实上,他们的实验揭示了一些以前未知的对药物运送至关重要的基因。特别地,他们发现参与内体介导运送第一阶段的新基因对两种ADC的成功至关重要。

Bassik和Tsui也发现有证据表明并非所有的ADC都通过溶酶体消化。Bassik说,“不过,这种筛选方法揭示出的基因提示着ADC消化过程发生的时间要早得多,很可能在ADC进入溶酶体之前就已发生。鉴于ADC能够以不同的方式进行代谢,我们认为这些针对它们的作用机制的新见解对未来的ADC设计和开发至关重要。”(生物谷 Bioon.com)

参考资料:

1.C. Kimberly Tsui et al. CRISPR-Cas9 screens identify regulators of antibody–drug conjugate toxicity. Nature Chemical Biology, 2019, doi:10.1038/s41589-019-0342-2.

2.Scientists zero in on cancer treatments using CRISPR
https://phys.org/news/2019-08-scientists-cancer-treatments-crispr.html

研究发现五羟色胺转运体基因影响儿童青少年 创伤后应激障碍症状的纵向发展变化

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研究发现五羟色胺转运体基因影响儿童青少年 创伤后应激障碍症状的纵向发展变化
愈加频发的各种灾害是人类所共同面临的挑战之一。世界卫生组织的全球调查显示全球有4%的人经历过人为灾害,有7.7%的人经历过自然灾害。儿童青少年尤其容易遭受灾害所造成的各种不良影响。在心理影响方面,创伤后应激障碍(Posttraumatic stress disorder,PTSD)是儿童青少年在经历灾害之后最容易发展出的心理问题。据估计,在儿童青少年的灾害幸存者中PTSD的流行率可达到30%-60%。
研究显示,遗传因素是影响PTSD症状的重要因素。控制五羟色胺基因表达的启动子区域基因关联多态性区域(5-HTTLPR)是目前PTSD研究中最热门的候选基因。该区域的长短臂等位基因能够控制五羟色胺转运体的表达,进而影响应激相关心理障碍的发生和发展。以往虽然大量研究发现该位点短臂等位基因的携带者更容易罹患PTSD,但也有许多不一致的研究结果出现。这种研究结果的异质性可能是由于实施研究的时间点距离创伤事件发生的时间间隔不同所造成的。
除了PTSD的发生之外,有研究者也指出遗传因素可能在PTSD症状的发展变化过程中发挥了重要作用,但这一观点仍需来自实证研究的证据加以佐证。作为PTSD最热门的候选基因,目前仍然未有研究探究5-HTTLPR对PTSD的症状发展轨迹有何影响。
针对以上研究现状,中国科学院心理研究所心理健康重点实验室王力研究组对963名儿童青少年地震幸存者在震后2.5,3.5,4.5和5.5年进行了四次追踪调查研究。考察了5-HTTLPR基因的主效应和基因环境交互效应对震后2.5到5.5年间PTSD症状变化轨迹特征的作用,并且比较了在四个时间点上5-HTTLPR基因型对PTSD症状水平的影响。
研究结果显示,5-HTTLPR基因型对PTSD症状发展轨迹有显着影响,相较L’等位基因的携带者,S’S’基因型的个体起始症状严重程度更高,但症状恢复速度更快(见图1)。同时该研究也发现,5-HTTLPR基因型与PTSD总体症状只在震后2.5年有显着关联,在其他时点无显着关联(见表1)。该研究中并未发现该基因具有显着的基因环境交互作用。
该研究是首个对5-HTTLPR基因型与儿童青少年PTSD症状关联性分析的纵向研究。研究结果不仅扩展了现有的关于PTSD纵向发展变化的影响因素的认识,而且加深了研究者对于5-HTTLPR基因型在PTSD发生和发展过程中作用的理解。同时该研究为PTSD症状,特别是早期PTSD症状的干预治疗提供了潜在的生物靶点。
该研究受到国家自然科学基金项目(31271099,31471004)、教育部人文社会科学重点研究基地项目(16JJD190006)、中科院对外合作项目(153111KYSB20160036)、中科院重点部署项目(ZDRW-XH-2019-4)及北京市科学技术委员会(Z171100000117014)的支持,研究成果已在线发表于国际刊物International Journal of Psychology 主题为“Children and Disaster”的Special Section。 (生物谷Bioon.com)

从不治之症到对“基因”下药:结直肠癌百年寻因路

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从不治之症到对“基因”下药:结直肠癌百年寻因路

 

2018年8月,在美国科罗拉多州丹佛市的一家餐厅,斯蒂芬· 埃斯特拉达(Stephen Estrada)先生和他相恋十年的恋人终于十指相扣,走进了他们梦寐以求的婚姻殿堂。在场的亲朋好友为他们欢呼祝福的同时,也为他们所经历的一切流下了激动的泪水。

年仅32岁的埃斯特拉达是一名晚期结肠癌患者,四年前的一纸诊断使他们取消了原本已计划好的婚礼,而放、化疗的失败更是让这个年轻人看不到任何生的希望 。是免疫疗法的诞生,才挽救了埃斯特拉达的生命。

然而,并非所有的结直肠癌患者都像埃斯特拉达这么幸运。在这些创新结直肠癌疗法出现的背后,是人们长达一百多年的“寻因求药”之路。

古人眼中的绝症

大肠是消化系统的最后一部分,由盲肠、结肠和直肠组成,主要负责进一步吸收水分和营养物质以及排泄代谢废物。发生在结肠或直肠上的癌症就叫结肠癌或直肠癌,俗称“大肠癌”。由于这两种癌症的发病机理、诊疗原则相似,所以医学上将它们统称为“结直肠癌”。

人类已经受结直肠癌这种疾病影响了几千年。据记载,在大约6000年前,中国古人已经开始用中草药来治疗这种疾病;古希腊人和古印度人则推荐用橄榄油、芥末等来预防和治疗该疾病。不过,对结直肠癌了解最多的恐怕要属尼罗河流域的古埃及人了。在考古人员出土的古埃及医学文献中,不仅介绍了治疗直肠疾病的详细方法,而且还记载了40多种治疗结肠和直肠疾病的药物,包括灌肠剂、蜂蜜、面粉,以及含有蜂蜜和甜啤酒的直肠注射剂等。但是在古人看来,结直肠癌是一种无法治愈的疾病。

女裁缝引发的遗传研究

时光穿梭到了18、19世纪,在这个时期,手术的出现和发展使结直肠癌的治疗技术得到极大提高。据统计,在1900年之前最著名的12位外科医生进行的1500例直肠癌切除手术中,手术死亡率已降到20.9%。但对于结直肠癌的发病原因,科学家们依然知之甚少。直到19世纪末,一次偶然的谈话,开启了科学家探索结直肠癌与遗传之间关系的大门。

1895年,美国病理学家吴爱哲(Aldred Scott Warthin)发现他家的一位女裁缝闷闷不乐,便问其原因。这位女裁缝倾诉道,她家族几代人中有很多都死于癌症,所以她担心自己也难逃此劫。不出所料,女裁缝最后也死于了癌症。眼前这一幕悲剧让吴爱哲感到痛惜和震惊,同时受过专业训练的他产生了一种直觉——这很可能是一种遗传性疾病。经过多年研究后,吴爱哲于1913年发表了他的研究成果:在女裁缝家族中,癌症患者的后代也多患有癌症;非癌症患者的后代则无一人得癌。

然而,就在人们向揭示结直肠癌与遗传之间关系刚迈出一步的时候,吴爱哲博士去世了,这使得该研究从1937年开始被束之高阁。直到20世纪60年代,这一被遗忘了25年的研究才重新走进科学家的视野。

1962年,在美国内布拉斯加州一所医院当住院医师的遗传学家亨利·林奇(Henry T. Lynch)遇到了一位酗酒的患者,当问其为何过度饮酒时,该男子说“我知道,我将会像家中的每个人一样死于癌症,而且可能是结肠癌”。果不其然,该男子不久便被诊断患了癌症。和吴爱哲博士一样,林奇医生也觉察到这可能是一种遗传病。好奇心驱使他开始了对该男子家族的研究。巧合的是,吴爱哲博士生前所在的密西根大学医学院的一位博士知道了林奇正在做的工作,便邀请他来继续女裁缝家族的研究。

当时,学术界认为遗传性结直肠癌都和大肠内壁上长的息肉相关。但是经过大量研究后,林奇团队发现该男子家族中的结直肠癌患者并没有多发性结肠息肉,而且该男子家族结肠癌患者和女裁缝家族癌症患者都有明确的常染色体显性遗传、发病年龄早等特点。然而林奇的这一发现遭到了质疑,因为当时医学界普遍认为癌症是由环境因素引起的,与遗传无关。直到20世纪八十年代,结直肠癌可以由遗传引起的观点才逐渐被人接受,Gardner综合征、轻型家族性腺瘤性息肉病(attenuated familial adenomatous polyposis,AFAP)等更多遗传性结直肠癌也相继被发现。为了纪念林奇的贡献,人们用“林奇综合征”(也叫“遗传性非息肉病性结直肠癌”)来称呼这种家族遗传结直肠癌。

因炎致癌

其实,在结直肠癌中,遗传只占了一小部分,大部分结直肠癌与遗传无关。1925年,科学家们发现一种叫作炎症性肠病(IBD)的疾病与结直肠癌的形成有关。此后几十年间,一系列相关研究的开展让人们对炎症与结直肠癌的关系有了更深刻的理解和认识。科学家们现在已经知道,无论是散发性(sporadic)结直肠癌,还是遗传性结直肠癌,都和炎症有关。炎症性肠病主要包括溃疡性结肠炎和克罗恩病(一种胃肠道的慢性炎症)两种,其中结肠是炎症性肠病患者肿瘤的主要发生部位。

尽管炎症性肠病相关的结直肠癌(IBD-CRC)仅占所有结直肠癌病例的1-2%,但它仍是结直肠癌的三大高危因素之一。据统计,炎症性肠病患者得结直肠癌的几率是普通人群的6倍,约20%的炎症性肠病患者会在30年内发展成为结直肠癌。最新的研究发现,炎症性肠病的形成与肠道屏障功能缺陷、肠道内的微生物反应、先天免疫调节等多种因素有关,服用阿司匹林等非甾体抗炎药可以降低结直肠癌的风险。

揪出幕后“元凶”

20世纪末和21世纪初,随着人们对结直肠癌了解的增加,以及分子生物学、基因测序等学科和技术的发展,科学家们逐渐找到了结直肠癌背后的始作俑者。

1987年,英国牛津大学沃尔特·博德默(Walter Bodmer)教授发现遗传性结直肠癌“家族性腺瘤性息肉病”(Familial Adenomatous Polyposis, FAP)的形成和5号染色体上一种名为APC(adenomatous polyposis coli)的基因突变有关;六年后,其它科学家发现“林奇综合征”与2号染色体上存在的微卫星(细胞基因组中重复、简单的DNA序列)不稳定(MSI)现象有关。这两个重大发现不仅揭开了困扰这些家族几代人的迷雾,也使科学家第一次从分子水平上来了解这种疾病。

后来研究发现,APC是一种抑癌基因,正常情况下具有阻止细胞过度增殖的作用,当它发生突变后,细胞就会失控而成癌细胞。更重要的是,APC基因不仅与FAP有关,在散发性结直肠癌中的突变率也高达80%,而60-65%的结直肠癌属于散发性。

对于林奇综合征,科学家们现在已经知道,它是由MLH1、MSH2、MSH6、PMS2和EPCAM基因突变导致的,其中前四个基因均属错配修复基因,当它们突变时,DNA复制出现的错误不能得到及时纠正,就会导致基因突变越来越多,进而形成肿瘤。而且后来研究发现,部分散发性结直肠癌拥有和林奇综合征相同的致病机制。在全部结直肠癌病例中,虽然林奇综合征只占2-3%左右,但是有70-90%的林奇综合征患者会发生结直肠癌。

得益于基因组学的发展,2003年,科学家首次对人类疾病的基因家族进行系统分析,在对酪氨酸激酶基因家族的分析中发现了与30%结肠癌病例相关的基因突变。2006-2007年,美国科学家成功绘制出了结肠癌等癌症的基因序列图谱,并确定了近200个与这些疾病关联的基因。这些里程碑式的成果为研究人员开发针对结直肠癌的靶向疗法奠定了夯实的基础。

靶向疗法时代

和其它癌症一样,手术、放疗、化疗“三剑客”一直是结直肠癌的主要治疗手段,但是这些疗法属于癌症通用疗法,并不精准。直到2004年,结直肠癌才迎来了两款靶向药物:EGFR抑制剂Erbitux(cetuximab,西妥昔单抗)和VEGF抑制剂Avastin(bevacizumab,贝伐珠单抗)。

表皮生长因子受体(EGFR)可通过与配体结合将信号传导传递到细胞核内,控制细胞的增殖、分化、凋亡、侵袭及血管形成。研究发现,49%-82%的结直肠癌存在EGFR过表达现象,因此Erbitux可通过抑制癌细胞表面的EGFR来杀死癌细胞。

Avastin的作用机制与Erbitux不同。研究发现,肿瘤细胞通过建立自身的血管网络来获取增长、繁殖所需的“营养”,而血管内皮生长因子(VEGF)是肿瘤血管生长中所必需的一种蛋白质。因此,Avastin通过与VEGF结合,防止它们与VEGF受体(VEGFR)结合,切断肿瘤的“输养渠道”来抑制其生长和转移。值得一提的是,Avastin也是癌症治疗史上首个“通过抑制血管生长来遏止肿瘤增生”的靶向药。

目前,以EGFR、VEGF/VEGFR等为靶点的靶向药物已成为治疗转移性结直肠癌的新方向(见下表)。据统计,大约25%的结直肠癌患者在诊断时就已出现转移,约50%的结直肠癌患者最终都难逃发生转移的命运。在靶向疗法出现以前,接受单纯化疗的转移性结直肠癌的中位总生存期约为20个月;如今靶向药物与化疗强强联合将这一数字提高到了30个月左右,使患者的死亡风险下降了56%,而有些临床效果好的患者更是达到了40个月左右,几乎翻了一倍!

不过,“靶向药+化疗”这对组合并非完美无缺,因为有些晚期结直肠癌患者在接受治疗后依然会复发,对于这类患者,治疗选择非常有限。但是,这一情况现在逐渐改变,除了瑞戈非尼和化疗药物Lonsurf(TAS-102)外,2018年9月,药明康德合作伙伴和记黄埔自主研发的一款新型高选择性VEGFR抑制剂爱优特(呋喹替尼)在中国获批上市,该药不仅将患者死亡风险降低了35%,而且还将疾病复发风险降低了74%,为接受过一线、二线标准治疗失败的晚期结直肠癌患者带来了新的希望。

对“基因”下药

21世纪,随着对结直肠癌研究的不断深入,科学家发现结直肠癌是一种复杂的、高度分子异质性的疾病,并发现了更多与结直肠癌有关的基因。研究发现:35-45%的结直肠癌患者中存在KRAS基因突变;约15%的转移性结直肠癌有BRAF基因突变;大约有5%的结直肠癌患者是由微卫星不稳定性高(MSI-H)或错配修复缺陷(dMMR)导致;还有一些结直肠癌与PIK3CA突变、HER2扩增和NTRK基因融合等有关。

随着这些藏在背后的基因“元凶”被一一揪出,结直肠癌的治疗也开始走入对基因“下药”的精准治疗时代。目前,已经有几款针对特定基因突变的创新疗法获批上市(见下表),例如百时美施贵宝的PD-1抑制剂Opdivo(nivolumab)单药以及Opdivo和CTLA-4 抑制剂Yervoy(ipilimumab)的联合疗法,均已被美国FDA获批治疗携带有MSI-H或dMMR的转移性结直肠癌患者。此外,研究人员目前还在开发针对携带BRAF、KRAS等基因突变的结直肠癌患者的靶向药物。这些药物的到来将引领结直肠癌治疗走向个体化治疗时代。

防重于治

开发创新疗法让患者有病可治固然重要,但是由于结直肠癌的发生具有长期隐匿性,一些肠道腺瘤息肉需要经过十年、甚至更长的时间才能发展成癌症,而且早期没有明显症状,所以对于结直肠癌,预防更加重要。

从1967年开始用粪便潜血试验(FOBT)筛查结直肠癌到现在,结直肠癌的筛查技术已出现了飞跃进步,今天乙状结肠镜检查、结肠镜检、虚拟结肠镜检查等众多先进的检查方法已经用到结直肠癌的筛查中。美国癌症协会建议45~75岁的一般人群定期做结直肠癌筛查,中国临床肿瘤学会(CSCO)推荐的筛查年龄为50~74岁。据统计,与1975年比较,筛查使美国结直肠癌发病率下降超过40%,死亡率降低50%。

肠镜之外,基因检测在结直肠癌的预防中也扮演者重要的角色。对于有林奇综合征等具有高遗传风险的家族成员,基因检测可以让患他们提前知道自己是否携带相关基因突变,从而做到早发现、早预防,以降低发病率和死亡率。此外,研究发现,结直肠癌还与年龄、性别,以及长期吸烟、过度饮酒、摄入大量脂肪或红肉、久坐不动等生活习惯和饮食有关,所以“管住嘴、迈开腿”或许也是预防结直肠癌的一招。

结语

从1913年科学家发现结直肠癌和遗传有关到现在的100多年里,人类对结直肠癌的理解和认识已发生了质的变化,一系列创新疗法的诞生使晚期结直肠癌患者的中位生存期由5个月提高到今天了的30个月左右。但是结直肠癌仍是全球五大癌症负担之一,其发病率和死亡率分别居第四位、第二位,大约每20个人中有1人会在一生中患上结直肠癌。

而且结直肠癌的高度分子异质性决定了,一种创新靶向疗法只能使一部分患者受益,还有许多患者尚无靶向药可选。不过,目前科学家也在努力探索新型靶向药、疫苗、干细胞治疗等创新疗法,以期对抗这种顽疾。我们期望未来会有更多的创新疗法上市,让结直肠癌患者看到更多的选择和希望。(生物谷Bioon.com)

 

 

小编推荐会议  2019无锡国际生物医药论坛暨第九届Cell Death & Disease国际研讨会-新药研发

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eLife  一些父母把更多的基因突变传给他们的孩子

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2019年10月25日讯 /生物谷BIOON /–犹他大学的科学家报告说,每个人都是突变体,但有些人比其他人更容易突变。
与父母相比,孩子出生时通常有70个新的基因突变(在父母DNA序列的60亿个副本中)。发表在《eLife》杂志上的一项新研究表明,基因突变的数量存在显着差异,有些人出生时基因突变的数量是其他人的两倍,这种特征可以在家族中遗传
eLife  一些父母把更多的基因突变传给他们的孩子
图片来源:https://cn.bing.com
这种差异在很大程度上是基于两种影响。一个是孩子父母的年龄。35岁父亲所生的孩子可能比25岁父亲所生的兄弟姐妹有更多的突变。
“我们传给下一代的基因突变数量会随着父母年龄的增长而增加,”该研究的主要作者、犹他大学人类遗传学研究生Thomas Sasani说。之前的研究已经证实了这一现象,本研究也证实了这一点。
另一个不同之处在于,父母年龄对不同家庭的突变率的影响有很大的不同–远远超过了之前的认识。在一个家庭中,一个孩子可能比他们的父母年轻十岁时出生的兄弟姐妹有两个额外的突变。来自不同父母的两个兄弟姐妹出生时相隔10年,可能会有超过30种突变。
“这表明我们作为父母在这方面并不都是平等的,”该研究的资深作者Aaron Quinlan博士说。他也是犹他大学健康学院的人类遗传学教授和犹他州基因发现中心的副主任。”我们中的一些人比其他人传递更多的基因突变,这是遗传新突变和遗传疾病的一个重要来源。”
新突变的影响取决于它们在我们DNA中的位置,以及时间的推移。有时基因变化会导致严重的疾病,但大多数发生在我们的遗传密码中对人类健康没有明显影响的部分。
尽管新变化只占整个DNA序列的一小部分,但它们会随着每一代的产生而增加。Sasani说,增加所谓的突变负荷可能会使个体更容易患病。影响突变率的因素是否会增加某些疾病发生的可能性仍有待确定。
尽管大多数新的突变最初发生在父亲的精子中,但并不是所有的突变都发生在父亲的精子中。五分之一的突变来自母亲的卵子,随着年龄的增长,母亲产生的新突变并不像父亲那样多。此外,据估计,在儿童中发现的十分之一的新突变都不是来自父母。相反,它们在受精后不久就会在胚胎中重新出现。
通过对来自犹他州33个三代家庭的603名个体进行全基因组测序和基因分析,研究人员发现了这些新现象,这是同类研究中规模最大的。这些家族是人类多态性研究中心(CEPH)的一部分,CEPH是许多关键研究的核心,这些研究形成了对人类遗传学的现代理解。犹他州CEPH家庭规模庞大,在27年的时间里有多达16个孩子,这使他们非常适合这项新的调查。
Quinlan说,令人惊讶的是,犹他州CEPH家族积累的突变数量有很大的范围。那是因为这些家庭在很多方面都很相似。他们都有欧洲血统,生活在同一个地理区域,可能有相似的生活方式和环境。
“我们不知道是什么导致了变异,”他说,但其原因是遗传、环境和接触诱变剂的综合作用。考虑到这些影响在全球范围内存在很大差异,Quinlan认为”世界范围内突变率的变异性肯定要大得多。”(生物谷Bioon.com)
参考资料:

新方法破解高杂合物种单倍型基因组组装难题

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新方法破解高杂合物种单倍型基因组组装难题

 

近日,南京农业大学梨工程技术研究中心教授张绍铃团队在《基因组研究》在线发表最新研究成果。该研究将单花粉原生质体分离的新方法与单细胞DNA扩增技术相结合,并采用“条形码”生物信息学策略整合了12个花粉细胞的单倍体特征序列数据,从而开发出一种高杂合物种单倍型基因组组装的新方法。

论文通讯作者张绍铃介绍,目前基因组组装大多采用二倍体或者多倍体材料直接进行混合测序并组装。对于一些杂合度和重复序列比重较低的物种而言,单倍型基因组组装的难度并不是很凸显。但对于一些常年自交不亲和、远缘杂交的物种而言,单倍型基因组的组装存在一定的难度。这非常不利于后续开展这些物种的重测序、进化、基因功能等方面的研究。

张绍铃团队于2012年成功组装了世界第一个梨基因组。本研究在梨基因组测序的基础上,利用12个花粉单细胞对所构建的3.8万条人工染色体(BAC)进行单倍型分型,并成功组装了两套单倍型基因组,该方法被命名为Bar-coding。

论文共同第一作者、南京农业大学教授吴俊介绍,他们通过这种方法鉴定出了原参考基因组中8.12%的由于杂合引起的嵌合组装基因,并对所测定基因组(砀山酥梨)两个倍型之间的差异进行了系统性分析。

这种方法不仅可以利用花粉对BAC进行分型,也可以结合多种长读长测序技术用以解决已经测序的或还没测序的复杂植物基因组的单倍型基因组组装难题。(生物谷Bioon.com)

张锋/曹云霞鉴定了新的弱畸精子症致病基因TTC29

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张锋/曹云霞鉴定了新的弱畸精子症致病基因TTC29

 

男性不育是一种复杂的、多因素的、高度异质性的疾病。其中,精子质量下降,包括精子运动能力降低或外部形态畸形,是导致男性不育的主要因素,约占总不育群体的30%-50%。临床中对精子问题引发男性不育的诊断通常仅仅是描述性的、基于精液参数进行的分类,隐藏在精液表象后面的病因却复杂多样。弱畸精子症,作为临床上常见的一类导致男性不育的疾病表型,越来越多地被发现与遗传变异有着很大的相关性。

作为弱畸精子症的一种类型,精子鞭毛多发形态异常(Multiple Morphological Abnormalities of the Flagella, MMAF)表现为精子尾部鞭毛的多种畸形,包括无尾、短尾、卷尾、折尾以及不规则尾等形态,同时也伴有精子活力降低或数目减少。近年来的研究越来越多的研究发现这一类疾病很大一部为遗传起源,本研究团队在前期的研究中也陆续地报道了CFAP43,CFAP44,CFAP65,CFAP69,FSIP2,QRICH2,WDR66, TTC21A等致病基因。然而,这些致病基因也仅仅只能解释大约60%的病例。由此可见,MMAF这一类疾病具有很大的遗传异质性,更多的潜在致病基因有待进一步发现。

2019年11月14日,复旦大学张锋教授和安徽医科大学曹云霞教授合作在The American Journal of Human Genetics杂志上发表文章Bi-allelic Mutations in TTC29 Cause Male Subfertility with Asthenoteratospermia in Humans and Mice,鉴定出了新的弱畸精子症致病基因TTC29,并揭示了该基因突变的生物学功能意义。

本研究通过全外显子测序技术和高效的生物信息学分析方法对收集到的80例无血缘关系的汉族男性MMAF患者进行了遗传分析。其中,3例MMAF患者被同时发现携带TTC29基因的致病性变异(图1)。来自2个不同近亲家庭的MMAF患者(A002 IV-1, A038 IV-1)分别携带(c.1107C>G [p.Tyr369*])和 (c.412_425del [p.Asp138Leufs*10])的纯和致病性突变,而另外一个非近亲家系的患者(S003 II-1)则被发现携带(c.1107C>G [p.Tyr369*])和(c.977+1G>T  [p.Ser326Profs*8])两个位点的复合杂合变异。所有这些突变位点都是罕见的并且遗传自携带杂合突变的父母,符合MMAF隐性遗传模式。

病人精子形态学分析发现,TTC29缺陷患者的精子尾部呈现出典型的MMAF的表型,包括尾部鞭毛的多种畸形以及超微结构的异常(图2)。

此外,本研究通过CRISPR-Cas9技术构建了Ttc29敲除小鼠模型,通过对小鼠生育力及精子相关表型的研究,进一步证实TTC29基因缺陷导致精子活力的严重下降、形态异常进而造成生育力显着降低(图3)。由此可见,TTC29是导致MMAF相关表型的又一新的致病基因。

在人体内,纤毛和鞭毛是从一些原核细胞和真核细胞表面伸出的、能运动的、以微管为基础的丝状细胞器,他们的装配需要一个动态的过程,即intraflagellar transport (IFT)。IFT最初在绿藻Chlamydomonas reinhardtii中被发现,是由IFT蛋白复合物(complexes A and B)以及肌动蛋白共同调节的双向的运输系统。复合物B负责将胞质中合成的物质运输到鞭毛或纤毛尾部的顺向运输过程,而复合物A则将尾部相关产物运回细胞基体,被称之为逆向运输。在此过程中,任何一个步骤或者复合物中任何成分的损坏、缺失都将造成IFT的异常,进而导致纤毛或鞭毛相关疾病的发生。近年来的研究已经报道了一系列的导致纤毛或鞭毛类疾病的IFT相关蛋白,包括IFT52,IFT20,IFT140以及IFT27等。在本研究中,研究者意外发现,人的精子中TTC29的缺陷造成了IFT顺向转运蛋白复合物的两个重要成分(TTC30A及IFT52)的定位异常或缺失(图4)。先前的一项在非洲爪蟾多纤毛上皮细胞中的研究也同样报道了Ttc29的敲除会导致顺向IFT运输速率的降低。由此可以初步推断,MMAF病人中TTC29突变造成的精子外部形态的畸形以及超微结构的混乱排布很可能由异常的顺向IFT行为所致。

目前,对于MMAF这一类疾病的治疗人们大多依赖于卵胞浆内单精子显微注射(ICSI)

的试管婴儿技术。ICSI技术使精子形态异常患者的受孕成功率大幅提高。但前期的研究中发现对于携带不同遗传变异的病人而言,他们通过ICSI取得成功妊娠结局的概率却不尽相同。因此,对于不同遗传背景下ICSI结局的探究显得尤为重要。本项研究中,基于构建的Ttc29敲除小鼠模型,研究者们对基因编辑的小鼠进行了ICSI实验,结果显示Ttc29敲除小鼠可以获得与野生型小鼠近乎相同的2-cell率和囊胚率(图5)。与此一致的是,本研究中携带TTC29突变的三个病人均在临床上都接受了ICSI干预治疗并且获得了良好的妊娠结局。

综上,本项研究基于全外显子测序和生物信息学分析鉴定了新的弱畸精子症致病基因TTC29。进一步的功能研究发现,TTC29突变可能通过影响人精子中IFT顺向运输行为进而导致异常的精子形态产生。然而,具有TTC29缺陷的人和小鼠经ICSI干预后获得的结果均提示了良好的胚胎发育结局。因此,该研究成果将为男性不育的分子诊断遗传咨询和临床干预提供新的理论指导。(生物谷Bioon.com)

 

CRISPR基因编辑疗法在人体中的早期研究结果显示出了一定希望

基因君

2019年11月29日 讯 /生物谷BIOON/ –最近,来自美国Vertex制药公司和瑞士的CRISPR Therapeutics公司的官员宣布,对人类血液病患者进行的CRISPR基因编辑疗法的初步研究结果展现出了一定的希望,两家公司之间的联合项目在欧洲的一个地方和美国的另一个地方进行,目前相关研究结果已经发布到了Vertex制药公司的网站上。

CRISPR基因编辑疗法在人体中的早期研究结果显示出了一定希望

图片来源:CC0 Public Domain

围绕使用CRISPR基因编辑技术来治疗遗传病患者的可能性会让人感到非常兴奋,科学家在各种情况下测试该技术的结果也源源不断,其中一些涉及对活体动物的治疗,用以查看是否可以利用CRISPR来治愈这些疾病;如今,科学家已经采取了下一步计划,即编辑患有血液病人类患者机体的基因,来观察是否能够有效治疗这些患者。

上述两家公司的官员提供了最近他们正在美国和德国两地进行的两项临床试验的一些详细信息。在德国进行的这项试验中,患者正在接受一种称为β地中海贫血疾病的治疗,该疾病所引发的遗传缺陷会抑制机体产生足够的血红蛋白;而在美国进行的另一项临床试验中,研究人员正在对镰刀状细胞病患者进行治疗,该疾病的遗传缺陷会导致患者机体出现镰刀状红细胞。

研究人员在上述临床试验中收集来自患者机体的干细胞,随后利用名为CTX001的CRISPR基因编辑技术进行编辑,与此同时,患者接受从体内移除突变骨髓的手术,随后再将新编辑的细胞重新注入患者的骨髓中,并产生合适功能的血液细胞。

来自Vertex制药公司和CRISPR Therapeutics公司的官员表示,截止到目前为止,研究结果令人非常可喜,自从9个月前患者接受手术以来,其中一名患者β地中海贫血的患者就不需要输血了,此前该名患者需要定期输血;官员还报告说,镰刀状细胞患者自7个月前接受治疗以来,并未出现过血管闭塞性风险,即畸形的血细胞阻塞小血管时引发患者出现的痛苦状况。(生物谷Bioon.com)

参考资料:

Early results of CRISPR gene-editing treatment shows promise in first human trials

JACI:为何儿童会对花生过敏?全基因组关联性研究助力寻找遗传发病原因

基因君

2017年10月12日 讯 /生物谷BIOON/ –近日,一篇发表在国际杂志Journal of Allergy and Clinical Immunology上的研究报告中,来自英属哥伦比亚大学和麦吉尔大学的研究人员通过研究发现了和机体花生过敏相关的一种新型基因,研究者表示,这种新型基因或许在机体食物过敏的发生上扮演着关键角色,相关研究或为后期开发新型过敏症的诊断策略和疗法提供一定研究基础。

JACI:为何儿童会对花生过敏?全基因组关联性研究助力寻找遗传发病原因

图片来源:medicalxpress.com

这种名为c11orf30/EMSY (EMSY)的基因在其它过敏性疾病的发生中扮演着重要角色,比如哮喘症、过敏性鼻炎等,这项研究中研究人员首次将EMSY基因位点同食物过敏症联系了起来,相关研究发现,该基因不仅在食物过敏,而且在机体一般的过敏症倾向上都发挥了重要作用。

研究者Denise Daley教授说道,食物过敏是机体遗传和环境因素共同作用导致的结果,但目前关于食物过敏背后的遗传学机制研究者相关的研究证据还很匮乏,本文研究中,研究者发现了c11orf30/EMSY基因和食物过敏之间存在一定关联,这或为后期深入研究多种食物过敏的原因提供了一定线索,也能帮助临床医生有效发现食物过敏风险的儿童。

花生过敏常常会在儿童早年发生,而成年后很少发生;大约1%的加拿大成年人和2%-3%的加拿大儿童都会受到花生过敏的影响,而且患者的疾病症状会比较严重,常常会危及生命。这项研究中,研究人员对来自加拿大花生过敏注册登记表中招募的850名花生过敏症患者及1000名健康个体进行研究,对参与者机体的DNA进行了相关分析,随后通过全基因组关联性研究追踪了750多万个基因标志物,研究者旨在寻找引发个体食物过敏症风险的关键基因,同时研究人员还对来自美国、澳大利亚、德国和荷兰人群的6项其它遗传性研究的结果进行了相关分析。

研究结果表明,EMSY和个体患花生过敏症及食物过敏的风险增加直接相关,而且研究人员还发现了其它5个基因位点似乎也会增加个体患上述过敏症的风险。Asai表示,此前我们通过研究发现,丝聚蛋白基因(filaggrin gene,FLG)的缺失会增加儿童对花生产生过敏症的风险,然而该基因的突变仅在20%的过敏症患者中被发现,这就意味着,全基因组关联性研究分析对于阐明隐藏的致病基因非常重要。

最后研究者Eslami表示,目前开发治疗食物过敏症的新型疗法所面临的一个主要障碍就是寻找我们所需要的特殊基因和通路,本文研究结果表明,EMSY或许是一种新型有用的靶点,其能够帮助我们预测并且有效开发治疗食物过敏症的新型疗法。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Yuka Asai,Aida Eslami,C. Dorien van Ginkel, et al. Genome-wide association study and meta-analysis in multiple populations identifies new loci for peanut allergy and establishes c11orf30/EMSY as a genetic risk factor for food allergy. Journal of Allergy and Clinical Immunology, (2017) DOI: 10.1016/j.jaci.2017.09.015

中国科学家开发限制性修饰系统介导的基因编辑新技术

基因君

 

中国科学家开发限制性修饰系统介导的基因编辑新技术

高效无痕的基因组编辑是基础生物学与生物技术研究的核心技术,在生命科学和生物医药等领域发挥重要作用。目前,无痕基因组编辑技术主要为反筛系统介导的方法和利用规律成簇的间隔短回文重复序列建立的CRISPR技术。反筛方法可实现任意位点的基因组编辑,但已有的方法仍存在反筛效率低和应用范围有限等问题,不能广泛应用于不同遗传背景的微生物。

  限制性修饰(Restriction modification, R-M)系统由DNA甲基转移酶(DNA methyltransferases, MTase)和限制性内切酶(Restriction endonucleases, REase)构成,存在于细菌与古菌中的防御系统。REase可特异性识别进入细菌内部的外源DNA并对其切割、降解,MTase可通过甲基化修饰细菌自身的DNA而使其与外源DNA区别开来,不被REase降解。因此,RM系统通过特异识别并切割DNA的方式对细胞的生长与死亡进行有效调节,在多种微生物的基因组编辑中具有应用潜能。

  中国科学院微生物研究所病原微生物与免疫学重点实验室温廷益研究组利用限制性修饰系统,建立了一套简单、高效且应用范围广的基因组编辑新技术(R-M system-mediated genome editing,RMGE),并经过优化使其适用于大肠杆菌、枯草芽胞杆菌和酿酒酵母的基因组编辑。根据目的菌株的R-M系统和基因组甲基化模式筛选出能够有效地调节细胞生长与死亡的REase或MTase,并建立R-M系统介导的基因组编辑技术。利用该技术在大肠杆菌中实现了功能基因的缺失、替换和精确点突变,反筛效率为100%,明显高于传统的SacB系统。此外,利用该系统实现了枯草芽胞杆菌和酿酒酵母染色体基因的敲除或替换,反筛效率均达到100%,实现了RMGE技术在细菌酵母中的应用。

  RMGE技术首次利用R-M系统实现了大肠杆菌、枯草芽胞杆菌和酿酒酵母等多种微生物的基因组编辑,在不同种属微生物中的适用性表明,该技术可广泛应用于其它微生物的遗传操作。同时,该技术具有不引入任何标记、应用范围途广、遗传稳定等优点,可作为有效的遗传操作工具用于系统生物学及合成生物学研究,为实现微生物在医药、农业、工业等多个领域中的应用提供技术平台。

  研究成果近日在线发表在ACS Synthetic Biology上,研究工作得到国家高技术研究发展计划(863计划)、国家自然科学基金、中科院科技服务网络计划(STS计划)和中科院重点部署项目的资助。

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