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印度实施大规模基因组测序计划

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印度实施大规模基因组测序计划

据4月19日《印度教徒报》消息,印度将实施一项涉及1万人的基因组测序项目,以便进一步开展相关疾病防治研究。

2003年人类基因组首次被测序,开启了将个体特定基因与疾病相关联的新途径。包括囊性纤维病、珠蛋白生成障碍性贫血等在内的近万种疾病与单个基因故障有关。同时基因还可能对特定药物具有不同敏感性,基因测序还显示癌症可以从基因角度来理解,而不是特定器官的病变。从全球来看,目前很多国家已经开展了居民样本基因组测序,以确定其中的易患病或抗病基因特性。

目前,印度的基因组数据主要局限于富裕的城市人群。为使基因组信息更具广泛性,印度科学与工业研究理事会将对来自全印的约1000名农村年轻人进行基因测序,绘制基因组图谱。这1000名年轻人大部分为全印各地生命科学或生物学专业的大学生。研究者称,此研究不仅是收集样本试验,而且将到各个大学对这些学生进行基因组教育,并且提供一个系统以便这些学生能够获取他们的基因组信息。研究者希望最终使基因组测序像CT扫描一样普遍。

科学工业研究理事会下属的基因组与系统生物学研究所和位于海得拉巴的细胞和分子生物学中心将开展此项研究,预算1.8亿卢比(约合1800万元人民币)。该项目将表明印度具备实施全基因组测序的能力。(生物谷Bioon.com)

研究揭示拟南芥基因组加倍导致的三维染色质结构及基因表达调控特征

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研究揭示拟南芥基因组加倍导致的三维染色质结构及基因表达调控特征
6月11日,《核酸研究》(Nucleic Acids Research)杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所植物分子遗传国家重点实验室方玉达研究组题为The effects of Arabidopsis genome duplication on the chromatin organization and transcriptional regulation 的研究论文。该论文利用染色质构象捕获等技术解析了拟南芥基因组加倍所导致的基因三维空间变化及对基因转录调控的影响。
植物多倍化是自然界中非常普遍的现象,是推进植物进化、适应环境的主要方式之一。多倍体的形成增加了基因表达调控的复杂程度,目前很多研究证明基因组的三维结构对基因组的转录调控起到很重要的作用。为了解析多倍化过程中三维基因组结构变化及多倍体基因组表达调控的影响,方玉达研究组利用染色体构象捕获技术(Hi-C)绘制了拟南芥同源四倍体的染色体组装特点,相比于野生型(Col-0),同源四倍体拟南芥(4×Col-0)基因组表现出染色体臂内交互减少,染色体之间交互增多的特点;研究还发现染色体倍性的增加可以导致染色体松紧状态的转换,染色体松散的区域含有丰富的H3K4me3信号,相对紧密的区域则富集H3K27me3信号。另一方面,研究发现染色体交互强度的变化可以影响基因的表达,拟南芥同源四倍体中约72.5% 转录发生变化的基因位置发生了染色体交互强度变化,并且推测顺式作用元件交互强度的改变可能进一步影响了相关基因的表达。该研究成果有助于了解植物多倍化三维基因组结构特点,为作物的多倍体育种提供新的分子机制解释。(生物谷Bioon.com)

哪些关键基因突变与人类多种疾病发生密切相关?

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我们都知道,很多人类疾病的发生都与基因突变有关,那么近期科学家们在该研究领域又取得了哪些重要研究成果呢?本文中,小编对相关研究成果进行整理,分享给大家!

哪些关键基因突变与人类多种疾病发生密切相关?

【1】HMG:揭示DNA突变引发神经变性疾病的分子机制

doi:10.1093/hmg/ddz096

近日,一项刊登在国际杂志Human Molecular Genetics上的研究报告中,来自阿德莱德大学的科学家们通过研究揭示了DNA突变引发神经变性疾病的分子机制,相关研究结果有望帮助开发新型疗法减缓多种疾病的进展,包括亨廷顿氏症、运动神经元疾病等,这项研究中,研究人员首次揭示了突变如何引发细胞出现一种抗病毒样的炎性反应,从而导致细胞死亡,进而出现进行性的神经变性损伤。

文章中,研究者对于亨廷顿氏症和20种其它神经变性疾病(包括某些运动神经元疾病)相关的突变所引发的后果进行了分析研究,但其或许也会对神经变性疾病(并不一定是遗传性的)的进展产生影响,比如阿尔兹海默病和帕金森疾病等,有研究证据表明,这些疾病是由对环境诱因产生类似的炎性反应所致。

【2】Science:三个基因的联合突变会导致致命性心脏病发生

doi:10.1126/science.aat5056

高达1%的婴儿会受到先天性心脏病的影响,受影响的婴儿可能需要多次手术,终身服药或心脏移植手术等治疗。在许多患者中,先天性心脏病的确切原因尚不清楚。虽然越来越清楚这些心脏缺陷可能是由基因突变引起的,但尚不清楚哪些基因参与其中以及它们如何相互作用。人类基因组项目允许科学家识别由单个基因的严重突变引起的一些罕见疾病病例,但科学家们认为,更常见的疾病形式可能是多种微妙的基因突变相结合的结果。然而,直到现在,这种人类疾病概念的实验证据仍然难以捉摸。

近日,一项刊登在国际杂志Science上的研究报告中中,科学家们通过研究发现,在一个家庭中遗传的三个微妙遗传变异,导致多个兄弟姐妹在很小的时候患心脏病。为了验证这一理论,研究人员对该家族的基因组进行了测序,发现父亲在两个基因MKL2和MYH7中发生了突变,使他处于患心脏病的风险中。在我们的基因组中通常有两个拷贝的每个基因,在这种情况下,只有一个拷贝的MKL2和MYH7被突变,导致数百个氨基酸中只有一个发生变化。这三个孩子不仅从父亲那里继承了这两种突变,而且还从母亲那里继承了第三个突变——NKX2-5基因的突变。这种突变也只影响了一种氨基酸,并且在没有心脏病的一般人群中有报道。但是孩子们还共享了许多其他共同的遗传变异,所以是否只改变这三个基因的一个拷贝足以引起疾病的发生仍然是一个悬而未决的问题。

哪些关键基因突变与人类多种疾病发生密切相关?

【3】BBI:科学家鉴别出与细胞衰老相关的基因突变

doi:10.1016/j.bbi.2019.03.007

我们都知道,精神压力往往与机体加速老化直接相关,近日,来自波士顿大学医学院的科学家们通过研究发现,一种基因突变或会与多种精神压力相互作用,这些精神压力包括创伤后精神紧张性障碍(PTSD)、疼痛及与细胞老化相关的睡眠障碍等,相关研究结果刊登于国际杂志Brain,Behavior,and Immunity上。

研究者表示,克洛索基因(klotho gene)与机体长寿及多种年龄相关疾病的发生直接相关,这项研究中,研究者首次发现,该基因或许能作为指示人类细胞加速衰老的标志物。文章中,研究者对309名退伍军人进行研究,其中很大一部分军人都患有PTSD,其曾被派往伊拉克和阿富汗参战;研究者采集了参与者的血液样本进行遗传和代谢分析,随后对参与者的精神状况进行评估,同时参与者还接受了MRI来检测其大脑结构和功能。

【4】Cell: 染色体17号发生突变会导致遗传病的发生

doi:10.1016/j.cell.2019.01.045

Potocki-Lupski综合征是由于细胞中存在一小块17号染色体的额外拷贝而出现的遗传性疾病。另外一种不同的病症,称为Smith-Magenis综合征,是当一条17号染色体被删除时会出现。人们认为这些情况是由于17号染色体中改变的遗传信息不平衡所致,但由贝勒医学院的研究人员领导的一个多学科小组发现,除了重复或删除含有染色体区域的染色体区域外,整个基因组,广泛的单个Watson-Crick碱基对突变可能发生并可能有助于这些条件的特征。该研究发表在Cell杂志上。

“在之前的一项研究中,我们曾提出,17号染色体的一小部分重复和缺失以及单一突变都发生在同一事件中,”共同第一作者Claudia M.B.博士说:“在这里,我们使用了一系列高分辨率技术和强大的统计分析来确认和扩展我们之前的观察结果。为了实现这一目标,我们仔细研究了这一小部分17号染色体在一大群无关患者中的遗传变化。无论是Potocki-Lupski还是Smith-Magenis综合征。

哪些关键基因突变与人类多种疾病发生密切相关?

【5】Hepatology:突破!研究发现第一个和儿童胆管闭锁相关的基因突变!

doi:10.1002/hep.30515

来自科罗拉多大学安舒茨医学院(University of Colorado Anschutz Medical Campus,CU Anschutz)的研究人员与其他几个研究所的研究人员合作发现了一种和胆管闭锁(Biliary atresia,BA)相关的基因缺陷,而BA是最常见的儿科晚期肝病的诱因,相关研究成果于近日发表在《Hepatology》上。

通过找到和该疾病相关的基因突变,研究者Sokol等人确定了导致这种致命疾病的诱因。研究人员使用了新一代的基因测序,结果发现PKD1L1基因的突变和一群病人的BA相关。一些患BA的孩子同时还会出现脾异常和心源性畸形,这被称作胆管闭锁脾畸形综合征或者BASM。

【6】eLife:科学家鉴别出与自闭症发病相关的基因突变

doi:10.7554/eLife.40092

近日,一项刊登在国际杂志eLife上的研究报告中,来自加拿大多伦多大学病童医院等机构的科学家们通过研究深入阐明了神经细胞突变对人类自闭症相关特性的影响。如今自闭症谱系障碍和自闭症患者常常会对一种特殊疗法产生反应,即用诱导多能干细胞(ipsCs)衍生的神经元细胞来治疗患者,诱导多能干细胞能产生人体所需要的任何一种类型的细胞,但较高的成本意味着在单一的从测试中仅会有少数的诱导多能干细胞被使用,这就明显限制了自闭症的研究,因此目前研究人员继续在自闭症研究领域取得新的突破。

这项研究中,研究人员通过研究建立了一种可伸缩的iPSCs衍生神经元模型来改善自闭症领域的研究,研究者开发出了一种新型的资源库,该资源库中包含来自25名自闭症个体衍生的53种不同的iPSC细胞系,这些自闭症个体携带广泛的罕见遗传性突变。利用CRISPR基因编辑技术,研究人员开发出了四对等基因的ipsC细胞系(相同或类似遗传组成),这些细胞系携带或不携带遗传突变,他们想通过研究阐明突变对个体机体自闭症特性的影响。

哪些关键基因突变与人类多种疾病发生密切相关?

【7】ICME:鉴别出一种与急性呼吸窘迫综合征的新型遗传突变

doi:10.1186/s40635-018-0181-6

近日,一项刊登在国际杂志Intensive Care Medicine Experimental上的研究报告中,来自瓦伦西亚大学的科学家们通过对2000多名患者的样本进行研究,鉴别出了一种与急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)相关的新型遗传突变。

ARDS是导致重症监护病房成年患者死亡的主要原因之一,此前研究结果表明,遗传突变或许参与了患者对该疾病易感性的发生。因此研究人员就想通过研究来寻找参与对败血症所诱导的ARDS易感性的新型基因,这项研究中,研究人员发现了三个候选基因,同时还发现,名为FLT1基因的单核苷酸多态性或与ARDS发生直接相关。

【8】J Cell Biol:基因突变如何诱发诸如帕金森等神经性疾病的发生?

doi:10.1083/jcb.201807019

多个基因的突变与帕金森疾病直接相关,但目前研究人员并不清楚这些基因突变是如何影响个体患上帕金森疾病的;近日,一项刊登在国际杂志The Journal of Cell Biology上的研究报告中,来自耶鲁大学的科学家们通过研究重点对一种诱发家族性帕金森疾病的基因突变进行研究,他们发现,该基因能够编码一种特殊蛋白,而该蛋白能控制脂质在细胞器膜之间的转移。

文章中,研究者调查了VPS13蛋白的关键角色,VPS13蛋白的功能障碍在多种类型神经性疾病发生过程中扮演着重要作用,包括帕金森疾病等。研究者发现,VPS13蛋白能从细胞膜中提取脂质,并将其藏匿于“防水腔体”(waterproof cavity)中,随后再转移到附近的膜结构上。VPS13蛋白家族成员位于细胞中细胞器彼此相互靠近的位点,即所谓的接触点(contact sites),其能够作为不同细胞器之间的纽带,使脂质的传递更加有效。

哪些关键基因突变与人类多种疾病发生密切相关?

【9】PNAS:科学家阐明参与癌症发生的DNA的可能性突变

doi:10.1073/pnas.1807258115

近日,一项刊登在国际杂志Proceedings of the National Academy of Sciences上的研究报告中,来自塞维利亚大学等机构的科学家们通过研究揭示了参与癌症发生的DNA的可能性改变,文章中,研究人员对名为PIF1的蛋白的角色进行了研究,他们解开了这些蛋白分子的不同结构,这些分子中包含有特殊的指令,能够促进细胞发挥正常功能,当这些改变没有得到合适修复时,就会诱发影响机体健康的突变出现。

为了避免这些问题,我们就需要保持DNA分子的完整性,然而细胞自身的代谢,尤其是在利用信息上,这就意味着,一些习惯性的屋里和化学变化可能会破坏DNA中所包含的信息并导致突变的发生。实际上,细胞每天都会发生数十次的突变。因此,为了尽可能地避免遗传信息的任何丢失,多种机制就会发挥作用,其能够帮助抵御改变的发生,并促进DNA的修复,如果这些机制并不能够足以有效修复所有的改变,那么突变就会积累,并诱发细胞衰老,在某些情况下甚至会导致多种病理学的表现,包括癌症等疾病。

【10】Nature:喝酒和吸烟诱发驱动基因突变,导致食管癌

doi:10.1038/s41586-018-0811-x

在一项新的研究中,来自日本京都大学等多家研究机构的研究人员使用来自不同年龄和不同生活方式ESCC风险的人类受试者中的682种微尺度的PNE样本(小至0.2平方毫米)来研究食管中的早期克隆事件,随后利用全外显子组测序无偏见地检测这些样本中的体细胞突变和拷贝数异常,相关研究结果发表在Nature期刊上。

通过对来自大量受试者的PNE样本中的体细胞突变进行无偏检测,这些研究人员展示了PNE样本中发生克隆扩增(clonal expansion,即前面提及的克隆细胞增殖)的综合景观,并揭示了发生增殖的克隆细胞的超微结构及其进化历史。这些研究人员发现在PNE样本中,携带驱动基因(主要是NOTCH1)突变的克隆细胞发生年龄相关的渐进性增殖,而且饮酒和吸烟可显著地加快这种渐进性增殖。几乎在所有人体内,携带驱动基因突变的克隆细胞从儿童早期开始在多个病灶位点上出现,它们的数量和大小随着年龄的增加而增加,并且最终数千个相当大的携带驱动基因突变的克隆细胞(每个食管大约9000~15000个克隆细胞)重塑几乎整个食道上皮。这能够在没有大量饮酒和吸烟的情况下发生,但是,大量饮酒和吸烟极大地加快这种重塑过程。(生物谷Bioon.com)

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青海探索发掘藏羊抗病免疫基因

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青海探索发掘藏羊抗病免疫基因

 

记者从青海省科技厅了解到,最近,一项致力于解决藏羊养殖疫病难题的基础科研项目取得新突破,科研人员从遗传学角度寻找藏羊抗病免疫基因,已经完成的数据分析对藏羊养殖业的健康发展具有重要意义。

全国五大牧区之一的青海省,可利用的草场面积约6亿亩,藏羊存栏量居全国之首。“但疫病是长期困扰藏羊养殖的一大难题。我们深入调查发现,近年来牧区搞规模化养殖,羊群数量相对集中,疫病防治不到位,将会给牧民带来极大的经济损失。”青海大学农牧学院动物医学系博士冶贵生说。

2016年,冶贵生所在科研团队申请立项,承担青海省应用基础研究计划项目,希望找出抗病免疫基因,为今后培育藏羊抗病免疫品种打下基础,减少养殖面临的疾病威胁。

3年来,科研人员通过高通量测序技术对欧拉型藏羊、高原型藏羊和小尾寒羊脾脏中抗病免疫相关基因进行了研究。从欧拉型藏羊、高原型藏羊中分别筛选到253个和280个与抗病免疫相关的差异表达基因,在此基础上进行功能分析验证,最终获得一个抗病免疫基因,并通过生物信息分析出了抗病基因的编码序列。

近日,青海省科技厅组织业内专家对相关研究成果进行评价,专家认为,项目为藏羊抗病种质资源的发掘提供了参考依据。

“这仅是深入探索藏羊抗病免疫分子机制的基础一步,相关研究还将不断深入,将对高原藏羊养殖业健康发展和藏羊遗传资源的保护起到积极作用。”冶贵生说。(生物谷Bioon.com)

Nat Commun:新发现!鉴别出与女性常见癌症发生相关的基因突变组合

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2019年8月11日 讯 /生物谷BIOON/ –近日,一项刊登在国际杂志Nature Communications上的研究报告中,来自密歇根州立大学和Van Andel研究所的科学家们通过研究发现,两个基因突变的组合或与女性子宫内膜癌发生直接相关。

Nat Commun:新发现!鉴别出与女性常见癌症发生相关的基因突变组合

图片来源:commons.wikimedia.org

研究者Ronald Chandler教授说道,今年已经有超过6.3万名女性被诊断可能患上了子宫内膜癌,这或许使得子宫内膜癌成为了最常见的妇科癌症;文章中,研究者发现,在子宫内膜癌和子宫内膜异位症相关的卵巢癌发生过程中,ARID1A和PIK3CA基因会频繁发生突变,研究结果意味着,研究人员有望开发出更好的靶向性疗法来帮助抵御上述女性疾病。

ARID1A是一种肿瘤抑制子,当其发生突变时,维持DNA压缩的细胞物质—染色质就会失去结构,从而促进癌症扩散;PIK3CA是一种指导基因,其能够告诉机体产生特定的蛋白质,然而当其发生突变时就会促进细胞的失控生长。研究者在患子宫内膜异位症的女性机体中也会发现上述相同的基因突变,但很多受影响的患者却并不会患上子宫内膜癌,子宫内膜异位症是一种困扰女性的疾病,即子宫组织迁移到了外部区域。

研究者Chandler说道,我们尝试去理解为何某些携带相同突变集的女性会患癌,而其他女性则不会患上癌症;子宫内膜癌通常发生于更年期女性中,这也就表明,诸如激素改变、环境暴露或肥胖等因素或许会与基因突变相结合来诱发癌症。本文研究中,研究人员想要阐明诱发女性子宫内膜癌的分子机制,到底是环境因素作祟还是另有其他原因,这或许是一个非常复杂的过程,当然后期研究者还需要深入研究来解决这些问题。

此外,研究者还利用新一代的测序仪对样本中的基因组进行了测序分析,这或许能够帮助他们鉴别出与癌症相关的新型基因突变,最后研究者Marie Adams表示,10年前进行这项研究或许是无法实现的,但随着新一代测序仪的出现,如今我们就能够利用这种强大的新型工具来开展更大规模的研究并开发出治疗包括子宫内膜癌在内多种女性癌症的新型疗法。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Mike R. Wilson, Jake J. Reske, Jeanne Holladay, et al. ARID1A and PI3-kinase pathway mutations in the endometrium drive epithelial transdifferentiation and collective invasion, Nature Communications (2019). DOI:10.1038/s41467-019-11403-6

研究揭示水稻NLR类抗病基因突变导致的白叶枯病感病机制

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研究揭示水稻NLR类抗病基因突变导致的白叶枯病感病机制

含有核苷酸结合结构域和富含亮氨酸重复序列的蛋白,即NLR(nucleotide-binding leucine-rich repeat)蛋白是动植物中广泛存在的一大类免疫受体蛋白。NLR类受体通常通过识别病原菌的一些特定效应蛋白来触发小种特异性免疫反应,即ETI(effector-triggered immunity,效应因子触发的免疫反应)。迄今发现的多个NLR蛋白功能获得性(gain-of-function)突变均能触发类似ETI的抗病反应,引起组成性的细胞程序性死亡。

近日,中国科学院遗传与发育生物学研究所储成才研究组及中国水稻所钱前研究组合作报道了一个较为罕见的NLR蛋白突变wed(weaker defense)。该突变导致水稻对大多数白叶枯病病原小种的感病性增强。而这一表型在某些遗传组合中表现为显性,在某些组合中则表现为隐性。基因克隆发现wed引起了一个新的水稻NLR蛋白上核苷酸结合结构域中一个苯丙氨酸突变成亮氨酸。对203份水稻微核心种质进行基因分析表明,WED基因存在自然变异,其中84.7%的水稻中缺失该基因。对应遗传分析表明wed对野生型的WED位点表现为隐性(或弱效应的不完全显性),而对自然的缺失等位表现为完全显性。通过对基因干涉突变体、正反互补转基因株系以及回复突变体的综合分析证明,wed实质上是一个NLR蛋白的功能获得性突变。这与已有报道的NLR蛋白的功能获得性突变均触发自主免疫反应的现象截然相反,表明水稻中可能存在一种新的NLR类蛋白的作用模式或调节机制。也暗示自然界中可能存在这样一种潜在的感病机制,即特定生理小种可能通过行使类似wed突变的致病效果来修饰特定NLR蛋白,进而对多个抗病信号途径进行抑制,最终导致植物致病性。

白叶枯病是水稻三大传统病害之一,迄今已在不同水稻品种中鉴定到多个白叶枯病抗病蛋白。由于这些抗病蛋白在结构上存在多样性,不同类型抗病蛋白介导的抗病机制没有明确的交互现象,使得人们一直以来认为水稻中存在多样性的抗病蛋白介导的白叶枯病抗病信号途径。有意思的是,NLR蛋白突变wed不仅破坏了水稻对白叶枯病的基本抗性,即PTI(PAMP-triggered immunity,病原相关分子模式触发的免疫反应),也在不同程度上抑制了至少三种类型抗病蛋白:Xa3/Xa26-,Xa4-及Xa21-介导的抗病性。这一发现首次明确了水稻中不同类型的白叶枯病抗病信号途径间存在共同的调控机制。

通过对水杨酸含量的测定,该研究同时揭示了wed的感病性伴随着水杨酸含量的升高以及水杨酸信号节点基因NPR1的表达下调,这与拟南芥中报道的水杨酸作为抗病信号分子正调控NPR1的表达以及拟南芥的抗病性相反。暗示了水稻中可能存在水杨酸合成的反馈调控机制。此外,研究人员通过一系列的机制分析,排除了已知抗病相关蛋白RAR1,OsRac1,以及PhyB对WED功能的影响,也进一步证明了WED介导的水稻抗病信号途径具有显着的特殊性。(生物谷Bioon.com)

 

Nat Chem Biol:利用CRISPR/Cas9鉴定出调节抗体-药物偶联物毒性作用的基因

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2019年9月15日讯/生物谷BIOON/—化学疗法起作用的基本前提是杀死所有快速生长的细胞,以消灭肿瘤细胞。这种策略虽然通常是有效的,却会造成相当多的脱靶伤亡,比如,它会杀死产生毛发的细胞和位于胃部内壁的细胞。

科学家们试图通过制造类似导弹的药物来解决这个问题,这些药物特异性地攻击癌细胞而不会伤害健康细胞。

美国斯坦福大学医学院遗传学研究生Kimberly Tsui表示,这些类似导弹的药物称为抗体-药物偶联物(antibody-drug conjugates, ADC),已开展了数十年的研究,但是仅在近年来,它们才进入临床试验

这些进展至少部分上是由于对ADC的工作原理有了更好的理解:在每个细胞的表面上都有突出来的蛋白—这些蛋白中的一些仅在癌细胞上发现,这就使得它们成为定制药物递送的完美靶标。ADC含有可以识别并攻击这些癌症特异性蛋白的穿梭分子,从而运送能够让细胞失去功能的药物。

Tsui说,“ADC在临床上显示出很多潜力,但是我们对它们实际上如何发挥作用并不了解太多。我们并不太了解ADC如何被摄入到细胞中,或者药物是如何被运送到不同的区室中以便最终杀死细胞。”

如今,在一项新的研究中,Tsui、斯坦福大学医学院遗传学助理教授Michael Bassik博士和一组研究人员正在利用基因编辑技术来更好地了解ADC如何对癌细胞给予致命打击。相关研究结果近期发表在Nature Chemical Biology期刊上,论文标题为“CRISPR-Cas9 screens identify regulators of antibody–drug conjugate toxicity”。Tsui是论文第一作者。这项研究是与斯坦福大学ChEM-H主任Carolyn Bertozzi博士合作完成的。

Nat Chem Biol:利用CRISPR/Cas9鉴定出调节抗体-药物偶联物毒性作用的基因
图片来自CC0 Public Domain。

Bassik和Tsui使用基因编辑技术CRISPR/Cas9来确定哪些基因可以帮助ADC进入癌细胞。

Tsui说,“通过我们的CRISPR筛查系统,我们可以一次关闭一个基因,从而找出哪些基因对ADC的毒性作用很重要。”通过使用这种方法,他们试图了解哪些基因有助于加强ADC的毒性作用,或者抑制ADC的毒性作用。

这个想法是为了更好地理解ADC如何与肿瘤细胞相互作用并利用这些信息让ADC具有更强的毒性作用。

Tsui说,“总的来说,这项研究从基础生物学开始,了解可能影响ADC毒性作用的基因。”比如,如果特定基因被“敲除”或无法发挥功能,而且ADC停止对癌细胞产生毒性作用,那么这就表明这个基因是ADC在癌细胞中发挥作用所必需的。她说,“这甚至可能对潜在的ADC抗性机制产生重要影响。”

为了杀死细胞,ADC必须接受多次考核,其中的大多数考核都是由特定的基因控制着的。但并不是所有的ADC都是通过相同机制进入细胞并造成损伤,这使得了解ADC在肿瘤细胞破坏方面的变化变得更加重要。

人们通常认为所有ADC在造成破坏之前都必须被切割或“消化”。一般的理解是任何一种ADC与肿瘤细胞表面结合,并通过内体(endosome)进入肿瘤细胞。内体随后将药物引导到细胞的一个称为溶酶体的新区室。在那里,ADC被分解,药物就与作为穿梭分子的抗体分离开来。药物随后被转移到细胞质中的另一个新位置,并最终造成损伤。

然而,究竟是什么基因支撑这一系列步骤并不完全清楚。这就是Bassik和Tsui希望他们的筛选方法发挥作用的地方。事实上,他们的实验揭示了一些以前未知的对药物运送至关重要的基因。特别地,他们发现参与内体介导运送第一阶段的新基因对两种ADC的成功至关重要。

Bassik和Tsui也发现有证据表明并非所有的ADC都通过溶酶体消化。Bassik说,“不过,这种筛选方法揭示出的基因提示着ADC消化过程发生的时间要早得多,很可能在ADC进入溶酶体之前就已发生。鉴于ADC能够以不同的方式进行代谢,我们认为这些针对它们的作用机制的新见解对未来的ADC设计和开发至关重要。”(生物谷 Bioon.com)

参考资料:

1.C. Kimberly Tsui et al. CRISPR-Cas9 screens identify regulators of antibody–drug conjugate toxicity. Nature Chemical Biology, 2019, doi:10.1038/s41589-019-0342-2.

2.Scientists zero in on cancer treatments using CRISPR
https://phys.org/news/2019-08-scientists-cancer-treatments-crispr.html

研究发现五羟色胺转运体基因影响儿童青少年 创伤后应激障碍症状的纵向发展变化

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研究发现五羟色胺转运体基因影响儿童青少年 创伤后应激障碍症状的纵向发展变化
愈加频发的各种灾害是人类所共同面临的挑战之一。世界卫生组织的全球调查显示全球有4%的人经历过人为灾害,有7.7%的人经历过自然灾害。儿童青少年尤其容易遭受灾害所造成的各种不良影响。在心理影响方面,创伤后应激障碍(Posttraumatic stress disorder,PTSD)是儿童青少年在经历灾害之后最容易发展出的心理问题。据估计,在儿童青少年的灾害幸存者中PTSD的流行率可达到30%-60%。
研究显示,遗传因素是影响PTSD症状的重要因素。控制五羟色胺基因表达的启动子区域基因关联多态性区域(5-HTTLPR)是目前PTSD研究中最热门的候选基因。该区域的长短臂等位基因能够控制五羟色胺转运体的表达,进而影响应激相关心理障碍的发生和发展。以往虽然大量研究发现该位点短臂等位基因的携带者更容易罹患PTSD,但也有许多不一致的研究结果出现。这种研究结果的异质性可能是由于实施研究的时间点距离创伤事件发生的时间间隔不同所造成的。
除了PTSD的发生之外,有研究者也指出遗传因素可能在PTSD症状的发展变化过程中发挥了重要作用,但这一观点仍需来自实证研究的证据加以佐证。作为PTSD最热门的候选基因,目前仍然未有研究探究5-HTTLPR对PTSD的症状发展轨迹有何影响。
针对以上研究现状,中国科学院心理研究所心理健康重点实验室王力研究组对963名儿童青少年地震幸存者在震后2.5,3.5,4.5和5.5年进行了四次追踪调查研究。考察了5-HTTLPR基因的主效应和基因环境交互效应对震后2.5到5.5年间PTSD症状变化轨迹特征的作用,并且比较了在四个时间点上5-HTTLPR基因型对PTSD症状水平的影响。
研究结果显示,5-HTTLPR基因型对PTSD症状发展轨迹有显着影响,相较L’等位基因的携带者,S’S’基因型的个体起始症状严重程度更高,但症状恢复速度更快(见图1)。同时该研究也发现,5-HTTLPR基因型与PTSD总体症状只在震后2.5年有显着关联,在其他时点无显着关联(见表1)。该研究中并未发现该基因具有显着的基因环境交互作用。
该研究是首个对5-HTTLPR基因型与儿童青少年PTSD症状关联性分析的纵向研究。研究结果不仅扩展了现有的关于PTSD纵向发展变化的影响因素的认识,而且加深了研究者对于5-HTTLPR基因型在PTSD发生和发展过程中作用的理解。同时该研究为PTSD症状,特别是早期PTSD症状的干预治疗提供了潜在的生物靶点。
该研究受到国家自然科学基金项目(31271099,31471004)、教育部人文社会科学重点研究基地项目(16JJD190006)、中科院对外合作项目(153111KYSB20160036)、中科院重点部署项目(ZDRW-XH-2019-4)及北京市科学技术委员会(Z171100000117014)的支持,研究成果已在线发表于国际刊物International Journal of Psychology 主题为“Children and Disaster”的Special Section。 (生物谷Bioon.com)

从不治之症到对“基因”下药:结直肠癌百年寻因路

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从不治之症到对“基因”下药:结直肠癌百年寻因路

 

2018年8月,在美国科罗拉多州丹佛市的一家餐厅,斯蒂芬· 埃斯特拉达(Stephen Estrada)先生和他相恋十年的恋人终于十指相扣,走进了他们梦寐以求的婚姻殿堂。在场的亲朋好友为他们欢呼祝福的同时,也为他们所经历的一切流下了激动的泪水。

年仅32岁的埃斯特拉达是一名晚期结肠癌患者,四年前的一纸诊断使他们取消了原本已计划好的婚礼,而放、化疗的失败更是让这个年轻人看不到任何生的希望 。是免疫疗法的诞生,才挽救了埃斯特拉达的生命。

然而,并非所有的结直肠癌患者都像埃斯特拉达这么幸运。在这些创新结直肠癌疗法出现的背后,是人们长达一百多年的“寻因求药”之路。

古人眼中的绝症

大肠是消化系统的最后一部分,由盲肠、结肠和直肠组成,主要负责进一步吸收水分和营养物质以及排泄代谢废物。发生在结肠或直肠上的癌症就叫结肠癌或直肠癌,俗称“大肠癌”。由于这两种癌症的发病机理、诊疗原则相似,所以医学上将它们统称为“结直肠癌”。

人类已经受结直肠癌这种疾病影响了几千年。据记载,在大约6000年前,中国古人已经开始用中草药来治疗这种疾病;古希腊人和古印度人则推荐用橄榄油、芥末等来预防和治疗该疾病。不过,对结直肠癌了解最多的恐怕要属尼罗河流域的古埃及人了。在考古人员出土的古埃及医学文献中,不仅介绍了治疗直肠疾病的详细方法,而且还记载了40多种治疗结肠和直肠疾病的药物,包括灌肠剂、蜂蜜、面粉,以及含有蜂蜜和甜啤酒的直肠注射剂等。但是在古人看来,结直肠癌是一种无法治愈的疾病。

女裁缝引发的遗传研究

时光穿梭到了18、19世纪,在这个时期,手术的出现和发展使结直肠癌的治疗技术得到极大提高。据统计,在1900年之前最著名的12位外科医生进行的1500例直肠癌切除手术中,手术死亡率已降到20.9%。但对于结直肠癌的发病原因,科学家们依然知之甚少。直到19世纪末,一次偶然的谈话,开启了科学家探索结直肠癌与遗传之间关系的大门。

1895年,美国病理学家吴爱哲(Aldred Scott Warthin)发现他家的一位女裁缝闷闷不乐,便问其原因。这位女裁缝倾诉道,她家族几代人中有很多都死于癌症,所以她担心自己也难逃此劫。不出所料,女裁缝最后也死于了癌症。眼前这一幕悲剧让吴爱哲感到痛惜和震惊,同时受过专业训练的他产生了一种直觉——这很可能是一种遗传性疾病。经过多年研究后,吴爱哲于1913年发表了他的研究成果:在女裁缝家族中,癌症患者的后代也多患有癌症;非癌症患者的后代则无一人得癌。

然而,就在人们向揭示结直肠癌与遗传之间关系刚迈出一步的时候,吴爱哲博士去世了,这使得该研究从1937年开始被束之高阁。直到20世纪60年代,这一被遗忘了25年的研究才重新走进科学家的视野。

1962年,在美国内布拉斯加州一所医院当住院医师的遗传学家亨利·林奇(Henry T. Lynch)遇到了一位酗酒的患者,当问其为何过度饮酒时,该男子说“我知道,我将会像家中的每个人一样死于癌症,而且可能是结肠癌”。果不其然,该男子不久便被诊断患了癌症。和吴爱哲博士一样,林奇医生也觉察到这可能是一种遗传病。好奇心驱使他开始了对该男子家族的研究。巧合的是,吴爱哲博士生前所在的密西根大学医学院的一位博士知道了林奇正在做的工作,便邀请他来继续女裁缝家族的研究。

当时,学术界认为遗传性结直肠癌都和大肠内壁上长的息肉相关。但是经过大量研究后,林奇团队发现该男子家族中的结直肠癌患者并没有多发性结肠息肉,而且该男子家族结肠癌患者和女裁缝家族癌症患者都有明确的常染色体显性遗传、发病年龄早等特点。然而林奇的这一发现遭到了质疑,因为当时医学界普遍认为癌症是由环境因素引起的,与遗传无关。直到20世纪八十年代,结直肠癌可以由遗传引起的观点才逐渐被人接受,Gardner综合征、轻型家族性腺瘤性息肉病(attenuated familial adenomatous polyposis,AFAP)等更多遗传性结直肠癌也相继被发现。为了纪念林奇的贡献,人们用“林奇综合征”(也叫“遗传性非息肉病性结直肠癌”)来称呼这种家族遗传结直肠癌。

因炎致癌

其实,在结直肠癌中,遗传只占了一小部分,大部分结直肠癌与遗传无关。1925年,科学家们发现一种叫作炎症性肠病(IBD)的疾病与结直肠癌的形成有关。此后几十年间,一系列相关研究的开展让人们对炎症与结直肠癌的关系有了更深刻的理解和认识。科学家们现在已经知道,无论是散发性(sporadic)结直肠癌,还是遗传性结直肠癌,都和炎症有关。炎症性肠病主要包括溃疡性结肠炎和克罗恩病(一种胃肠道的慢性炎症)两种,其中结肠是炎症性肠病患者肿瘤的主要发生部位。

尽管炎症性肠病相关的结直肠癌(IBD-CRC)仅占所有结直肠癌病例的1-2%,但它仍是结直肠癌的三大高危因素之一。据统计,炎症性肠病患者得结直肠癌的几率是普通人群的6倍,约20%的炎症性肠病患者会在30年内发展成为结直肠癌。最新的研究发现,炎症性肠病的形成与肠道屏障功能缺陷、肠道内的微生物反应、先天免疫调节等多种因素有关,服用阿司匹林等非甾体抗炎药可以降低结直肠癌的风险。

揪出幕后“元凶”

20世纪末和21世纪初,随着人们对结直肠癌了解的增加,以及分子生物学、基因测序等学科和技术的发展,科学家们逐渐找到了结直肠癌背后的始作俑者。

1987年,英国牛津大学沃尔特·博德默(Walter Bodmer)教授发现遗传性结直肠癌“家族性腺瘤性息肉病”(Familial Adenomatous Polyposis, FAP)的形成和5号染色体上一种名为APC(adenomatous polyposis coli)的基因突变有关;六年后,其它科学家发现“林奇综合征”与2号染色体上存在的微卫星(细胞基因组中重复、简单的DNA序列)不稳定(MSI)现象有关。这两个重大发现不仅揭开了困扰这些家族几代人的迷雾,也使科学家第一次从分子水平上来了解这种疾病。

后来研究发现,APC是一种抑癌基因,正常情况下具有阻止细胞过度增殖的作用,当它发生突变后,细胞就会失控而成癌细胞。更重要的是,APC基因不仅与FAP有关,在散发性结直肠癌中的突变率也高达80%,而60-65%的结直肠癌属于散发性。

对于林奇综合征,科学家们现在已经知道,它是由MLH1、MSH2、MSH6、PMS2和EPCAM基因突变导致的,其中前四个基因均属错配修复基因,当它们突变时,DNA复制出现的错误不能得到及时纠正,就会导致基因突变越来越多,进而形成肿瘤。而且后来研究发现,部分散发性结直肠癌拥有和林奇综合征相同的致病机制。在全部结直肠癌病例中,虽然林奇综合征只占2-3%左右,但是有70-90%的林奇综合征患者会发生结直肠癌。

得益于基因组学的发展,2003年,科学家首次对人类疾病的基因家族进行系统分析,在对酪氨酸激酶基因家族的分析中发现了与30%结肠癌病例相关的基因突变。2006-2007年,美国科学家成功绘制出了结肠癌等癌症的基因序列图谱,并确定了近200个与这些疾病关联的基因。这些里程碑式的成果为研究人员开发针对结直肠癌的靶向疗法奠定了夯实的基础。

靶向疗法时代

和其它癌症一样,手术、放疗、化疗“三剑客”一直是结直肠癌的主要治疗手段,但是这些疗法属于癌症通用疗法,并不精准。直到2004年,结直肠癌才迎来了两款靶向药物:EGFR抑制剂Erbitux(cetuximab,西妥昔单抗)和VEGF抑制剂Avastin(bevacizumab,贝伐珠单抗)。

表皮生长因子受体(EGFR)可通过与配体结合将信号传导传递到细胞核内,控制细胞的增殖、分化、凋亡、侵袭及血管形成。研究发现,49%-82%的结直肠癌存在EGFR过表达现象,因此Erbitux可通过抑制癌细胞表面的EGFR来杀死癌细胞。

Avastin的作用机制与Erbitux不同。研究发现,肿瘤细胞通过建立自身的血管网络来获取增长、繁殖所需的“营养”,而血管内皮生长因子(VEGF)是肿瘤血管生长中所必需的一种蛋白质。因此,Avastin通过与VEGF结合,防止它们与VEGF受体(VEGFR)结合,切断肿瘤的“输养渠道”来抑制其生长和转移。值得一提的是,Avastin也是癌症治疗史上首个“通过抑制血管生长来遏止肿瘤增生”的靶向药。

目前,以EGFR、VEGF/VEGFR等为靶点的靶向药物已成为治疗转移性结直肠癌的新方向(见下表)。据统计,大约25%的结直肠癌患者在诊断时就已出现转移,约50%的结直肠癌患者最终都难逃发生转移的命运。在靶向疗法出现以前,接受单纯化疗的转移性结直肠癌的中位总生存期约为20个月;如今靶向药物与化疗强强联合将这一数字提高到了30个月左右,使患者的死亡风险下降了56%,而有些临床效果好的患者更是达到了40个月左右,几乎翻了一倍!

不过,“靶向药+化疗”这对组合并非完美无缺,因为有些晚期结直肠癌患者在接受治疗后依然会复发,对于这类患者,治疗选择非常有限。但是,这一情况现在逐渐改变,除了瑞戈非尼和化疗药物Lonsurf(TAS-102)外,2018年9月,药明康德合作伙伴和记黄埔自主研发的一款新型高选择性VEGFR抑制剂爱优特(呋喹替尼)在中国获批上市,该药不仅将患者死亡风险降低了35%,而且还将疾病复发风险降低了74%,为接受过一线、二线标准治疗失败的晚期结直肠癌患者带来了新的希望。

对“基因”下药

21世纪,随着对结直肠癌研究的不断深入,科学家发现结直肠癌是一种复杂的、高度分子异质性的疾病,并发现了更多与结直肠癌有关的基因。研究发现:35-45%的结直肠癌患者中存在KRAS基因突变;约15%的转移性结直肠癌有BRAF基因突变;大约有5%的结直肠癌患者是由微卫星不稳定性高(MSI-H)或错配修复缺陷(dMMR)导致;还有一些结直肠癌与PIK3CA突变、HER2扩增和NTRK基因融合等有关。

随着这些藏在背后的基因“元凶”被一一揪出,结直肠癌的治疗也开始走入对基因“下药”的精准治疗时代。目前,已经有几款针对特定基因突变的创新疗法获批上市(见下表),例如百时美施贵宝的PD-1抑制剂Opdivo(nivolumab)单药以及Opdivo和CTLA-4 抑制剂Yervoy(ipilimumab)的联合疗法,均已被美国FDA获批治疗携带有MSI-H或dMMR的转移性结直肠癌患者。此外,研究人员目前还在开发针对携带BRAF、KRAS等基因突变的结直肠癌患者的靶向药物。这些药物的到来将引领结直肠癌治疗走向个体化治疗时代。

防重于治

开发创新疗法让患者有病可治固然重要,但是由于结直肠癌的发生具有长期隐匿性,一些肠道腺瘤息肉需要经过十年、甚至更长的时间才能发展成癌症,而且早期没有明显症状,所以对于结直肠癌,预防更加重要。

从1967年开始用粪便潜血试验(FOBT)筛查结直肠癌到现在,结直肠癌的筛查技术已出现了飞跃进步,今天乙状结肠镜检查、结肠镜检、虚拟结肠镜检查等众多先进的检查方法已经用到结直肠癌的筛查中。美国癌症协会建议45~75岁的一般人群定期做结直肠癌筛查,中国临床肿瘤学会(CSCO)推荐的筛查年龄为50~74岁。据统计,与1975年比较,筛查使美国结直肠癌发病率下降超过40%,死亡率降低50%。

肠镜之外,基因检测在结直肠癌的预防中也扮演者重要的角色。对于有林奇综合征等具有高遗传风险的家族成员,基因检测可以让患他们提前知道自己是否携带相关基因突变,从而做到早发现、早预防,以降低发病率和死亡率。此外,研究发现,结直肠癌还与年龄、性别,以及长期吸烟、过度饮酒、摄入大量脂肪或红肉、久坐不动等生活习惯和饮食有关,所以“管住嘴、迈开腿”或许也是预防结直肠癌的一招。

结语

从1913年科学家发现结直肠癌和遗传有关到现在的100多年里,人类对结直肠癌的理解和认识已发生了质的变化,一系列创新疗法的诞生使晚期结直肠癌患者的中位生存期由5个月提高到今天了的30个月左右。但是结直肠癌仍是全球五大癌症负担之一,其发病率和死亡率分别居第四位、第二位,大约每20个人中有1人会在一生中患上结直肠癌。

而且结直肠癌的高度分子异质性决定了,一种创新靶向疗法只能使一部分患者受益,还有许多患者尚无靶向药可选。不过,目前科学家也在努力探索新型靶向药、疫苗、干细胞治疗等创新疗法,以期对抗这种顽疾。我们期望未来会有更多的创新疗法上市,让结直肠癌患者看到更多的选择和希望。(生物谷Bioon.com)

 

 

小编推荐会议  2019无锡国际生物医药论坛暨第九届Cell Death & Disease国际研讨会-新药研发

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eLife  一些父母把更多的基因突变传给他们的孩子

基因君

2019年10月25日讯 /生物谷BIOON /–犹他大学的科学家报告说,每个人都是突变体,但有些人比其他人更容易突变。
与父母相比,孩子出生时通常有70个新的基因突变(在父母DNA序列的60亿个副本中)。发表在《eLife》杂志上的一项新研究表明,基因突变的数量存在显着差异,有些人出生时基因突变的数量是其他人的两倍,这种特征可以在家族中遗传
eLife  一些父母把更多的基因突变传给他们的孩子
图片来源:https://cn.bing.com
这种差异在很大程度上是基于两种影响。一个是孩子父母的年龄。35岁父亲所生的孩子可能比25岁父亲所生的兄弟姐妹有更多的突变。
“我们传给下一代的基因突变数量会随着父母年龄的增长而增加,”该研究的主要作者、犹他大学人类遗传学研究生Thomas Sasani说。之前的研究已经证实了这一现象,本研究也证实了这一点。
另一个不同之处在于,父母年龄对不同家庭的突变率的影响有很大的不同–远远超过了之前的认识。在一个家庭中,一个孩子可能比他们的父母年轻十岁时出生的兄弟姐妹有两个额外的突变。来自不同父母的两个兄弟姐妹出生时相隔10年,可能会有超过30种突变。
“这表明我们作为父母在这方面并不都是平等的,”该研究的资深作者Aaron Quinlan博士说。他也是犹他大学健康学院的人类遗传学教授和犹他州基因发现中心的副主任。”我们中的一些人比其他人传递更多的基因突变,这是遗传新突变和遗传疾病的一个重要来源。”
新突变的影响取决于它们在我们DNA中的位置,以及时间的推移。有时基因变化会导致严重的疾病,但大多数发生在我们的遗传密码中对人类健康没有明显影响的部分。
尽管新变化只占整个DNA序列的一小部分,但它们会随着每一代的产生而增加。Sasani说,增加所谓的突变负荷可能会使个体更容易患病。影响突变率的因素是否会增加某些疾病发生的可能性仍有待确定。
尽管大多数新的突变最初发生在父亲的精子中,但并不是所有的突变都发生在父亲的精子中。五分之一的突变来自母亲的卵子,随着年龄的增长,母亲产生的新突变并不像父亲那样多。此外,据估计,在儿童中发现的十分之一的新突变都不是来自父母。相反,它们在受精后不久就会在胚胎中重新出现。
通过对来自犹他州33个三代家庭的603名个体进行全基因组测序和基因分析,研究人员发现了这些新现象,这是同类研究中规模最大的。这些家族是人类多态性研究中心(CEPH)的一部分,CEPH是许多关键研究的核心,这些研究形成了对人类遗传学的现代理解。犹他州CEPH家庭规模庞大,在27年的时间里有多达16个孩子,这使他们非常适合这项新的调查。
Quinlan说,令人惊讶的是,犹他州CEPH家族积累的突变数量有很大的范围。那是因为这些家庭在很多方面都很相似。他们都有欧洲血统,生活在同一个地理区域,可能有相似的生活方式和环境。
“我们不知道是什么导致了变异,”他说,但其原因是遗传、环境和接触诱变剂的综合作用。考虑到这些影响在全球范围内存在很大差异,Quinlan认为”世界范围内突变率的变异性肯定要大得多。”(生物谷Bioon.com)
参考资料:

健康一生

apasstour 医健游测序宝