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Nature:德国科学家解释基因缺陷为何不会导致表型产生

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2019年4月25日讯/生物谷BIOON/—许多疾病都是由基因缺陷引起的。然而,它们的严重程度可能因个体患者而异。如今,在一项新的研究中,来自德国马克斯普朗克心肺研究所的研究人员破译了一种导致这种现象的分子机制。因此,缺陷基因的mRNA确保相关基因被激活从而补偿这种基因缺陷。他们希望利用这种机制开发新的治疗方法。相关研究结果发表在2019年4月11日的Nature期刊上,论文标题为“Genetic compensation triggered by mutant mRNA degradation”。论文通讯作者为马克斯普朗克心肺研究所的Didier Stainier博士。

Nature:德国科学家解释基因缺陷为何不会导致表型产生
图片来自MPI for Heart and Lung Research。

有缺陷的基因是导致许多严重疾病的原因。一个例子是囊性纤维化(cystic fibrosis),这种疾病因一种蛋白缺陷而显示出严重的症状。这种蛋白缺陷反过来又是由编码基因的缺陷引起的。大多数这类疾病的致病基因之前已被追踪过。

作为一种评估单个基因功能的实验方法,科学家们经常修改基因,比如通过引入突变。然而,这种修饰并不总是对生物体有影响。比如,动物模型中的实验经常表明,在通过遗传手段关闭基因后并没有发生预期的效果。这种原因在很大程度上是未知的。一种可能的解释是,如果基因编码产物不能产生,它的功能将由其他的起着类似作用的蛋白接管。因此,理解对单个基因功能障碍进行这种补偿的分子机制是一个非常重要的问题。

在这项新的研究中,这些研究人员如今使用像CRISPR这样的先进工具来破译这种分子机制。一种基因缺陷的后果被相关基因减轻了,这些相关基因如今变得越来越活跃。论文第一作者、Stainier实验室研究员Mohamed El-Brolosy解释道,“基于以往研究的数据,我们认为一个基因上的缺陷可能导致相关基因在表达它们的基因产物方面变得更加活跃。这些与原始蛋白相关的蛋白随后将接管它的任务。这种基因补偿的背后是一个复杂的分子机制。”如今,Stainier领导的一个研究团队在以小鼠和斑马鱼为研究对象的实验中能够破译这种复杂的过程。


相关基因补偿基因缺陷

这些研究人员研究了在不同基因中发生突变的斑马鱼。El-Brolosy说,“我们从研究特定基因中的许多不同突变开始,发现并非所有突变都是平等的。”那些往往不显示异常的突变有一些共同点:El-Brolosy及其同事们发现,在这些突变体中,基因家族中的其他成员的mRNA数量增加了。根据El-Brosoly的说法,“当我们将功能性蛋白提供给这些突变体时,这对基因家族中的其他潜在补偿成员的转录水平没有影响。从这些结果和其他结果,我们得出结论,触发因素并不是缺陷的蛋白。”

事实证明,mRNA在不显示异常的突变体中总是不稳定的。El-Brolosy说,“我们的数据表明,在这些情况下,突变mRNA的降解速度更快。”根据这一观察结果和其他观察结果,这些研究人员得出结论,mRNA是在第二个层次上发出信号的。“我们的数据表明突变mRNA向其他的非突变基因发出信号,让它们接管。”


缺少补偿信号

当通过进一步使用基因工程方法让突变mRNA不再产生时,这一假设以一种相当优雅而有力的方式得到了验证。El-Brolosy说,“由于没有突变mRNA产生,也就不会向其他基因发出信号。结果就是我们在这些动物中观察不到基因补偿。”看似戏剧性的效果出现了:比如,携带一种相关突变的斑马鱼胚胎中的血管发育仅在突变mRNA缺失的情况下才会受到干扰。如前所述,如果存在突变mRNA,则血管正常发育,这是因为相关基因变得更加活跃。Stainier总结道,“我们提出,通常确保只形成没有缺陷的蛋白的分子机制具有第二种基本功能:它有助于激活相关基因作为缺陷基因的替代物,从而补偿这种基因缺陷。”

对于许多疾病而言,这种机制可能是保护一些人免于出现更严重的症状。 Stainier团队计划通过比较具有不同临床表现的个体患者来研究这一假设。通过这样的分析,科学家们希望找到可用于开发治疗方法的基因,所开发的这些方法旨在增强有机体对突变的稳健性而不是校正它。Stainier强调道,“这项研究还提供了有关基因组工程意外后果的新的重要信息,并呼吁在讨论制定指导方针之前开展更多的研究。”(生物谷 Bioon.com)

参考资料:


Mohamed A. El-Brolosy et al. Genetic compensation triggered by mutant mRNA degradation. Nature, 2019, doi:10.1038/s41586-019-1064-z.

PLoS Biol:中国科学家评论 能天然抵御HIV感染的基因编辑婴儿真的好吗?

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2019年5月11日 讯 /生物谷BIOON/ –近日,一项刊登在国际杂志PLoS Biology上的研究报告中,来自中国科学院的科学家们通过研究表示,对人类进行生殖细胞系基因编辑的首个报道案例是非常糟糕且有背伦理道德的。

PLoS Biol:中国科学家评论 能天然抵御HIV感染的基因编辑婴儿真的好吗?

图片来源:CC0 Public Domain

文章中,研究者批评了去年在第二届基因编辑世界峰会上中国研究者何建奎发表的研究,即其描述了利用CRISPR/Cas9基因编辑技术来修改机体中CCR5基因,该基因编码了一种HIV用于进入人体白细胞所需的特殊受体,CCR5基因在两个胚胎中进行了修饰,最后两个修饰后的女婴诞生了,研究者认为,利用基因编辑技术制造出对HIV感染产生免疫的婴儿对于其父亲为HIV阳性是非常必要的。

本文研究中,研究者认为,上述项目在多个层面上存在误解,通过已经建立的辅助生殖技术在孕期可以实现避免HIV的感染,而且在出生后通过共同的风险避免措施就能够有效避免HIV的感染,尽管天然存在的CCR5突变与一些欧洲人群对HIV的抗感染有关,但该突变并不能有效阻断所有HIV毒株的感染,而且目前尚没有研究来阐明器对中国人群的潜在健康影响,而且何建奎并未剔除详细的计划来追踪婴儿评估其后期的健康影响。

研究者认为,何建奎的研究工作依赖于关于分子过程和基因编辑后果的具体假设,而这些假设是具有争议性的,此外,其科学的质量并不是合格的,因为有些实验缺乏适当的复制,而且其对脱靶的分析也并不充分。何建奎及其团队的行为严重违背了中国的法规及国际科学界达成的共识,研究者Haoyi Wang表示,我们对此表示强烈潜在,因为其行为在科学和道德上都是非常不负责任的,有关机构应该对此进行深入调查并发布相关数据,后期还应该通过明确和严格的法律规定来规范未来科学家们对人类生殖细胞系所进行的基因编辑实验研究。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Haoyi Wang, Hui Yang. Gene-edited babies: What went wrong and what could go wrong, PLoS Biol 17(4): e3000224. doi.org/10.1371/journal.pbio.3000224

“黑马”插上翅膀,华东宁波掀起基因护肤新潮流

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靠脸“吃饭”的时代,除了担心变老,消费者开始越来越关注自己脸上悄然出现的眼尾纹、抬头纹、干燥、松弛、黑眼圈、色素沉着、毛孔粗大……面对这样的问题,当下的中国人通过各种途径如饥似渴地恶补“美容护肤”中的科学知识。

当消费者咨询形形色色的专家,是什么在影响着肤质?专家从环境、食物、气候、过敏原、紫外线等分析外因,从身体状况、情绪、生活习惯、疾病分析内因,最后专家会说,“你的皮肤是敏感肌”,“你的皮肤需要防晒”,“你的皮肤需要补水”……

2019中国美容博览会,华东宁波果然一鸣惊人。MuseDNA 横空出世,惊艳登场。

可是,市场上的化妆品、护肤品品牌纷繁,很多人基于同样的肤质问题,选择同样的护肤产品后,效果却大相径庭,而在宣称拥有“独特功效”的不同品牌间选来换去也成了中国人的新烦恼。

其实,大部分美容专家没有提及的、决定每个人的肤质一个根本秘密:上帝造出的每一个人都是独一无二的,正如宇宙间没有两片相同的树叶,世界上也没有两张一模一样的脸,原因就在于基因。人类的遗传基因不仅决定人的生老病死,同样也决定人的脸和皮肤状态

在中国美容护肤史上,2018中国美容博览会,华东宁波医药有限公司(下称“华东宁波”)如一匹黑马从天而降。旗下赛缪斯品牌推出的生物护肤黑科技精华 — “672魔™液” — 甫一亮相便赢得了众多美容专业人士的喝彩。媒体纷纷报道中国伊婉10亿玻尿酸业绩创造者、LG医美产品独家代理商进军日用护肤市场,很多记者追问华东宁波推广团队下一个产品是什么当时的高管用一句神秘的“华东宁波三年不鸣,一鸣惊人来作答,很多人以为是噱头。

2019中国美容博览会,华东宁波果然一鸣惊人。MuseDNA 横空出世,惊艳登场。在华东宁波的展馆现场,伊婉专业玻尿酸、幸福缪斯青春美颜定制抗衰、赛缪斯生物护肤系列产品的三星拱照”下,自主研发的个性化肤质基因检测产品 — MuseDNA 格外耀眼。

MuseDNA 正是华东宁波研发团队蛰伏数年精心研发的肤质基因检测专利产品。研发人员进行了多项科学实验,并结合中国人肤质基因库大数据分析,在影响肤质的基因组中,精心筛选了具有代表性的三大基因群14组基因位点。包括:1. 决定抗胶原蛋白分解能力、透明质酸合成能力、清除自由基的能力、DNA 修复能力、细胞更新能力、雌激素水平的抗衰基因群;2. 决定抗紫外线能力、抑制黑色素生成能力、抗雀斑能力、抗黄褐斑能力、污染物代谢能力的光、污反应基因群;以及3. 抗过敏性皮炎能力、抗痘(痤疮)能力、抗刺激性皮炎能力的炎性反应基因群。MuseDNA 通过基因测序技术,分析特定基因序列的单核苷酸多态性 (SNP),通过精准的基因位点进行皮肤肤质遗传信息的解读,全面分析个体肌肤的独特特质。

MuseDNA 检查锁定影响个体肤质关键问题的三大基因群、14组决定肤质能力基因靶点,运用专业 SMART 算法对检测者的遗传密码进行科学解读,并结合可视化物理检测手段系统评估个体的皮肤抗衰老、抗炎、抗光抗污染能力,全面解析受试者肌肤功能生理状态以及各种因素下可能出现的肤质问题,从而帮助受试者根据自身条件选择更加精准的个性化护肤方案,摆脱盲目选择、滥用护肤产品的种种困扰,真正实现科学的肤质自我管理

“黑马”插上翅膀,华东宁波掀起基因护肤新潮流
MUSEDNA亮相美博会 引众人体验

在美博会现场,很多受试者积极参加 MuseDNA 的免费肤质基因检测,工作人员也为受试者解答了关于肤质基因检测的各种疑问。受试者将在采样完成后7个工作日内收到专属于个人的基因检测报告,MuseDNA 客服团队将为受试者提供专业的报告解读和个性化的护肤建议。

从美博会现场的热烈气氛中,众人可以感受到华东宁波这匹黑马,如今又用 MuseDNA 这个全新的产品为自己插上了腾飞美容护肤行业的翅膀。大众有理由相信,MuseDNA 会凭借 SANTEMUSE 赛缪斯、SINFMUSE 幸福缪斯、伊婉三大品牌,不止一鸣惊人,而且一飞冲天。正如华东宁波医药有限公司执行董事 — 冯幸福先生所言:MuseDNA 为中国消费者带来全新的护肤理念,开创了基因护肤新时代,让生物科技普惠大众。

Sci Trans Med:基因疗法——治疗视力的新手段

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2019年6月7日 讯 /基因宝jiyinbao.com/ –在最近一篇文章中,作者总结了最近治疗致盲疾病的治疗策略。

基因替换或基因编辑策略可能潜在地逆转视力丧失的问题。在视网膜变性的早期阶段,当感光细胞(视杆细胞和视锥细胞)仍然完整时,早期干预是特别有希望的。第一个批准用于Leber先天性黑蒙(LCA)的基因疗法确认了双等位基因RPE65突变,为全球其他条件下30多个基因替代试验铺平了道路。

基因独立策略旨在用广谱的,针对视网膜营养不良的神经保护剂预防或减缓感光细胞的进行性退化。神经保护策略,特别是保存锥体的策略,是治疗正在进行感光细胞变性的疾病的最佳方法。

Sci Trans Med:基因疗法——治疗视力的新手段
(图片来源:Www.pixabay.com)

干细胞疗法,光遗传学疗法和视网膜假体用于在视网膜变性的后期恢复视力。这些方法可以独立于因果突变而应用,并且有望在盲人患者中恢复低视力。用于替代退化细胞以恢复视力的干细胞疗法正在开发或临床评估中在广泛的视网膜退行性病症中。

使用电极阵列或光遗传学的脑机接口技术可以刺激视网膜下游的视觉通路。初级视皮层的电刺激是目前临床试验中的一种可能方案。

光遗传学治疗通过在剩余健康的视网膜细胞中表达编码光激活通道或泵的光激素使细胞对光敏感。它可用于使退化的视网膜重新对可见光敏感,脱离引起感光细胞损失的基因突变的影响。(生物谷Bioon.com)

资讯出处:
Brighter possibilities for treating blindness

原始出处:José-Alain Sahel, Jean Bennett, Botond Roska. Depicting brighter possibilities for treating blindness. Science Translational Medicine, 2019; 11 (494): eaax2324 DOI: 10.1126/scitranslmed.aax2324

第二个贺建奎?俄罗斯科学家计划制造更多的基因编辑婴儿

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2019年6月15日讯/生物谷BIOON/—一位俄罗斯科学家表示他计划制造基因编辑婴儿,这一举动将使得他成为已知的第二个这样做的人。这也将违背科学共识,即在国际伦理框架就证实这样做合理性的情形和安全措施达成一致之前,应当禁止此类实验。

分子生物学家Denis Rebrikov告诉Nature期刊,他正在考虑将经过基因编辑的胚胎(也称为基因编辑胚胎)植入女性体内,这很可能在年底之前就可开展,前提是到那时他能够获得批准。当中国科学家贺建奎(He Jiankui)在去年11月宣布他已制造出世界上第一批经过基因编辑的婴儿—一对双胞胎女孩—时,这一举动引起了国际社会的强烈谴责。

第二个贺建奎?俄罗斯科学家计划制造更多的基因编辑婴儿
分子生物学者Denis Rebrikov正在计划在HIV阳性女性中开展充满争议的基因编辑实验。

就像贺建奎那样,这项实验也靶向相同的称为CCR5的基因,但Rebrikov声称他的技术将提供更大的好处,带来更少的风险,并在伦理上更合理,并为公众所接受。Rebrikov计划在将移植到HIV阳性母亲体内的胚胎中,让这个基因—编码一种允许HIV病毒侵入宿主细胞的蛋白—失去功能,可降低她们将这种病毒传播给子宫内婴儿的风险。相比之下,贺建奎对利用携带HIV病毒的父亲的精子进行受精后产生的胚胎中的这个基因进行修饰,许多遗传学家表示这提供的临床益处很少,这是因为父亲将HIV传播给子女的风险很小。

Rebrikov是俄罗斯最大的生育诊所—位于莫斯科的库拉科夫国家妇产科与围产科医学研究中心—的基因组编辑实验室负责人,也是位于莫斯科的皮罗戈夫俄罗斯国家研究医学大学的研究员。

根据Rebrikov的说法,他已与莫斯科市的一个HIV中心达成协议,招募想要参加这项实验的感染上HIV的女性。

但是,Nature期刊联系的科学家和生物伦理学家对Rebrikov的计划感到困扰。

作为Rebrikov计划使用的CRISPR-Cas9基因组编辑系统的先驱,美国加州大学伯克利分校分子生物学家Jennifer Doudna说,“这项技术还没有准备好。这并不令人意外,但令人非常沮丧和不安。”

美国威斯康星大学麦迪逊分校生物伦理学与法律研究员Alta Charo表示,Rebrikov的计划并不是合乎伦理地对这种技术进行使用。Charo是世界卫生组织(WHO)的一个委员会的委员,这个委员会正在制定人类基因组编辑的伦理管理政策。Charo补充道,“在这个时候继续执行这这类实验是不负责任的。”


规章制度

许多国家禁止植入经过基因编辑的胚胎。俄罗斯有法律禁止在大多数情况下进行基因改造,但是目前尚不清楚是否或如何在胚胎基因编辑方面强制实施这些规则。根据2017年对一系列国家制定的此类法规的分析,俄罗斯关于辅助生殖的规定没有明确提及基因编辑。(中国的法律也含糊不清:2003年,卫生部禁止为了生殖目的对人类胚胎进行基因修饰,但是这项禁令没有惩罚措施,而且贺建奎的法律地位目前仍然不明确)。

Rebrikov希望俄罗斯卫生部在未来9个月内澄清关于胚胎基因编辑临床应用的规定。Rebrikov说,他感到迫切需要帮助感染上HIV的女性,并且甚至在俄罗斯制定法规之前就试图进行他的实验。

为了减少他因开展这项实验而受到惩罚的机会,Rebrikov计划首先寻求包括俄罗斯卫生部在内的三个政府机构的批准。他说,这可能需要一个月到两年的时间。

作为一名分子遗传学家,Konstantin Severinov近期帮助政府设计了针对基因编辑研究的资助计划,他表示这种批准可能很难。Severinov说,俄罗斯强大的东正教会反对基因编辑。他同时在位于美国新泽西州皮斯卡塔韦的罗格斯大学和莫斯科附近的斯科尔科沃科学技术研究所任职。

作为位于美国马萨诸塞州波士顿市的哈佛医学院的一名遗传学家,George Daley也是从Nature期刊那里听过Rebrikov的计划。他表示,在任何科学家试图将经过基因编辑的胚胎植入女性体内之前,需要就科学可行性和伦理允许性进行透明公开的辩论。

基因编辑胚胎创造了一个巨大的全球争论的一个原因是,如果允许它们成长为婴儿,那么所进行的基因编辑就能够传递给后代—这是一个影响深远的干预,称为生殖系改变。研究人员一致认为,这项技术有朝一日可能有助于消除镰状细胞性贫血和囊性纤维化等遗传性疾病,但在用于改变人类之前,还需要进行更多的测试。

在贺建奎宣布制造出基因编辑婴儿之后,许多科学家再次呼吁全世界暂停生殖系编辑。虽然这还没有发生,但是世界卫生组织、美国国家科学院、英国皇家学会和其他有名的组织都讨论了如何制止人类基因组编辑的不合于伦理的和危险的用途—通常被定义为造成不必要或过度的风险的用途。


HIV阳性的母亲

尽管贺建奎因使用来自HIV阳性父亲的精子进行实验而受到广泛批评,但是他的论点是他仅是想保护人们免受这种病毒感染。但科学家和伦理学家反驳说,还有其他方法可以降低感染风险,比如避孕用品。Charo说,还有一些合理的替代品,比如药物,可以阻止HIV的母体传播。

第二个贺建奎?俄罗斯科学家计划制造更多的基因编辑婴儿
中国生物物理学者贺建奎宣称制造出世界首批基因编辑婴儿,图片来自Mark Schiefelbein/AP/Shutterstock。

Rebrikov对此表示同意,因此计划将基因编辑胚胎植入一部分HIV阳性母亲中,这些母亲对标准的抗HIV药物没有反应。她们将HIV感染传播给孩子的风险更高。Rebrikov说,如果基因编辑成功地让CCR5基因失去功能,那么这种风险将极大地降低。他说,“这是一种需要这类疗法的临床情况。”

大多数科学家表示即使如此,也没有理由对胚胎中的CCR5基因进行编辑,这是因为风险并没有超过益处。即使这种治疗按计划进行,并且细胞中CCR5基因的两个拷贝都失去功能,这些基因编辑婴儿仍有可能感染上HIV。由CCR5基因编码的这种细胞表面蛋白被认为是大约90%的HIV感染的门户,因此破坏它并不会影响其他的HIV感染途径。澳大利亚国立大学的Gaetan Burgio说,关于胚胎基因编辑的安全性仍有许多未知数。他问道,编辑这个基因的好处是什么。“我并没有看到。”


命中目标

人们还普遍担心胚胎中基因编辑的安全性。Rebrikov声称他的实验—像贺建奎一样,将使用CRISPR-Cas9基因组编辑工具—将是安全的。

贺建奎实验—以及更普遍的胚胎基因编辑—的一个重要问题是CRISPR-Cas9会在靶基因之外的地方导致不想要的 “脱靶”突变,并且如果它们关闭一种肿瘤抑制基因,那么这些脱靶突变可能是危险的。但是,Rebrikov说,他正在开发一种能够确保没有发生“脱靶(off-target)”突变的技术;他计划在一个月内在线发布初步的研究结果,这很可能发表在bioRxiv预印版服务器或同行评审期刊上。

Nature期刊联系的科学家们怀疑这种保证是否可以用于脱靶突变,或者使用CRISPR-Cas 9的另一个已知挑战—所谓的‘在靶突变(on-target mutations)’,即针对正确的基因进行编辑,但不是按照预期的方式进行编辑。

Rebrikov在去年发表在俄罗斯国立医科大学(RSMU)公报上的一篇论文中写道,他的技术让CCR5基因的两个拷贝(通过删除一个长32个碱基的片段)在50%以上的时间里失去功能。作为该期刊的主编,他说,在这种期刊上发表论文并不涉及利益冲突,这是因为评审员和期刊编辑对一篇论文的作者并不知情。

但是Doudna对这些结果持怀疑态度。“我所看到的数据表明控制DNA修复的工作方式并不那么容易。”Burgio也认为这些基因编辑很可能导致其他难以检测到的缺失或插入,基因编辑通常就是如此。

错误的基因编辑可能意味着这个基因并没有正确地失去功能,因此细胞仍然可被HIV入侵,或者这个发生突变的基因可能以一种完全不同且不可预测的方式起作用。Burgio说,“这可能是真正的混乱。”

更重要的是,对Rebrikov计划持批评态度的科学家来说,未发生突变的CCR5具有许多尚未得到很好理解的功能,但是它提供了一些好处。比如,它似乎提供了一些保护,阻止西尼罗河病毒或流感病毒感染后出现的主要并发症。Burgio说,“我们对[CCR5]在HIV侵入[细胞]中的作用有了很多了解,但是我们对它的其他影响知之甚少。”上周发表的一项研究还表明,缺乏CCR5工作拷贝的人可能会具有缩短的寿命。

Rebrikov了解到如果他在俄罗斯最新规定制定出之前继续开展他的实验,那么他可能会被认为是第二个贺建奎。但是,他说如果他确信这项实验的安全性,那么他就会这样做。他说,“我觉得我疯狂到可以做到这一点。” (生物谷 Bioon.com)


参考资料:


1.Russian biologist plans more CRISPR-edited babies
https://www.nature.com/articles/d41586-019-01770-x

2. Genome-edited baby claim provokes international outcry
https://www.nature.com/articles/d41586-018-07545-0

3. Xinzhu Wei et al. CCR5-∆32 is deleterious in the homozygous state in humans. Nature Medicine, 2019, doi:10.1038/s41591-019-0459-6, https://www.nature.com/articles/s41591-019-0459-6.

4. Gene edits to ‘CRISPR babies’ might have shortened their life expectancy
https://www.nature.com/articles/d41586-019-01739-w

基因疗法治疗DMD 辉瑞首次公布人体试验早期数据

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基因疗法治疗DMD 辉瑞首次公布人体试验早期数据

29日,辉瑞(Pfizer)公司公布了旨在治疗杜兴氏肌营养不良症(Duchenne muscular dystrophy, DMD)的基因疗法PF-06939926,在1b期临床试验中获得的初步结果。试验结果显示,这一基因疗法能够提高患者肌肉中抗肌萎缩蛋白的表达水平,并且改善肌肉功能性指标。

DMD是一种严重遗传病,患者肌肉逐渐退化和无力,症状通常在儿童3-5岁时开始出现。患者在十几岁时通常失去行走的能力,他们的心脏和呼吸肌肉也会受到影响,最终导致早夭。DMD是全球最常见的肌营养不良症,每3500到5000例男婴中就有一例发病。目前这一疾病没有治愈性疗法,由于导致DMD的原因是编码抗肌萎缩蛋白(dystrophin)的基因出现突变,因此基因疗法被认为是有潜力治愈患者的治疗选择。

辉瑞公司开发的PF-06939926是一款在研基因疗法。它将由人类肌肉特异性启动子控制的“迷你”抗肌萎缩蛋白(mini-dystrophin)转基因装在腺相关病毒9(AAV9)载体中。AAV9病毒载体具有向肌肉组织靶向递送转基因的能力。这款在研疗法已经被FDA授予孤儿药资格和罕见儿科疾病药物认定(rare pediatric disease designation)。

在这项1b期临床试验中,6名6-12岁患者接受了一次剂量为1E14 vg/kg(低剂量)或3E14 vg/kg(高剂量)的PF-06939926的治疗。试验的主要终点为安全性和耐受性,次要和探索性终点包括迷你抗肌萎缩蛋白在肌纤维中的表达水平和其它肌肉功能性指标。

初步试验结果表明,在接受治疗2个月之后,接受低剂量疗法治疗的患者,肱二头肌样本中表达迷你抗肌萎缩蛋白的肌纤维比例为38%,接受高剂量疗法治疗的患者这一数值为69%。

使用辉瑞公司开发的质谱检测方法,低剂量组患者肌肉中迷你抗肌萎缩蛋白的表达水平为正常水平的23.6%,高剂量组这一数值为29.5%。

另外,辉瑞还对2名接受低剂量疗法治疗的患者进行了肌肉功能检测。在接受治疗1年后,使用NorthStar门诊评估(NSAA),两名患者的评分提高了4.5点,他们的基线水平为24和25。通常,这一年龄段DMD患者的NSAA评分随着年龄增长会保持稳定或者下降。

“使用基因疗法治疗单基因疾病的治疗模式正在逐渐成形,治疗DMD患者研究的初步数据表明,这一治疗模式具有改变患者生活的潜力,“辉瑞罕见病研究部高级副总裁兼首席科学官Seng Cheng博士说:”我们期待在这些早期数据的基础上,进一步推动这一治疗模式的开发。“

辉瑞将继续从这一开放标签研究中收集数据,并且计划启动一项含安慰剂对照的随机全球性3期临床研究。这一3期研究预计在2020年上半年启动。(生物谷Bioon.com)

Nat Commun:新发现!基因或在蛀牙和牙龈疾病发生过程中扮演着关键角色!

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2019年7月10日 讯 /生物谷BIOON/ –蛀牙和牙周病会影响着人群的健康,然而目前研究人员并不清楚基因(遗传因素)在牙齿疾病发生过程中扮演的关键角色,近日,一项刊登在国际杂志Nature Communications上的研究报告中,来自布里斯托大学等机构的研究人员通过研究发现,遗传特性以及诸如肥胖、教育和个性等因素在蛀牙和牙周病发生过程中扮演着关键角色。

Nat Commun:新发现!基因或在蛀牙和牙龈疾病发生过程中扮演着关键角色!

图片来源:CC0 Public Domain

蛀牙和牙周炎统称为牙周疾病,其是全球人群最常见的口腔疾病,但牙周疾病却与其它多种已知的疾病不同,研究者并不清楚基因在影响人群患牙周病风险上扮演的作用;研究者表示,两个人摄入同样的东西,并以相同的方式来护理口腔,但最终其却会产生不同数量的蛀牙,直到现在研究人员也无法对此清晰地解释。

研究者Ingegerd Johansson教授说道,本文研究让我们清晰地认识到,牙齿是机体不可或缺的一部分,人群患心血管疾病的风险因素似乎和患蛀牙之间存在某种因果关系。此前研究表明,多个基因或许参与了牙周疾病的发生,但研究人员并未进一步研究证实,这可能部分是因为诸如蛀牙和牙周炎等复杂疾病需要大量的研究才能够得出坚实的证据。

这项研究中,研究人员进行了一项综合性分析,将来自9项国际临床研究(涉及62000名参与者)的数据与英国生物样本库中(461000名参与者)参与者自我报告的牙齿健康数据相结合,该项研究是同类型中规模最大的,研究人员筛选了参与者基因组中数百万个位点来寻找与牙周疾病相关的基因;最后研究者鉴别出了与蛀牙发生相关的47个新型基因,同时还证实了此前已知的免疫相关基因与牙周炎相关,与蛀牙发生相关的基因包括能帮助形成牙齿和颌骨的基因、唾液中具有保护功能的基因以及影响牙齿上细菌繁殖的基因等。

此外,研究人员还分析了心血管疾病与机体代谢健康因素之间的遗传关联,这些代谢健康因素包括吸烟、肥胖、教育和个性等,研究者想通过研究理解这些因素与牙齿健康之间的关联;利用孟德尔随机化技术(Mendelian randomisation)进行研究后,研究者发现,牙周病与某些心血管-代谢风险因素之间不仅存在相关性,而且还存在一定的因果关联。

最后研究者Simon Haworth说道,未来诸如此类研究或能为我们提供新方法来鉴别存在牙齿疾病特定风险的人群,然而无论人群所携带的基因如何,良好的口腔卫生和饮食对于维持机体健康,有效降低蛀牙和牙周疾病的风险都至关重要。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Dmitry Shungin, Simon Haworth, Kimon Divaris, et al. Genome-wide analysis of dental caries and periodontitis combining clinical and self-reported data, Nature Communications (2019). DOI:10.1038/s41467-019-10630-1

研究构建藏族人群全基因组水平的适应性遗传变异图谱

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研究构建藏族人群全基因组水平的适应性遗传变异图谱
8月7日,《国家科学评论》(National Science Review)在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所——马普计算生物学研究所徐书华团队的研究成果“Prioritizing natural selection signals from the deep-sequencing genomic data suggests multi-variant adaptation in Tibetan highlanders”。该研究通过分析深度基因组测序数据和藏族表型数据,构建了藏族人群全基因组水平的适应性遗传变异图谱,首次系统地将藏族人群基因组中与适应性进化相关的功能性变异呈现出来。
经过国内外近十年的密集研究,人们对藏族高原适应的遗传学基础有了一些初步的认识;其中EPAS1目前领域里普遍认为是藏族适应高原的关键基因,特别是由于在其他高原物种中也发现EPAS1的适应性进化的迹象,因而备受关注。但是迄今未能确定EPAS1基因中与藏族高原适应的功能性变异。这为理解人类在青藏高原上的适应性进化机制留下未解难题。由此也引发一些更根本性的关键问题:(1)有多少基因和遗传变异驱动了人类适应青藏高原的演化?(2)EPAS1在人类高原适应性中发挥作用的关键因素是否并不在EPAS1本身而是否另有出处?(3)是否还有其他基因比EPAS1对人类适应高原起到更关键的作用?
带着这些问题,徐书华团队与中科院昆明动物研究所、温州医科大学、复旦大学、西藏民族大学等多家单位的研究人员合作,在全基因组水平对藏族人群的高原适应性变异进行了系统性梳理,充分利用深度基因组测序数据的优势,构建了藏族人群全基因组尺度上的适应性遗传变异图谱,鉴定了有相对明确功能的关键遗传变异,包括63个错义突变、7个失活性变异、1298个进化保守性变异,以及509个基因表达数量性状变异;这些分布在基因组范围的功能性变异不一定都与藏族人群的高原适应直接相关,但是大多数都与藏族人群的适应性演化密切相关。高原适应涉及到一系列复杂性状——涉及到的基因可能比医学中研究的一些复杂疾病更为错综繁杂。研究团队进一步发展了一个新统计量(FIS)对鉴定出的适应性遗传变异的相对重要性进行加权排序,发现排在首位的并不是通常认为的EPAS1,而是位于EPAS1下游的一个跨膜蛋白编码基因TMEM247;尤其是发现藏族人群基因组中的TMEM247存在一个高频关键错义变异(rs116983452),可能对藏族人群高原适应具有重要贡献和意义。论文新发现的TMEM247基因关键突变(rs116983452)导致平原人群中高频存在的丙氨酸(Ala)(野生型)与青藏高原人群特有的缬氨酸(Val)(突变型)之间的显着分化,其中94%的藏族人都携带突变型,而在世界其他现代人群体中的频率非常低或者完全缺失,是迄今为止在青藏高原人群基因组中发现的最高频的错义突变。有趣的是,在西伯利亚丹尼索瓦洞穴中发现的距今约5万年的一个古人基因组也携带了这个变异,并且为纯合状态。该研究通过计算推断藏族人群中携带TMEM247-rs116983452适应性变异的序列可追溯至距今约6万年前,这意味着这个藏族特异的高频突变可能继承自早期进入高原的具有古人类血统的祖先并传承至今。
事实上,人类征服青藏高原的历程悠久而曲折。徐书华团队之前的研究表明,青藏高原人群的遗传起源可追溯至距今4-6万年前的旧石器时代中晚期,早期进入青藏高原的人类族群间发生广泛的基因交流,并与后期进入青藏高原的族群发生进一步遗传混合,最终形成了一个包含现代智人和早期智人多个谱系(包括考古学已经发现的阿尔泰尼安德特人和丹尼索瓦人等,以及其他未知古人类)的遗传构成极其复杂的混合人群。这个过程中,一些曾经帮助人类适应高原环境的古人类基因片段得以保留下来,因高原极端环境的自然选择作用,在现今高原人群中积累到较高的频率。TMEM247-rs116983452-T就是一个典型的例子。
分析表明,TMEM247-rs116983452-T的频率与人群居住地海拔呈显着正相关,提示与人类在青藏高原的适应可能有密切关系。进一步结合基因表达与多项生理生化表型及体质人类学特征,对高原藏族人群的适应性遗传变异进行了系统性评估;发现TMEM247-rs116983452-T与TMEM247及EPAS1的表达水平都有密切相关,并可能对藏族人群低氧环境下的血红蛋白和红细胞水平等高原适应性性状产生重要的调控。对于平原人群而言,长期暴露于低氧环境中将诱发红细胞增生以提高血液携氧能力,但最终可能过度增生而导致“红细胞增多症”。相比之下,高原世居藏族人群的红细胞和血红蛋白水平保持在相对较低的水平,TMEM247基因的功能突变可能就是产生这种保护性机制的重要遗传因素之一。通过统计模型分析,研究团队发现TMEM247-rs116983452对藏族高原适应性表型的解释度高于EPAS1的变异位点,但二者之间可能存在一定的相互作用,体现了高原适应的复杂性和多基因相互作用效应。该研究提供的这张基因组适应性变异图谱为后续进一步全面深入研究藏族适应高原的遗传基础和分子机制锁定了目标,为揭开人类征服高原极端环境的演化之谜开拓了新的视野。(生物谷Bioon.com)

Biomaterials:开发出一种无载体的多重基因编辑系统,可用于抗癌免疫疗法

基因君


2019年8月28日讯/生物谷BIOON/—在一项新的研究中,韩国科学技术研究院(KIST)的Mihue Jang博士及其团队和韩国世宗大学的Seokmann Hong教授及其团队开发出一种新的基因编辑系统,而且这种系统可同时抑制淋巴瘤细胞表面上表达的干扰免疫系统的蛋白和激活细胞毒性T淋巴细胞,因而可以用于抗癌免疫治疗中。相关研究结果近期发表在Biomaterials期刊上,论文标题为“A carrier-free multiplexed gene editing system applicable for suspension cells”。

Biomaterials:开发出一种无载体的多重基因编辑系统,可用于抗癌免疫疗法
图片来自Biomaterials, 2019, doi:10.1016/j.biomaterials.2019.119298。

基因编辑技术通过移除特定基因或编辑基因以恢复其正常功能来消除疾病的根本原因和治疗疾病。特别地,CRISPR基因编辑技术如今经常用于免疫疗法中,通过校正免疫细胞中的基因来诱导它们选择性地攻击癌细胞。

Jang博士改进了CRISPR基因编辑系统,使得在没有外部载体的情况下能够让这种基因编辑系统穿过细胞膜(ACS Nano, 2018,12,8,7750-7760)。然而,存在多个调节免疫活性的基因,而且诱导安全、便捷的免疫治疗技术尚未充分开发。通过合作,Jang团队和Hong团队进一步改进这种CRISPR基因编辑系统,开发出一种适用于免疫治疗的技术,从而允许在没有外部载体的情形下将基因转移到淋巴瘤细胞中,同时实现校正多个基因的目的。

现有的基因编辑技术主要是通过病毒转导或电穿孔的方法,将基因转移到淋巴瘤细胞中。病毒转导方法通常诱导不想要的免疫应答,并且很有可能将基因插入错误的基因组序列中。此外,电穿孔需要单独且昂贵的设备,难以一次性校正大量细胞,并且导致较低的细胞活力。

这些研究人员开发出的这种新技术同时靶向已知用于抑制免疫系统的抑制性免疫检查点中的PD-L1和PD-L2。这种治疗效果得到证实,这表明靶向这些免疫检查点不会干扰免疫系统,而且细胞毒性T淋巴细胞直接攻击癌细胞,从而增加抗癌免疫应答。

Jang博士说,“这种新开发的基因编辑系统可以应用于各种类型的免疫细胞,因此有望用于各种疾病的治疗开发,不仅包括癌症,还包括自身免疫和炎症性疾病。”(生物谷 Bioon.com)

参考资料:

1.Anna Ju et al. A carrier-free multiplexed gene editing system applicable for suspension cells. Biomaterials, 2019, doi:10.1016/j.biomaterials.2019.119298.

2.A new path to cancer therapy: Developing simultaneous multiplexed gene editing technology
https://phys.org/news/2019-08-path-cancer-therapy-simultaneous-multiplexed.html

Nat Commun:新型CRISPR方法鉴定出弓形虫在宿主体内存活的关键基因

基因君


2019年9月15日讯/生物谷BIOON/—在一项新的研究中,通过使用一种基于CRISPR的基因筛选方法,来自英国弗朗西斯-克里克研究所的研究人员鉴定出弓形虫在小鼠体内存活的关键基因。相关研究结果近期发表在Nature Communications期刊上,论文标题为“A CRISPR platform for targeted in vivo screens identifies Toxoplasma gondii virulence factors in mice”。

Nat Commun:新型CRISPR方法鉴定出弓形虫在宿主体内存活的关键基因
图片来自Nature Communications, 2019, doi:10.1038/s41467-019-11855-w。

这项研究提供了一种灵活的新方法,可用于扩大CRISPR筛选的使用范围。这种方法还允许在小鼠体内同时测试弓形虫的数百个基因,从而极大地减少了所使用的研究动物的数量。


用于CRISPR筛选的通用文库生成

CRISPR筛选是鉴定基因功能的极其有效的方法。通过使用向导RNA(gRNA),特定基因被靶向“敲除”。这种敲除有助于确定哪些基因对于细胞存活至关重要。然而,这些筛选通常在全基因组范围内进行,而且这种规模会限制人们可以做的实验类型。

为了克服全基因组筛选的局限性,这些研究人员开发了一种新方法,即使用单步克隆方法快速生成和分析不同大小和组成的自定义CRISPR文库。

论文通讯作者、弗朗西斯-克里克研究所的Moritz Treeck说,“这种构建和分析仅靶向一部分基因的gRNA库的方法使得我们能够更快地执行CRISPR筛选并将它们转移到体内感染模型中。”

靶向感兴趣基因的gRNA是从一组序列中选择出来的,随后将它们克隆并组装到合并的CRISPR文库中。随后将这种自定义的CRISPR文库转染到弓形虫中以产生突变体库,接着在小鼠或细胞培养物中培养这些弓形虫突变体。通过对输入和输出的突变体库进行测序,我们能够识别那些在任何选择条件下对生长都很重要的基因。”


新基因

弓形虫(Toxoplasma gondii)是一种影响大约三分之一人口的寄生虫。虽然在健康的个体中几乎没有与感染相关的症状,但是弓形虫对艾滋病患者和子宫中的儿童发育是严重的威胁,而且引起眼部疾病的致病性弓形虫虫株在南美洲是普遍存在的。在此之前,全基因组基因筛选已在体外被用来识别在体外培养的细胞中生长所需的基因,但是目前还没有筛选方法来识别那些对调节宿主免疫反应和确保在体内存活至关重要的称为“毒力因子(virulence factor)”的基因。

论文共同第一作者、弗朗西斯-克里克研究所博士后研究员Joanna Young说,“通过选择一部分基因进行靶向,我们不会在弓形虫能够繁殖之前冒着压倒宿主的风险。我们用弓形虫突变体库感染小鼠,我们预测它们会与宿主发生相互作用。这揭示了新的毒力因子,并证实了之前的研究中已知的那些毒力因子。”

有趣的是,这些研究人员还发现,一些无法自行存活的弓形虫虫株在混合的突变体库感染的小鼠中能够成功地存活下来。

Joanna解释道,“比如,MYR1基因是许多弓形虫分泌蛋白发挥功能所必需的,如果没有它,这种寄生虫就无法发起感染。但是,我们吃惊地发现当与其他的突变体一起感染小鼠时,MYR1敲除突变体仍然能够在小鼠中存活下来。如今,我们需要找出这种情况是如何发生的。”


下一步

下一阶段的研究已在进行中。这些研究人员想要识别单个CRISPR突变体和受感染宿主细胞的完整RNA,以确定特异性干扰宿主反应的毒力因子。(生物谷 Bioon.com)

参考资料:

1.Joanna Young et al. A CRISPR platform for targeted in vivo screens identifies Toxoplasma gondii virulence factors in mice. Nature Communications, 2019, doi:10.1038/s41467-019-11855-w.

2.Novel CRISPR method identifies key genes for Toxoplasma survival
https://phys.org/news/2019-09-crispr-method-key-genes-toxoplasma.html

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