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基因改造奶牛有望成为传染病大爆发的第一道防线

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在最近一次非洲西部埃博拉病毒爆发时,医生用埃博拉病毒爆发后幸存者的血浆来治疗染病患者。在没有任何已批准药物治疗埃博拉病毒患者的情况下,幸存者血浆中的保护性蛋白是帮助患者抵抗疾病的唯一希望。
基因改造奶牛有望成为传染病大爆发的第一道防线
一家生物技术公司希望利用类似的方法治疗更多种传染疾病,唯有一点不同:利用奶牛而非人体作为血浆提供者。
来自南达科他州(South Dakota)的生物技术公司SAB Biotherapeutics提出对奶牛进行适当基因改造,以生产能够消灭有害外来致病菌的人源抗体。该方法以快速、高产量着称,能够用来治疗多种传染病,例如中东呼吸综合征(Middle East respiratory syndrome,MERS)、埃博拉病毒以及流感等。
世界卫生组织(WHO)近日从6项有望应对世界疾病爆发的技术平台中选出了该生物技术公司的方法。
SAB Biotherapeutics公司的总裁兼首席执行官艾迪·沙利文(Eddie Sullivan)称:“抗体是人体抵抗疾病的天然手段。”
沙利文及其同事通过敲除奶牛基因的一小部分并替换为人工合成的人类基因片段,该基因片段包含表达人体抗体蛋白的基因信息。
研究者向奶牛注射目标疾病的抗原,就是能够引起机体免疫系统反应并产生抗体的外源物质。一旦奶牛生产足够多的抗体,研究者就会收集其血浆并分离出抗体作为治疗药物。这个过程,从注射抗原疫苗到最终产物,需要花费两个半月。这在面临疾病大爆发时,是一种非常快速、高通量的生产方法。
研究者早就尝试过利用动物产生抗体治疗疾病。但是动物生产的抗体对人体有很严重的副作用。沙利文认为SAB公司的抗体不太可能有副作用,因为人源基因改造的奶牛生产的抗体似乎和人类抗体一样。
基因改造奶牛有望成为传染病大爆发的第一道防线
血浆中的抗体,也称为免疫球蛋白,几十年来一直被用来治疗多种疾病。但是局限性在于需要大量的抗体才能有效治疗疾病。
利用基因改造奶牛的好处在于,其能生产远远多于人类机体产生的抗体。据沙利文称,根据疾病的情况,一只奶牛一个月能够制造出300~1000人的剂量。
在埃博拉病毒爆发期间,研究表明接受血浆治疗的病人死亡率只是稍稍低于未接受血浆治疗的患者——31%比38%。但是这并不意味着血浆不管用,因为医疗人员当时并没有时间测量捐赠者体内的抗体水平。
Biotherapeutics公司基因改造奶牛生产的人类抗体首先在健康成人体内进行了MERS第一阶段安全性实验。如果结果是安全的,该公司计划在当地具有MERS病例的国家进行第二阶段试验。SAB公司同时也和美国陆军传染病医学研究所合作,进行更加广泛的致病原试验,包括汉坦病毒(hantavirus),这是一种由啮齿类动物传播的罕见且致命的病毒感染。
虽然这项技术前景十分诱人,但是WHO也指出制造这些药物的成本可能会很高——每克需2000美元。根据沙利文所称,每只奶牛每月能生产150~600克抗体,这意味着这种药物将会十分昂贵。世卫组织报道称,昂贵的价格也意味着许多将受益于该药物的国家很有可能因负担不起制造费用而不能自己生产。(生物谷Bioon.com)

GSK 及诺华获得蓝鸟生物专利 开发基因疗法和 CAR- T 细胞疗法

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美国生物技术公司蓝鸟生物(Bluebird Bio)近日宣布分别与英国制药巨头葛兰素史克(GSK)和瑞士制药巨头诺华(Novartis)就其专有的慢病毒载体平台达成了全球许可协议。
根据协议条款,葛兰素史克将获得蓝鸟生物慢病毒载体技术相关专利的非独家授权,用于开发和商业化基因疗法,治疗维斯科特 – 奥尔德里奇综合征(Wiskott-Aldrich syndrome,WAS,别名:维 – 奥二氏综合征)和异染性脑白质营养不良(metachromatic leukodystrophy,MLD)。
这 2 种疾病均为罕见的遗传性疾病;其中,WAS 即湿疹血小板减少伴免疫缺陷综合征,是一种少见的 T 细胞、B 细胞和血小板均受影响的 X – 连锁隐性遗传性疾病,以免疫性缺陷、湿疹和血小板减少三联症为临床表现。MLD 则是一种常染色体隐性遗传性疾病,是较常见类型的脑白质营养不良,该病又名异染性白质脑病,是一种严重的神经退化性代谢病,是最常见的溶酶体病。
在另一项协议中,诺华将获得蓝鸟生物慢病毒载体技术相关专利的非独家授权,应用于开发和商业化嵌合抗原受体 T 细胞疗法(CAR-T,包括诺华自己的抗 CD19 CAR- T 实验性疗法 CTL019),用于肿瘤治疗领域。值得一提的是,就在最近,诺华也与比利时的生物技术公司 Celyad 签署了一项非独家协议,获得了后者开发的一种异基因嵌合抗原受体(CAR)T 细胞技术,用于诺华 2 个未披露的肿瘤学靶标。
蓝鸟生物是基因治疗领域的先驱,该公司位于美国马萨诸塞州,是一家处于临床阶段的生物技术公司。近年来,该公司已根据其专有的慢病毒载体技术成功建立起了涵盖基因疗法、T 细胞免疫治疗技术、基因编辑技术在内的集成式产品平台,所开发的候选产品具有应用于严重遗传性疾病和癌症领域的潜力。
该公司的基因治疗管线项目包括:(1)Lenti-D,目前处于 II/III 期临床开发,用于脑肾上腺脑白质营养不良(cerebral adrenoleukodystrophy,CALD)的治疗;(2)LentiGlobin,目前处于 4 个临床研究中,用于输血依赖性β地中海贫血和重度镰状细胞病的治疗。
该公司的肿瘤学管线项目基于慢病毒载体基因递送技术和 T 细胞工程技术,专注于新颖 T 细胞免疫疗法的开发,包括嵌合抗原受体 T 细胞疗法(CAR-T)和 T 细胞受体疗法(TCR),其先导候选产品包括 bb2121,这是一种抗 BCMA CAR- T 项目,与新基(Celgene)合作开发,目前处于 I 期临床,用于复发性 / 难治性多发性骨髓瘤(R/R MM)的治疗。
此外,蓝鸟生物开发的 megaTAL/ 归巢核酸内切酶基因编辑技术具有应用于该公司整个管线的潜力。其管线资产如下表所示。(生物谷 Bioon.com)
GSK 及诺华获得蓝鸟生物专利 开发基因疗法和 CAR- T 细胞疗法

Nature Genetics:青春期提前,癌症风险增加,都是基因惹的祸!

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Nature Genetics:青春期提前,癌症风险增加,都是基因惹的祸!

4月24日,迄今为止最大的关于男性和女性青春期开始时间的基因组分析发表于 Nature Genetics 上,该研究确定了 389 个与青春期开始时间相关的基因信号,是之前已知数量的四倍。

这项研究由剑桥大学医学研究委员会流行病学部和 ReproGen 国际联盟的科学家领导完成。该研究还发现了新的基因证据,表明青春期的提前,与后期性激素敏感癌症的风险增加相关,这些癌症包括女性的乳腺癌、卵巢癌和子宫内膜腺癌,以及男性的前列腺癌。而且,这种影响在控制体重后仍然存在,目前研究已知体重本身也是影响青春期开始时间和癌症风险的因素。

文章通讯作者,剑桥大学的 John Perry 表示,“以前的研究表明青春期开始时间与几十年后的疾病风险相关,但是不清楚这种关联性是否继发于其他因素,如体重等。我们的这项研究已确定了青春期提前与癌症风险增加之间的直接因果关系。较早进入青春期的人,其整个生命期中性激素水平会高于常人,这或可解释这种与癌症风险的关系,但我们需要进行更多的研究来了解其中所涉及的具体机制。我们的目标是了解这些疾病的联系,从而帮助预防疾病。”

青春期开始的时间在个体间差异很大,较早进入青春期可能对一些青少年,例如对积极参加运动的男孩来说有好处,但似乎对后期健康有很大的负面影响,如罹患心脏病和某些癌症风险会提高。

通过对 329,345 名女性整个基因组中的基因变异进行详细评估,该研究确定了 389 个与女性青春期开始年龄相关的基因信号。这一结果随后在冰岛 deCODE 研究的 39,543 名女性中进一步得到了证实。这些基因信号中,研究人员现许多信号也影响变声开始的年龄,这是男性进入青春期的标志之一。据悉,这些数据来自 ReproGen 联盟的 40 项研究以及 UKBiobank 和 23andMe 的客户。

这些发现揭示了调节青春期开始时间的机制。Perry 博士说:“我们的研究结果突出了青春期开始时间的生物学复杂性,其开始时间可能由数千种基因因素及众多环境触发因素共同控制。”

文章共同通讯作者剑桥大学的 Ken Ong 博士还表示,“一个引人注目的发现是印记基因(imprinted genes)在其中的作用。印记基因是指只表达亲本一方的遗传信息,而另一方处于关闭状态的一类基因。我们鉴定出两个基因中的罕见变异,当继承自父亲时,它们使青春期开始的年龄提前,当继承自母亲时则没有这种影响。这个发现非常有趣,因为这表明母亲和父亲对青春期开始时间的影响可能不同。”生物谷 (Bioon.com)

原文出处:

Felix R Day et al. Genomic analyses identify hundreds of variants associated with ageat menarche and support a role for puberty timing in cancer risk. Nature Genetics(2017).DOI: 10.1038/ng.3841

中国研究人员破译茶树基因组

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中国研究人员破译茶树基因组

中国研究人员 1 日在美国《分子植物》杂志上报告说,他们破译了世界三大饮料植物之一茶树的基因组,这将能帮助解释为什么茶是世界上被广泛饮用的饮料,并有望带来新的茶树品种。

世界三大饮料植物中的咖啡树和可可树的基因组已相继在欧美国家完成测序。

中国科学院昆明植物研究所高立志研究员带领的研究团队于 2010 年首次在国际上启动了茶树基因组计划,联合华南农业大学、云南农业大学等多个机构,历时 5 年完成了栽培茶树大叶茶种“云抗 10 号”基因组的测序、组装、注释与分析,获得了世界上第一个较高质量的茶树参考基因组。

高立志告诉新华社记者,他 2006 年底从美国回国后,调研发现中国茶叶产业片面追求通过茶文化的宣传来树立茶叶品牌,茶树的生物学、遗传基础研究薄弱,茶树植物基因资源利用效率低下,茶树新品种选育迟缓,这让他萌生了开展茶树基因组研究、探究茶叶生物学秘密的想法。

最新研究显示,“云抗 10 号”基因组十分庞大,拥有约 30.2 亿个碱基对,基因近 3.7 万个,但其中重复序列含量极高,约占整个基因组的 80.9%。茶树近期曾经发生过一次全基因组重复事件,导致与茶叶的香气、风味与品质密切相关的诸如黄酮、萜类等生物合成相关的基因家族显着扩增。

自然选择促进了茶树抵抗生物逆境和非生物逆境的基因大量增长,诠释了为什么茶树可以广泛种植在亚洲、非洲、欧洲、美洲和大洋洲不同气候条件下的多样化生境中,从而成为世界性饮料植物。

茶树所在的山茶属植物多达 119 种,一个长期悬而未决的问题是为什么只有茶组植物的叶子适合制茶,而茶花、油茶和金花茶等非茶组植物的叶片不适合当茶喝。最新分析显示,高含量的茶多酚和咖啡因决定了山茶属植物是否适合制茶。

高立志等人还发现,茶树和其他山茶属植物的咖啡因生物合成途径可能起源于可可,但后来经历了独立进化。

研究人员在一份声明中说:“茶树高质量基因组图谱的成功绘制揭示了决定茶叶适制性、风味和品质以及茶树全球生态适应性的遗传基础,必将大大加速茶树功能基因组学研究和优异新基因发掘,加快旨在提高茶叶品质和适应性的茶树新品种培育。”

研究人员指出,茶树的野生近缘物种因蕴藏着丰富的优异新基因,是未来茶叶品质改良的巨大宝库,像厚轴茶就含有非常高的茶多酚但是极低的咖啡因,具有培育茶树新品种的巨大潜力。

茶树据信起源于中国的云南、四川等地,而茶最早作为饮料的可信记录可推至公元前 3 世纪的商代。目前,全球喝茶的人数达 30 亿。(生物谷 Bioon.com)

Nat Biotechnol:新型基因编辑策略或有望攻克癌症

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Nat Biotechnol:新型基因编辑策略或有望攻克癌症

图片摘自:NIH

2017年5月3日 讯 /生物谷BIOON/ –最近,一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究报告中,来自匹兹堡大学医学院的研究人员通过研究利用CRISPR基因编辑技术开发出了一种新型的基因疗法,这种基因疗法能够有效靶向作用促癌“融合基因”,并且改善恶性肝癌和前列腺癌小鼠模型的生存率。

研究者Jian-Hua Luo表示,这项研究中我们首次利用基因编辑技术特异性地靶向作用癌症融合基因,这也为后期我们开发治疗癌症的新型疗法提供了一定线索。融合基因通常和癌症发病相关,当先前分离的基因结合在一起候就会形成融合基因,随后融合基因就会产生一种异常蛋白诱发癌症发生。

此前研究人员鉴别出了诱发前列腺癌复发和恶性前列腺癌的一组融合基因,在Gastroenterology杂志上发表的一篇研究报告中,研究者Luo及其同事在多种类型的癌症中发现了一种名为MAN2A1-FER的融合基因,包括肝癌、肺癌和卵巢癌等,该基因主要会诱发肿瘤快速生长以及侵袭性的发生。

当前研究中,研究人员成功利用CRISPR-Cas9基因编辑技术靶向作用融合基因所形成的特殊DNA序列,研究者利用病毒来运输基因编辑工具,对融合基因中的突变DNA进行切割,同时以能够诱发癌细胞死亡的基因替换突变的DNA,由于融合基因仅在癌细胞中存在,因此基因疗法就具有高度的特异性,当基因疗法进入临床试验后其往往也会带来更少的副作用。

研究人员利用接受人类前列腺癌细胞和肝癌细胞移植物的小鼠模型进行研究,对癌症融合基因进行编辑能够使得肿瘤尺寸降低30%,在为期8周的观察性研究中,并没有小鼠表现出任何癌症转移迹象,所有小鼠均存活。相比较而言,在利用病毒治疗切除另外一种并非在肿瘤中存在的融合基因的对照小鼠中,肿瘤尺寸增加了将近40倍,而且大部分动物机体中都观察到了癌症转移,在实验结束之前所有的动物都死亡了。

这项研究中研究者阐明了另外一种能够有效抵御癌症的新型疗法,研究者Luo说道,其它类型的癌症疗法能够靶向作用步兵部队,而我们的方法是靶向作用指挥中心,因此这种新方法并不会给癌细胞大部队重新反击的机会。此外,这种新型癌症疗法由于传统癌症疗法的一点就在于其适应性较好,诱发标准化疗无效的常见问题就是癌细胞会产生新型突变对疗法耐药,利用基因编辑技术,研究人员就能够对新型突变进行靶向作用来抵御疾病的产生和复发。

未来,研究人员将会通过更为深入的研究来检测是否这种新型策略能够完全消除疾病,而不是诱导患者疾病出现部分缓解。(基因宝jiyinbao.com)

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原始出处:

Zhang-Hui Chen,Yan P Yu,Ze-Hua Zuo, et al. Targeting genomic rearrangements in tumor cells through Cas9-mediated insertion of a suicide gene. Nature Biotechnology (2017) doi:10.1038/nbt.3843

HMG:美国科学家灵长类动物基因编辑试验首获成功

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HMG:美国科学家灵长类动物基因编辑试验首获成功

图片摘自:CC0 Public Domain

2017年5月3日 讯 /生物谷BIOON/ –小鼠是人类医学进步研究的良好基础模型,然而其机体尺寸和生理学特性的差异也让它们缺少了人类医学研究的重要领域,包括神经学和生殖学领域的研究等。近日,一项刊登在国际杂志Human Molecular Genetics上的研究报告中,来自密歇根州立大学等机构的研究人员通过研究首次利用CRISPR/Cas9基因编辑技术对猕猴胚胎进行了编辑,这也就是在美国进行的首个非人类灵长类动物的基因编辑。

这项研究能够帮助研究人员寻找在非人类的灵长类动物中进行的基因编辑技术,同时以此基因编辑后的灵长类动物作为模型来开发治疗疾病的新型疗法,包括药理学、基于基因和干细胞的疗法等。研究者Keith Latham说道,这项研究中我们首次实现了利用CRISPR在非人类的灵长类胚胎中进行基因编辑;利用非人类的灵长类胚胎进行研究非常重要,因为其非常接近于人类的机体状况,这就能够更好地帮助我们开发更好的疗法,并且有效抑制临床试验中可能出现的一些额外风险。

小鼠的解剖学和生理学结构与人类存在很多方面的不同,如今在理解疾病发病机理的很多研究进展上都是首先利用小鼠模型进行的,然而从成功的小鼠模型研究跨越到临床试验往往比较困难,而且在很多领域的研究中是并不可能实现的。研究者指出,如果科学家们想检测治疗痴呆症、阿尔兹海默病或自闭症的药物,理想的模型应该能够更好地反应人类机体的表现,比如在一些症状的减轻上、副作用的出现,包括对相同病变的承受时间或者表现出和人类一样类似的行为特征等。

灵长类动物能够更好地作为人类多种疾病研究的模型,比如在一些外科手术、植入物、假肢的开发和其它疗法中,灵长类动物都要优于啮齿类动物。除了小鼠之外,CRISPR基因编辑技术在很多物种中都表现出了巨大的基因编辑潜力,如今在美国研究人员在灵长类动物中进行基因编辑或许能够让更多的科学家进行模型整合用来进行更为深入的研究。

技术的进步也能够让科学家们解决一些和研究相关的技术瓶颈,用于遗传学研究的果蝇在两周内就能够实现繁殖,而具有一些遗传特性的啮齿类动物却能够很容易被管理并且在数天内运送到实验室中进行研究;而饲养灵长类动物则需要花费大约1.5万美元,而且还需要花费4-6年时间才能够培育出一只成熟且具有理想遗传特性的猴子。

如今研究人员在灵长类动物中所实现的基因高效率编辑就能够使得其值得其所开发的成本以及研究人员的等待;目前很多人都非常关心如何维持猴子福利(幸福)情况,研究者后期将会遵循严格的步骤来确保一种优先级关系,因此同密歇根州立大学的研究人员进行合作将能够实现科学研究和动物福利的一个最佳组合。(基因宝jiyinbao.com)

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原始出处:

Midic U, Hung PH, Vincent KA, et al. Quantitative assessment of timing, efficiency, specificity, and genetic mosaicism of CRISPR/Cas9 mediated gene editing of hemoglobin beta gene in rhesus monkey embryos. Hum Mol Genet. 2017 Apr 21.

doi: 10.1093/hmg/ddx154

Nat Commun:干细胞基因或可控制骨骼肌再生

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Nat Commun:干细胞基因或可控制骨骼肌再生

图片来源:medicalxpress.com

2016年10月14日 讯 /生物谷BIOON/ –我们都知道,Prox1基因在胚胎发育过程中扮演着重要的角色,日前,一项刊登在国际杂志Nature Communications上的研究报告中,来自芬兰的研究人员通过研究发现,Prox1基因或许对于骨骼肌干细胞的分化也非常关键。骨骼肌不仅对于运动非常重要,而且对于整个机体新陈代谢的调节也很关键,在机体损伤之后肌肉有着强大的能力进行再生,同时还能够不断适应运动训练。

此前研究中,研究人员通过研究发现,Prox1基因或许也有黑暗的一面,比如其在结直肠癌的发生过程中扮演着重要的作用。如今研究者发现,名为卫星细胞的骨骼肌干细胞同样能够表达Prox1基因,而且当该基因处于活化状态时卫星细胞能够分化为肌肉纤维。

研究者指出,我们在成年人的慢肌纤维中也能够发现Prox1基因的表达,机体中的慢肌纤维具有良好的耐力和高度的代谢活性,成人机体中大约有一半的骨骼肌都是慢肌纤维肌肉,研究者Kivela说道,在小鼠机体中,Prox1基因能够将快肌纤维转换为慢肌纤维,而剔除Prox1基因则会增加快肌纤维基因的活性。

最后研究者表示,本文研究阐明了Prox1基因在卫星细胞分化分化及慢肌纤维维护过程中扮演的重要角色,为后期深入研究人类肌肉和代谢疾病,比如2型糖尿病等疾病的发病机制提供了新的研究线索,研究者Kivela说道,在人类机体中,Prox1基因的多态性和2型糖尿病发病风险增加直接相关。(基因宝jiyinbao.com)

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The transcription factor Prox1 is essential for satellite cell differentiation and muscle fibre-type regulation

Riikka Kivelä, Ida Salmela, Yen Hoang Nguyen, Tatiana V. Petrova, Heikki A. Koistinen, Zoltan Wiener & Kari Alitalo

基因学证实了吸烟确实会引发冠心病!

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基因学证实了吸烟确实会引发冠心病!
研究人员已经找到基因学解释,说明吸烟是如何导致冠心病(CHD)的。许多人具有降低与动脉阻塞脂肪斑块和CHD相关酶水平的保护性基因型。然而,在携带该基因的人中,吸烟会抵制其保护作用。
研究领导者Muredach P. Reilly,MBBCH,MSCE,Herbert和Florence等人说:“我们的研究结果表明,抑制这种酶的干预措施对吸烟者特别有益,也可能对缓解冠心病风险升高有帮助。”
该研究是同类研究中最大的,今天在“循环”杂志上发表。
已知吸烟引起约五分之一的冠心病,并且与全世界每年约160万人死亡有关。但吸烟导致CHD的确切机制尚不清楚。为了进一步了解遗传学如何影响吸烟与心脏病之间的相互作用,研究人员汇集了以前29次研究中14多万人的遗传数据。他们分析了以前与CHD风险增加相关的45个小区域的基因组。他们假设,对于其中一些区域,吸烟者的相关心脏病风险与非吸烟者不同。
分析表明,在染色体15上单个DNA“字母”(在表达血管中酶ADAMTS7的基因附近)的变化使非吸烟者的心脏风险降低了12%。然而,具有相同变异性的吸烟者的CHD降低风险只有这种遗传变异的保护作用的一半以上。
位于基因附近的DNA变异有时抑制基因的活性,引起其产生的蛋白质的正常水平。在这种情况下,研究人员发现,保护患者免于CHD的单字母DNA变异导致ADAMTS7的产生显着下降。
在最近的一项小鼠研究中,Reilly博士的实验室证实,ADAMTS7的遗传缺失减少了动脉中脂肪斑块的积累,这表明阻断该酶的产生或功能可能是降低CHD风险的一种方法。
在目前的研究中,当研究人员对冠状动脉细胞应用香烟烟雾液体提取物时,ADAMTS7的细胞产量增加了一倍以上,支持了吸烟可能通过增加ADAMTS7水平来抵消对CHD的遗传保护的结论。
“这是解决导致CHD的基因-环境相互作用的复杂难题的第一个大步骤之一,”该研究首席作者说道。
在未来的研究中,研究人员希望确定ADAMTS7变体如何保护CHD,吸烟如何影响产生酶的基因的活性,以及是否减少或抑制ADAMTS7可以减缓由于吸烟引起的动脉粥样硬化的进展。
Reilly博士说:“这项研究是精神医学和精神卫生领域新兴领域的一个重要例子。 “通过这些大规模的遗传学研究,我们开始了解在某些环境暴露或生活方式行为中推动风险的遗传变异,并不是每个人对相同的暴露或行为都有相同的反应,例如,有些人不锻炼可能会得糖尿病,而有些人则不会。我们不是说每个人都符合这些规则,而是指定哪些干预措施对特定人群或个人特别有利,更有效地关注我们的健康资源。”
该研究题为“由于基因-吸烟相互作用导致的ADAMTS7基因座的心脏保护作用的丧失”。(生物谷Bioon.com)

【Nature重磅】CRISPR再立功,华人科学家首次特异性靶向癌症融合基因

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【Nature重磅】CRISPR再立功,华人科学家首次特异性靶向癌症融合基因
KillerT cells surround a cancer cell. 来源于 NIH
2017年5月2日–昨天,匹兹堡大学医学院研究人员在Nature子刊《Nature Biotechnology》在线发表了一项新的研究结果,表明使用CRISPR基因组编辑技术可以有效地靶向致癌“融合基因”,减小肿瘤大小并改善了侵袭性肝癌和前列腺癌小鼠模型的生存期。
【Nature重磅】CRISPR再立功,华人科学家首次特异性靶向癌症融合基因
Jian-HuaLuo博士
High Throughput 基因组中心主任、Pitt医学院病理学教授、首席研究员Jian-Hua Luo博士解释说:“这是第一次使用基因编辑技术来特异性靶向癌症融合基因。这真是令人兴奋,因为它为可能成为治疗癌症的全新途径奠定了基础。
当两个先前分离的基因连接在一起并产生可引起或促进癌症的异常蛋白质时,通常是与癌症相关的融合基因形成。所谓融合基因,是指将两个或多个基因的编码区首尾相连.置于同一套调控序列控制之下,构成的嵌合基因。融合基因的表达产物为融合蛋白。
Luo和他的团队以前已经确定了一组跟复发和侵略性前列腺癌相关的融合基因。今年早些时候在《Gastroenterology》杂志上发表的一项研究中,该团队报告说,一种称为MAN2A1-FER的融合基因被发现在肝癌、肺癌和卵巢癌等几种类型的癌症中,会促进肿瘤快速的生长。
【Nature重磅】CRISPR再立功,华人科学家首次特异性靶向癌症融合基因
introduce EGFP-tk into the breakpoint of TMEM135–CCDC67
在这次的研究中,研究人员采用CRISPR-Cas9基因组编辑技术来靶向由于基因融合形成的独特DNA序列。该团队使用病毒来传递剪切融合基因的突变DNA的基因编辑工具,并置换为癌细胞致死基因。因为融合基因只存在于癌细胞中,健康的细胞中是没有的。所以通过基因治疗靶向融合基因具有高度的特异性,这种方法在转化到临床应用上时可能会显着减少副作用,这是其他癌症治疗方法如化疗的主要关注点。
研究人员使用接受人前列腺癌和肝癌细胞移植的小鼠模型进行研究。编辑癌症融合基因导致肿瘤大小降低了30%。同时没有一只小鼠发生癌细胞转移,并且在八周观察期间都存活。相比之下,在对照组小鼠中,敲除另一种不存在于其肿瘤中的融合基因的小鼠,肿瘤体积增加了近40倍,大多数动物都观察到了癌细胞转移的现象,并且在研究结束前小鼠全部死亡。
【Nature重磅】CRISPR再立功,华人科学家首次特异性靶向癌症融合基因
xenografted prostate cancers in SCID mice
Luo说:“新的研究结果表明了一种全新的抗癌方法。其他类型的癌症治疗方式针对的是军队的士兵,而我们的方法是瞄准指挥中心,这就使得敌方士兵变为一盘散沙,无力反击。”
相比较传统癌症治疗,这个新型疗法的另一个优点是具有很强的适应性。使标准化疗法无效的常见问题就是癌细胞的突变。Luo指出,当我们使用基因编辑技术时,就不需要担心这个问题了,因为新的突变会成为继续对抗癌症的新靶标。
基因编辑颠覆了传统疗法,可谓是生物界的一股旋风,成功地扮演了整个基因治疗领域搅局者的角色。CRISPR的登场,更是把基因治疗的武器库升级到一种前所未有的高度。不仅仅是在癌症领域,CRISPR技术在攻克HIV病毒上也是捷报不断。
2017年4月,美国《MolecularTherapy》杂志刊登了美国天普大学华人科学家胡文辉等人的最新研究成果:他们利用基因编辑技术,从多靶点高效剔除了一种人源化小鼠多个器官组织中的人类HIV病毒。
【Nature重磅】CRISPR再立功,华人科学家首次特异性靶向癌症融合基因
HIV-DNA-snipping
胡文辉和同校同事卡迈勒·哈利利以及匹兹堡大学杨文彬等人首先利用HIV病毒感染人源化BLT小鼠,然后借助腺相关病毒(AAV)作为载体,把有“基因剪刀”之称的CRISPR/Cas9基因编辑工具运送到潜伏感染小鼠体内。2到4周后,他们在多个小鼠器官组织中检测到艾滋病病毒基因组被切除。
众所周知,HIV病毒基因具有“善变性”,胡文辉团队这次提出了一种新思路,用多靶点基因编辑取代单靶点,以遏制病毒逃逸。他们针对艾滋病病毒转录区和结构区设计了4个向导RNA(核糖核酸),引导Cas9酶到预定位置实现多靶点切除,显着增加了艾滋病病毒的剔除效率。运用“基因魔剪”剔除艾滋病病毒还有一大优点:不影响靶细胞的存活和功能,即“只杀病毒不杀细胞”。
虽然目前基因编辑疗法尚不能100%清除动物体内的艾滋病病毒,但能够显着降低潜伏病毒量,因此与抗逆转录病毒药物组合使用不失为一种有希望的艾滋病治疗策略。
CRISPR技术让基因编辑领域迎来了新一轮掘金热潮。在多个领域传来令人振奋的消息,可见其广泛的应用前景,相信由它带来的一场巨大变革即将到来。
参考出处:
http://www.futurity.org/university/university-of-pittsburgh/
https://medicalxpress.com/news/2017-05-gene-approach-cancer-treatment-mice.html
http://www.cell.com/molecular-therapy-family/molecular-therapy/references/S1525-0016(17)30110-7

Sci Rep:国内首个基于消费级基因数据构建的中国人高精度父系祖源图谱发表

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Sci Rep:国内首个基于消费级基因数据构建的中国人高精度父系祖源图谱发表
近日,Nature 出版集团旗下期刊 Scientific Reports 在线发表了来自 WeGene、中南大学,德国马普研究所的研究人员取得的最新研究成果。该工作基于来自消费级基因检测的 2139 名中国男性 Y 染色体数据,构建了更高精度的中国人父系祖源图谱。
对于人类基因组来说,Y 染色体是决定人类性别的染色体,因其只在男性中出现,而且不会有同源重组现象,可以忠实地保留父系信息,在分子人类学中,对研究人类的起源和迁徙有着重要意义。
文章第一作者,WeGene 生物信息专家姚笑天表示:现有的 Y 染色体已经成为人类走出非洲,并迁徙至世界各地的重要证据。目前,欧美人群的 Y 染色体精细谱系树已有较为系统、详尽的研究,而关于中国人的父系图谱的内部分枝结构的研究还有很多欠缺。
文章通讯作者王传超博士在复旦大学时师从国内分子人类学专家金力院士和李辉教授,现在德国马普研究所和哈佛医学院遗传学系继续从事分子人类学和古 DNA 方面的研究工作。王传超博士表示:随着高通量测序技术的应用,近年来在 Y 染色体上发现了数万个可能具有谱系识别力的 SNP 位点,但使用普通 PCR 和 SNaPshot 技术对这些位点的进一步验证和谱系定位却是耗时耗力、花费巨大。鉴于此,我们跟 WeGene 的生物信息团队一起设计了包含大量 Y 染色体、线粒体及其他常染色体上的共 60 万高质量位点的基因芯片。以数万中国人基因组数据为基础,构建、完善了东亚人群的高精度 Y 染色体谱系树。这对于理清中华民族的起源、迁徙和融合历史、法医身源鉴定等都有重要意义。
这项研究中,研究团队重点关注了 O2a1c-002611 这一 Y 染色体单倍群,利用 WeGene 芯片所涵盖的 Y 染色体上近两万个 SNP 的分型结果,找到了 89 个具有谱系鉴别力的 SNP 位点,并对 O2a1c-002611 进行了更精细的重构。根据新的单倍群树,其下游的 O2a1c1a-F11 在中国的汉族中经历了一次大的扩张,在现代汉族中占了高达 11.13% 的比例,并可以细分为 7 个更细的分支,比例占 0.187% 到 3.553% 不等。这一结果结合 O2a1c-002611 在藏缅等族群中的分布情况,将有助于研究人员进一步深入研究汉藏族群的起源和迁徙历程,对语言的起源和多样化研究也能起到参考作用。
据悉,这是第一篇基于消费级基因检测数据的中国人群基因组学研究论文。在此之前,美国的 23andme 等直接面向消费者基因检测公司已经基于所积累的大量基因组数据在 Nature Biotechnology 等诸多顶级期刊上发表多篇关于饮食喜好、抑郁症遗传病等领域的论文。
王传超博士表示,这一研究是依托 WeGene 近年来所积累的大量用户的基因组数据库,进行中国人基因组相关科学研究的一个新探索。我们成功地将在中国人中高频出现的 O2a1c-002611 单倍群的内部结构进行了高精度的构建。未来我们会继续基于这个模式,探索与中国人群有关的重要分子人类学问题。
文章另一位通讯作者、 WeGene 首席技术官陈钢博士表示:WeGene 通过与赛默飞、DNA Genotek、华大科技等全球一流的合作伙伴一起努力,在 DNA 样品质量、基因组数据质量等方面投入巨大,目的就是为了在确保用户得到可靠的检测结果的同时,还能让这些基因组数据在用户知情同意的情况下为中国人的基因组学研究作出贡献。
据悉,除了分子人类学方面的研究项目,WeGene 也正与上海交通大学、济宁医学院等机构开展关于尼古丁成瘾易感性、酒精成瘾易感性、女性痛经遗传因素等研究合作项目。(生物谷 Bioon.com)
原文出处:
Yao, X.et al.Improved phylogenetic resolution for Y-chromosome Haplogroup O2a1c-002611,Scientific Reports(2017).DOI:10.1038/s41598-017-01340-z

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