Nature:深度立体基因分析或可帮助理解机体肝脏的功能
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2017年4月11日 讯 /生物谷BIOON/ –如果你早晨醒来感觉精力充沛,头脑清楚, 那么你应该感谢机体肝脏在你吃早饭之前为你制造了一定的葡萄糖;在履行机体其它重要的功能中,肝脏还能够帮助清除体内的毒素并且在血液中产生大量的载体蛋白;近日一项刊登在国际著名杂志Nature上的研究报告中,来自魏兹曼科学研究院的研究人员通过研究发现,机体肝脏这种神奇的多任务处理技能至少部分是由于肝脏细胞中的精细劳动分工所造就的。
在每一个肝脏的微观世界中,一种六角小叶结构会组成洋葱样的同心层结构,通过绘制肝脏小叶结构所有细胞的基因活性图谱,研究者Shalev Itzkovitz博士及其同事就发现,每一层同心层结构都会发挥不同的功能,而且肝脏细胞能够被分为至少9种不同的类型,每一种类型都会专注于自己的任务。
研究者还发现,葡萄糖、凝血因子以及其它多种材料的合成都会发生于肝脏小叶的外层结构中,这些层状结构富含促进多种合成过程所需的氧气;肝脏小叶的内层结构则能够揭示毒素和其它物质被破碎的位点,而中层结构则能够证明其所拥有的功能,而不是作为纯粹的过渡区;研究者指出,这些中层结构中的细胞能够帮助制造一种名为铁调素的激素,而该激素能够调节血液中铁的水平。
诸如机体制造胆汁的特殊过程能够在不同的层中进行,这就好像生产线工作一样。当研究人员绘制所有肝脏细胞表达的图谱时他们意外发现了上述现象,当然肝脏也是首个进行类似研究的器官;文章中研究人员对1500个单一肝脏细胞的基因组进行了分析,随后建立了每个细胞中大约2万个基因的表达模式;同时研究者还对完整的肝脏组织进行了可视化分析,在荧光显微镜下对单个信使RNA分子进行了锁定。
随后研究者还利用特殊的算法对每个肝脏细胞中的基因表达进行了分析,同时锁定了肝脏小叶结构中细胞的位置,研究者指出,肝脏中有超过3500个基因的表达在每一层中都存在着较大变化,这些基因的数量是此前预测数量的大约10倍。对基因表达的深度分析或许能够帮助研究人员阐明常见肝脏疾病的发病原因和起源,包括肝癌和非酒精性脂肪肝,这些疾病影响着发达国家中大约五分之一人群的健康,此外,本文研究中研究者所开发的新方法或许还能够绘制机体中其它器官的基因表达图谱。(基因宝jiyinbao.com)
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原始出处:
Keren Bahar Halpern,Rom Shenhav,Orit Matcovitch-Natan, et al. Single-cell spatial reconstruction reveals global division of labour in the mammalian liver. Nature,16 February 2017. doi:10.1038/nature21065.
Illumina在中国的发展之路,从百元基因组测序说起
基因和环境谁对宝宝出生体重影响更大?Nature新研究给出答案
2016年9月29日讯 /生物谷BIOON/ –最近一项由多个研究机构进行的一项大型研究发现基因差异可以帮助解释为何有些宝宝一出生就与别的宝宝存在显著的体重差异。同时还揭示了基因差异如何将一个人早期生命阶段的生长情况与生命后期阶段患2型糖尿病以及心脏疾病的风险联系起来。这项发表在 Nature上的研究为预防和治疗这些疾病找到一些新方向。
研究人员表示,至少六分之一的出生体重差异与宝宝之间的基因差异有关。这是包括母亲孕期吸烟以及怀孕之前母亲的BMI等已知环境因素可以解释的体重差异的七到八倍。
科学家们已经知道宝宝出生体重如果显著低于或高于平均值,会大大增加几十年后患糖尿病的风险。直到现在许多研究人员仍然认为这种关联反映了胎儿发育过程中营养环境的长期影响:换句话说,早期生命阶段的事件可以对一个人的身体进行设定,让他们在后来的生命中更加容易患病。
在这项新研究中,研究人员发现与体重差异有关的基因区域和与糖尿病和心脏病风险有关的基因区域存在部分重叠。除了宝宝自身的基因,研究人员还发现母亲的基因也会影响宝宝的体重,这可能主要通过孕期改变宝宝的环境来发挥作用。
研究人员对全世界接近154000人的基因组差异进行了分析。通过将遗传信息与出生体重信息进行匹配,研究人员发现60个基因组区域显著影响出生体重。他们又分析了之前关于糖尿病和心脏病的研究数据,发现其中包含许多相同的基因区域。
研究人员指出,这些结果表明基因在早期生长与未来疾病风险之间起重要的联系作用,他们希望接下来能够更加深入地理解母亲和宝宝的基因如何共同作用影响宝宝体重和生命后期发生疾病的风险。(基因宝jiyinbao.com)
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Genome-wide associations for birth weight and correlations with adult disease
Rachel M. Freathy et al.
美首台家用基因检测仪获准上市
美国食品和药物管理局(FDA)近日宣布,允许新创公司23&Me直接向消费者销售其基因检测仪,该设备能同时检测阿尔茨海默症和帕金森综合征等10种疾病的遗传风险。这一期待已久的决定标志着首台家用基因检测设备正式获准上市,将开创DIY疾病检测新潮流。
23&Me公司表示,它们会尽快在未来几个月内提供这一全新服务。公司首席法规官凯斯·希布斯说:“这对我们公司和FDA来说都是具有分水岭意义的。”从2006年开始,陆续有消费者向该公司发邮件要求提供发色等遗传特征的分析服务,公司也曾提供一种能一次性检测240种健康状况的DNA检测设备,但在2013年被FDA紧急叫停。因其检测结果是否准确还不能确定,FDA担心消费者仅依靠该公司的检测信息就自行在家决定用药方案,可能造成严重后果。
2015年,FDA放宽限制,允许该公司向携带遗传缺陷的准父母提供检测服务,但只能检测其子女是否携带36种严重遗传基因的一种,不能检测准父母本人的患病风险。
此次,FDA向该公司完全开放绿灯,允许其直接向消费者提供检测设备,可一次性检测包括帕金森综合征、阿尔茨海默症、脂泻病以及血栓等10种疾病的强相关基因变异。业内人士对此表示欢迎。斯坦福大学生物伦理学家汉克·格瑞立表示,“这表明基因检测公司与FDA的合作向前迈进了一大步。硅谷公司长期以来与FDA关系紧张,认为FDA的严格规定不利于与生命攸关的健康产业发展”。
格瑞立认为,其他公司一定会跟进,提供类似服务,23&Me也会逐渐扩大基因检测涉及的病种。但是,这类检测并不等同于医学诊断,除了遗传变异,生活方式、家族病史以及环境等都会带来患病风险,消费者本人对检测结果的认知具有局限性,应该及时将在家检测结果告知医生,以寻求帮助。(生物谷Bioon.com)
“基因魔剪”成科研搅局者?推翻旧研究结论
在近日举行的美国癌症研究协会年会上,美国冷泉港实验室癌症生物学家杰森·谢尔泽陈述了他和同事最近的一项失败科研案例:备受瞩目的CRISPR/Cas9基因编辑技术“中断”了他们堪称“完美”的研究计划。
《自然》杂志网站的报道称,这一报告迅速在会场“炸开了锅”,号称蕴含巨大商机的“基因魔剪”CRISPR/Cas9技术竟然成了“搅局者”?
完美计划因其戛然而止
谢尔泽团队原计划运用当今热门的基因编辑工具CRISPR/Cas9,寻找那些能降低癌细胞增生速度的基因。他们已万事俱备,“只欠东风”——寻找一种具有类似功能的对照基因。
当时,母系胚胎亮氨酸拉链蛋白激酶(MELK)被认为是最佳选择,因为该蛋白水平在很多肿瘤细胞中表现出异常高度,且多项研究证明,抑制该蛋白可阻止癌细胞增生,甚至有几种MELK蛋白抑制剂已进入临床试验阶段。但谢尔泽团队利用CRISPR/Cas9技术敲除MELK基因后,并没有获得“抑制癌细胞扩增”的预期效果。他说:“这让我们陷入困境,不得不暂停所有实验。”
不断推翻其他研究数据
随着近几年CRISPR/Cas9技术逐渐普及,之前用其他类似技术获得的研究被揭示“存在数据错误”,迫使许多实验室重新评估甚至重做实验。现在,谢尔泽的实验室也加入这类“失败”大军之中。
麻省大学医学院分子生物学家内森·罗森是第一批系统比较不同基因工具研究结果的科学家。2015年,他和同事报告了两种基因编辑工具——锌指核酸酶技术和吗啉反义寡聚核苷酸技术对斑马鱼模型的研究结果存在50%到80%的不一致。
CRISPR/Cas9技术与其他基因编辑工具对其他生物的研究也出现诸多不一致的结论。在拟南芥植物模型中,CRISPR/Cas9技术推翻了之前“一种蛋白被认为能调节植物生长激素”的研究结论;在果蝇和人类细胞中,减少某个基因表达的RNA干扰技术(RNAi)和CRISPR/Cas9技术对同一个基因的研究结果出现了很多不一致。
对这些不一致的研究,一些人表示欢迎,认为其向科学界提出了新的课题;但许多人表达了不满,认为它们是“搅局者”。
“基因魔剪”数据更准确
斯坦福大学生物分子学家迈克尔·巴斯克表示,RNA干扰技术和基因编辑技术的结论冲突,并不意味着两种技术一个对、一个错。CRISPR/Cas9技术完全删除某个基因表达,而RNA干扰技术只能将该基因表达降低到非常低的水平,两种技术虽然操控了同一种基因,但细胞完全有可能出现不同的反应。他认为,造成这种结果差异的背后“肇事者”,应该归责于RNA干扰技术潜在的“脱靶效应”,研究人员应该用CRISPR技术重新“检验”之前技术得出的结论。
“之前用其他方法进行的基因筛选试验,基本上需要用CRISPR技术重来一遍,这将是一个大工程。”巴斯克说,“我认为,CRISPR获得的数据会更准确。”
回到谢尔泽的研究,因牵涉到推翻已进入临床试验的MELK基因研究,CRISPR技术得出的结论特别引人关注。但有癌症专家表示,谢尔泽团队只是推翻了“MELK基因在癌细胞分裂中起重要作用”的结论,MELK有可能通过其他机制对癌细胞发生抑制作用,因此没有理由因为CRISPR技术得出的负面结论停止相关临床试验。(生物谷Bioon.com)
新型转基因水稻使用杂草基因来对抗干旱影响
联合国粮食及农业组织(FAO)曾表示,大米是仅次于玉米和小麦的第三大粮食作物,许多国家世界大部分地区的主食是大米。 随着需求的增加和气候变化影响的不断增加,水稻的干旱脆弱性日益受到关注。据外媒报道,现在日本理化研究所(RIKEN)可持续资源科学中心(CSRS)正在开发一种全新的新的转基因水稻,其中掺入了来自杂草拟南芥(Arabidopsis thaliana)的基因,使其更耐旱。
CSRS科学家表示,这种植物能够通过产生一种称为渗透调节剂(osmoprotectants)的化学物质来适应干旱,渗透调节剂包括各种形式的糖。通过增加细胞中保护剂的浓度,它们能更好地保持水分。产生一种称为肌醇半乳糖苷的保护剂糖的关键是肌醇半乳糖苷合成酶(GolS)。CSRS通过与哥伦比亚国际热带农业研究中心(CIAT)和日本国际农业科学研究中心(JIRCAS)合作,成功研发了能够生产GolS的转基因水稻。
RIKEN科学家Fuminori Takahashi表示:“拟南芥GolS2基因首先在RIKEN进行基础研究。使用它,我们能够提高水稻抗干旱的能力,并且在干旱条件下提高水稻产量,这是基础研究知识成功应用于研究与食品有关问题的最佳典型案例之一”。
为了研发新品种水稻,该团队开始使用巴西和非洲水稻,通过对水稻基因剪接,使它们过表达GolS2基因。然后,它们在各种受控条件下的温室中种植新稻。然后,该小组在模拟干旱条件下对转基因植物进行了测试,发现改良的水稻显示较少的卷叶性状——干旱指标之一。最后,转基因水稻柬埔寨不同地点进行了三年的实地测试。研究人员发现,即使在轻度至重度干旱条件下,转基因水稻产量比普通水稻产量较高,卷叶性状较少,生物量更高,含水量更高,叶绿素更高。
Nature:基因分析助力棘冠海星防治
许多海星的外观赏心悦目,但有的种类会对面临严重威胁的珊瑚进一步造成威胁,比如棘冠海星(Acanthaster planci)。这种海星在印度洋-太平洋区域泛滥成灾,会整个爬上珊瑚枝把胃从口中翻出来分泌消化酶,将珊瑚虫的组织液化并吸收。
通过分析最新测序的棘冠海星基因组及其分泌的蛋白质,研究人员重点揭示了可能是棘冠海星赖以相互交流的因子。该研究The crown-of-thorns starfish genome as a guide for biocontrol of this coral reef pest在线发表在本周的《自然》杂志上,它或有助于制定新型策略,帮助防治这种多产的珊瑚礁捕食者。
澳大利亚昆士兰大学的Bernard Degnan及同事对两只分别来自澳大利亚大堡礁和日本冲绳的棘冠海星进行基因组测序。他们还研究了棘冠海星分泌至海水中且聚焦在一起的蛋白质。作者重点强调了大量信号转导因子和水解酶,其中包括一套已扩充并快速演变的海星特异性室管膜蛋白相关蛋白质,这可能是未来生物防治策略的重点。
这种基于基因组的方法有望广泛应用于海洋环境中,用以鉴定靶向并影响海洋害虫行为、发育与生理的因子。这些数据也将有助于研究棘冠海星灾害爆发的起因,为在区域尺度上管理这种危害珊瑚礁的动物作出贡献。通过分析最新测序的棘冠海星基因组及其分泌的蛋白质,研究人员重点揭示了可能是棘冠海星赖以相互交流的因子。该研究4月6日在线发表于《自然》杂志,它或有助于制定新型策略,帮助防治这种多产的珊瑚礁捕食者。(生物谷Bioon.com)
上海儿童医院与浪潮合作推进罕见病基因诊断
科学网讯 上海市儿童医院正利用浪潮基因一体机G100开展多个儿童罕见病研究项目,而这些项目将让成千上万名罹患罕见病的儿童从中获益。
据了解,目前国际公认的罕见病有近7000种,但仅有不到5%的罕见病能被有效干预或治疗。研究发现,约80%的罕见病由基因缺陷导致。因此,测序罕见病的基因组是预防与治疗此类疾病的突破口。2015年,上海市儿童医院检测了数百例罕见病,并确认百余例。其中,借助高通量测序技术检查出多种罕见病和遗传病。
上海儿童医院的医学专家在研究罕见病中发现了一种普遍情况:在绝大多数罕见病中,和发病有关的基因只要出现微小差异,罕见病的发病风险就会大幅提高。通过浪潮基因一体机预置的外显子组重测序和全基因组重测序流程,可以很好地帮助医学专家完成对罕见病致病基因的还原与分析,并寻找潜在的治疗方案。
该研究非常依赖于浪潮基因一体机上搭建的英特尔基因组数据库,需要形成从高通量测序仪测序到浪潮基因一体机结合基因数据库计算的一整套软硬件系统。这套系统目前可在一天内完成多个Panel样本的基因测序以及检测流程,而未使用前完成同样工作量需要花费数天。
在上海儿童医院看来,罕见病的治疗更应该是多学科合作的团队诊疗服务。借助于罕见病研究项目的开展,上海儿童医院以医学遗传科为发起者,联合内分泌科、泌尿外科、消化科、肾内科、普外科等相关科室,成立罕见病诊治中心。多学科交叉并行的罕见病临床治疗、实验室诊断及科研等工作,将为罹患罕见病、遗传病以及各种疑难病的患儿带来希望。(生物谷Bioon.com)
基因编辑那么热,可是你都会用了吗?
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