基因时代
就找基因君

科学家利用基因编辑技术剔除小鼠艾滋病病毒

基因君

科学家利用基因编辑技术剔除小鼠艾滋病病毒
美国天普大学华人科学家胡文辉等人近日报告说,他们利用基因编辑技术,有效剔除了一种人源化小鼠多个器官组织中的人类艾滋病病毒,朝着开展人类临床试验的方向迈出一大步。
此前,胡文辉等人已成功利用基因编辑技术,有效清除了体外培养的人类细胞系、艾滋病患者体内取出的T免疫细胞以及转基因小鼠体内的艾滋病病毒。
人源化BLT小鼠是指移植了人的骨髓、肝和胸腺组织或细胞的免疫缺陷小鼠。这种小鼠具有人类功能性免疫系统,被艾滋病病毒感染和潜伏的方式与人类一致,克服了常规小鼠不能复制某些人类疾病的弊端,被广泛用于艾滋病动物实验研究。
在发表于美国《分子治疗》杂志的最新研究中,胡文辉和同校同事卡迈勒·哈利利以及匹兹堡大学杨文彬等人首先利用艾滋病病毒感染人源化BLT小鼠,然后借助腺相关病毒(AAV)作为载体,把有“基因剪刀”之称的CRISPR/Cas9基因编辑工具运送到潜伏感染小鼠体内。2到4周后,他们在多个小鼠器官组织中检测到艾滋病病毒基因组被切除。
胡文辉副教授告诉新华社记者,艾滋病病毒基因易于突变,应用单靶点基因编辑有可能会出现病毒逃逸现象。为此,他们提出了多靶点基因编辑的新思路,针对艾滋病病毒转录区和结构区设计了4个向导RNA(核糖核酸),可引导Cas9酶到预定位置实现多靶点切除,显着增加了艾滋病病毒的剔除效率。
此外,这种病毒剔除方法不影响靶细胞的存活和功能,即“只杀病毒不杀细胞”。
胡文辉指出,目前,基因编辑疗法尚不能100%清除动物体内的艾滋病病毒,但能够显着降低潜伏病毒量,因此与抗逆转录病毒药物组合使用不失为一种有希望的艾滋病治疗策略。(生物谷 Bioon.com)

Nature:深度立体基因分析或可帮助理解机体肝脏的功能

基因君

Nature:深度立体基因分析或可帮助理解机体肝脏的功能

图片来源:medicalxpress.com

2017年4月11日 讯 /生物谷BIOON/ –如果你早晨醒来感觉精力充沛,头脑清楚, 那么你应该感谢机体肝脏在你吃早饭之前为你制造了一定的葡萄糖;在履行机体其它重要的功能中,肝脏还能够帮助清除体内的毒素并且在血液中产生大量的载体蛋白;近日一项刊登在国际著名杂志Nature上的研究报告中,来自魏兹曼科学研究院的研究人员通过研究发现,机体肝脏这种神奇的多任务处理技能至少部分是由于肝脏细胞中的精细劳动分工所造就的。

在每一个肝脏的微观世界中,一种六角小叶结构会组成洋葱样的同心层结构,通过绘制肝脏小叶结构所有细胞的基因活性图谱,研究者Shalev Itzkovitz博士及其同事就发现,每一层同心层结构都会发挥不同的功能,而且肝脏细胞能够被分为至少9种不同的类型,每一种类型都会专注于自己的任务。

研究者还发现,葡萄糖、凝血因子以及其它多种材料的合成都会发生于肝脏小叶的外层结构中,这些层状结构富含促进多种合成过程所需的氧气;肝脏小叶的内层结构则能够揭示毒素和其它物质被破碎的位点,而中层结构则能够证明其所拥有的功能,而不是作为纯粹的过渡区;研究者指出,这些中层结构中的细胞能够帮助制造一种名为铁调素的激素,而该激素能够调节血液中铁的水平。

诸如机体制造胆汁的特殊过程能够在不同的层中进行,这就好像生产线工作一样。当研究人员绘制所有肝脏细胞表达的图谱时他们意外发现了上述现象,当然肝脏也是首个进行类似研究的器官;文章中研究人员对1500个单一肝脏细胞的基因组进行了分析,随后建立了每个细胞中大约2万个基因的表达模式;同时研究者还对完整的肝脏组织进行了可视化分析,在荧光显微镜下对单个信使RNA分子进行了锁定。

随后研究者还利用特殊的算法对每个肝脏细胞中的基因表达进行了分析,同时锁定了肝脏小叶结构中细胞的位置,研究者指出,肝脏中有超过3500个基因的表达在每一层中都存在着较大变化,这些基因的数量是此前预测数量的大约10倍。对基因表达的深度分析或许能够帮助研究人员阐明常见肝脏疾病的发病原因和起源,包括肝癌和非酒精性脂肪肝,这些疾病影响着发达国家中大约五分之一人群的健康,此外,本文研究中研究者所开发的新方法或许还能够绘制机体中其它器官的基因表达图谱。(基因宝jiyinbao.com)

本文系生物谷原创编译整理,欢迎个人转发,网站转载请注明来源“生物谷”,商业授权请联系我们 。更多资讯请下载生物谷 app.

原始出处:

Keren Bahar Halpern,Rom Shenhav,Orit Matcovitch-Natan, et al. Single-cell spatial reconstruction reveals global division of labour in the mammalian liver. Nature,16 February 2017. doi:10.1038/nature21065.

Illumina在中国的发展之路,从百元基因组测序说起

基因君

Illumina的使命,是解放基因组力量,提升人类的福祉。现在越来越清楚地知道,有很多疾病是跟人的基因有关的。Illumina最主要的工作,就是给科研工作者提供一个很好的工具,使得他们能够在这方面更好地做一些诊断和后期治疗的工作,帮助人类更好地处理这些疾病。
Illumina最强劲的增长点:肿瘤,生殖遗传和健康,应用市场,企业的信息服务。
根据世界卫生组织报告,全球每年新诊断的癌症大概是1400万人,在中国差不多是400万人。从机制上来讲,癌症就是基因突变造成的,如果能利用基因的技术对癌症患者进行靶向治疗,将会带来重大的突破。也就是说,如果能更好地了解基因,我们将更早地知道这些癌症的情况,其实会改变整个治疗和健康管理的方式。
肿瘤诊断技术上,Illumina做了很多的工作,一个是从研发的领域来说怎么样找到新的靶点,找到新的靶向方面的管理或者是治疗的药。第二个就是从临床的角度来说的。一旦我们找到这些有意义的靶点,如果有针对性的治疗方法,在这两个领域现在我们都看到它是在携手并进的。
最近Illumina在此方面有了突破性技术。比如从外周循环血里面找到肿瘤DNA的片断,用这种方法来进行一些早期的诊断。另外可以通过像免疫治疗的方法来进行肿瘤的治疗等等的。
生殖也是很重要的事情。比如说孕妇前的检查其实可以避免早期知道一些基因方面的问题,包括体外受精、试管婴儿,可以更好地对健康的受精卵进行筛查。另外就是无创产筛现在在国内已经应用得非常广了,这都给我们生殖健康带来了很多的福音。
实际上大家可能不知道我们现在正常的新生儿里面有2-3%在基因上或多或少有是一些变异的。有的是你知道了症状马上能知道结果的,但是有好多可能是要花十年的时间,要经过各种各样的测试,最后才知道原因是某种基因缺陷。如果在很早期的时候发现问题,在50%的情况下,现代医学可以进行早期干预减缓或消除症状。基因测试就是一种很容易的方法,通过一次测试,早期确定症结。
基因也可以广泛地适用于应用市场。比如说对于农、林、牧、渔来说,一些作物或牲畜好的症状,你可以通过基因的方法很容易地把它优选出来。在法医方面,基因也有很大的作用,比如确定失踪人口,追踪罪犯等。另外,在脏器移植方面,怎么样做好配型,不仅仅是血型,还包括更多的亚型都可以通过基因来确定,使得整个移植包括术后的效果都非常好。我们现在有越来越多的数据,当然数据怎么样用好,现在还是个难点。
百元基因组学时代到来!中国现在已经成为Illumina越发重要的市场
在今年的摩根医疗健康年会上,Illumina公司宣布推出NovaSeq系列测序仪。Illumina的测序框架将重新定义高通量测序。其无可比拟的通量、简捷的操作、低成本以及灵活性有望将基因组测序的成本降低至100美元。
Illumina在中国的发展之路,从百元基因组测序说起
NovaSeq是Illumina至今推出的最为强大的测序仪。设计它的科学家希望它能够满足研究人员对下一代测序技术的需求,并且降低大规模测序项目的难度。它一次运作能够对3-48人的全基因组进行测序,并为比对肿瘤-健康组织的超级深度测序(ultra-deep sequencing)、与复杂疾病相关的大规模基因变异分析等领域提供全新的市场。
中国现在已经成为Illumina在全球越发重要的市场。现在中国和美国应该是全球最大的两个基因市场,对于Illumina来说也是我们最大的两个市场。
Illumina跟国内一些企业有很多的合作。比如说贝瑞和康、安诺优达、厦门艾德,他们基于我们的平台来开发试剂,给客户提供整体的解决方案。我们在中国建立了孵化器项目,帮助中国的企业,当然也包括全球的一些企业更好地往这个角度去支持在这方面的新的企业、新的主意的建立。
最近Illumina发布了两个激动人心的合作,一个是和IBM的Watson一起进行合作。有越来越多的人工智能方面的应用,希望利用人工智能和大数据帮助我们更好地理解这些基因上的变异的临床意义,更好地指导我们利用某一种靶向的治疗方法或者是参与到靶向临床试验里去。另外Illumina同飞利浦进行合作,旨在整合临床影像和病理方面的信息,为医生提供更好的诊断支持。
除此之外,Illumina也跟支持各国政府开展大规模人群基因组的工作。比如说支持中国的精准医疗方案,跟美国有精准医疗方面的方案,跟英国政府的十万人基因组项目合作,以及最近刚刚发布的和法国和爱沙尼亚政府的相关合作。

基因和环境谁对宝宝出生体重影响更大?Nature新研究给出答案

基因君

基因和环境谁对宝宝出生体重影响更大?Nature新研究给出答案

2016年9月29日讯 /生物谷BIOON/ –最近一项由多个研究机构进行的一项大型研究发现基因差异可以帮助解释为何有些宝宝一出生就与别的宝宝存在显著的体重差异。同时还揭示了基因差异如何将一个人早期生命阶段的生长情况与生命后期阶段患2型糖尿病以及心脏疾病的风险联系起来。这项发表在 Nature上的研究为预防和治疗这些疾病找到一些新方向。

研究人员表示,至少六分之一的出生体重差异与宝宝之间的基因差异有关。这是包括母亲孕期吸烟以及怀孕之前母亲的BMI等已知环境因素可以解释的体重差异的七到八倍。

科学家们已经知道宝宝出生体重如果显著低于或高于平均值,会大大增加几十年后患糖尿病的风险。直到现在许多研究人员仍然认为这种关联反映了胎儿发育过程中营养环境的长期影响:换句话说,早期生命阶段的事件可以对一个人的身体进行设定,让他们在后来的生命中更加容易患病。

在这项新研究中,研究人员发现与体重差异有关的基因区域和与糖尿病和心脏病风险有关的基因区域存在部分重叠。除了宝宝自身的基因,研究人员还发现母亲的基因也会影响宝宝的体重,这可能主要通过孕期改变宝宝的环境来发挥作用。

研究人员对全世界接近154000人的基因组差异进行了分析。通过将遗传信息与出生体重信息进行匹配,研究人员发现60个基因组区域显著影响出生体重。他们又分析了之前关于糖尿病和心脏病的研究数据,发现其中包含许多相同的基因区域。

研究人员指出,这些结果表明基因在早期生长与未来疾病风险之间起重要的联系作用,他们希望接下来能够更加深入地理解母亲和宝宝的基因如何共同作用影响宝宝体重和生命后期发生疾病的风险。(基因宝jiyinbao.com)

本文系生物谷原创编译整理,欢迎转载!点击 获取授权 。更多资讯请下载生物谷APP. 

基因和环境谁对宝宝出生体重影响更大?Nature新研究给出答案

DOI: 10.1038/nature19806 

Genome-wide associations for birth weight and correlations with adult disease

Rachel M. Freathy et al.

美首台家用基因检测仪获准上市

基因君

 

美首台家用基因检测仪获准上市

美国食品和药物管理局(FDA)近日宣布,允许新创公司23&Me直接向消费者销售其基因检测仪,该设备能同时检测阿尔茨海默症和帕金森综合征等10种疾病的遗传风险。这一期待已久的决定标志着首台家用基因检测设备正式获准上市,将开创DIY疾病检测新潮流。

23&Me公司表示,它们会尽快在未来几个月内提供这一全新服务。公司首席法规官凯斯·希布斯说:“这对我们公司和FDA来说都是具有分水岭意义的。”从2006年开始,陆续有消费者向该公司发邮件要求提供发色等遗传特征的分析服务,公司也曾提供一种能一次性检测240种健康状况的DNA检测设备,但在2013年被FDA紧急叫停。因其检测结果是否准确还不能确定,FDA担心消费者仅依靠该公司的检测信息就自行在家决定用药方案,可能造成严重后果。

2015年,FDA放宽限制,允许该公司向携带遗传缺陷的准父母提供检测服务,但只能检测其子女是否携带36种严重遗传基因的一种,不能检测准父母本人的患病风险。

此次,FDA向该公司完全开放绿灯,允许其直接向消费者提供检测设备,可一次性检测包括帕金森综合征、阿尔茨海默症、脂泻病以及血栓等10种疾病的强相关基因变异。业内人士对此表示欢迎。斯坦福大学生物伦理学家汉克·格瑞立表示,“这表明基因检测公司与FDA的合作向前迈进了一大步。硅谷公司长期以来与FDA关系紧张,认为FDA的严格规定不利于与生命攸关的健康产业发展”。

格瑞立认为,其他公司一定会跟进,提供类似服务,23&Me也会逐渐扩大基因检测涉及的病种。但是,这类检测并不等同于医学诊断,除了遗传变异,生活方式、家族病史以及环境等都会带来患病风险,消费者本人对检测结果的认知具有局限性,应该及时将在家检测结果告知医生,以寻求帮助。(生物谷Bioon.com)

“基因魔剪”成科研搅局者?推翻旧研究结论

基因君

 

“基因魔剪”成科研搅局者?推翻旧研究结论

在近日举行的美国癌症研究协会年会上,美国冷泉港实验室癌症生物学家杰森·谢尔泽陈述了他和同事最近的一项失败科研案例:备受瞩目的CRISPR/Cas9基因编辑技术“中断”了他们堪称“完美”的研究计划。

《自然》杂志网站的报道称,这一报告迅速在会场“炸开了锅”,号称蕴含巨大商机的“基因魔剪”CRISPR/Cas9技术竟然成了“搅局者”?

完美计划因其戛然而止

谢尔泽团队原计划运用当今热门的基因编辑工具CRISPR/Cas9,寻找那些能降低癌细胞增生速度的基因。他们已万事俱备,“只欠东风”——寻找一种具有类似功能的对照基因。

当时,母系胚胎亮氨酸拉链蛋白激酶(MELK)被认为是最佳选择,因为该蛋白水平在很多肿瘤细胞中表现出异常高度,且多项研究证明,抑制该蛋白可阻止癌细胞增生,甚至有几种MELK蛋白抑制剂已进入临床试验阶段。但谢尔泽团队利用CRISPR/Cas9技术敲除MELK基因后,并没有获得“抑制癌细胞扩增”的预期效果。他说:“这让我们陷入困境,不得不暂停所有实验。”

不断推翻其他研究数据

随着近几年CRISPR/Cas9技术逐渐普及,之前用其他类似技术获得的研究被揭示“存在数据错误”,迫使许多实验室重新评估甚至重做实验。现在,谢尔泽的实验室也加入这类“失败”大军之中。

麻省大学医学院分子生物学家内森·罗森是第一批系统比较不同基因工具研究结果的科学家。2015年,他和同事报告了两种基因编辑工具——锌指核酸酶技术和吗啉反义寡聚核苷酸技术对斑马鱼模型的研究结果存在50%到80%的不一致。

CRISPR/Cas9技术与其他基因编辑工具对其他生物的研究也出现诸多不一致的结论。在拟南芥植物模型中,CRISPR/Cas9技术推翻了之前“一种蛋白被认为能调节植物生长激素”的研究结论;在果蝇和人类细胞中,减少某个基因表达的RNA干扰技术(RNAi)和CRISPR/Cas9技术对同一个基因的研究结果出现了很多不一致。

对这些不一致的研究,一些人表示欢迎,认为其向科学界提出了新的课题;但许多人表达了不满,认为它们是“搅局者”。

“基因魔剪”数据更准确

斯坦福大学生物分子学家迈克尔·巴斯克表示,RNA干扰技术和基因编辑技术的结论冲突,并不意味着两种技术一个对、一个错。CRISPR/Cas9技术完全删除某个基因表达,而RNA干扰技术只能将该基因表达降低到非常低的水平,两种技术虽然操控了同一种基因,但细胞完全有可能出现不同的反应。他认为,造成这种结果差异的背后“肇事者”,应该归责于RNA干扰技术潜在的“脱靶效应”,研究人员应该用CRISPR技术重新“检验”之前技术得出的结论。

“之前用其他方法进行的基因筛选试验,基本上需要用CRISPR技术重来一遍,这将是一个大工程。”巴斯克说,“我认为,CRISPR获得的数据会更准确。”

回到谢尔泽的研究,因牵涉到推翻已进入临床试验的MELK基因研究,CRISPR技术得出的结论特别引人关注。但有癌症专家表示,谢尔泽团队只是推翻了“MELK基因在癌细胞分裂中起重要作用”的结论,MELK有可能通过其他机制对癌细胞发生抑制作用,因此没有理由因为CRISPR技术得出的负面结论停止相关临床试验。(生物谷Bioon.com)

新型转基因水稻使用杂草基因来对抗干旱影响

基因君


联合国粮食及农业组织(FAO)曾表示,大米是仅次于玉米和小麦的第三大粮食作物,许多国家世界大部分地区的主食是大米。 随着需求的增加和气候变化影响的不断增加,水稻的干旱脆弱性日益受到关注。据外媒报道,现在日本理化研究所(RIKEN)可持续资源科学中心(CSRS)正在开发一种全新的新的转基因水稻,其中掺入了来自杂草拟南芥(Arabidopsis thaliana)的基因,使其更耐旱。

新型转基因水稻使用杂草基因来对抗干旱影响
drought-rice-1.jpg

CSRS科学家表示,这种植物能够通过产生一种称为渗透调节剂(osmoprotectants)的化学物质来适应干旱,渗透调节剂包括各种形式的糖。通过增加细胞中保护剂的浓度,它们能更好地保持水分。产生一种称为肌醇半乳糖苷的保护剂糖的关键是肌醇半乳糖苷合成酶(GolS)。CSRS通过与哥伦比亚国际热带农业研究中心(CIAT)和日本国际农业科学研究中心(JIRCAS)合作,成功研发了能够生产GolS的转基因水稻。

RIKEN科学家Fuminori Takahashi表示:“拟南芥GolS2基因首先在RIKEN进行基础研究。使用它,我们能够提高水稻抗干旱的能力,并且在干旱条件下提高水稻产量,这是基础研究知识成功应用于研究与食品有关问题的最佳典型案例之一”。

为了研发新品种水稻,该团队开始使用巴西和非洲水稻,通过对水稻基因剪接,使它们过表达GolS2基因。然后,它们在各种受控条件下的温室中种植新稻。然后,该小组在模拟干旱条件下对转基因植物进行了测试,发现改良的水稻显示较少的卷叶性状——干旱指标之一。最后,转基因水稻柬埔寨不同地点进行了三年的实地测试。研究人员发现,即使在轻度至重度干旱条件下,转基因水稻产量比普通水稻产量较高,卷叶性状较少,生物量更高,含水量更高,叶绿素更高。

这项研究发表在《Plant Biotechnology Journal》期刊上。

生物谷Bioon.com)

Nature:基因分析助力棘冠海星防治

基因君

 

Nature:基因分析助力棘冠海星防治

许多海星的外观赏心悦目,但有的种类会对面临严重威胁的珊瑚进一步造成威胁,比如棘冠海星(Acanthaster planci)。这种海星在印度洋-太平洋区域泛滥成灾,会整个爬上珊瑚枝把胃从口中翻出来分泌消化酶,将珊瑚虫的组织液化并吸收。

通过分析最新测序的棘冠海星基因组及其分泌的蛋白质,研究人员重点揭示了可能是棘冠海星赖以相互交流的因子。该研究The crown-of-thorns starfish genome as a guide for biocontrol of this coral reef pest在线发表在本周的《自然》杂志上,它或有助于制定新型策略,帮助防治这种多产的珊瑚礁捕食者。

澳大利亚昆士兰大学的Bernard Degnan及同事对两只分别来自澳大利亚大堡礁和日本冲绳的棘冠海星进行基因组测序。他们还研究了棘冠海星分泌至海水中且聚焦在一起的蛋白质。作者重点强调了大量信号转导因子和水解酶,其中包括一套已扩充并快速演变的海星特异性室管膜蛋白相关蛋白质,这可能是未来生物防治策略的重点。

这种基于基因组的方法有望广泛应用于海洋环境中,用以鉴定靶向并影响海洋害虫行为、发育与生理的因子。这些数据也将有助于研究棘冠海星灾害爆发的起因,为在区域尺度上管理这种危害珊瑚礁的动物作出贡献。通过分析最新测序的棘冠海星基因组及其分泌的蛋白质,研究人员重点揭示了可能是棘冠海星赖以相互交流的因子。该研究4月6日在线发表于《自然》杂志,它或有助于制定新型策略,帮助防治这种多产的珊瑚礁捕食者。(生物谷Bioon.com)

上海儿童医院与浪潮合作推进罕见病基因诊断

基因君

上海儿童医院与浪潮合作推进罕见病基因诊断

科学网讯 上海市儿童医院正利用浪潮基因一体机G100开展多个儿童罕见病研究项目,而这些项目将让成千上万名罹患罕见病的儿童从中获益。

据了解,目前国际公认的罕见病有近7000种,但仅有不到5%的罕见病能被有效干预或治疗。研究发现,约80%的罕见病由基因缺陷导致。因此,测序罕见病的基因组是预防与治疗此类疾病的突破口。2015年,上海市儿童医院检测了数百例罕见病,并确认百余例。其中,借助高通量测序技术检查出多种罕见病和遗传病。

上海儿童医院的医学专家在研究罕见病中发现了一种普遍情况:在绝大多数罕见病中,和发病有关的基因只要出现微小差异,罕见病的发病风险就会大幅提高。通过浪潮基因一体机预置的外显子组重测序和全基因组重测序流程,可以很好地帮助医学专家完成对罕见病致病基因的还原与分析,并寻找潜在的治疗方案。

该研究非常依赖于浪潮基因一体机上搭建的英特尔基因组数据库,需要形成从高通量测序仪测序到浪潮基因一体机结合基因数据库计算的一整套软硬件系统。这套系统目前可在一天内完成多个Panel样本的基因测序以及检测流程,而未使用前完成同样工作量需要花费数天。

在上海儿童医院看来,罕见病的治疗更应该是多学科合作的团队诊疗服务。借助于罕见病研究项目的开展,上海儿童医院以医学遗传科为发起者,联合内分泌科、泌尿外科、消化科、肾内科、普外科等相关科室,成立罕见病诊治中心。多学科交叉并行的罕见病临床治疗、实验室诊断及科研等工作,将为罹患罕见病、遗传病以及各种疑难病的患儿带来希望。(生物谷Bioon.com)

基因编辑那么热,可是你都会用了吗?

基因君

基因编辑是一种遗传工程技术,针对某个序列已知但功能未知的序列,通过改变生物的遗传基因,使其特定的基因功能丧失作用,通过研究对生物体造成的影响,进而推测出该基因的生物学功能。本文为你科普基因编辑三大技术:
基因敲除
进行DNA水平编辑。一般用于构建基因敲除鼠模型。
CRISPR/Cas9:CRISPR/Cas9系统作为细菌和古细菌的获得性免疫系统,通过RNA介导特异性的切割外源遗传物质,用以对抗入侵的病毒和质粒。使用Cas9切口酶和一对sgRNA,两个相近的切口造成DNA双链断裂,诱导细胞发生非同源末端连接修复,造成目的基因的突变。
CRISPR/Cas9技术自问世以来,取代“锌指核酸内切酶(ZFN)”、“类转录激活因子效应物核酸酶(TALEN),成为科研、医疗等领域的有效工具”.一般通过体外转录得到sgRNA与cas9的mRNA,通过注射到原核期受精卵内,移植到假孕母鼠体内获得基因编辑的小鼠进行基因功能研究。
基因编辑那么热,可是你都会用了吗?
构建方法:
确定待敲除基因的靶位点。
设计识别靶位点的识别的一对sgRNA。
构建可表达sgRNA的Cas9质粒。
体外转录sgRNA 和Cas9 RNA。
将sgRNA和Cas9 RNA直接注射入受精卵检测sgRNA活性。
将有活性的sgRNA和Cas9 RNA直接注射入受精卵建立Founder。
将Founder自交得到F1代。
适用范围:
制备敲除鼠,利用敲除鼠进行基因功能的研究;进行细胞水平敲除基因时,可以选择慢病毒载体,构建lenticrispr-v2质粒,通过包装病毒进行细胞水平敲除。
基因敲减
RNA水平,是指通过降解具有同源序列靶基因的mRNA,达到阻止基因表达的作用。一般用于细胞水平敲减基因。
(1)RNA干扰:
siRNA双链结合一个核酶复合物从而形成所谓RNA诱导沉默复合物RISC。激活的RISC通过碱基配对定位到同源mRNA转录本上,并在距离siRNA3’端12个碱基的位置切割mRNA,该mRNA发生降解而导致基因表达沉默,是一种特异性的转录后基因沉默。
一般合成针对靶基因的siRNA,通过转染的方法使之进入细胞内,使靶基因沉默。这一方法受转染效率的影响较大。目前有不少基因的siRNA已经有商业产品,所以使用时买来就可以了,比较方便。
基因编辑那么热,可是你都会用了吗?
适用范围:
一般通过公司合成后,通过转染细胞进行细胞水平敲减。
(2)shRNA:
“短发夹RNA”,shRNA包括两个短反向重复序列,中间由一茎环(loop)序列分隔的,组成发夹结构,由polⅢ启动子控制。随后再连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。
构建shRNA的病毒表达载体,常用的病毒载体有腺病毒载体、腺相关病毒载体、慢病毒载体等,机制与质粒载体相似,利用了病毒感染细胞效率比较高的特点,解决了用质粒载体转染效率低的缺陷。
基因编辑那么热,可是你都会用了吗?
构建方法:
shRNA设计:设计RNA干扰序列是RNAi实验的关键。
载体构建:可根据实验需求选择慢病毒、腺病毒载体。
转染细胞:常用的方法包括磷酸钙转染、脂质体转染、电穿孔转染等
观测GFP 荧光和稳定表达细胞系筛选:可用于带有GFP标签的质粒载体。
检测RNA 干扰效率:可以在蛋白水平或mRNA水平检测RNA干扰效率。
适用范围:
一般通过构建慢病毒、腺病毒等进行细胞水平敲减。

相关会议推荐

基因编辑那么热,可是你都会用了吗?

2017(第四届)基因编辑与临床应用研讨会

会议时间:2017.6.9 -6.10      会议地点:上海

会议详情: http://meeting.bioon.com/2017geneediting/

健康一生

apasstour 医健游测序宝