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研究揭示藏族人适应高原的基因秘密

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研究揭示藏族人适应高原的基因秘密

中国和澳大利亚研究机构3日在新一期美国《国家科学院学报》上报告说,他们发现了藏族人适应高原环境的更多基因秘密。

青藏高原平均海拔4000多米,空气中氧气含量只有平原上的40%左右,紫外线强度也比平原地区高出约30%,再加上气候寒冷干燥,食物资源匮乏,因此被称为“生命禁区”。先前研究发现,EPAS1和EGLN1基因的变异会阻止藏族人血液中的血红蛋白浓度升高,从而降低了高原疾病发生的风险。

为进一步探究藏族人适应高原环境的原因,中国温州医科大学的瞿佳、吕帆、金子兵与澳大利亚昆士兰大学的杨剑等人合作,对青藏高原地区的藏族人群进行了有史以来最大规模的遗传学研究。

研究人员在比较3000多个藏族个体和2000多个平原汉族个体的基因组后发现,MTHFR、RAP1A、NEK7、ADH7、FGF10、HLA-DQB1与HCAR2这7个基因在藏族人适应高原环境方面发挥了作用。

例如,MTHFR变异会提高藏族人体内的叶酸含量。由于高紫外线会破坏叶酸,MTHFR变异可能是藏族人适应高原地区高紫外线的结果。研究人员表示,新发现的这些基因对理解高原适应的遗传机制有重要意义。

研究还发现,藏族与彝族、纳西族及土族的遗传关系最近,而这些民族的人群大部分分布在青藏高原东侧,这进一步支持了藏族人群是从东部内陆向西迁移的假说。

此外,研究借助大规模全基因组单核苷酸多态性数据,推测藏族与汉族祖先“迁徙分开”是在4700多年前,这和最近的考古证据也吻合。

报告作者之一、昆士兰大学杨剑教授对新华社记者说,高原适应是一个复杂的生物学过程,参与的基因应该很多。先前研究的样本量普遍较小,仅包含几十个或上百个个体,因而只能检测到一两个基因。本次研究采取了大样本的群体遗传学试验,大大提高了检测功效,但今后研究还需更大的样本量。(生物谷Bioon.com)

Nature:古人类牙结石揭迄今最久微生物基因组草图出炉

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Nature:古人类牙结石揭迄今最久微生物基因组草图出炉

 

英国《自然》杂志日前在线发表的一项演化学研究报告,近乎完整地构建出了一种口腔细菌的基因组,这个有48000年历史的微生物的基因组,是迄今为止历史最悠久的微生物基因组草图,研究同时揭示了尼安德特人的饮食结构。

尼安德特人的DNA序列和现代人类的DNA序列非常相似。他们是现代欧洲人祖先的近亲,从12万年前开始“统治”着整个欧洲、亚洲西部以及非洲北部,但在24000年前,这些古人类却消失了。

澳大利亚阿德莱德大学研究人员劳拉·维利驰及其同事,此次对5个来自欧洲各地的尼安德特人样本的牙结石(一种硬化斑块)进行了DNA测序,几乎完整地“再现”了这些尼安德特人的口腔微生物组,得以评估他们的健康和疾病情况。结果表明,在西班牙发现的尼安德特人样本患有牙脓肿和胃炎,并且使用了天然止痛药白杨和能产生抗生素的青霉菌进行自我治疗。

研究团队还对尼安德特人饮食和健康情况进行了遗传重建。他们发现,来自比利时Spy村的尼安德特人吃过犀牛和野羊,而在西班牙发现的个体则吃过松子、苔藓和蘑菇。在以往对尼安德特人饮食的研究中,虽然强调了可获得的当地食物的重要性,但对于尼安德特人吃过的具体动植物种类只提供了非常有限的数据。

这项研究不但构建了一种口腔细菌的基因组,而且还贡献了有关饮食结构的发现——利用保存在牙结石中的DNA,揭示出尼安德特人在饮食方面明显的区域差异。研究人员表示,他们此次对尼安德特人牙齿沉积物的遗传分析,有助于阐明我们的人族亲戚饮食习惯,包括他们摄入肉类的水平。(生物谷Bioon.com)

我国化学家取得真核生物基因组设计与化学合成的重大突破

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在国家自然科学基金创新研究群体项目和重大项目(项目编号:21621004,21390203)等资助下,天津大学元英进团队在真核生物基因组设计与化学合成方向取得重大突破。该团队完成了2条真核生物酿酒酵母染色体(synⅤ、synⅩ)的从头设计与化学合成,相关研究成果分别以“‘Perfect’designer chromosome V and behavior of a ring derivative”(完美设计合成五号染色体及其环化表型研究)和“Bug mapping and fitness testing of chemically synthesized chromosome X”(化学合成十号染色体缺陷靶点定位与生长表征)为题于201 7年3月10日同期发表在Science上。论文链接:http://science.sciencemag.org/content/sci/355/6329/eaaf4704.full.pdf;http://science.sciencemag.org/content/sci/355/6329/eaaf4706.full.pdf。

我国化学家取得真核生物基因组设计与化学合成的重大突破

在设计合成酵母五号染色体研究中,元英进团队创建了多级模块化和标准化染色体合成方法,建立了一步法大片段组装技术,实现了由小分子核苷酸到活体真核染色体的定制精准合成;建立了基于多靶点片段共转化的基因组精确修复技术,实现了真核染色体化学合成序列与设计序列的完美匹配。该技术的突破为基因组的重新设计、功能验证与技术改进奠定了基础。该团队设计构建了一组合成酵母五号染色体环形模型,并通过人工基因组中设计的特异标签实现对细胞分裂过程中染色体变化的追踪和分析,为研究当前无法治疗的环形染色体疾病的发生机理和潜在治疗手段建立了研究模型。

在设计合成酵母十号染色体研究中,元英进团队开创性地利用加注的标签系统和混菌策略,创建了一种高效定位缺陷靶点的方法,即“混菌PCR标签定位法”(pooled PCRTag mapping,PoPM)。通过缺陷靶点的定位与修复,挖掘出了未知的酵母生物学新知识,如:YJR120W基因的3,端loxPsym位点的引入影响附近基因ATP2的表达;必需基因FIP1重编码会引入新的转录因子Rap1p的潜在结合位点。另外,利用酵母减数分裂同源重组机制,修复了合成型染色体上的大片段重复和重排的变异结构。PoPM可适用于任何有水印标识的合成型染色体的缺陷定位,是排除化学基因组缺陷的有力工具,也是定位表型和基因型关系的新策略,将显着提升人类对基因组结构和功能的理解。

(生物谷Bioon.com)

基因筛查进入单细胞时代

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基因筛查进入单细胞时代

图1 使用混合CRISPR扰动和scRNA-seq的大规模并行基因筛查。两种方法使用两个小向导RNA表达策略向单个细胞导入扰动载体。scRNA-seq可以同时检测扰动和详细的转录组表型。(Nature Methods)

四项研究通过整合单细胞转录组学,克服了基因筛查的局限性。

遗传筛选是生物学中最有力的工具,它可以阐明复杂的生物过程。最近四项研究已经开发了一个新的遗传分析方法,通过使用单个细胞作为微观实验室,测定扰动。这些研究开发了CROP-seq、PERTURB-seq和CRISP-seq技术,克服了现有基因筛查方法的局限性,并且可以分析一些原本无法分析的样本。

目前,若要将遗传扰动与细胞表型相关联,人们主要使用两种策略——芯片筛查和混合筛查,但两种方法都各有缺点。芯片筛查中,细胞接种于微孔板中,每个微孔中引入单个扰动,并基于成像、转录或蛋白质的测量,提供每个孔中细胞的高分辨率表型。然而,芯片筛查受到高成本和劳动力和/或机器人的可用性的限制。并且每次筛查,需要的细胞数量较多,因此通常只能分析可在培养皿中增殖的细胞。相比之下,混合筛查允许在单个细胞样本中快速筛查数千个并行扰动。在混合筛查中,扰动通过与单个特定表型(例如细胞存活)相关联来排序。不同于芯片筛查,混合筛查不会显示每个扰动的详细表型;并且可靠的筛查标志物还有待开发。由于假阳性率高,混合筛查结果通常还需要二次筛查来验证。

CROP-seq、CRISP-seq和Perturb-seq技术结合了两种筛查策略的优势,代表的是功能基因组学的根本转变。类似于混合筛查,这些新方法使用CRISPR-Cas9系统在单个样本中并行生成多达数千个遗传扰动,但使用单细胞RNA-seq(single cell RNA-seq, scRNA-seq)作为读数。该方法可以同时测量每个细胞的扰动和表型(图1)。这些新技术不依赖于特定表型或存活,表型被记录为整个转录组,为解剖基因功能关系提供了惊人的数据。基于板的scRNA-seq平台还可以为每个细胞进行附加测量,如成像或FACS数据。所有这些新方法都成功地将丰富的表型信息与细胞平板中的每个特定扰动相关联,有助于实现大规模基因组功能筛查。为了解读这些技术得到的数据,每个研究小组开发了线性回归模型,由Dixit等人进一步形式化。

将CRISPR筛选融入scRNA-seq,在技术上并不容易。CRISPR驱动的扰动需要从RNA聚合酶III(Pol III)特异性U6启动子处,表达高水平的靶向特定基因的单向导RNA(single guide RNA, sgRNA)。但是sgRNA缺少poly(A)尾端,所以其身份不能通过标准scRNA-seq方法读出。所有这三种方法通过产生携带pol III:sgRNA和Pol II驱动的可选择和/或荧光标记的载体来解决这个读出问题,其中3’UTR含有sgRNA特异性序列。PERTURB-seq和CRISP-seq依赖于芯片克隆策略产生的RNA库,来将每个sgRNA链接到特定的扰动条形码转录物上。相比之下,CROP-seq的克隆解决方案更为简单优雅:将Pol III:sgRNA复合体整合到报告转录物中,并插入到慢病毒载体的长重复序列末端中。这样Pol III:sgRNA复合体在病毒整合期间会被复制。这种简化的克隆方法使得CROP-seq与现有的CRISPR筛查sgRNA库融合在一起。

这些论文提出的方法无需生物标志物,可用于检测之前无法进行的检测(如混合检测、复杂细胞群体中的扰动检测,以及无法培育增殖的稀有细胞的筛查)。所有研究表明,这些方法可以很容易地识别单个细胞中的多个扰动。Datlinger等人、Dixit等人和Adamson等人的研究证明了这些方法可用于检测单一细胞类型或同系培养细胞的扰动。Jaitin等人证明,扰动也可以在更复杂的场景中进行,包括活的小鼠体内。该实验特别令人印象深刻,他们从GFP-Cas9小鼠中取得造血祖细胞,用sgRNA载体的混合物转入向导RNA,并注射到次级受体小鼠中。在成功植入后,这些小鼠被免疫攻击,研究者取出脾细胞,并且使用CRISP-seq检测每个扰动的影响——受刺激的细胞偏向于分化成某些骨髓细胞的程度或改变激活程序,对刺激物产生响应。

这些平台的一个特别的优点是完整的转录组测序提供了“一刀切”的测定法,可同时捕获多种表型,而不依赖生物标志物。这些测定还利用CRISPR-Cas9系统的模块化和灵活性。CRISPR-Cas9系统不仅可以用于基因敲除,还能用于基因沉默和基因激活。Adamson等人使用靶向多达18,905个基因的向导RNA库,证明了CRISPRi的可靠性和可扩展性。Dixit等人分析了超过20万个细胞,证明了单细胞转录组学的可扩展性。相反,将来的技术可能直接对一小份活检样本中的几万个细胞进行混合筛查。

当然,这些方法也不乏局限性。也许最根本的是,信息表型很大程度上限于细胞自主过程,而许多过程,如干细胞分化,则依赖细胞信号传导。剖析非自主过程仍然需要使用大规模筛查。另一个限问题是需要确定每个细胞中每个基因是否被成功敲除。因为技术报告指出sgRNA存在,但不能直接显示这些sgRNA是否确实发挥了作用。然而,如Adamson等人所证明的,通过分析转录读数可以部分解决这个问题。另一个实际的问题是成本。虽然增加每个细胞的测序深度通常可以克服scRNA-seq数据的固有噪声,但是为了节约成本,就只能减少检测的细胞数目。Datlinger等人和Jaitin等人结论分别是,大约30个细胞和50-100个细胞就足以捕获每个扰动表型。尽管有这些局限性,但是CROP-seq、CRISP-seq和PERTURB-seq的简单性以及它们带来的新应用在未来几年将大有可为。

(生物谷Bioon.com)

新的基因学研究帮助化疗患者摆脱顺铂耐药性的困扰!

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新的基因学研究帮助化疗患者摆脱顺铂耐药性的困扰!

根据9月19日在线发表于临床肿瘤杂志上的一项研究,在生殖细胞肿瘤中,TP53 和 MDM2的变异与顺铂的耐药性以及较差的疗效有关联。

来自纽约斯隆凯特林癌症中心的Aditya Bagrodia博士和他的同事们发现了患有生殖细胞肿瘤的男性中顺铂耐药性的基因学基础,这些患者都接受了含顺铂的化疗试剂,具有可利用的肿瘤组织。研究者对180个肿瘤组织进行了全部外显子测序或靶向性外显子捕获测序。综合化疗后的参数,患者被分为顺铂敏感组或耐药组。

研究人员发现TP53变异仅见于对顺铂耐药的肿瘤,尤其常见于原发性纵膈非精原细胞瘤(72%)。那些具有不良临床特征,根据国际生殖细胞癌协作组织模型被归为低风险组的患者通常会有TP53通路的变异,包括MDM2放大。独立于国际生殖细胞癌协作组织模型之外,这两种基因变异还能预测不良的预后。55%的顺铂耐受的生殖细胞瘤具有活动性变异,包括全新的RAC1变异。

“很大一部分顺铂耐药性的生殖细胞瘤具有活动性变异,这可能对靶向治疗有反应,”作者们写道。“对晚期生殖细胞瘤患者进行基因学分析可能会改善当前的风险级别,为顺铂耐受性疾病患者发现全新的治疗方法。”(生物谷Bioon.com)

Biol Psych:突破!科学家发现增加抑郁症风险的特殊基因突变

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Biol Psych:突破!科学家发现增加抑郁症风险的特殊基因突变

图片来源:medicalxpress.com

2017年4月5日 讯 /生物谷BIOON/ –日前,一项刊登在国际杂志Biological Psychiatry上的研究报告中,来自荷兰伊拉斯姆斯大学医学中心等机构的研究人员通过对来自一个与世隔绝村庄的人群进行研究发现,基因NKPD1的罕见突变或许和个体患抑郁症风险直接相关;相关研究或能帮助研究人员理解引发抑郁症分子病理学表现的分子机制,同时对于后期开发改善抑郁症的诊断以及治疗该病的新型疗法或许也提供了新的线索。

遗传特性在抑郁症发生风险上扮演着重要的角色,但如何鉴别出诱发抑郁症的特殊基因目前一直困扰着科学家们;研究者Amin表示,通过对编码mRNA和蛋白质的所有DNA进行测序后,我们发现了一个特殊的单一基因,该基因或许在抑郁症的遗传性风险上占到了4%的比例。

为了鉴别出该基因,研究人员对来自Erasmus Rucphen家族研究的数据进行分析,该家族研究包括收集直到过去几十年居住在与社会隔离地区的家庭和其后代相关的数据信息;在诸如这样的人群中,遗传隔离往往会诱发罕见突变不断被放大,这就为研究人员发现罕见突变的相关信息提供了强有力的队列研究,文章中,研究者对几乎2000名有抑郁症症状的个体进行了相关研究。

利用全外显子组测序技术对包含遗传编码产生蛋白质的部分DNA进行测序后,研究者Amin及其同事发现,NKPD1基因的多个突变或许都和较高的抑郁症症状分值直接相关,同时研究人员还在来自一般人群的独立样本中也复制出了抑郁症症状和NKPD1基因之间的关联,尽管这种复制样本强调了NKPD1基因中的不同突变。Amin说道,我们发现NKPD1基因能够参与鞘脂类(Sphingolipids)和神经酰胺的合成,而这一研究也非常有意思,而这同时也指出了NKPD1基因在机体中的预测性角色。

研究者指出,血液中鞘脂类水平的改变和抑郁症的发生直接相关,同时其也可以作为一种治疗性的靶点来帮助开发治疗主要抑郁症障碍的新疗法。这项研究中研究人员首次阐明了NKPD1基因和抑郁症发生之间的可能性关联,同时研究人员或许也能够开发出治疗携带NKPD1基因突变的抑郁症患者的新型疗法。

同其它精神性疾病比较而言,抑郁症往往缺少遗传或生化标志物来帮助进行疾病诊断和疗法的开发,据研究者Amin介绍,将抑郁症疗法引入到精准化和个体化治疗的领域或许还需要一个漫长的过渡阶段,同时研究者也需要根据疾病的分子病理学差异对抑郁症患者进行分层研究,当然NKPD1基因就是其中一种特殊的分子机制。(基因宝jiyinbao.com)

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原始出处:

Najaf Amin,Nadezhda M. Belonogova1, Olivera Jovanova,et al. Nonsynonymous Variation in NKPD1 Increases Depressive Symptoms in European Populations. Biological Psychiatry (2017). DOI: 10.1016/j.biopsych.2016.08.008

Oncotarget  研究人员发现促进乳腺癌耐药的新基因

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Oncotarget  研究人员发现促进乳腺癌耐药的新基因

2017年4月5日讯 /生物谷BIOON /——来自英国索尔福德的科学家们发现了一个新基因可以加速乳腺癌细胞抵抗世界上最常用的乳腺癌药物。

由于未知的原因,50%的采用雌激素受体抑制药物他莫昔芬治疗的乳腺癌病人都会对该药产生耐药性。

在这篇最近发表在Oncotarget杂志的研究中,生物化学家们验证了一个猜想:他莫昔芬的耐药性与癌细胞产生能量的线粒体有关。

在这个过程中,他们发现蛋白NQ01是决定癌细胞能否在他莫昔芬作用下生存的决定因素。

索尔福德大学生物医学研究中心转化医学教授Michael P Lisanti说道:“简言之,采用他莫昔芬毒杀癌细胞的过程会产生负面影响——刺激癌细胞通过启动它们的引擎产生反应而生存。”

Lisanti及其合作者Federica Sotgia和Marco Fiorillo博士检测了他们关于癌细胞会使用线粒体对抗他莫昔芬的想法,线粒体是细胞的能量源,能够产生细胞所需的所有能量。

他们在实验室中直接比较了对他莫昔芬敏感和不敏感的癌细胞,结果发现更高的线粒体能量是区分耐药细胞和非耐药细胞的指标。

随后他们使用蛋白、基因和代谢组学分析确定产生他莫昔芬耐药性必需的基因。他们发现只要给细胞添加一个基因(NQ01),细胞就可以存活下来。

最后,他们使用NQ01的化学抑制剂成功地使抵抗他莫昔芬的癌细胞对他莫昔芬敏感。

Lisanti教授这样总结:“这是首个证据表明他莫昔芬的耐药性与特殊的代谢行为相关,例如增加的线粒体能量。这很重要,因为这与他莫昔芬对雌激素受体的作用无关。”

Marco Fiorillo这样说道:“我们现在已经发现了靶标,这将允许我们和其他研究人员设计新的药物克服他莫昔芬耐药性。目前已经有现成的靶向NQ01和GCLC的实验性药物。因此制备靶向这些酶的抑制剂是很实际的。”(基因宝jiyinbao.com)

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原文出处:

Marco Fiorillo, Federica Sotgia, Diego Sisci,et al. Mitochondrial “power” drives tamoxifen resistance: NQO1 and GCLC are new therapeutic targets in breast cancer. Oncotarget. doi: 10.18632/oncotarget.15852

从卢煜明的引文桂冠看基因测序和精准医疗

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今天,咱们从基因入手讲几个小故事,从老鹰酒吧到安吉丽娜朱莉,从华大基因到小札基金会,科普一下无所不在的基因测序和精准医疗。文末可下载卢教授无创产检开山之作。
9月21日,汤森路透发布2016年度引文桂冠奖,预测香港中文大学教授卢煜明可能获得2016年诺贝尔医学奖。卢煜明最重大的研究成果是1997年发表于国际著名医学期刊《柳叶刀》(Lancet)上的《孕妇血浆与血清中存在胎儿DNA》(Presence of fetal DNA in maternal plasma and serum)。这是一个非常重要的发现,因为在此以前,医生要检测胎儿的遗传物质,必须得通过羊水穿刺或者绒毛穿刺的方法,而这两种方法都是创伤性的方法,孕妇有流产的风险,感染的风险,胎儿有因为穿刺致畸和致残的风险,而这一发现之后,理论上可以通过检测游离在母体外周血的胎儿DNA来检测胎儿的遗传物质,从而实现无创零风险的遗传检测,开启了无创产检 (NIPT,Non-Invasive Prenatal Testing)的先河。
自发表以来,这篇文章已经被引用2167次。而卢教授在接受采访的时候也表示,投身科学研究必须要对其从事的领域具备持久的兴趣,团队的力量更是助其取得相关科研成果的关键,也希望未来自己可以在生命科学领域有更多的创新成果造福于社会。今天,让咱们从基因入手讲几个小故事,寓教于乐,科普一下基因测序和精准医疗(Precision Medicine)。
老鹰酒吧和双螺旋

从卢煜明的引文桂冠看基因测序和精准医疗
这是剑桥的老鹰酒吧。从老卡文迪许实验室走出小巷再拐个弯就到了,一共不用十分钟。六十年前这里是科学家们喝酒聊天的地方。1953年一个平常不过的中午,一个年轻人走进这间酒吧,宣称生命的秘码被发现了。这一天是1953年2月28日,这个人叫弗兰西斯克里克Francis Crick,时年36岁。不久之后,在4月25日《自然》(Nature)杂志发表了由沃森(Watson)和克里克(Crick)合着的论文,这篇具有里程碑意义的论文讲述了DNA的双螺旋结构。这个发现如同一只金手指,捅开了那层迷糊了科学界几十年的窗户纸,向人们描绘了DNA大体是什么样和怎么工作的,揭示了生命繁衍的秘密。从那以后,一切似乎都变得很简单了,各种生物学上的突破接踵而至,包扩我们今天已经用于临床的无创产检和正在发轫的精准医疗源头都始于这篇开山之作。
从卢煜明的引文桂冠看基因测序和精准医疗
DNA双螺旋结构的发现之所以如此具有吸引力,正是因为它并不符合科学成就所强调的传统套路。与他们的许多同事不同,沃森与克里克都确信遗传物质是DNA而非蛋白质。但在化学领域,他们俩都不是专家,谁也不清楚解开DNA结构所需的基本化学知识:将碱基结合在一起的氢键,让磷酸盐电离并改变其几何结构的酸碱化学,以及互变异构规则,互变异构规则能让碱基以某两种可能出现的形式中的任一种存在,而这样的形式对分子结构的组成至关重要。不过,这也成为了他们取得成功的关键。由于缺乏专业知识,并不清楚到底应该怎样解决这一难题,因此他们尝试了所有可行的方案。他们解开DNA结构这一过程既没有具体计划,又没有明确方向,还充满了不确定因素。但他们愿做虚心求学的学者,不断摸索、虚心求教、历经千辛万苦,最终成功地走出了概念的密林。 关于这个过程的更多的细节有兴趣的朋友可以看沃森的书《双螺旋》(The Double Helix: A Personal Account of the Discovery of the Structure of DNA)。顺便提一句,著名的桑格测序 (Sanger Sequencing),所有测序技术的老祖宗也是在剑桥发明的,所以八百年剑桥真是英雄辈出。为了沾点仙气,本科在剑桥访学的时候特意去老鹰酒吧喝了两杯IPA,真是醍醐灌顶。
从卢煜明的引文桂冠看基因测序和精准医疗
在下个故事之前讲一下基本知识。简单来说,基因信息由四个碱基编码,分别是A 腺嘌呤、G 鸟嘌呤、T 胸腺嘧啶、C 胞嘧啶,这四个碱基以A和T,C和G的方式通过氢键的配对,形成碱基对(Base pair)。双螺旋结构的DNA反复缠绕和组蛋白(Histone)一起形成了染色体(Chromosome),我们有22对常染色体和1对性染色体。DNA的功能性片段就是我们所说的基因,而多个基因的编码部分决定了我们的表型(Phenotype),比如黑眼睛比如智力等等。除了表型外,特定基因DNA编码的错误、缺失、移位可以造成影响我们的疾病风险和对治疗的应答。
朱莉的胸和腺癌基因1号

从卢煜明的引文桂冠看基因测序和精准医疗
对,就是这位,著名的大嘴美女安吉丽娜朱莉。朱莉的妈妈曾经与癌症作斗争近10年于56岁时去世。而朱莉携带了由妈妈给她遗传了的BRCA1基因,因此患乳腺癌和卵巢癌的几率要比较高,分别是87%和50%。为了不让自己的孩子们因此恐惧失去妈妈,她决定采取主动,用专业的医学治疗切除乳腺降低患病风险,进行了切除乳腺手术。当时的朱莉特别向老公皮特表示了感谢,说:“做这个决定,我觉得自己更强大了,也绝对没有丢失半点女人味。”朱莉没有夸大,她所做的乳腺切除术,其实是利用手术剥离乳房中的乳腺组织,手术保留了乳头,并加入一定填充物保持乳房原有的形状,所以,美胸它们还在!当然,物是人非,现在这两位在满城风雨的闹离婚啦。祝他们好运!
借朱莉的例子以这个基因为例来谈一下精准医疗的概念。世界上每一个各地都是独一无二的,通俗地讲精准医疗就是根据个体的独特性(比如基因)来对疾病进行精确有效的治疗或者针对未来风险进行精确的预防保健。BRCA1与乳腺癌的关联在1994年被发现,这个基因编码肿瘤抑制蛋白,而肿瘤抑制蛋白的工作是修复DNMA损害保持遗传物质的稳定性,所以携带BRCA突变的个体更容易罹患乳腺癌和其他癌症,而朱莉所携带的BRCA1突变大约在一千人中才有一个。虽然朱莉的预防性医疗行为尚有争议,但是这一事件所代表的正是精准医疗的精髓所在。那就是,从千万人中找出你的独特性,使用只对你有效的方法来实施针对性治疗和预防。由朱莉事件推断,也许我们老祖宗上医治未病的理想可以在未来的某一天实现。
华大基因和百分之一

从卢煜明的引文桂冠看基因测序和精准医疗
这个男人是汪建。他狂狷,他匪气,他不按规矩出牌。他没有独立办公室,一个普通的工位和两个吊环定义了他的特立独行。在他的规划中,华大的路线图是“四部曲”:科研服务-科技服务-医学服务-人人服务。华大认为到了“人人服务”阶段,市场规模将达到万亿。
上个世纪九十年代,汪建、杨焕明、于军、刘斯奇一起创办华大基因, “自作主张”跑到伦敦参加国际人类基因组战略讨论会,“擅自”代表中国正式加入人类基因组计划。这四位从美国回来的科学家在申请的同时,抵押了自己的所有资产,从美国借来相关设备,随后召集人马,花了1年多共同完成了3号染色体短臂上约3000万碱基对的测序部分,占总计划的1%。 在华大基因官网,关于公司的创立只有简短的一句话:“1999年9月9日,随着国际人类基因组计划‘中国部分’的正式启动,华大基因在北京正式成立。”华大基因诞生于北京顺义空港工业园,属于中国科学院遗传研究所人类基因组中心的下属研究机构。凭借此次参与,华大基因在基因科技领域一举成名。2007年,华大基因脱离中科院,南下深圳成立深圳华大基因研究院。并相继成立了香港华大、美洲华大、欧洲华大及日本华大等分支机构,业务遍及全球。华大的测序能力一度称雄全球。华大的故事从百分之一开始,一路野蛮生长,把科研和产业同时做大,成为中国测序产业的龙头老大和所谓黄埔军校。2010年华大从Illumina购买了128台测序仪,成为当时全球最大的基因检测和数据分析中心。
饶毅的一段评论也许让我们对流氓企业家杨焕明和匪气的老大汪建有更立体的认识。以下为饶毅博客: 我认为杨焕明是企业家,因为迄今看来华大基因公司运行了多年,好像企业(至少表面上)是成功的,所以,称之为企业家,是一种褒奖,因为在我的词典里企业家高于商人。认为杨焕明不是科学家,恐怕不是我一人。不过,是不是科学家并不重要,争论也无所谓。我好像只见过一次经营华大基因公司的汪建,他在北医演讲称自己和华大不是科学家。在这一点上,他在智力上很诚实(intellectually honest),是否按他自称“民工”,倒不一定同意。对于经营的操作,只要合法,其他人批评华大不是很重要。
无论如何,华大基因在中国测序行业已成经典。是科学家还是企业家,甚至商人,也许并不那么重要。
放眼未来,新的故事还在继续
中国的精准医疗刚刚起步,实际临床应用还非常有限,而测序相关服务已经进入群雄并起的竞争局面。2016年,中国精准医学研究计划正式出台,子期伯牙,中国发声,与奥巴马提出的的美国精准医疗计划遥相呼应互为犄角。首批资助课题已经开始启动,其中中央财政经费金额1000万以上的项目20个。同时,在国家队发力之外,国内以测序技术和精准医疗为概念的新研究中心和公司如雨后春笋般出现。比如,青岛滨海学院成立了青岛滨海学院精准医学、保健研究中心,结合滨海学院大数据专业与三甲附属医院建设规划基于测序技术的老龄、认知、癌症和母婴的科学研究和保健应用。 再如,从华大离职的王俊等人创立了碳云科技,目标是希望建立一个健康大数据平台,运用人工智能技术处理这些数据,帮助人们做健康管理。在资本市场上,一直低调但实力雄厚的贝瑞和康计划借道天兴仪表借壳上市,成为中国测序行业第一个登陆A股的公司。科学,产业,资本,在中国的测序和精准医疗市场将会上演愈来愈热闹的大戏。
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从DNA双螺旋的发现到NIPT,时间跨度五十年。下个五十年会发生什么我们难以预测。但是,梦想和坚持一定让人类的未来更加美好。就在9月21日,小札和太太Priscilla Chan宣布了新计划Chan Zuckerberg Initiative,准备投入30亿美元在未来10年资助科学项目,目标是在我们下一代的有生之年攻克所有疾病。我们相信,在实现这个目标的过程里基因技术一定会发挥重要作用。让我们拭目以待。(生物谷Bioon.com)

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2016(第三届)下一代测序发展论坛

会议时间:2016.11.17-2016.11.18     会议地点:上海

会议详情: http://www.bioon.com/z/2016ngs/

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PNAS:鉴定出基因SMARCE1是早期癌症浸润所必需的
图片来自Nephron/Wikipedia。

2017年4月4日/生物谷BIOON/—一种通用的早期乳腺癌疗法产生一种矛盾的现象:上百万美元用于不必要的外科手术和放疗来治疗具有低风险原位病灶的女性,而据估计,她们当中的85%从不会发展为浸润性乳腺癌。与此同时,标准的保守疗法不足以治疗很多已进展超过这种原位病灶阶段的早期乳腺瘤,而且不能够阻止它们扩散到体内的较远部位。

如今,在一项新的研究中,来自美国麻省理工学院怀特海德生物医学研究所的研究人员鉴定出基因SMARCE1在一部分可能变成极具浸润性的早期乳腺癌中过量表达,这就使得首次将浸润性较差的乳腺瘤与可能发生扩散和转移的乳腺瘤区分开来成为可能。利用这种生物标志物,医生们可能更好地调整疗法以便匹配每名患者体内的乳腺癌行为。

这些研究人员发现50%的具有高SMARCE1基因表达的早期乳腺癌在初步确诊后10~15年的某个时间点会发生转移。麻省理工学院生物学助理教授、怀特海德生物医学研究所成员Piyush Gupta说,“早期乳腺癌并不都是一样的。牢记在心的是,它们中的一些注定会发生转移,而且应当从一开始就加以治疗。”

为了确定一些原位病灶为何要比其他的病灶更具侵袭性,来自Gupta实验室的研究人员分析了在浸润性乳腺癌中增加表达的大约350种基因的调节物。他们鉴定出一大群这样的基因,这些基因允许乳腺癌细胞侵入到它们的胞外基质中。一种基因调节着这群基因:SMARCE1。

明显的是,SMARCE1影响着所有参与乳腺癌细胞浸润和转移的关键基因。有趣的是,SMARCE1似乎仅在转移的早期阶段发挥着重要的作用,这就使得它成为这个关键步骤的一种合适的生物标志物。

博士后研究员Yuxiong Feng说,“我们研究了这个转移级联事件的每个步骤,结果发现原始位点上的肿瘤生长和较远位点上的转移瘤生长并不受到基因SMARCE1的影响。仅浸润受到它的影响。”

事实上,当这些研究人员分析了Gupta实验室构建的人乳腺组织模型中的SMARCE1活性时,他们确定SMARCE1是局部的乳腺癌细胞逃入周围的组织中所必需的。若缺乏这种基因,这些癌细胞保持在原位,而且是相对无害的。

这些研究人员也在一项回顾性研究中分析了来自大约200名早期乳腺癌病人的肿瘤组织样品中的SMARCE1水平。具有最高SMARCE1水平的那些病人最可能发生转移,而且具有最差的治疗结果。SMARCE1水平与预后之间的关系也适合于肺癌病人和卵巢癌病人,这提示着这个基因的重要性并不局限于一种癌症。

为了评估SMARCE1在其他癌症中的作用,这些研究人员正在与肿瘤学家合作采取接下来的步骤以便将他们的发现转化为临床研究。(生物谷 Bioon.com)

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原始出处:

Ethan Sokol, Yuxiong Feng, Dexter Jin et al. SMARCE1 is required for the invasive progression of in situ cancers. PNAS, Published online: 3 April 2017, doi:10.1073/pnas.1703931114

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