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科学家谈基因设计里程碑:合成酵母染色体是开始

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科学家谈基因设计里程碑:合成酵母染色体是开始

“在人类认识自然的历史上,这是一个重大的突破,从我们原来只是认识自然到现在重新设计自然,当然是根据自然的规律重新设计的,也就是说从基因组的阅读、解读到今天的重新设计。”3月11日,在深圳召开的”人工再造生命体”酵母基因组人工合成项目成果新闻发布会上,中科院院士、华大基因理事长杨焕明如是说道。说到激动处,他重音咬字,用手比划。

“人工再造生命体”酵母基因组人工合成项目成果新闻发布会。这场学术成果发布会在深圳市民中心的新闻发布厅举行,深圳市政府常务副市长张虎出席了发布会并发言,表示”大力支持华大基因等创新机构的发展”。

3月10日,美国《科学》杂志发表关于人工合成酵母染色体的7篇专刊文章。这阶段性成果来自美国科学院院士杰夫·博克(Jef Boeke)主导的国际科研项目–人工合成酵母基因Sc2.0,由美国、中国、英国、法国的团队完成。

《科学》杂志在封面推介中国科学家的4篇论文,介绍了天津大学、清华大学、深圳华大基因研究院在合成生物学方面的重大突破:完成4条真核生物酿酒酵母染色体的人工合成。人工合成基因,简而言之,人类如同被赋予”上帝”的特权,可以”书写”决定生命特性的基因,未来可与计算机编程相比拟。

杨焕明(和英国爱丁堡大学蔡毅之合作)、天津大学化工学院教授元英进、清华大学生命科学学院研究员戴俊彪分别以通讯作者身份出现在其中4篇文章。中国的这三个研究团队在实验室里,成功人工合成单细胞真核生物酵母的4条染色体,和野生酵母高度相似。

酵母共16条染色体,2014年合成第一条,此次另有美国团队合成一条染色体,共计已完成6条合成。截至目前,中国科学家占酵母合成染色体完成量的66.7%。

此前,2010年,曾领衔人类基因组计划的美国科学家克莱格·文特尔(Craig Venter)在细菌中进行合成基因组成功。从原核的细菌到真核的酵母是一个跳跃,它们所含的碱基对数量差距很大,染色体合成的难度也悬殊。2014年,杰夫·博克完成单细胞真核酵母的第一条人工合成染色体。本来,杰夫以为,在两年内,他们可以把酵母的16条染色体全部合成,并且人工增加第17条染色体。但现实有些出入,直到这次才有了较大进展。

值得一提的是,杰夫·博克团队的第一条酵母染色体只有300kb(千碱基对)大小,耗时3年完成。此次中国团队的4条则都接近Mb级别(1Mb=1000kb),戴俊彪团队攻克的是酵母中最长的一条,976kb。

《科学》杂志中国区负责人相艳对此评价:”该成果我们认为是里程碑式的成就,我们相信该成果会对国际学术界特别是生命科学领域给予广泛而深远的影响,也期待基因组合成技术能够在其他生命体以及在其他应用领域取得重大突破。”

之所以从酵母做起,戴俊彪说,是因为”人类的疾病最早的研究都是通过酵母作为模式,把它的机理解释出来的”。作为真核生物,酵母的染色体有着1000多万个(约为人基因组的5%)的碱基对,掌握对它的”书写”是一个重要节点。更何况,可以用来酿酒、烘焙以及种种工业用途的酵母有着巨大的产业应用价值。

按照现今的水平,合成染色体中的一对基氨只需要10美分,有着1000多万对碱基的酵母完全合成需要100多万美元。而实际成本要比这个多得多。

不计前期准备,项目从开始到结束共3年时间。据深圳国家基因库合成与编辑平台负责人沈玥透露,华大基因得到科技部下拨的2000万人民币左右经费,深圳发改委、科创委也给予一定经费支持,华大基因自己承担一部分。杨焕明对澎湃新闻(www.thepaper.cn)说,在这上面 “永远不盈利。我们一直坚持,全世界基因组的序列不管哪个生物都是免费” 。

人最终也会被人类自己来合成吗?目前来看,这还是一个遥远而值得谨慎对待的终极发问。但至少人类不止满足于酵母。华大基因透露,对在2018年合作完成剩下的酵母染色体有信心。同时,”深圳国家基因库基因组合成2020计划”中,第一个人造动物线虫、第一人造多细胞植物拟兰芥、第一条人的染色体–21号染色体的重塑和10000种人工噬菌体的合成都被写入。

人工合成酵母染色体可以想象成是改造一栋二手房

人工合成酵母染色体,这是一项来自全球10个高校、200来名科学家的国际合作项目。在此次发表的成果中,天津大学、清华大学、华大基因这3个国内团队也进行了各取所长的通力合作。

戴俊彪团队的专长是拼接,用长染色体分级组装的策略合成染色体。元英进团队创建有一种高效定位生长缺陷靶点的方法,拼接后出现的错误可以得到高效修复。染色体人工合成后是不是和野生的一样需要测序结果来检验,华大基因在高通量测序实力上国内领先,就承接了清华大学团队的测序工作。

“组装有问题的话,就拿不到一个正确的酵母,也很难后期进行纠错。没有纠错的话,难免出错,会有一些错误在生物里面,需要修复。”戴俊彪对澎湃新闻说,每一步都很关键,中国团队分布在不同的点上都做了创新。

戴俊彪解释,人工合成酵母并不是从零开始去设计,产生一个全新的酵母。”说实话我们的知识水平和认知水平还不到,我们还远远没到。”他说:”这套染色体设计成什么样子是有一套标准的规则,每一条染色体都是这样的。但你后续怎么组装它、怎么合成它,是每个团队各显神通的,当然它也有一个标准流程的,但是我们可以自己想办法怎么做这件事的。”

为了形象地说明人工合成酵母到底是一项什么样的研究,意义如何,戴俊彪举了个例子:

“把我们的细胞比喻成一个房子,自从我们出现,这个房子就在了。我们买的是二手房,但是里面的结构我们不知道,因为都是分散的。我们看基因组也是一样,不知道里面的线的分布。我们现在实际上能做的是把这个东西拆开来看看,里面到底是怎么布置的。这是我们需要知道的第一步,然后才能做整个改造。不然,一弄的话这个房子就塌了,不好。”

“我们做基因组合成也是按这个理念设计的。我知道这里有个柱子,不要破坏了这根柱子,基本上还是按照原来去做,要从表象来看的话并没有什么特别大的区别。但是实际上我们也不是说完全没区别,我们在里面做了很多的改造,一些小的改变。我们没有改造梁,但是这边加了开关,那边加了装饰品,这是我们觉得应该加的地方。所以我希望今年我们会看到另外一篇文章,我们加进去的东西是怎么帮我们了解整个生命体和基因组的结构。”

换而言之,人工合成酵母,实则是为了破解人类对染色体现存的理论黑洞,”构建以助于理解”。

争议:”里程碑”还是”只需要钱和人力”

有同行认为这是里程碑式成果,但也有知名学者评价为”需要很多钱,需要人力,需要小脑(运动),不需要大脑,结论是原来这样就是这样”的。因为类似的国际项目往往需要巨额的资金投入,也有约定的技术框架来操作。

在发布会现场,有记者问及对后一种观点的评价,此次参与项目的华大基因研究院院长徐讯说:”对于很多人类历史上的重大突破,比如说上世纪的人类科学历史上的三大创举:阿波罗登月、原子弹计划和人类基因组计划,是并称的三大科学计划。这些大的科学计划都是耗费了大量的人力物力,这才能带来重大的突破。”他认为酵母合成的工作”很快会展现出它应用的价值和意义”,如同”三大创举”会带来民用的衍生价值。

“越大的投入越需要看它的产出比是什么,所以这样的大科学工程一定是需要大的投入、大的组织、大的协调以及国际化的合作。”徐讯说。

杨焕明依然很乐观,他提到了自己20多年参与主导的人类基因组计划,中国为此贡献1%。”人类基因组在美国整整讨论了6年才在1995年真正起步,里面什么样的话都有,”杨焕明说:”科学上一定有争议,因为科学是今天做明天后天的事情,我们是想人所未想到的,成人所未成,为人所未为。如果一个科学有那么大的意义,没有不同意见,才是奇怪的。”

对于研究结论被人评价为是”可以预测”的,戴俊彪向澎湃新闻表示:”之所以我们合成以后,和原来的一样,是它的确不应该出现问题。原来的一套模板,(我们)按照它的生物内源那套设计去做的改进。我们的原则是首先拿到一个活的酵母,然后才能找到里面未知的东西。就像我们要先有一个平台,再在这个平台上做东西。我们实际上是搭建这个平台,现在实际上还在做怎么利用这个平台去研究未知的生物学功能在哪里。”

如果有一天人类”书写”自己的基因

人会不会开始”自我制造”,书写人类的基因?这将极大地挑战医学伦理。

当澎湃新闻向杨焕明提出这个疑问时,他说:”从干细胞方面来说,我们现在实际上已经开始探索了。现在的基因治疗也对基因组进行了局部的改变。那以后是不是搞出个人来?那这个问题就复杂了。这个问题和干细胞的考虑是一样的,现在局限在细胞,以后是器官,(再是)整体一个人–就像克隆一个人一样,那就完全是全世界全体老百姓应该来讨论的问题了。”

“这已经不只是一般伦理了,它涉及到我们人类的定义是什么,尊严是什么。”他说,”现在只能说通过基础的研究,对酵母这个单细胞的有核生物研究,对人类的很多研究都是通过这样的实验生物开始的。但真正介入到人,这可是大家都应该参与讨论的问题。”

科学家和伦理学家在之前已经设想基因组合成中的安全因素和伦理因素。杨焕明提到在一次生命伦理会议上的讨论,与会专家说:”它一定会带来生命伦理、生物安全的问题,但是它还没跨出或者冲击现有的伦理框架。比如说病原(体),对病毒的实验都是在P2、P3实验室做(注:根据生物安全等级命名,P4为最高等级,可实验活体埃博拉等病毒)。还有生物恐怖主义、贩毒之类的,都已经有对应的政策。当然,后面要加一句,我们对这个技术的发展一定给予最密切的注视和最谨慎的观察,因为它没有带来新的问题。” (生物谷Bioon.com)

 

河北科大开学典礼校长点赞韩春雨,基因编辑要冲世界一流学科

基因君

在河北科技大学的新生开学典礼上,韩春雨的名字出现在了校长的致辞中。9月6日上午,河北科技大学举行2016年新生开学典礼,校长孙鹤旭发表演讲,提到:“(学校)拥有一批在教学上认真负责、在科研上勇于创新的教师队伍,特别是一批像韩春雨一样的年轻老师。”

虽然韩春雨课题组的新基因编辑技术NgAgo仍面临实验可重复性质疑,河北科技大学的生物工程(基因编辑)却已被纳入河北省高校“双一流”建设中的“世界一流学科建设项目”。

河北科大开学典礼校长点赞韩春雨,基因编辑要冲世界一流学科

韩春雨 《中国新闻周刊》 图

9月8日,河北省人民政府网站显示,河北科技大学的生物工程(基因编辑)被纳入河北省高校“双一流”建设中的“世界一流学科建设项目”。基因编辑是河北科技大学作为二层次大学唯一入选“世界一流学科建设项目”的学科。韩春雨课题组5月2日在期刊《自然-生物技术》上发表的论文,正是介绍了一种新的基因编辑技术NgAgo,可以对特定DNA片段的敲除、加入等,被认为在医药等领域有很大发展前景。

据河北媒体9月7日报道,“世界一流学科建设项目”是《河北省人民政府关于统筹推进一流大学和一流学科建设的意见》的内容之一,已于近日颁布实施。河北科技大学的生物工程(基因编辑)被纳入“世界一流学科建设项目”,是河北省高校17个获批的学科之一。

河北科大开学典礼校长点赞韩春雨,基因编辑要冲世界一流学科

《河北省人民政府关于统筹推进一流大学和一流学科建设的意见》近日颁布实施,将分类支持、重点建设若干所一流大学和一批一流学科。来源:“河北新闻”微信号。

河北科技大学坐落在河北省会石家庄市,1996年由河北轻化工学院、河北机电学院和河北省纺织职工大学合并组建而成,是河北省重点建设的多科性骨干大学。2013年经河北省人民政府与国家国防科技工业局签订协议,学校被列为河北省人民政府与国家国防科技工业局共建省属重点高校。

河北政府和河北科技大学对基因编辑的重视可见一斑。8月9日,据河北省发展和改革委员会官网显示,其已批复“河北科技大学基因编辑技术研究中心建设工程项目建议书”,审批结果是“原则同意河北科技大学在新校区(石家庄市裕翔街26号)校园内建设基因编辑技术研究中心工程项目。”批复内容显示:河北科技大学基因编辑技术研究中心项目拟建规模“总建筑面积2.52万平方米,包括科研用房、大型仪器设备公共用房、管理及保障用房及公用配套用房等”、“项目估算总投资2.24亿元(包括室外工程),所需资金由省财政性资金安排”。

河北科大开学典礼校长点赞韩春雨,基因编辑要冲世界一流学科

河北省发改委批复河北科技大学基因编辑技术研究中心建设工程项目。来源:河北省发改委网站。

而该基因编辑技术研究中心也已经逐渐步入建设的正轨。据财政部指定的中国政府采购网8月31日公告显示,河北科技大学基因编辑技术研究中心正为采购进口仪器设备公开招标,预算金额达1958万元人民币,开标时间为9月21日。

河北科技大学基因编辑技术研究中心采购进口仪器设备项目公开招标。来源:中国政府采购网。

河北科大开学典礼校长点赞韩春雨,基因编辑要冲世界一流学科

发表关于NgAgo技术的论文后,韩春雨获得了众多的荣誉。据河北省科协网站显示,7月13日,河北省科协第九次全省代表大会闭幕,会上,韩春雨与其他9位一起被选举为河北省科协第九届委员会副主席。8月16日,河北省教育厅公布“美丽河北·最美教师”评选结果,评选范围包括全省高校、中小学、幼儿园,韩春雨为10位入选的教师之一(另有一人追授)。

在公示文件中,关于韩春雨的事迹提到:“韩春雨关于基因编辑技术的研究成果,被誉为第四代基因编辑技术,该成果是我国首个‘中国创造’的尖端生物技术,打破了国外基因编辑技术的专利垄断,研究水平可比肩国际一流大学同领域”,并写道:“韩春雨团队取得重大成果,被许多媒体誉为‘韩春雨现象’,引发了学界以及社会的广泛关注和思考。事实上,‘韩春雨现象’的产生,与河北科技大学‘和谐而有活力’的文化环境息息相关。”

然而,实验的可重复性却一直悬而未决。《人民日报》客户端、新华社在8月2日的报道,河北科技大学表示在一个月内(新华社为“一个月左右时间”)“采取适当形式公开验证结果,届时将有权威第三方作证。”截止9月8日发稿前,河北科技大学和韩春雨本人尚未兑现“一个月承诺”。(生物谷 Bioon.com)

河北科大开学典礼校长点赞韩春雨,基因编辑要冲世界一流学科

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在河北科技大学的新生开学典礼上,韩春雨的名字出现在了校长的致辞中。9月6日上午,河北科技大学举行2016年新生开学典礼,校长孙鹤旭发表演讲,提到:“(学校)拥有一批在教学上认真负责、在科研上勇于创新的教师队伍,特别是一批像韩春雨一样的年轻老师。”

虽然韩春雨课题组的新基因编辑技术NgAgo仍面临实验可重复性质疑,河北科技大学的生物工程(基因编辑)却已被纳入河北省高校“双一流”建设中的“世界一流学科建设项目”。

河北科大开学典礼校长点赞韩春雨,基因编辑要冲世界一流学科

韩春雨 《中国新闻周刊》 图

9月8日,河北省人民政府网站显示,河北科技大学的生物工程(基因编辑)被纳入河北省高校“双一流”建设中的“世界一流学科建设项目”。基因编辑是河北科技大学作为二层次大学唯一入选“世界一流学科建设项目”的学科。韩春雨课题组5月2日在期刊《自然-生物技术》上发表的论文,正是介绍了一种新的基因编辑技术NgAgo,可以对特定DNA片段的敲除、加入等,被认为在医药等领域有很大发展前景。

据河北媒体9月7日报道,“世界一流学科建设项目”是《河北省人民政府关于统筹推进一流大学和一流学科建设的意见》的内容之一,已于近日颁布实施。河北科技大学的生物工程(基因编辑)被纳入“世界一流学科建设项目”,是河北省高校17个获批的学科之一。

河北科大开学典礼校长点赞韩春雨,基因编辑要冲世界一流学科

《河北省人民政府关于统筹推进一流大学和一流学科建设的意见》近日颁布实施,将分类支持、重点建设若干所一流大学和一批一流学科。来源:“河北新闻”微信号。

河北科技大学坐落在河北省会石家庄市,1996年由河北轻化工学院、河北机电学院和河北省纺织职工大学合并组建而成,是河北省重点建设的多科性骨干大学。2013年经河北省人民政府与国家国防科技工业局签订协议,学校被列为河北省人民政府与国家国防科技工业局共建省属重点高校。

河北政府和河北科技大学对基因编辑的重视可见一斑。8月9日,据河北省发展和改革委员会官网显示,其已批复“河北科技大学基因编辑技术研究中心建设工程项目建议书”,审批结果是“原则同意河北科技大学在新校区(石家庄市裕翔街26号)校园内建设基因编辑技术研究中心工程项目。”批复内容显示:河北科技大学基因编辑技术研究中心项目拟建规模“总建筑面积2.52万平方米,包括科研用房、大型仪器设备公共用房、管理及保障用房及公用配套用房等”、“项目估算总投资2.24亿元(包括室外工程),所需资金由省财政性资金安排”。

河北科大开学典礼校长点赞韩春雨,基因编辑要冲世界一流学科

河北省发改委批复河北科技大学基因编辑技术研究中心建设工程项目。来源:河北省发改委网站。

而该基因编辑技术研究中心也已经逐渐步入建设的正轨。据财政部指定的中国政府采购网8月31日公告显示,河北科技大学基因编辑技术研究中心正为采购进口仪器设备公开招标,预算金额达1958万元人民币,开标时间为9月21日。

河北科技大学基因编辑技术研究中心采购进口仪器设备项目公开招标。来源:中国政府采购网。

河北科大开学典礼校长点赞韩春雨,基因编辑要冲世界一流学科

发表关于NgAgo技术的论文后,韩春雨获得了众多的荣誉。据河北省科协网站显示,7月13日,河北省科协第九次全省代表大会闭幕,会上,韩春雨与其他9位一起被选举为河北省科协第九届委员会副主席。8月16日,河北省教育厅公布“美丽河北·最美教师”评选结果,评选范围包括全省高校、中小学、幼儿园,韩春雨为10位入选的教师之一(另有一人追授)。

在公示文件中,关于韩春雨的事迹提到:“韩春雨关于基因编辑技术的研究成果,被誉为第四代基因编辑技术,该成果是我国首个‘中国创造’的尖端生物技术,打破了国外基因编辑技术的专利垄断,研究水平可比肩国际一流大学同领域”,并写道:“韩春雨团队取得重大成果,被许多媒体誉为‘韩春雨现象’,引发了学界以及社会的广泛关注和思考。事实上,‘韩春雨现象’的产生,与河北科技大学‘和谐而有活力’的文化环境息息相关。”

然而,实验的可重复性却一直悬而未决。《人民日报》客户端、新华社在8月2日的报道,河北科技大学表示在一个月内(新华社为“一个月左右时间”)“采取适当形式公开验证结果,届时将有权威第三方作证。”截止9月8日发稿前,河北科技大学和韩春雨本人尚未兑现“一个月承诺”。(生物谷 Bioon.com)

华中农业大学Nature Genetics 发表基因组研究新进展

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华中农业大学Nature Genetics 发表基因组研究新进展
3月7日,《自然?遗传学》(Nature Genetics) 在线发表了华中农业大学生命科学技术学院作物遗传改良国家重点实验室张献龙教授领导的棉花团队的最新研究成果:“棉花驯化过程中的不对称亚基因组选择和顺式调控分歧”(Asymmetric subgenome selection and cis-regulatory divergence during cotton domestication)。这项研究不仅首次提出了棉花纤维驯化的遗传学基础,而且阐述了驯化对基因转录调控的影响。该研究是棉花基因组研究领域的又一重大进展,在棉花功能基因组研究和遗传改良工作中具有重要指导作用。张献龙教授和英国杜伦大学 Keith Lindsey 教授为本文共同通讯作者,我校博士生王茂军为第一作者。
棉花纤维是重要的天然纺织纤维,在国民经济中占据着重要地位。生产上主要棉花栽培种为异源四倍体陆地棉,其生态适应性广,纤维产量占据每年棉花总产量 95% 以上。从古至今,陆地棉驯化和栽培已有 5000 年以上。棉花野生种含有大量遗传变异,而长期的人工驯化选择了一些优异的变异,使陆地棉的主要农艺性状发生了显着改变。但是,科学界很少有研究剖析这些性状改变的遗传学基础。
中国的陆地棉栽培始于 20 世纪初,主要从美国引种。中国的陆地棉遗传资源狭窄,同质性较高,使得遗传育种工作遇到了瓶颈。为了揭示人工驯化对基因组的影响,研究者从全世界主要棉区收集了 31 份陆地棉野生种和 321 份驯化种进行基因组重测序研究。利用这些数据,研究者构建了陆地棉的首个综合变异图谱,包括单碱基多态性(SNP),插入 / 缺失(InDel)和结构变异(SV)。通过将野生种与驯化种进行比较,这项研究在全基因组范围内鉴定了 93 个驯化选择区间。这些区间包含大量功能基因,与陆地棉的一些主要农艺性状的形成有关,例如株高,抗病性和纤维品质等。在今后,通过分子育种手段对这些区间进行整合,可以将野生种质用于改良棉花主要农艺性状。
长期的驯化过程显着改变了陆地棉的纤维产量和品质。驯化种产量比野生种高,同时纤维品质比野生种好。驯化种能产生白色纤维,野生种纤维略带棕黄色。为了分析控制这些性状改变的遗传学基础,该项研究首先利用 267 份材料对纤维品质相关性状进行全基因组关联分析,一共鉴定了 19 个显着位点,其中有 4 个位点位于驯化选择区间中。该研究进一步从陆地棉 A 亚基因组鉴定了一些受到驯化选择的基因,与纤维的长度相关;在 D 亚基因组鉴定了一些与逆境响应相关基因,这些基因在驯化种中下调表达,可能促进纤维的伸长。另外,研究发现 D 亚基因组的类黄酮代谢关键基因受到驯化选择,在驯化种中下调表达,可能与白色纤维的发育相关。在了解这些控制纤维品质性状的重要基因位点之后,研究者可以进一步对棉花纤维品质进行遗传改良。
对作物的人工驯化常常会改变大量基因的表达水平。为了分析基因差异性表达的原因,研究者巧妙地将 DNA 酶 I 酶切测序和三维基因组技术结合起来,鉴定了大量启动子上的顺式调控元件和远距离作用的增强子元件。这些转录调控元件受到了强烈的驯化选择,与基因的差异表达相关。这项研究是首次在植物中对非编码区的调控变异进行分析,为在其他物种中挖掘功能变异提供了重要参考。(生物谷 Bioon.com)

中国科学家在健康人中发现超级耐药基因变体

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中国科学家在健康人中发现超级耐药基因变体
中国研究人员发布最新报告称,在健康人中发现可抵抗多粘菌素的超级耐药基因mcr-1变体,而多粘菌素被视为抗生素中“最后一道防线”。这一发现意味着健康人能在不被觉察的情况下传播超级耐药基因,提示健康人中的耐药基因携带情况值得关注。
这项研究发表在最新一期的美国《抗微生物制剂与化学疗法》月刊上。论文通讯作者、中国疾病预防控制中心传染病预防控制所研究员阚飙对新华社记者说,耐药菌株不只存在于病人中,健康人也同样可能携带耐药基因,这是一个应对耐药细菌容易被忽视的公共卫生问题。此次报告从数名健康人携带的沙门氏菌中找到了mcr-1基因的变异形式,与之前的耐药基因有诸多不同。
首先,这个变体是从健康人携带的沙门氏菌中发现的。以前报告携带mcr-1的细菌,主要是大肠杆菌、克雷伯杆菌等容易造成院内感染的细菌,仅有少量病人体内的沙门氏菌携带mcr-1耐药基因的报告。沙门氏菌是常见的食源性致病菌,健康人携带含mcr-1耐药基因的沙门氏菌,意味着他们具有传播引起他人感染的可能性。由于健康人不会到医院就医和使用抗生素,因此他们会在不被觉察的情况下传播耐药基因。
其次,此次报告的mcr-1基因变体有两个位点的变异,造成了氨基酸的改变,检测显示它同样具有对多粘菌素的耐药性。这一结果意味着,虽然这一基因变体目前尚未造成耐药程度的升高,但这已显示mcr-1基因也在发生变异,因此提示要持续关注不同菌株中mcr-1基因的变异,以及变异是否会造成耐药性增强。
阚飙说:“这个研究发现了当前高度关注的mcr-1基因介导的多粘菌素抗性传播的一种新途径,即通过健康人携带含mcr-1基因的沙门氏菌不知不觉地传播。”
2015年,中国首次报告在牲畜和人身上发现了带mcr-1基因的细菌。这种基因由细胞中的质粒携带,可以通过质粒在不同细菌间传播。换句话说,该基因赋予细菌的耐药性可以传播给其他细菌,从而可能导致出现能对抗多种抗生素的细菌,因此引起极大关注。此后,欧盟与北美也相继发现了带有mcr-1基因的细菌
随着抗生素使用愈加频繁,细菌的耐药性问题也日益凸显,目前抗菌能力最强的多粘菌素被视为抗生素“最后一道防线”。当青霉素、四环素等传统抗生素逐渐失效时,医护人员只能选择多粘菌素。鉴于农业和畜牧业中普遍使用多粘菌素,研究人员建议,应尽可能限制多粘菌素一切不必要的使用。(生物谷 Bioon.com)

安全和合乎伦理地编辑人类基因组

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安全和合乎伦理地编辑人类基因组
图片来自www.shutterstock.com。

2017年3月12日/生物谷BIOON/—美国国家科学院和美国国家医学院(National Academies of Science and Medicine, NASEM)在2017年2月14日发布的一份报告[1]探究了能够改变生物体基因组的新技术的影响。

尽管几十年来,科学家们能够编辑基因,但是相比以前,新的基因组编辑技术更加高效、更加精准和更加低廉。作为其中的一种新技术,CRISPR-Cas9能够允许人们开展新的应用,包括对病毒、细菌、动物、植物和人类进行编辑。

比如,科学家们能够培育抗害虫的植物[2]。他们能够修饰动物、细菌和病毒[3]的基因组来协助抵抗疾病和瘟疫。

几乎任何想要修饰基因组的人能够潜在地使用CRISPR基因组编辑技术[4]。这一点,以及能够出于有益目的或有害目的使用CRISPR的事实,不禁让人担忧它可能变成一种大规模杀伤性武器[5]。

CRISPR也能够被用来修饰人基因组。科学家们正在解决的一个重大问题是这些技术是否应当被用来修饰人生殖细胞。这些细胞产生的变化会从一代遗传给下一代,因而被称作生殖系修饰(germline modification)。

一些利用这些技术开展研究的科学家呼吁暂停能够导致生殖系修饰的基因编辑[6]。其他人认为需要谨慎地使用这些技术[7]。

这份NASEM报告并不支持暂停这种基因编辑技术。但是它建议在授权这种应用之前,应当满足至少10个严格的条件。这份报告也声称,在进行人生殖系修饰之前,还需开展更多的讨论(在广泛的公众参与下)。

我在杜克大学科学与社会计划上讨论了CRISPR等新兴技术引起的伦理和政策问题。我对不同的国家如何监管这些技术特别感兴趣。

这份报告说了什么?

对利用人细胞和组织开展的研究而言,NASEM委员会说,现有的规章制度和伦理体系能够解决基因组编辑可能引发的问题。这种情形同样适合于出于治疗目的,对体内的体细胞(而不是生殖细胞)进行基因组编辑。

因此,尽管针对体细胞修饰的临床试验已被放行,但是针对生殖细胞(卵子、精子和胚胎)进行修饰的临床试验目前仍未放行[8]。

这种类型的基因组修饰让人们对 “设计婴儿(designer baby)”产生担忧[9]。

这些问题都不是新出现的。差别在于科学家们比以往更接近于能够显著地和准确地改变人基因组[10]。

针对生殖系修饰给出的建议

这份NASEM报告作出结论:仅当满足三个需求时,才适合对生殖细胞进行修饰。

第一个需求是进一步的研究应当证实在开展临床试验之前,相对于使用这些技术的风险而言,存在足够多的潜在益处。

第二个需求是:针对这些技术的使用,公众应当参与广泛的对话。

第三个需求是应当建立一种健全的规章制度和监管体系以便保证在利用基因组编辑改变精子、卵子或胚胎之前满足下面的10个条件:
(1)仅当不存在其他的“合理的替代选择”时,才使用基因组编辑;
(2)它仅用于阻止一种“严重的疾病或症状”;
(3)这种使用仅限于修饰“有力地证实导致或者非常倾向于患上这种疾病或症状”的基因;
(4)这种使用仅限于将基因转化为“在人群中普遍存在的、已知与正常的健康相关联的版本,而且没有或者很少有证据证实副作用的存在”;
(5)针对使用这些技术的潜在风险和潜在健康益处,存在可靠的临床前和/或临床数据;
(6)在临床试验期间,针对这些技术对研究参与者的健康和安全性的影响,进行持续的和严肃的监管;
(7)存在一种尊重个人自主性的“长期多代随访(long-term, multigenerational follow-up)”全面计划;
(8)在确保最大透明度和尊重病人隐私之间保持平衡;
(9)持续地重新评估健康益处和风险,以及社会益处和风险,包括利用公众提供的输入信息;
(10)建立可靠的监管以便防止出于阻止一种“严重疾病或症状”之外的原因使用这些技术。

这些条件中的大多数旨在确保生殖细胞基因组编辑将仅用于阻止一种严重的疾病,而且这种使用的前体是不存在合理的替代方法阻止这种疾病,而且这种编辑应当处于强有力的监督之下。其中的一些条件将很难满足。比如,如何能够确保长期地随访在基因组编辑的帮助下出生的儿童(以及他们的后代)?对到其他的国家接触这些技术的人而言,这一点是特别难以满足的。

最后,出于改良目的基因组编辑目前不予放行,而且应当进一步接受更加广泛的讨论。

在全球化世界中进行基因组修饰

这份NASEM报告援引了法国微生物学家路易斯-巴斯德(他的很多发现闻名于世,包括巴斯德氏杀菌法)曾经说过的话:“科学没有家园,这是因为知识是人类的遗产。”这份报告和NASEM的人类基因编辑计划正在特别关注国际影响。

一个尚未解决的问题是针对人类生殖细胞编辑给出的建议是否是广泛的国际对话的一个良好的开始,毕竟已有一些人支持将这些建议作为实践指南。

2014年的一项研究[11]发现在39个接受调查的国家中,已有29个国家决定禁止使用基因组编辑技术修饰人生殖细胞。在这些国家当中,奥地利、意大利、西班牙和荷兰等国家实行禁令。阿根廷、希腊、秘鲁和南非等其他国家在这方面的监管规定比较模糊。

其他的基因修饰技术已被用来怀上不患上他们的父母携带的遗传病的婴儿。作为一种这样的技术,线粒体替换疗法近期已在中国[12]、墨西哥[13]和乌克兰[14]使用过,而且可能很快会在英国[15]使用。

然而,在美国,在2017年4月之前有法律效力的美国国会拨款法案中的一条附加条款禁止美国食品药品管理局(FDA)考虑任何修饰人生殖细胞的临床试验。对其他附加条款的了解表明这一禁令可能被无限期地延长。

这份报道试图制定“一种基于基本原则的框架,而且任何国家可能改动和采用这些基本原则。但是这种框架如何能够被当前禁止任何生殖细胞修饰的国家采用?”

在这个全球化世界里,病人能够潜在地跨过边境,接受在他们自己的国家不能够获得的医学介入措施。对线粒体替换疗法而言,这种情形就已发生过。一些国家可能决定放松它们的标准以便希望吸引“旅游”病人或增强它们的研发能力[16]。监管这些技术的一种国际协议将有助制定每个国家应当遵守的一组最小的标准。

但是,在不远的将来,国家之间不可能会达成任何协议。这份报告注意到在我们能够更好地理解这些技术和监管它们的最好方法之前,不同的监管方法能够在不同的国家实施。

不论人们是否认为达成国际协议是否是需要的或可行的,国际合成和对话似乎是对新技术进行良好治理的必要流程。(生物谷 Bioon.com)

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原始出处:
Safe and ethical ways to edit the human genome

参考资料:
[1]Human Genome Editing: Science, Ethics, and Governance (2017)
doi:10.17226/24623

[2]CRISPR research institute expands into agriculture, microbiology

[3]HIV overcomes CRISPR gene-editing attack
Nature, doi:10.1038/nature.2016.19712

[4]Do-it-yourself CRISPR genome editing kits bring genetic engineering to your kitchen bench

[5]Top U.S. Intelligence Official Calls Gene Editing a WMD Threat

[6]Don’t edit the human germ line
Nature, 26 March 2015,doi:10.1038/519410a

[7]A prudent path forward for genomic engineering and germline gene modification
Science, 03 Apr 2015, doi:10.1126/science.aab1028

[8]U.S. panel gives yellow light to human embryo editing
Science, doi:10.1126/science.aal0750

[9]A Brave New World of Designer Babies
doi:10.15779/Z38FM40

[10]CRISPR/Cas9-mediated gene editing in human tripronuclear zygotes
Protein & Cell, May 2015, Volume 6, Issue 5, pp 363–372, doi:10.1007/s13238-015-0153-5

[11]International regulatory landscape and integration of corrective genome editing into in vitro fertilization
Reproductive Biology and Endocrinology, Published: 24 November 2014, doi:10.1186/1477-7827-12-108

[12]Reports of ‘three-parent babies’ multiply
Nature, doi:10.1038/nature.2016.20849

[13]Exclusive: World’s first baby born with new “3 parent” technique

[14]Controversial IVF technique produces a baby girl — and for some, that’s a problem

[15]Newcastle applies for world’s first mitochondrial licence

[16]On the Road (to a Cure?) — Stem-Cell Tourism and Lessons for Gene Editing
NEJM, 2016; 374:901-903, March 10, 2016, doi:10.1056/NEJMp1600891

J Clin Microbiol:新的基因测试方法一天内检测出肺结核

基因君

J Clin Microbiol:新的基因测试方法一天内检测出肺结核
图片来自英国牛津大学。

2017年3月11日/生物谷BIOON/—在一项新的研究中,研究人员首次证实一种用于检测病人痰液中肺结核细菌的不到24小时基因测试方法(sub-24 hour genetic test)能够替换标准的肺结核(TB)诊断方法。

当前要获得一名肺结核患者的全部诊断信息需要长达两个月的时间,这是因为肺结核菌在实验室中非常缓慢地生长。多年来,科学家们一直寻求通过直接检测痰液样品中的肺结核菌DNA来绕过这个耗费时间的步骤。然而,鉴于痰液中的大多数细胞是人细胞,很难在干扰信号(人细胞和其他的细菌)中发现靶信号(即肺结核菌DNA),而且更难发现一种可能在全世界既实惠又实用的方法。

在来自英国牛津大学的研究人员领导下,这种新的基因测试方法利用简单且又相对实惠的材料快速地处理痰液,从而偏好地分离肺结核菌,随后对这种细菌DNA进行测序和分析。这些牛津大学研究人员是与来自英国诺丁汉大学、孟买医学研究基金会和英格兰公共卫生部门的研究人员合作开展这项研究的。

在此之前,DNA测序需要大量的仪器和一个设备完善的实验室,这就限制了它在这个领域的潜在应用。在这项新的研究中,这些研究人员也证实利用一种新的实时手持式测序设备(牛津纳米孔技术公司开发出的MInION),他们利用一种可能在世界上任何地方使用的过程,也能够获得相同的结果。在一个例子中,他们获得测试结果所需的周转时间是12.5小时。

利用DNA测序,这种方法不仅能够检测耐药性的肺结核菌(对病人而言是至关重要的信息),而且它也能够追踪肺结核菌菌株在地理上的扩散。这种扩散信息对公共健康工作者而言是非常有价值的。

肺结核是世界上传染病死亡的主要原因之一。2015年,全世界有1.04千万肺结核病例,其中110万死亡病例直接由肺结核引起。

牛津大学惠康基金会人类遗传学中心研究员Zamin Iqbal博士说,“控制肺结核的一个重大挑战之一是在不需要高科技实验室的情形下,开展快速的和全面的测试。我们证实在提取病人痰液样品24小时内,获得用于临床管理和追踪疾病扩散所需的所有信息是可行的。再者,通过利用一种手持式设备实现这一点,我们为在野外对肺结核菌进行诊断测试打开大门。”

论文共同作者Antonina Votintseva博士说,“尽管基因组测序日益增加地用于分析肺结核菌,但是限制因素仍然是需要在实验室中花费数周时间培养肺结核菌。通过开发一种简单且又实惠的方法来提取痰液中的肺结核菌DNA,因而将周转时间降低到24小时以下,我们在开发全面的现场即时诊断方法的目标上迈出了一大步。”

“当然还要开展更多的研究—我们的目标是在病人离开诊所之前给出测试结果,这就有巨大的潜力降低肺结核传播和耐药性。”

惠康基金会创新主任Stephen Caddick博士说,“常规的肺结核测试方法需要数周的时间提供结果。Iqbal博士和他的团队通过开发一种低成本的DNA提取方法而取得重大突破:这种方法能够直接对病人样品中的肺结核菌进行全基因组测试,从而在不到一天的时间里提供测试结果。利用这种技术鉴定出可能对抗生素治疗产生耐药性的肺结核菌菌株的能力可能在抵抗耐药性感染中是非常有价值的,特别是中低收入国家。”(生物谷 Bioon.com)

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原始出处:

Antonina A. Votintseva, Phelim Bradley, Louise Pankhurst et al. Same-day diagnostic and surveillance data for tuberculosis via whole genome sequencing of direct respiratory samples. Journal of Clinical Microbiology, Posted online 8 March 2017, doi:10.1128/JCM.02483-16.

AJHG:科学家利用全基因测序来鉴别个体的患病风险

基因君

AJHG:科学家利用全基因测序来鉴别个体的患病风险

图片来源:www.sciencedaily.com

2017年1月15日 讯 /生物谷BIOON/ –想象有一天当你去拜访医生进行身体检查时,医生会告诉你去进行一些常规检查,比如胆固醇、血糖和血细胞计数等项目,但同时医生也会让你进行基因组的测序,即对大约30亿个碱基进行检测,然而常规的基因组检测目前距离我们还太过于遥远。

来自德克萨斯大学休斯顿健康科学中心的研究人员Eric Boerwinkle博士就表示,在不久的将来,全基因组测序或许就会成为常规医学研究中不可或缺的一部分。为了帮助临床医生、患者以及科学家们加工处理大量让人难以置信的数据,这项研究中,研究人员开发出了一种新型框架,这种框架能够帮助理解机体的全基因组序列数据来鉴别增加或降低疾病发生风险的遗传突变,相关研究刊登于国际杂志The American Journal of Human Genetics上。

研究者Alanna Morrison博士表示,这项研究非常重要,因为其能够为科学家和临床医生提供实际的步骤来帮助分析全基因组数据,鉴别出可能增加个体疾病风险或保护个体免于某些疾病风险的差异,比如糖尿病、癌症和心脏病等。文章中,研究者对来自社区动脉粥样硬化风险研究(ARIC)中的3000多名个体进行了全基因组测序,并且对和心脏及血液疾病相关的多种特点进行分析。

研究人员所开发的框架能够帮助他们检测基因组中的不同功能性部分,包括编码蛋白的基因以及控制基因表达的部分基因组等,同时还能够帮助研究者分开基因组中的不同功能部分,并进行分别研究。基于研究者开发的新型框架,未来科学家们就能够对机体负责多种功能的目标基因进行鉴别,比如负责血脂水平的基因、白细胞数量的基因以及肌钙蛋白基因等,同时或许还能够帮助对患者的心脏病发作进行诊断。(基因宝jiyinbao.com)

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Practical approaches for Whole-Genome Sequence Analysis of Heart- and Blood-Related Traits

Alanna C. Morrison, Zhuoyi Huang, Bing Yu, Ginger Metcalf, Xiaoming Liu, Christie Ballantyne, Josef Coresh, Fuli Yu, Donna Muzny, Elena Feofanova, Navin Rustagi, Richard Gibbs, Eric Boerwinkle

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2017(第四届)基因编辑与临床应用研讨会

会议时间:2017.6.9 -6.10      会议地点:上海

会议详情: http://www.bioon.com/z/2017GeneEditing/

Sci Rep:重磅!科学家发现控制肿瘤生长的关键基因

基因君

Sci Rep:重磅!科学家发现控制肿瘤生长的关键基因

图片来源:medicalxpress.com

2017年3月11日 讯 /生物谷BIOON/ –近日,一项刊登于国际杂志Scientific Reports上的研究报告中,来自美国赛达斯-西奈医院的研究人员通过研究鉴别出了一种干细胞调节性基因,其能够影响脑癌患者机体中肿瘤的生长,并且还会强烈影响患者的存活率,相关研究或能帮助临床医生们更好地预测脑瘤患者的预后,并且开发出治疗脑瘤患者的新型个体化疗法。

为了更好地理解神经胶质瘤癌症干细胞(GCSCs)产生的机制,以及其如何影响患者的生存率,研究人员利用了3年时间对4000多份脑瘤样本的遗传组成进行了分析,在调查期间,他们鉴别出了一种名为ZEB1的基因,该基因能够调节肿瘤生长,研究人员的分析结果表明,不携带该基因的的脑癌患者趋向于有着较低的生存率。

医学博士John Yu表示,肿瘤中不携带该基因的患者会拥有更加恶性的癌症,同时肿瘤还会产生出一种无法控制的细胞类型,这类似于干细胞的表现;这项最新的研究发现或许能够帮助研究人员测定患者机体中的突变,以便能够为患者提供更好的诊断和治疗计划。当恶性细胞开始在脑部组织中产生时脑癌就开始发生了,据美国国家癌症研究所和美国癌症协会数据显示,今年有超过2.3万人都患上了恶性脑部肿瘤,而且大约有1.6万人死于恶性脑瘤。

研究者指出,有些脑癌患者在出生时并不会携带ZEB1基因,而有些人则会在出生时携带该基因,但随着时间延续该基因的功能会变得越来越弱,因此ZEB1基因在引发个体患癌上扮演着关键角色。Yu说道,我们发现相比携带ZEB1基因的个体而言,出现ZEB1基因突变的低级别神经胶质瘤患者的存活率会缩短8.5个月,目前我们研究发现,某些化疗手段或许对于那些携带基因突变的患者而言并没有什么效果,因此我们就需要采用不同的疗法来对神经胶质瘤患者进行治疗了。(基因宝jiyinbao.com)

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原始出处:

Lincoln A. Edwards, Aiguo Li, Dror Berel, et al. ZEB1 regulates glioma stemness through LIF repression. Scientific Reports, 28 February 2017, doi:10.1038/s41598-017-00106-x

英国著名基因编辑技术公司Horizon Discovery和罗氏诊断Ventana医疗系统签署联合开发推广标准品协议

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英国著名基因编辑技术公司Horizon Discovery和罗氏诊断Ventana医疗系统签署联合开发推广标准品协议

2016年9月1日,英国剑桥Horizon Discovery集团公司发表声明称与罗氏集团旗下著名诊断系统Ventana医疗系统达成一项合作协议。该协议主要围绕研发、生产和推广IHC诊断标准品–一类用于开发与鉴定支持肿瘤诊断的IHC实验方法的细胞系衍生品。
 
英国剑桥Horizon Discovery集团公司是全球基因编辑技术应用的领导者,在转化研究领域具有悠久的科学传统,同时又是领先的同源性重组基因编辑平台。HorizonDiscovery提供一系列优质高效的基因检测标准品。
 
罗氏集团旗下著名诊断系统Ventana是包括IHC在内的组织学诊断产品的全球领导者,其产品被全球的组织学诊断实验室及药物研发实验室广泛使用。为了支持IHC诊断方法的开发与验证,Ventana与Horizon建立了合作伙伴关系,携手成为极具特色诊断标准品的供应商。
 
在本次合作中,Horizon Discovery和Ventana医疗系统合作,共同开发商业化的IHC诊断标准品,用于支持IHC检测方法的开发。这项长达数年的合作协议有望使Horizon的产品与目前正在进行的项目进行整合。根据协议内容,Horizon将会收到相应的的研发资金,也承担了产品研发后商业推广的主要责任。
 
根据协议条款,Ventana将向Horizon提出项目要求,而Horizon负责开发适用的细胞系及相关的标准品衍生材料。面对持续增长的组织学诊断市场,Horizon主要负责标准品的商业推广并作为面向终端客户的一级分销渠道。这些业务将会为Horizon带来额外的持续收入,而Ventana将会持有所有开发标准品的共同分销权利。
 
Horizon Discovery集团CEO Darrin Disley博士评论道:”随着这个协议的落实,在IHC市场中Horizon标准品的使用量会大大上升,这体现出公司推动OTS产品整合进成熟的和新兴的检测流程的策略是成功的,这将为公司带来可靠的销售收入。”
 
Horizon Discovery 集团产品部总裁Paul Morrill评论道:”我们非常高兴能强化与Ventana的合作,标准品的开发在IHC领域有大量的需求,本次合作也为接下来达成OEM协议提供了很好的机会”。
 
HorizonDiscovery 集团致力于树立分子诊断行业标准品标杆,并将以引领未来技术发展方向为目标,做出坚持不懈的努力。(生物谷Bioon.com)

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