基因时代
就找基因君

Excel被指责在科学文章写作中存在严重的基因名拼写错误

基因君

Excel被指责在科学文章写作中存在严重的基因名拼写错误
(图片摘自www.sciencealert.com)
2016年9月7日 讯 /生物谷BIOON/ –最近一项研究指出:EXCEL软件的缺陷导致了20%的与基因相关的科学文章中出现了错别字的问题。
研究者们发现这些错误的出现主要是由于EXCEL自带的”矫正”功能。它会把作者们写好的基因名称强制改为时间或数字,一旦矫正之后则很难修复,因为该软件没有永久性关闭这一功能的设置。此外,很多科学家们在发表之前甚至都忘记要手动修改这些因”矫正”而发生的错误。
“我们在使用表格处理软件EXCEL时,它会将基因的名字转变为日期或浮点类型的数字”,来自澳大利亚的科学家们指出。
“通过系统地对顶级基因组杂志中的文章进行筛查,我们发现其中有五分之一的文章都有上述错误”。研究者们对发表在19份杂志中的3597篇文章中35175个经EXCEL软件处理的表格进行了检查,发现其中704篇文章存在基因的拼写或格式错误。
那么这些错误是怎么产生的呢?假设你正在与某人短信联系,而手机自带的功能强制性地矫正你想要发的一些特殊的词汇。大部分情况下你可能会手动修正这些特殊的词语,但有时候也许就懒得麻烦直接发过去了。
同理,对于科学家来说,在处理大量的数据的同时还要克服EXCEL因自动矫正功能带来的问题实属不易。
“举例来讲,SEPT2基因(Septin2)与MARCH1(Membrane Associated Ring Finger (C3HC4)1, E3 Ubiquitin Protein ligase)通常会被改成’2-Sep’或’1-Mar'”。
唯一能够完全避免这一问题的方式就是记住在打字的时候修改每个一个表格中的文本格式。
作者们希望这一调查能够引起业界的重视,有时候一个小小的拼写错误就会断送一篇文章的前程。
相关结果发表在《Genome Biology》杂志上。(基因宝jiyinbao.com)
本文系生物谷原创编译整理,欢迎转发,转载需授权!点击  获取授权 。更多资讯请下载 生物谷APP.

PMC:
PMID:
Gene name errors are widespread in the scientific literature
Mark Ziemann, Yotam Eren and Assam El-Osta
The spreadsheet software Microsoft Excel, when used with default settings, is known to convert gene names to dates and floating-point numbers. A programmatic scan of leading genomics journals reveals that approximately one-fifth of papers with supplementary Excel gene lists contain erroneous gene name conversions.

中国启动“天梯计划” 将建万人规模“基因+免疫+临床”3D肿瘤数据库

基因君

3月1日,首届“肿瘤基因组与精准免疫治疗”高峰论坛在上海举行,国内首个专为肿瘤免疫治疗而发起的基因组合作计划“天梯计划”也在本次论坛上正式发布。

中国工程院院士詹启敏,上海市科委、北京大学肿瘤医院、河南省肿瘤医院、中国人民解放军总医院、上海市肺科医院等高校、科研机构、医疗机构和企业的200余位专家学者共同参与大会和见证了天梯计划的发布。共同探讨肿瘤治疗新范例;探索多方合作共同推动免疫治疗技术与基因组学技术结合的新方法;探究实现真正的肿瘤精准免疫治疗的新模式。

中国启动“天梯计划” 将建万人规模“基因+免疫+临床”3D肿瘤数据库

(北京大学吕有勇老师致辞)

免疫治疗迅猛发展,但“抗癌登月”仍需“天梯”

近年以来,以PD-1、CAR-T等为代表的免疫疗法在许多癌种上表现出了惊人的疗效。尽管免疫治疗的前景看好,但这一疗法目前仍存在诸多瓶颈。免疫治疗目前总体的反应率在不到30%,剩下70%多的患者不但要承受每年几十万的高昂治疗费用,还面临治疗产生的副作用问题和耐药性问题,同时更加缺乏免疫治疗的基因检测标准。目前普遍使用的PD-L1检测面临着预示效果不明显、缺乏有效的检测阈值标准等问题,如何根据基因组数据和机体免疫功能状态,为病人制定个性化的免疫疗法,实现精准诊断和精准治疗预测,成为肿瘤免疫治疗亟待解决的难题之一。
 
裕策生物高志博表示,将免疫治疗技术与基因组学技术结合,做到真正的肿瘤精准免疫治疗,成为当前国际上肿瘤免疫治疗研究的前沿。“天梯计划”由聚焦肿瘤基因组和免疫治疗的领先技术企业裕策生物发起,中国工程院院士詹启敏担任专家顾问委员会主任委员,目前已有近四十位是我国首个专为肿瘤免疫治疗而发起的基因组合作计划,旨在利用基因检测和大数据分析,调动免疫系统抗击癌症能力,加速癌症治疗研究,实现治愈癌症的登月壮举,建设合作、互利、共赢的抗癌“天梯”。

高志博同时透露,基因加免疫是“天梯计划”的核心,“天梯计划”将积极地与肿瘤研究机构和专家、医院机构和临床医生以及药企等展开合作。华大基因、香雪制药、聚道科技、桐树生物、艾吉泰康、源正细胞等在内的数十家机构都现场签约,为“天梯计划”的执行提供支持。

中国启动“天梯计划” 将建万人规模“基因+免疫+临床”3D肿瘤数据库

(天梯计划启动/签约现场)

基因+免疫, YuceOneTM助力实现肿瘤精准免疫治疗“天梯计划”

本次论坛上,裕策生物正式发布了国内首款指导肿瘤免疫治疗、靶向治疗、化疗的综合性基因检测产品 YuceOneTM Plus,以及国内首款基于多项指标评估免疫检查点抑制剂疗效的基因检测产品 YuceOneTM ICIs。

YuceOneTM Plus 是目前肿瘤精准治疗最全面的基因检测方案。基于最新的目标基因捕获技术、高通量测序技术、大数据分析技术,通过定制化的基因捕获芯片 YuceOneTM Plus-Kit 和专业高效的基因数据解读系统 YuceOneTM Reporter,只需一次检测,就能为患者同时提供 PD- 1 和 PD-L1 抑制剂疗效、预测肿瘤新抗原、靶向药的敏感性和耐药性、化疗药物的敏感性和毒副作用 4 大项治疗信息,并辅助性评估肿瘤患者家族的肿瘤易感性。

YuceOneTM ICIs 则是国内首个基于多项指标评估免疫检查点抑制剂疗效的基因检测产品。通过检测肿瘤突变负荷、肿瘤新抗原负荷、PD-L1 表达水平三项指标,对 PD- 1 或 PD-L1 抗体的疗效的进行更有效评估。

建立“两库一标”,中国天梯助免疫治疗跨越式突破

裕策生物创始人兼CEO高志博表示,预计到2020年,“天梯计划”将实现“两库一标”的战略目标,进而为临床肿瘤治疗的科学家和医生提供辅助治疗决策,为药企开发药物提供可信靶点选择,加速最新的癌症免疫疗法,实现肿瘤防治的跨越式突破。

所谓即“两库一标”,第一个库是指国内首个万人级别的3D肿瘤数据库。基于数据库的挖掘和分析,将能够为以PD-1药物为代表的免疫检验点抑制剂治疗建立疗效预测的方法和标准,为细胞免疫治疗建立肿瘤特异性抗原(neoantigen)的检测方法和标准,为免疫治疗技术的研发和发展奠定基础。进而指导部分患者进行精准、个性化的免疫治疗,提升临床治疗效果,为精准免疫治疗积累经验。
 
第二个库是指国内首个专业全面、更新及时的肿瘤免疫知识库。包括与肿瘤免疫治疗相关的最新技术进展、临床试验、临床案例、行业动态等信息,能够为行业提供最新的技术进展和行业动态,以促进行业技术进步和共同发展,非专业人士则能够从中获取最新的临床和技术动态,促进免疫治疗、基因检测技术的科普教育。
 
“一标”是指建立国内首个开源、开放的肿瘤免疫治疗基因检测评测体系和标准。集中行业力量,共同解决相关技术难点和痛点,从而指导行业内各机构有效地开展标准检测流程。(生物谷Bioon.com)

JCI:研究揭示代谢性疾病中基因与环境的影响

基因君

JCI:研究揭示代谢性疾病中基因与环境的影响
(图片摘自www.medicalxpress.com)
2017年3月8日 生物谷BIOON/ –来自美国宾夕法尼亚大学的研究者们通过比较对高脂饮食不耐受,因而引发糖尿病等症状的小鼠,以及对高脂饮食耐受的小鼠进行比较,找到了小鼠基因组中受高脂饮食影响的基因。
这项研究是由宾大医学院的助理教授Raymond Soccio等人作出的,相关结果发表在最近的《Journal of Clinical Investigation》杂志上。
研究结果显示,那些容易得II型糖尿病或肥胖症的患者体内能够帮助细胞燃烧脂肪的蛋白质水平明显较低,额外地注入这些分子进行治疗则能够起到很好的治疗效果。
研究者们观察了基因以及环境对两种白色脂肪组织的影响(皮下脂肪组织以及器官周围的脂肪组织,后者与代谢性疾病的发生具有直接的相关性)。结果显示,器官周围的脂肪组织中基因的表达水平在饮食引发的肥胖过程中变化十分明显。这项研究不仅验证了这一关系,而且进一步发现这些脂肪组织中的表观基因组学也受到高脂饮食的影响。
饮食引发的脂肪细胞中表观基因组学的的变化主要发生于组蛋白水平,另外一种叫做PPARgamma的转录因子与DNA结合的水平也有明显变化。
之后,研究者们给予肥胖症小鼠罗格列酮的药物处理,该药物能够直接靶向脂肪细胞中的PPARgamma受体。”结果显示,虽然经过药物处理的肥胖小鼠对于胰岛素处理变得更加敏感,但其对器官周围脂肪组织中基因的表达变化几乎没有影响。另外,我们发现该药物对皮下脂肪的影响更加剧烈”。
“这些结果具有临床上的相关性,而且能够表明器官周围脂肪组织中存在着’负面’的代谢效应,而罗格列酮等药物同样能够起到治疗的作用”。
具体地,这一由药物引发的皮下脂肪的改变体现在脂肪组织向棕色性状变化。白色脂肪储存能量,而棕色脂肪则能够分解这些能量用于产生热量,这一过程需要UCP1蛋白的参与。
研究者们发现,罗格列酮能够提高两种品系小鼠中UCP1基因的表达,但在没有药物处理的情况下,肥胖抵抗型小鼠的皮下脂肪组织中基因的表达水平依然较高。
相对地,他们发现对于耐受肥胖的小鼠而言,对肥胖敏感的小鼠则UCP1的基因表达水平以及PPARgamma与DNA的结合能力都相对较低。
在最后的试验中,研究者们利用药物处理或者将其转移到较冷的环境中,使得UCP1的表达水平上调以及脂肪组织棕色化。结果显示,上述两种处理都能够提高UCP1蛋白的表达水平,但敏感性小鼠体内的UCP1的表达水平达到了与抵抗性小鼠相当的高度。
之后,研究者们比较了人类与小鼠中负责与UCP1基因表达有关的DNA序列差异。他们希望能够利用这种方式更加精细地对肥胖症或糖尿病进行精细化治疗。(基因宝jiyinbao.com)
本文系生物谷原创编译整理,欢迎转发,转载需授权! 点击 获取授权  。更多资讯请下载生物谷 app.
原始出处:Soccio, R.E., et al., Targeting PPARγ in the epigenome rescues genetic metabolic defects in mice. The Journal of Clinical Investigation, 2017. 127(4).

Nature:吊炸天!在体筛选800多个基因发现阻止癌症转移的新靶点

基因君

Nature:吊炸天!在体筛选800多个基因发现阻止癌症转移的新靶点

2017年1月13日讯 /生物谷BIOON/ –来自英国桑格研究院的一项新研究为遏制肿瘤转移找到了新的药物靶点。相关研究结果发表在国际学术期刊Nature上。这项研究共发现23个参与癌细胞转移调控的基因,研究人员证明靶向其中一个基因——Spns2能够显著抑制肿瘤扩散。

肿瘤转移是导致癌症病人死亡的首要原因。高达90%的癌症死亡都因癌症转移而发生,但是目前对癌症转移的调控机制仍了解不足。

为了找出影响癌细胞转移的基因,研究人员借助敲除了单个基因的多种基因工程小鼠对肿瘤转移过程进行了研究。他们筛选了810个基因在其中发现了23个促进或抑制皮肤肿瘤细胞向肺部扩散的基因。其中的许多基因还会引起免疫系统的变化。

移除Spns2基因会引起最显著的变化,可以大大抑制肿瘤向肺部的扩散。随后研究人员又检测了该基因对其他癌症扩散的作用,包括结肠癌,肺癌和乳腺癌,并发现敲除Spns2也会抑制这几种癌症的转移。

来自桑格研究院的Dr. David Adams这样说道:“Spns2基因的缺失会导致肿瘤转移灶的形成受到显著抑制,因此该基因代表了一个新的药物靶点。我们发现缺失Spns2基因的小鼠其免疫细胞的比例也不同于正常小鼠,似乎该基因的缺失会促进免疫系统清除癌细胞。靶向该基因的药物或许可以帮助抑制或阻止癌细胞向身体其他部位的扩散。”

在该研究之前,有研究发现Spns2基因能够影响免疫系统,但是并未将其与肿瘤扩散联系在一起。该基因编码的蛋白能够对S1P这种脂质进行转运,S1P可以向免疫系统传递信号,在缺少转运蛋白后该信号不能正常运作从而导致机体内不同免疫细胞的比例发生变化。

该研究为抑制甚至阻止癌细胞转移提供了一个新的药物靶点,未来有望借助该方法达到治疗癌症的目的。(基因宝jiyinbao.com)

本文系生物谷原创编译整理,欢迎转载!点击 获取授权 。更多资讯请下载生物谷APP.

Nature:吊炸天!在体筛选800多个基因发现阻止癌症转移的新靶点

DOI: 10.1038/nature20792 

Genome-wide in vivo screen identifies novel host regulators of metastatic colonization

Louise van der Weyden, Mark J. Arends, Andrew D. Campbell, Tobias Bald, Hannah Wardle-Jones, Nicola Griggs, Martin Del Castillo Velasco-Herrera, Thomas Tüting, Owen J. Sansom, Natasha A. Karp, Simon Clare, Diane Gleeson, Edward Ryder, Antonella Galli, Elizabeth Tuck, Emma L. Cambridge, Thierry Voet, Iain C. Macaulay, Kim Wong, Sanger Mouse Genetics Project, Sarah Spiegel, Anneliese O. Speak & David J. Adams

Nature 子刊:史上规模最大全基因组测序发现了啥?

基因君

Nature 子刊:史上规模最大全基因组测序发现了啥?
日前,Human Longevity 公司的研究人员在《Nature Genetics》杂志上发表了史上规模最大的全基因组测序和血液代谢物分析的研究结果。
他们的研究发现了基因组中 101 个新基因位点与 246 种代谢物之间的联系,同时找出 90 种能够导致血液中某些代谢物水平异常的罕见基因变异。这项工作不但扩展了影响代谢组 (metabolome) 的基因位点的范围,而且令人惊讶地发现能够导致血液中代谢物水平异常的罕见基因变异比原先预想的要多。
血液中代谢物的水平在不同人之间差别很大,这种差别源于多种因素,其中包括个体的遗传背景和接触到的环境因素方面的不同。很多代谢物的水平有很强的遗传性,这反映了每个人在编码与新陈代谢相关的酶、代谢转运蛋白和调节蛋白的基因上的多样性。许多研究人员希望找到那些影响代谢物水平的基因变异,因为发现这些基因变异可能为找到某些疾病的发病机制提供有价值的信息。
在这项研究中,Human Longevity 公司率领的研究团队对 1960 名成年人进行了全基因组测序和对血液中 644 种代谢物水平的详尽分析。这些志愿者中包括 413 对同卵双胞胎和 552 对异卵双胞胎。研究团队发现在 1054 名没有血缘关系的志愿者中,有 113 人 (总人数的 10.7%) 以杂合体的形式携带着总计影响 17 种基因功能的罕见基因变异。这 17 种受到影响的基因中有 13 种与先天性代谢缺陷或其它儿科遗传疾病相关。在这项研究中,出于保护隐私的需要,研究人员未能对携带这些罕见基因变异的志愿者的临床症状进行分析。但是可以想见,这一方向的研究可能有重大的临床意义。
文章的通讯作者,Human Longevity 公司的首席科学官 Amalio Telenti 博士说:”血液中由小分子和化合物构成的代谢组紧密地反映了身体的运作状态。我们非常惊讶地发现有这么多成年人的血液代谢物水平异常,而且其中大多数是由遗传缺陷导致。我们的研究结果表明从整体角度看待人体和所有影响健康和疾病风险的因素是非常重要的。” (生物谷Bioon.com)

香港中大破解鼻咽癌全基因组图谱

基因君

香港中大破解鼻咽癌全基因组图谱
香港中文大学7日宣布,该校医学院研究人员成功破解鼻咽癌的全基因组图谱,这一突破性发现有助评估鼻咽癌病人的预后情况,并向鼻咽癌的个人化治疗迈出一大步。
鼻咽癌是华南地区常见的癌症,也是一种极具侵略性的头颈癌。据介绍,鼻咽癌大多与感染EB病毒相关。由于缺乏早期病征,60%至70%患者于确诊时已届晚期,治疗效果较差。
为了解EB病毒阳性鼻咽癌的基因结构,2015至2016年期间,中大研究人员对超过100名感染EB病毒的鼻咽癌患者的肿瘤样本进行”全外显子组测序”,并为其中部分个案的样本进行”全基因组测序”。结果显示,在癌细胞中发现的基因变异和结构变异,较以往研究所发现的多,这有助解释为何免疫治疗或标靶治疗在不同病人身上,会有相异的临床反应。
另外,研究人员也发现多种助长鼻咽癌肿瘤生长的崭新基因特质,包括负责调节细胞发炎机制”NF-κB通道”的蛋白,倘若出现基因突变便会失去原有作用,继而引发癌症。
中大医学院病理解剖及细胞学系系主任杜家辉指出,这次进行”全外显子组测序”分析所使用的样本数目,在已发表的同类研究中属于最大规模,这次也是已公布的研究中,首个有系统地进行鼻咽癌全基因组测序分析的研究,成功拆解鼻咽癌的全基因组图谱。通过如此全面的基因数据,有助研究人员成功找出一些崭新而重要的鼻咽癌标靶和生物标记。
中大表示,研究人员将根据这次研究中发现的新基因特质,开发一个全新的生物标记平台,帮助患者选择合适的治疗方案,并针对新发现的遗传靶点测试新药,希望能惠及更多癌症病人。
据了解,相关研究结果已刊载于国际科学期刊《自然通讯》(Nature Communications)。(生物谷Bioon.com)

世界最大的自闭症基因组数据库公布

基因君

世界最大的自闭症基因组数据库公布
自闭症,或称为自闭症谱系障碍,是指包括了社会技能、重复行为、语言和非语言交流、以及与众不同的优势或差异等多表征型障碍。我们现在得知,自闭症分好多亚型,大多数由遗传和环境共同作用造成。据估计,每68名儿童中就有一人患有自闭症。虽然,目前自闭症的干预方法很多。但是大多数缺乏循证医学的证据。尚无最优治疗方案,最佳的治疗方法应该是个体化的治疗。
自闭症有重度、中度、和轻度之分,中度和轻度自闭症儿童,通过医院和正规机构进行恰当的教育和训练,能够使他们的情况得到很好的改善,甚至能像普通孩子一样健康成长、独立生活和工作。如果自闭症儿童缺少早期的科学干预,就算日后接受治疗,也无法正常生活、工作、甚至可能成为残疾人,因此正确的早期诊断和早期治疗对自闭症来说发挥着重要作用。
直到目前为止,通过MSSNG基因组数据库(涉及5205个自闭症家庭的全部基因组信息),已经确定了61个影响自闭症风险的遗传变异(包括最新找出的18个)。
该项目的共同作者Mathew Pletcher博士,也是自闭症项目的副总裁说,虽然寻找自闭症基因已经被热烈的研究了十年,令人注意的是,我们仍能发现新的自闭症,不仅仅是这18个基因,每个新基因的发现,都有助于我们解释更多的自闭症案例,因为不同的案例对应着不同的行为影响和许多相关的医疗问题。我们已经将其中的几种基因与常见的自闭症医治环境联系起来,我们的最终目标是,通过深入了解多种亚型,来推进自闭症的个性化治疗。
他们的研究结果也说明了,利用全基因组测序如何指导如今的医疗保健。例如,文章中描述自闭症相关基因突变中至少两个与癫痫发作风险相关,另一个与心脏缺陷相关,还有一个跟成人糖尿病相关。自闭症全基因测序将惠及其他领域的医学指导。
研究人员还确定,在18个新发现的自闭症基因中,有许多都会影响大脑中一小部分细胞通路的运作。所有的这些途径都会影响大脑细胞的发育和交流。
Pletcher博士说,已被MSSNG发现的61个基因中,有80%都具备开发药物靶点的可能性。通过了解这些普通的大脑通路,以及不同基因突变是如何将它们改变的,个性化的、更有效的治疗指日可待。
MSSNG项目的研究主任,同时也是加拿大“多伦多病儿医院应用基因组学指导中心”主任,Stephen Scherer高级研究员说,MSSNG数据正在将所有已知的自闭症汇总成一个自闭症谱。举例来说,研究中发生在近亲中的基因突变会造成不同的表现型,比如仅有一位族员表现出严重的自闭症,而其他人虽然携带这些突变基因,但情况却较为温和。这说明,神经的多样性参与了这些复杂的调节。MSSNG数据库可以使我们识别未发展为自闭症患者,但携带自闭症相关基因突变的个体,这对神经多样性研究将有重要影响。
传统的基因突变分析,仅从1%的编码DNA中寻找突变。而MSSNG数据库能够使研究人员从30亿的DNA碱基对(即人类全部基因组)中进行突变分析。
在该项研究中甚至发现了与自闭症相关的,DNA排序以外的其他基因变异,包括拷贝数的变化、染色体异常等。研究人员发现,自闭症患者的基因组拷贝数和染色体异常十分常见,许多变异出现在曾经被认为是“垃圾DNA”的基因组中。垃圾DNA,也称非编码DNA,近年来研究表明它们调控着很多基因的开启和关闭,尤其是大脑发育和功能的精确调控。
MSSNG的所有全基因组测序信息,包括分析工具在内的整个研究平台,已经通过Google Cloud免费共享。在未来的几周内,MSSNG研究团队将会再上传2,000个自闭症基因组序列,该数据库的基因组总数将超过7000个。
目前,世界各地40个自闭症学术医疗机构中,超过90名研究人员正在使用MSSNG数据库(数据库访问网址http://www.mss.ng)
原文检索
Whole genome sequencing resource identifies 18 new candidate genes for autism spectrum disorder(生物谷 Bioon.com)

EMBO Rep:特殊基因缺陷或帮助开发前列腺癌潜在靶向疗法

基因君

EMBO Rep:特殊基因缺陷或帮助开发前列腺癌潜在靶向疗法

图片摘自:www.huffingtonpost.co.uk

2016年9月7日 讯 /生物谷BIOON/ –近日,刊登在国际杂志EMBO Reports上的一项研究报告中,来自哥廷根大学医学中心的科学家通过研究发现,前列腺肿瘤中频繁突变的基因CHD1的缺失或许可以使得前列腺癌细胞对多种药物变得敏感,其中包括PARP药物在内,这就表明,CHD1或许就是靶向前列腺癌疗法的潜在生物标志物。

文章中,研究人员利用人类前列腺癌细胞系进行研究并且降低CHD1的DNA结合蛋白的水平,CHD1基因在大约15%-27%的前列腺肿瘤中都处于突变状态,而且诸如这样的突变同前列腺癌患者的染色体不稳定性及较差的预后直接相关;研究者Steven Johnsen指出,剔除CHD1的细胞往往会出现同源性重组(HR)过程的缺失,而同源性重组是修复DNA破碎断裂的关键分子机制,相关研究数据表明,CHD1的正常功能就是使得破碎位点周围的DNA松弛,目的是为了促进同源性重组修复蛋白的进入,更重要的是,像癌细胞及同源性重组过程出现的其它突变一样,剔除CHD1的前列腺癌细胞被证明对于引发DNA断裂的化疗药物超级敏感,比如丝裂霉素C、伊立替康和PARP抑制剂等。

Johnsen说道,我们非常高兴该研究具有一定的转化潜能,目前我们正在同制药公司进行接触来尝试将我们的实验室研究结果转化到临床研究中去;尤其我们发现了携带其它同源性重组通路缺失的细胞,比如在乳腺癌和卵巢癌细胞中频繁出现的BRCA突变,这些细胞对于酶类PARP的抑制作用非常敏感,而且PARP抑制剂奥拉帕尼(Olaparib)也被批准用于治疗BRCA突变的卵巢癌。

目前,PARP抑制剂正在前列腺癌的疗法中进行检测,药物奥拉帕尼的II期临床试验结果表明,增加转移性前列腺癌患者的放射性无进展生存期或许能够指示患者机体同源性重组修复缺失的基因组异常表现。研究者认为,对样本中CHD11基因的回顾性分析或许能够揭示利用CHD1作为一种生物标志物来改善对前列腺癌患者的分层以及利用PARP抑制剂开发靶向疗法的进展。(基因宝jiyinbao.com)

本文系生物谷原创编译整理,欢迎转发,转载需授权!点击  获取授权 。更多资讯请下载 生物谷APP.

Loss of CHD1 causes DNA repair defects and enhances prostate cancer therapeutic responsiveness

Vijayalakshmi Kari, Wael Yassin Mansour, Sanjay Kumar Raul, Simon J Baumgart, Andreas Mund, Marian Grade, Hüseyin Sirma, Ronald Simon, Hans Will, Matthias Dobbelstein, Ekkehard Dikomey, View ORCID ProfileSteven A Johnsen

The CHD1 gene, encoding the chromo‐domain helicase DNA‐binding protein‐1, is one of the most frequently deleted genes in prostate cancer. Here, we examined the role of CHD1 in DNA double‐strand break (DSB) repair in prostate cancer cells. We show that CHD1 is required for the recruitment of CtIP to chromatin and subsequent end resection during DNA DSB repair. Our data support a role for CHD1 in opening the chromatin around the DSB to facilitate the recruitment of homologous recombination (HR) proteins. Consequently, depletion of CHD1 specifically affects HR‐mediated DNA repair but not non‐homologous end joining. Together, we provide evidence for a previously unknown role of CHD1 in DNA DSB repair via HR and show that CHD1 depletion sensitizes cells to PARP inhibitors, which has potential therapeutic relevance. Our findings suggest that CHD1 deletion, like BRCA1/2 mutation in ovarian cancer, may serve as a marker for prostate cancer patient stratification and the utilization of targeted therapies such as PARP inhibitors, which specifically target tumors with HR defects.

公司“贴钱”给消费者!Nature报告揭秘基因检测最新商业模式

基因君

编者按
1月11日,Nature Biotechnology(影响因子:43.1)揭秘了基因检测的最新商业模式,这种模式的核心不是检测,也不是出售数据,而是为遗传信息的分享提供中介服务,公司通过经济补偿的方式来鼓励消费者分享数据。在这种模式下,公司付钱,消费者收钱。同时这篇文章还概述了新商业模式潜在的好处和挑战。
公司“贴钱”给消费者!Nature报告揭秘基因检测最新商业模式
随着越来越多的个人健康数据具有了可用性,商业界也正在探索基于个人健康产品的新市场。遗传和基因组信息是企业渴求进行商业化的医疗数据。然而,大多数均终结于人们对营利性企业的不信任以及对数据共享持保留态度。为了鼓励消费者的参与,一些基因检测公司开始考虑通过经济补偿的方式来鼓励消费者分享数据,希望能通过经济鼓励的方式来扩大市场以及增加基因数据的可用性。
但一个人是否应该从自身基因组上获利?如果公司为分享数据的人提供经济补偿,他们怎么保证补偿的公平性和透明度。1月11日,Nature Biotechnology揭秘了基因检测的最新商业模式,概述了其带来的好处和即将面临的挑战。
1、最新商业模式:公司为数据共享者提供经济补偿
公司“贴钱”给消费者!Nature报告揭秘基因检测最新商业模式
在过去,遗传和基因组检测公司主要通过检测来获利。然而一些人已经意识到销售客户的基因组信息能带来更大的利润。基因检测公司有两种潜在客户:购买检测的客户和购买数据的客户。当然,销售客户信息数据库的使用权已经不是什么新鲜的模式。去年,23andMe就是这样做的。当今最新的商业模式就是为消费者提供经济支持,从而在数据销售行业中获得竞争优势。
一家新的消费者基因组学公司Genos就提供了这种新的服务,他们为将基因组数据授权给生物技术以及制药公司的消费者提供补偿。Genos为客户提供价格为399美元的外显子测序,但他们不提供数据解释的服务。当消费者获得这些数据时,他们可以选择分享并获得Genos的补偿。这种新商业模式的核心不是销售399美元的检测,而在于为遗传信息的分享提供中介服务。Genos的执行主席Cliff Reid表示,我们的业务不是通过测序来赚钱,而是通过连接研究人员和消费者来赚钱。
美国旧金山的另外一家测序公司 Invitae也在考虑这种新模式。Invitae目前正在出售“基因组管理”服务,包括客户遗传信息的终身存储和分析。一旦公司获得可观的消费者数据库,他们计划将这些数据出售给第三方,并且与愿意分享个人信息的消费者分享利润。
目前尚不清楚这些公司将如何把成本投入到新的商业模式中,或者新兴的模式将如何持续发展。虽然公司可能会提供长期的基因组管理,但相当数量的生物技术公司将永远不会获利,因而最终可能被收购、合并。
2、企业付钱,消费者收钱,利与弊共存
对于消费者在基因数据中获利,作者普遍看好这其中潜在的优势,但是作者也意识到这其中不可避免地出现一些挑战。作者认为采用这种模式的公司必须保持公平性和透明性,以确保这种战略能增加个人的自主性以及鼓励研究人员的参与,保证不会适得其反。因此如果一家公司为数据交换提供补偿,我们提倡一种能保障企业和贡献者利益相平衡的模式。与为研究参与者提供补偿相同,还要考虑提供共享数据许可费。企业与数据贡献者共享利润的模式也是作者所建议的模式。
这种商业模式会存在数据估值的问题。有些消费者的遗传数据可能特别理想,研究人员愿意支付较高的许可费,因而拥有理想遗传数据的消费者可能会得到更多的利润。然而,等到研究完成并走向市场,数据的实际商业价值仍然是未知的。因而最公平的补偿模式是为每个分享数据的消费者提供相同的补偿。如果公司希望分享利润,可以预约利润百分比以保证所有数据分享者之间的公平性。本文并不是为了探索新商业模式的具体规则,而是呼吁更多的研究来衡量企业和数据贡献者利益的平衡问题。

3、是否应该用个人基因组数据来“挣钱”?这5个理由能征服你吗?
公司“贴钱”给消费者!Nature报告揭秘基因检测最新商业模式
分享数据为何应该得到补偿?以下为作者给出的几个理由。
首先,它体现了对有价值的东西表示尊重。生物医学研究对促进公众健康至关重要,对于企业来说也是非常有利可图的。正如新强调的“公民科学”和“集体参与研究”,个人不再被动地参与研究,他们将成为积极的研究贡献者。
为数据贡献者提供补偿也体现出了对信息独特性的尊重。一些个人特征写在了基因组成里,基因也被视作个性的生物基础。从自己的基因数据中获利,使个体能够分享具有高度价值的信息,也使他们能够感受到自己的独特性能够对科学研究有贡献。
从历史角度来看,如23andMe这样的基因检测公司除了不给客户提供任何补偿之外,在买卖客户遗传数据时也未咨询当事人。然而,新商业模式给消费者提供了选择数据如何被使用的权利。考虑到没有任何的信息系统是100%安全的,并且DNA是唯一可识别的,因而消费者应该自行确定个人的风险承受能力,以及承担信息分享存在的风险,而不是单方面地由公司来做决定。为消费者提供经济补偿,这些公司正在创造一种交易,他们需要平衡消费者对隐私问题的担忧,最终使愿意分享数据的消费者越来越多。
允许个人从基因组中获益,也促进了公平和平等。研究人员和公司享受了数据库和遗传技术知识产权。然而,目前贡献DNA的消费者在遗传材料及其衍生的产品中未得到合法的产权。法律上的不对称性,使得一些未得到补充的消费者在发现自己的数据被商业化后会感觉到被剥削。Genetic Alliance的CEO指出,这些数据围绕着经济……为何消费者不应该成为其中的一部分呢?
最后,个人从基因组数据中获利可能会带来更大的好处。这些商业补偿鼓励个人参与到研究中并分享他们的信息,这反过来又会带来更大的科学进步。有些学者曾描述了尊重医疗数据共享可能带来“网络效应”:拥有更多的医疗数据,这些数据潜在的价值就更大。然而,目前我们无法提取医疗数据的全部价值。由于网络效应,增加数据共享实际上是提高了信息价值的共享,最终会产生更大的社会和经济效益。
4、挑战重重,前途未仆
公司“贴钱”给消费者!Nature报告揭秘基因检测最新商业模式
尽管新的商业模式具有潜在的好处,但是它也不是没有挑战。虽然公司希望金钱刺激能够鼓励消费者将基因组数据贡献给研究,但这种战略实际上会减少消费者的分享意愿。研究表明,如果某种行为的动机是无私的(例如献血或贡献基因组数据以支持疾病的研究),尤其是不需要个人作出很多努力的任务,实际上可能会降低参与的意愿。
心理学家建议引入财政奖励来排除利他主义者的动机。如果金钱不足以激励参与者,那么个人可以选择不贡献自己的数据。为数据贡献者提供补偿的公司需要找到正确的补偿方式来激励参与者,否则他们会降低消费者数据分享的积极性。
提供经济补偿会鼓励或是不利数据共享,仍需要仔细研究。它可能对不同群体有不同的影响。例如,受遗传病或家族史影响的个体与健康志愿者对补偿的反应会有所不同。
还有一种风险则是财政的刺激会带来不适当的影响,从而破坏个人的自主性,尤其是对于财政收入不高的个体,他们容易被诱导分享数据。虽然不应该被迫接受某种利益,但任何干扰个人独立决定的因素都被认为是不必要的诱因。然而,一些生物伦理学家曾争论,研究参与者可以通过其他途径来获取金钱利益(例如获得一份职业)。但也有研究表明较大的诱因不会导致参与者冒险,因此企业驱动的商品化可能不一定破坏自治。不过应该告知消费者分享数据所存在的风险,并确保消费者自愿参与。当个人将数据分享给研究时,这种决定或多或少是不可逆的。当个人在分享数据后又想退出研究时,补偿模式会使问题变得更加复杂。
评估个人基因组数据的相对价值会带来额外的挑战。因为有些人的数据可能被认为比其他人的数据更有价值。例如使用受罕见病影响的个人数据的研究可能产生更加有利可图的结果。由于公司提供的新商业模式与每个贡献者所带来的价值相关,但并未保证经济补偿反映了真正的价值。如果数据贡献者获得的补偿金额只是公司利润的一小部分,消费者会与未得到任何补偿一样认为受到了剥削。这些估值很难开启公正的大门,这还可能减少参与者的信任和参与。正如上面所讨论的,公司的利润分享模式应该是公平且透明的。
5、总结
总之,不断增长的基因组数据市场使越来越多的公司考虑数据共享补偿的商业模式。这种策略不仅是一种良好的模式,还会给消费者带来利润。然而,对个人遗传信息进行经济补偿也可能会适得其反,破坏利他主义。此外,公司和个人同样必须决定如何尊重遗传数据的商业化。确定最佳的方式来激励个人分享基因组数据对大数据和精准医疗至关重要。考虑到人类基因组的价值越来越大,个人通过共享数据来获取利益似乎是一个合乎逻辑的解决方案。
可以肯定的是,许多问题仍然没有答案。让消费者从基因组数据中获利,是否会增加个人对研究的参与性?如果在这种商业模式下,更多的人决定检测并分享数据,这是否会增加基因检测对医疗的影响?对数据共享者进行补偿是否会给其他研究(为提供补偿)产生影响?在广泛采用新的商业模式之前应该认真考虑这些问题。
备注:本文根据Nature Biotechnology综述编译,综述链接为Should you profit from your genome?

相关会议推荐

公司“贴钱”给消费者!Nature报告揭秘基因检测最新商业模式

2017(第四届)基因编辑与临床应用研讨会

会议时间:2017.6.9 -6.10      会议地点:上海

会议详情: http://www.bioon.com/z/2017GeneEditing/

Nat Commun:口腔专家新发现 14 个唇腭裂易感基因

基因君

Nat Commun:口腔专家新发现 14 个唇腭裂易感基因
近日,武大口腔医学院边专教授团队和安徽医科大学孙良丹教授团队合作完成的唇腭裂易感基因研究取得新进展。发现了 14 个新的非综合征型唇腭裂相关易感基因,将唇腭裂遗传机制的研究更进一步。相关成果在自然子刊《 自然—通讯 》在线发表。
该研究结果不仅加深了对非综合征型唇腭裂遗传机制的认识,也为建立适合中国人群的唇腭裂孕前 – 围受孕期风险评价指标、预警模型和早期干预防控策略的制定提供了依据。
据悉,唇腭裂是一种先天发育性畸形,其发生率在先天缺陷畸形中居前三位,因此被全球广泛关注和重视。2013 年我国将唇腭裂疾病纳入 20 个重大救助疾病之一。
尽管当今唇腭裂的临床治疗技术基本成熟,但发生率如此之高的先天缺陷畸形始终是患者的不幸和父母们难以面对的事实。并且,由于目前技术水平的局限性,还难以使治疗结果达到完全正常。因此,研究唇腭裂发生的机制,降低其发生率和最大限度地规避唇腭裂发生风险一直是科学家们不懈努力的目标和临床医生所希望的结果。
记者了解到,论文是在实验室庞大的唇腭裂基因样本库的支撑下,通过对 7404 例非综合征型唇腭裂患者以及 16059 例不同种族的正常对照组个体的研究,证实了 26 个遗传区域中 41 个 SNP 位点与唇腭裂显着相关,其中 14 个是首次发现的新位点。这 26 个遗传区域在中国人群非综合征型唇腭裂患者中有 10.94% 的遗传率。
该研究显着增加了唇腭裂潜在易感基因的数量,对唇腭裂的分子遗传学致病机制有了全新的认识。利用这一研究成果,科研人员将开展进一步的唇腭裂易感基因分子生物学功能研究,也许在不久的将来,不仅可以通过易感基因的检测规避唇腭裂的再发风险,还可以让我们对易感基因逐步的深入认识和新的发现,突破唇腭裂发生和预防的瓶颈。
据悉,唇腭裂是人类最常见的颅颌面出生缺陷,唇腭裂的发生与不同人种、环境、社会经济条件等多种影响因素相关,中国新生儿唇腭裂发生率约为 1.42/1000,为发病率最高的地区之一,非综合征型唇腭裂是最常见且最严重的亚型,因此,对其发病机制的研究,对于提高我国出生人口质量有着重要的意义。
论文题为《非综合征型唇腭裂全基因组关联分析发现了 14 个新的易感位点和遗传异质性》),受到国家自然科学基金、国家重点研发计划、973 前期项目等多项基金资助。(生物谷 Bioon.com)

健康一生

apasstour 医健游测序宝