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宣布与赛默飞合作,捷报连连的泛生子基因实力几何?

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宣布与赛默飞合作,捷报连连的泛生子基因实力几何?

(北京泛生子基因科技有限公司首席执行官王思振先生、赛默飞世尔科技中国区总裁江志成先生)

2016年6月28日,北京泛生子基因科技有限公司携手美国赛默飞世尔科技,共同签署战略合作协议,共建精准医学联合研发中心。这是泛生子继宣布购入HiSeq X Ten、举办全国范围的遗传咨询培训等事件之后的又一次重要发声。捷报连连的泛生子基因实力几何?

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(江志成先生参观泛生子北京研发与临床检验中心)

我们了解到,泛生子成立之初就确定了医学科研业务、临床业务齐头并进的战略构架。与其他基因公司略有不同的是,泛生子只专注于癌症精准医疗领域。赛默飞中国区总裁江志成(GianlucaPettiti)表示:”泛生子拥有卓越的科学研发和临床转化能力,是赛默飞在中国重要的战略合作伙伴。此次与泛生子携手,我们希望借助其强大的科研及转化能力,不断创新,为中国临床客户提供标更为精准、更为权威的服务,最终贡献社会。”

据悉,泛生子已建成美国北卡、中国北京双研发中心,总面积超过10,000平米的位于北京、上海、杭州、重庆等城市的临床医学检验中心,以及覆盖中国华北、华南、华东、西南等多地的销售中心。经过多年耕耘,泛生子缔造了丰富的临床诊疗产品线:打通癌症遗传风险评估、早期筛查、分子病理诊断、术后监测和治疗各个环节,并将基因测序与精准免疫治疗有效结合。

泛生子基因首席执行官王思振先生谈到”我们愿意与赛默飞一起,基于数字PCR、二代测序平台进一步进行深入战略合作,共建世界级的标准化实验平台,研发全新的检测产品,实实在在的惠及中国每年新增的数百万肿瘤患者。一个有使命感的企业会希望对社会的发展和进步起到推动作用,尤其是泛生子这样为推动人类健康而成立的高科技公司,能够为社会带来巨大的价值。我们希望泛生子能够成为癌症个体化诊断治疗领域的领先者,并不断为患者和科学家提供最优的解决方案。”(基因宝jiyinbao.com)

宣布与赛默飞合作,捷报连连的泛生子基因实力几何?

(王思振先生、江志成先生、赛默飞世尔科技基因分析业务部中国区总裁张焱女士)

4个基因主导人类胚胎早期变化:仅存在于胎盘类哺乳动物中

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4个基因主导人类胚胎早期变化:仅存在于胎盘类哺乳动物中

据物理学家组织网30日报道,14年前牛津大学的研究人员测定和命名了4个基因,但这些基因的功能却始终没有破解。最近他们发现,这些基因主导着人类胚胎早期的变化,离解开谜团更近了一步。

2002年,在人类基因组计划中,进化生物学家彼得·霍兰教授和研究生安妮·布斯测定了4个基因,分别命名为Argfx,Leutx,Dprx和Tprx。这些基因属于同源框组,而已知的其他一些同源框基因在人类发展过程中主导着组织和器官的形成。然而,这些新发现的基因功能却成为谜团。

霍兰教授解释称,要发现某个基因的功能,首先要确定其在哪里开启并表达,但他们无法测出这些基因在哪里表达,直到中国研究人员完成人类早期发展阶段的基因测序,霍兰团队才得以发现这些基因开启的地方。

牛津大学的伊格纳西奥·曼索和托马斯·当维尔博士仔细分析了这些数据,发现这些基因仅在胚胎只有8到16个细胞这一短暂时间内发挥作用。这个阶段是决定这些细胞是形成胎盘的一部分,还是成长为胚胎本身的重要节点,随后这些基因就关闭了。

曼索说,令人震惊的是,在人的一生中,这些基因仅被读取了几个小时。为了找出这些基因的功能,当维尔依次取出每个基因,使它们在培养的正常成熟细胞中表达。结果发现,这些基因能开关几十个其他基因,其中包括一套可能决定胚胎发育成何种类型细胞的基因。

霍兰评论说,如果受精是生命的开始,那么这些基因则主导着人类早期的变化。

值得一提的是,研究团队还发现,这些基因仅存在于像人类一样的胎盘类哺乳动物中。曼索解释说:“在人类基因组最不稳定的19号染色体上发现了这些基因。假设它是一个DNA大熔炉,随着DNA个体的添加与移除,偶尔也会形成全新的基因。在7000万年前,也就是胎盘哺乳动物早期这些基因就出现了,并在细胞发展的早期阶段控制细胞行为。”

总编辑圈点

如果说基因是生命的蓝图,同源框基因就是根据蓝图建成生命大厦的工人,它们中大部分编码转录因子控制着动物胚胎发育过程中的诸多方面,影响动物身体的最终形态结构,并在不同的阶段发挥关键作用。人类基因组研究,很大程度上就是发现蓝图和结构功能的对应关系,并找出不同阶段和不同分工的“工人”。尽管听上去高大上,但其依靠的还是对基因测序结果一点点比对的“笨办法”。每念及此,都会惊叹于造化的鬼斧神工,也感叹人类离揭开生命奥秘还相差太远。(基因宝jiyinbao.com)

基因胚胎检测技术“挽救”了一个罕见病家庭

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基因胚胎检测技术“挽救”了一个罕见病家庭

Lisa Ferlita曾非常希望再要一个孩子,但她当时尚未做好再次挑战遗传基因的准备。她说她不能做这样的决定,尤其已经有了两个生来就患有极其罕见的遗传性疾病孩子。

Lisa Ferlita说,“我们的胜算不大,因此我们必须做到我们能够做到的努力,以免再次生出有此种情况的孩子,因为这个情况太复杂了并且真不公平”。

对于Ferlita来说,她做母亲的路始终与公平与顺利无缘。现在,她每天的时间都花在照顾3岁的Lucia以及她7个月的儿子Anthony。尽管她对着孩子们一直在微笑,但这微笑的背后是她为失去另一个孩子的心碎。

“对于一个母亲来说,他出生的那一刻是我一生中最美好的时刻,而当这一切被夺走,真是非常痛苦”,Ferlita忍着泪水说。

她的第一个儿子,Vincent Ferlita出生于2011年2月25日。进入他生命的第八周后,Vincent无法再进食,他的肌张力很差,并伴有呼吸并发症。Vincent经历了遗传基因测试,但医生仍无法确诊。

经过6个月不停的测试检查、手术和抗争,Vincent还是于2011年8月23日去世了。“他们始终无法对于患病和离世的原因得出结论。他们认为是染色体的偶然变异,并认为类似情况不会再发生”,Ferlita解释道。

抱着希望的Ferlita又试着怀上了另一个孩子。2012年10月4日,Lucia来到了人世,但8周内噩梦再次降临。

“很多次我们都差点失去了她”,Ferlita啜泣,“我想是Vincent教我们如何照料Lucia”。

自从Vincent去世后,科学家们终于开发出一种新的基因检测方法。通过这个方法,他们能诊断出Lucia患有被称作“早发性肌病、反射消失、呼吸窘迫和吞咽困难(Early Onset Myopathy, Areflexia,Respiratory Distress and Dsyphagia. EMARDD)”的超级罕见遗传疾病。

基因胚胎检测技术“挽救”了一个罕见病家庭图片来源于Nature Genetics(网站)

Vincent现在是世界上第十五个被诊断的,Lucia是第十六个。检测同时发现,Lisa和她丈夫Russell均为EMARDD的携带者,他们家族中没有其他人有类似这样的情况。Lisa和Russell都没有任何EMARDD的症状,但由于他们携有相同的基因变异,他们因此有四分之一的机会生出带有疾病的孩子。

他们希望再要一个孩子,但他们想确保孩子是健康的。于是,他们找到了生殖药物集团(Reproductive Medicine Group)的SamuelTarantino医生。

她来找我做植入前基因诊断(PreimplantationGenetic Diagnosis, PGD)和植入前基因诊断(Preimplantation Genetic Screening, PGS),目的是生一个没有异常且基因正常的孩子。

通过体外受精(IVF)的方式,这对夫妇培养出3个存活胚胎,每个胚胎均经过了染色体异常以及EMARDD基因变异的测试。

Tarantino医生采用了植入前基因筛查来检查染色体的异常。染色体太多或太少会导致类似唐氏综合症或特纳综合症的情况。

而挽救了Ferlita一家的是植入前基因诊断。

“PGD诊断是看有瑕疵的那些小区域”,Tarantino医生解释。他说他们用探针寻找基因变异,“看看这些胚胎有否缺陷。我们选择没有缺陷的胚胎进行植入”。

Ferlita夫妇的胚胎中只有一个没有EMARDD,而那个胚胎就成长为今天的Anthony。如今的他是一个7个月大的健康男孩,但他也是一个EMARDD携带者,他只有在以后他要孩子的时候才需要考虑这个事情。

Ferlita继续说,“如果没有这样一个检测方法来保证婴儿没有这个问题,我们是绝不敢冒险再要另一个孩子的”。

Tarantino医生还说,对于那些知道有可能会生一个有遗传问题的孩子的父母来说,PGD检测是一个高水准的保障,这些遗传问题包括:囊性纤维化,镰状细胞,甚至乳腺肿瘤。

基因胚胎检测也有一些争议。它能且已被用于选择孩子的性别。John Legend和他的超模太太Chrissy Teigen就承认他们用这个方法诞出了一个女婴,而其他明星也有类似做法。

生殖药物集团不提供胚胎性别选择的服务。

Tarantino医生说,“我们想将来有可能发生的是你可以选择胎儿眼睛的颜色,头发的颜色,身高,体重,长相等,所以我们不想向那样危险的方向发展”。

面对外界的批评,Ferlita有选择做PGS和PGD的不同解释。“我和我丈夫经历了太多别人无法想象的痛苦,必须设身处地来讨论此事。如果看看那个孩子,看看7个月大的安东尼,你们不觉得是这是上帝的意图吗?如果不承认这一事实,那我就不知说什么好了”。

她希望其他家庭知道,如果你的病史中有遗传异常,这个检测是让他们拥有健康和快乐宝宝的医学正确途径。(基因宝jiyinbao.com)

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2016生殖医学发展前沿论坛——健康发育与生殖研究

会议时间:2016.08.19-2016.08.20     会议地点:上海

会议详情: http://www.bioon.com/z/2016repro-med/

基因突变导致蓬发综合征

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基因突变导致蓬发综合征

著名的德国儿童书中的人物“蓬头彼得”那一头蓬乱而纠结的头发通常是儿童不良卫生习惯的标志。但实际上,对于拥有类似蓬乱头发的孩子来说,这个现象并非是他们自身的问题,而是因为基因突变。

近日,科学家指出了这种被称作“蓬发综合征”背后的3个基因突变。这种毛囊干燥失调症状的标志正如其名:头发干燥、卷曲,色泽较浅,很难梳理。

为了清楚地诊断这一症状,头发样本被研究人员一切两段并放置在高性能电子扫描显微镜下进行观察。研究发现直发横截面是圆形的,而卷发似乎是倾斜的,而且蓬发的横截面往往是三角形或心形,且从发根到发尾带有纹理。

研究人员在近日发表于《美国人类遗传学期刊》的文章中表示,这三个影响头发特征的基因分别是PADI3、TGM3和 TCHH。如果其中的一个基因功能失常,那么头发的结构和稳定度就会受到影响。到目前为止,仅收集到约100个相关案例,不过研究人员怀疑并非所有的遭遇者都报告了他们的症状。

想想这个问题:你最后一次因为头发不尽人意心情不畅地去而看医生是哪一天?幸运的是,对于患者来说,头发纠结的问题似乎会随着年龄增长而变得更容易打理,而且它除了造成头发难梳理的压力之外,并没有健康方面的涵义。不过,对于另一些人来说,现在可以轻而易举地知道他们的孩子头发爱打结并不是因为基因出现了问题。(生物谷Bioon.com)

BMC Biol:特殊基因或对人类早期发育非常关键

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BMC Biol:特殊基因或对人类早期发育非常关键

图片摘自:ocw.tufts.edu

2016年6月30日 讯 /生物谷BIOON/ –来自牛津大学的研究者近日发现了一系列基因在早期人类发育中扮演着重要角色,这一研究发现为解开数十年的谜题提供了新的思路,该研究刊登于BMC Biology杂志上。

进化生物学家Peter Holland和他的学生Anne Booth鉴别并且命名了这些基因,包括Argfx,Leutx,Dprx和Tprx基因,相关数据发表于2002年的人类基因组计划上;这些基因属于同源异型框,而且我们都知道有其它的同源异型框基因在机体发育期间可以指导组织和器官的形成,然而当研究者尽力去寻找新基因时,他们遇到了一个问题。

研究者Holland解释道,为了寻找一个基因的功能,你首先必须发现它开启表达的位置等信息,但无论如何我们都无法看到所发现的这些基因的表达情况,于是这就成为了一个困扰我们的巨大谜题,也就是说,直到中国科学家对人类发育早期阶段所有活性基因进行测序后,我们才获取到了相关基因开启表达的相关信息,这就给了我们很好地研究线索。

研究成员Ignacio Maeso和Thomas Dunwell博士仔细分析了相关数据,结果发现,当细胞还是由8-16个细胞组成的细胞球时,这些基因会在非常短的时间内被激活表达;在细胞进行决策之前这个阶段就会开始标记以确定是否形成部分胚胎还是直接生长成为胚胎,随后这些基因就可以被关闭。Ignacio Maeso说道,在我们整个一生中这些基因仅会表达几个小时。

随后研究者在培养的正常成体细胞中让每一个基因开启表达,研究者发现这些基因会开启或关闭其它许多基因,其中就包括帮助胚胎进行指定细胞决策的一些基因;Peter Holland补充道,如果受精是开启人类发育的点火装置的话,那么这些基因就控制第一档位的改变;研究者发现,这些基因仅在胎盘哺乳动物中被发现,比如人类等。

最后研究者表示,这些基因位于19号染色体上,该染色体被认为是我们机体基因组中不稳定的部分, 试想其就是DNA的一个大熔炉,不断有DNA被增加又被移除,而在不经意间就会产生全新的基因;在胎盘哺乳动物出现之时,即7000万年前,这些基因就出现了,而且其抓住了进化的大潮流开始完成新的任务,并且控制早期机体发育中的状况。(基因宝jiyinbao.com)

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Evolutionary origin and functional divergence of totipotent cell homeobox genes in eutherian mammals

Ignacio Maeso†1, 2, Thomas L. Dunwell†1, Chris D. R. Wyatt3, 4, Ferdinand Marlétaz1, Borbála Vető1, 5, Juan A. Bernal6, Shan Quah1, Manuel Irimia3, 4 and Peter W. H.

 

Background A central goal of evolutionary biology is to link genomic change to phenotypic evolution. The origin of new transcription factors is a special case of genomic evolution since it brings opportunities for novel regulatory interactions and potentially the emergence of new biological properties. Results We demonstrate that a group of four homeobox gene families (Argfx, Leutx, Dprx, Tprx), plus a gene newly described here (Pargfx), arose by tandem gene duplication from the retinal-expressed Crx gene, followed by asymmetric sequence evolution. We show these genes arose as part of repeated gene gain and loss events on a dynamic chromosomal region in the stem lineage of placental mammals, on the forerunner of human chromosome 19. The human orthologues of these genes are expressed specifically in early embryo totipotent cells, peaking from 8-cell to morula, prior to cell fate restrictions; cow orthologues have similar expression. To examine biological roles, we used ectopic gene expression in cultured human cells followed by high-throughput RNA-seq and uncovered extensive transcriptional remodelling driven by three of the genes. Comparison to transcriptional profiles of early human embryos suggest roles in activating and repressing a set of developmentally-important genes that spike at 8-cell to morula, rather than a general role in genome activation. Conclusions We conclude that a dynamic chromosome region spawned a set of evolutionarily new homeobox genes, the ETCHbox genes, specifically in eutherian mammals. After these genes diverged from the parental Crx gene, we argue they were recruited for roles in the preimplantation embryo including activation of genes at the 8-cell stage and repression after morula. We propose these new homeobox gene roles permitted fine-tuning of cell fate decisions necessary for specification and function of embryonic and extra-embryonic tissues utilised in mammalian development and pregnancy.

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嗜睡无梦“怪”基因

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有的人认为,每天只有睡够8小时才能维持体力,但也有人说,5个小时足够白天神采奕奕。其实,睡眠的时间和体力的好坏并没有必然的关系,睡眠和觉醒过程主要受生物节律和睡醒稳态两方面的控制,而科学研究已经发现,基因可能与两者密切相关。

嗜睡无梦“怪”基因

近日,国际期刊Nature在线发表了一项研究,科学家最新发现了两个基因能够帮助调节机体深度睡眠时间和做梦的水平。

基因调控“嗜睡”和“无梦”

从上世纪70年代起,科学家就陆续发现了调节人体生物钟的关键基因“per基因” “cycle基因”,此后又有几十个其他相关的基因被发现,但直到现在他们仍不清楚睡眠和觉醒时长是由哪些基因控制的。

此次,由日本筑波大学教授柳沢正史带领的团队,分辨出了两种影响睡眠与觉醒平衡的基因突变。

一种影响Sik3基因,它使内在睡眠需求增加,导致总的觉醒时间显着缩短,在这种情况下,非快速眼动睡眠增加。Sik3基因突变的实验小鼠每天只有不到9个小时时间是清醒的,而正常小鼠的清醒时间约为13个小时;另一种则影响Nalcn基因,使快速眼动睡眠的总量和片段长度缩短,其通过抑制神经元的兴奋度,实现对快速眼动睡眠的调节。这些小鼠做梦的时间减少了一半。所以,这两类小鼠也被称为“嗜睡型”和“无梦型”。

需要说明的是,快速动眼睡眠和非快速动眼睡眠是睡眠的两种不同状态。

快速动眼睡眠,一般被认为是人类可以回想起梦境的做梦时期。此时,大脑皮层处于近乎清醒的状态,而且此时几乎不可能有信息传入大脑,所以这种环境有利于大脑进行记忆整理和固定等信息处理。如果缺少快速动眼睡眠,人们会感到睡眠不足,疲倦、焦虑,而且觉得自己没有做梦;而非快速动眼睡眠则是深睡眠,脑电活动逐渐变慢,因此它有使大脑皮层充分休息的机能。

极具挑战性的实验

东南大学生命科学研究院教授韩俊海在接受《中国科学报》记者采访时表示,一个复杂的睡眠行为在基因层面是受到调控的,不管是低等动物还是高等动物,这是学界早已有共识的。“科学研究不断找到睡眠基因并不奇怪,柳沢正史的这项研究之所以受到关注,主要是他的实验方法和过程。”

该研究团队采用的是正向遗传筛选法。它指的是通过生物个体或者细胞的基因组的自发突变或人工诱变,寻找相关的表型或性状改变,然后从这些性状改变的个体或细胞中找到对应的突变基因,也就是从表型变化研究基因变化。

韩俊海解释,这种方法的难点在于,操作过程中需要进行诱变筛选,而且需要有很多实验个体才能具有可信度,技术周期又很长,要得到预想中的实验个体非常困难。

因此,大多数有关睡眠基因的研究都用果蝇作为实验对象。他说,果蝇属于低等生物,生长周期短,繁殖快,但它的睡眠特性和人类非常相似,每天固定时间入睡,时长基本固定,适合研究表型。这也是为什么目前研究发现的大多数睡眠基因都是从果蝇身上得到的。

不过,该研究团队研究睡眠基因选择的是目前并不太常用的实验动物小鼠,而且一做就是上万只!

科研人员先是人工诱发雄性小鼠的基因突变,然后与雌性小鼠杂交,并对这些杂交所产生的后代逐一进行筛选。特别需要指出的是,他们对每一只小鼠的脑波和肌肉活动的电生理信号都进行了记录,从而找出那些睡眠模式发生异常的小鼠,总计考察了8000多只具有随机基因突变的小鼠。随后,还需进一步验证基因突变是造成这些小鼠睡眠异常的原因,最后再在基因图谱上定位突变基因。这从技术上来讲是极具挑战性的一项实验。

“这项实验需要大量的时间和经济成本,短期内无法出成果,目前国内研究睡眠基因的科研团队很难支撑这种类型的研究。”韩俊海坦言。

基因治疗睡眠障碍

不过,和许多发现睡眠基因的研究一样,科学家也还无法彻底理解这两个基因影响睡眠的全部机制。

事实上,人们之所以关心睡眠基因研究,是因为越来越多人受到入睡困难、睡眠质量下降等睡眠障碍的困扰。因此,寄希望于基因研究可以帮助我们认识并解决睡眠障碍问题。然而,科学研究的成果与人们的期待也许并不那么一致。

柳沢正史对媒体表示,从理论上来讲,这项研究或许可帮助开发新型的睡眠调节性药物,由Sik3和Nalcn基因产生蛋白或许就会成为未来新型疗法开发的分子靶点。但是,目前并没有证据将这两个基因同人类已知的睡眠障碍相连接。

韩俊海向《中国科学报》记者解释,医学上是把所有睡眠质量异常及入睡时间异常或者在睡眠时发生的某些临床症状统称为睡眠障碍,睡眠障碍的影响因素非常复杂,并不是所有睡眠问题都可以从基因层面找到原因和治疗方法的。

在内因性睡眠障碍中有一种特殊的病症,叫作“嗜睡症”。患有这种病症的人不是普通意义上的睡觉时间长,而是表现为频繁地、突然地睡去,发作时肌肉突然瘫软,身体不由自主地倒下。这是一种典型的具有明确的遗传因素的疾病。

但是,在他看来,困扰大多数现代人的失眠障碍主要是生活、工作破坏了人体的内环境,比如工作压力、情绪问题、作息不规律等等。这是高度发达的社会所衍生出来的现代病,与基因突变的关系不大。

事实上,许多有睡眠质量问题的人,其核心的基因控制部分并没有表现异常,那么,也就无法简单用基因调控的方法解决睡眠问题。相反,携带某些睡眠基因的常见变异体的人群,尽管睡眠模式有一定差异,但并不影响人体健康,不属于睡眠障碍。

“目前睡眠基因的研究主要还是为了从细胞及分子水平认识这种最基本的生物行为。”韩俊海表示,在动物漫长的进化过程中,睡眠这一行为保持了极其稳定的状态,几乎很难受到外界环境的影响,我们对睡眠调控机制的了解还十分有限,要从根本上找到睡眠障碍的原因并通过调节来治疗仍是目前的一项难题。(生物谷Bioon.com)

Nature子刊:深入剖析癌症基因或帮助开发新型个体化疗法

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Nature子刊:深入剖析癌症基因或帮助开发新型个体化疗法

2016年6月30日讯/生物谷BIOON/近日,刊登于国际杂志Nature Communications上的一项研究论文中,来自南安普顿大学和伯恩茅斯皇家医院的研究人员通过研究鉴别出了所有慢性淋巴细胞白血病(CLL)患者很有可能共享的一种特殊基因网络,该研究或为后期开发新型靶向疗法改善患者的生活质量及生存期提供新的思路。

该研究是一项国际联合研究的的一部分,而这项国际联合研究项目旨在检测表观遗传分析在临床诊断和精准医学中的可行性。在所有癌症和其它多种疾病中都会出现表观遗传变异,基于全球多个实验室的技术进展,大量研究都揭示了表观遗传学检测的准确性和稳定性;未来临床研究者们或许会在多种疾病中应用这些方法,而且有预测显示,表观遗传学测试未来或将广泛用于针对癌症及其它疾病选择新型的个体化疗法。

研究人员希望促成全球科学家的努力来对人类肿瘤开展首个“染色质景观”的大规模分析,研究者Strefford说道,我们已经深入分析了CLL患者表观基因组中的变异,同时也鉴别出了疾病特异性的改变,而这对于后期有效区分疾病类型或鉴别合适的疗法或将非常重要,表观遗传学研究可以为我们提供一扇门来帮助改善科学家们对疾病的诊断以及更多针对患者的个体化疗法选择。

在不同患者中慢性淋巴细胞白血病会以不同的比率来发生,而且其中有些患者对疗法反应较好,检测特殊的基因缺陷或可帮助预测患者的预后,很显然还有其它生物性因素也会影响患者的预后;本文研究中研究者揭示了基因的行为以及癌细胞中多个基因的相互作用,他们希望未来可以帮助开发针对不同患者的新型疗法。(基因宝jiyinbao.com)

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Nature子刊:深入剖析癌症基因或帮助开发新型个体化疗法

Chromatin accessibility maps of chronic lymphocytic leukaemia identify subtype-specific epigenome signatures and transcription regulatory networks

André F. Rendeiro, Christian Schmidl, Jonathan C. Strefford, Renata Walewska, Zadie Davis, Matthias Farlik, David Oscier & Christoph Bock

Chronic lymphocytic leukaemia (CLL) is characterized by substantial clinical heterogeneity, despite relatively few genetic alterations. To provide a basis for studying epigenome deregulation in CLL, here we present genome-wide chromatin accessibility maps for 88 CLL samples from 55 patients measured by the ATAC-seq assay. We also performed ChIPmentation and RNA-seq profiling for ten representative samples. Based on the resulting data set, we devised and applied a bioinformatic method that links chromatin profiles to clinical annotations. Our analysis identified sample-specific variation on top of a shared core of CLL regulatory regions. IGHV mutation status—which distinguishes the two major subtypes of CLL—was accurately predicted by the chromatin profiles and gene regulatory networks inferred for IGHV-mutated versus IGHV-unmutated samples identified characteristic differences between these two disease subtypes. In summary, we discovered widespread heterogeneity in the chromatin landscape of CLL, established a community resource for studying epigenome deregulation in leukaemia and demonstrated the feasibility of large-scale chromatin accessibility mapping in cancer cohorts and clinical research.

达安基因携手暨南大学,首创”基因测序+分子营养学”预防疾病

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达安基因携手暨南大学,首创"基因测序+分子营养学"预防疾病

随着时代的发展,人均收入的提高,人们对健康的关注度越来越高。俗话说:”民以食为天”,食物是人类赖以生存的物质,人体从食物中汲取营养,维持人体的新陈代谢,可见日常生活中的饮食对我们身体健康影响至关重要。但是现在,人们对于饮食不再是以吃饱为目的,更多的是要吃好,而吃好也不是过去的观念,不再是大鱼大肉,而是怎样均衡饮食营养,满足身体对各类营养的需求。

近日,达安基因(大众基因产品事业部)与暨南大学共同成立了”疾病易感基因与饮食健康联合研发中心”,该中心将致力于研究饮食对疾病易感基因的调控等。此次,生物谷专访了暨南大学的陈龙博士,请他来谈谈饮食的重要性,以及该领域的最新进展和前景。

生物谷:暨南大学为什么会选择跟达安基因合作?达安基因能为暨南大学后续研究提供哪些支持?

回答:和达安基因的结识可以说是一个偶然的机会,但促成此次合作确是那些必然的因素。达安基因是一家规模大、正规的公司,在基因测序方面拥有比较成熟的技术以及一定数量的高效资源,在日后的合作中可以加强高校之间的学术交流。最重要的是,达安基因有自己的研究团队,并且会和暨南大学的研究团队一起研究,技术上也可以进行分享。当然,达安基因掌握的人群数据和用户体验也是不可忽视的合作条件。达安基因和暨南大学的合作是互相帮助,两方科学家各取所长、分工不同,这也响应政策的号召,加强高效和企业的合作。

生物谷:此次成立的疾病易感基因与饮食健康联合研发中心,主要的研究内容是什么?目前已有哪些重要的成绩?和未来发展中将会遇到什么难题?

回答:目前在进行的项目有3个。

一、食品组分对疾病易感基因的调控和干预。我们秉承”上医治未病”的原则,不仅要发现疾病易感基因,更重要的是对这些基因进行调控,避免人群发病才是最终目的。

二、建立一个整合饮食、环境和生活习惯对疾病影响的数据库。建立一个数据模型,研究饮食、环境和生活习惯等因素对人群健康的影响,并且目前已经制定成了一个指导手册,这个指导手册已经拿到医院进行论证。除此之外,我们已经建立了一个收集相关文献和数据的数据库,该数据库通过机器学习和文献挖掘得到的。目前数据库已经很完善了,而且数据库内容还在不断增加。

三、研究新生儿补充剂。目前的难题就是在研究过程中,研究对象的配合度低,选择一个简单易配合的研究方案是当务之急。

第3个现在主要是构思,还没具体开展。

生物谷:现在越来越多的疾病与饮食相关,生活方式也成为致病的一大因素,随着精准医学的提出,疾病易感基因与饮食健康联合研发中心可谓是应运而生,我们中心除了研究饮食对疾病易感基因的调控之外,是否会研究相关功能性产品对疾病易感基因进行调控,对疾病进行治疗?

回答:对于疾病的治疗目前不会涉及,还是坚持”上医治未病”的原则,把疾病扼杀在摇篮中。

至于是否会有研究相关功能性产品,目前我们有产品规划,能帮助民众的也只有真正的产品。目前主要在构思的是膳食补充剂,根据每个人的基因型来具体选择膳食补充剂,还有一些术后的康复产品。未来我们规划也会涉及健康相关的产品,不局限在饮食领域,比如说一些美白之类的产品等。

生物谷:最近天然产品的开发和肠道菌群的研究很热,请从饮食角度出发谈谈这两个领域的前景?

回答:天然产品之所以现在这么热,可能是之前的研究不足,虽然有很多天然产品被使用,但是人们对它的了解不多。另外一个可能的原因是,中国人的传统观念认为天然的是健康的。以前的研究没有发现这些天然产品的生物机制,以后我们将加强这方面的研究,弄清楚它为什么起效,并通过具体的研究结果帮助消费者选购产品,以避免凭经验服用带来的一些弊端。

关于肠道菌群,由于它本身的复杂程度,一直是研究的难点。但国外的一些研究已经做得很好了,国内目前仍停留在概念阶段。随着第3代测序技术的发展,我预计肠道菌群方面在未来5到10年内会有非常好的产品到市面上。

生物谷:目前国内市场上,基因测序跟分子营养学的结合是比较少有的,这两者的结合会给食品营养研究带来哪些好处?此次与达安基因的合作是否会促进这一领域的研究,具体表现在哪些方面?

回答:第3代测序技术的到来标志着基因测序时代的到来,基因测序跟分子营养学的结合是个必然。随着测序技术的发展,以后测个人基因都会成为常态,所以关键的不是测序技术,而是对测序结果的解读。

基因测序跟分子营养学的结合只是很多学科跟基因测序结合的其中一个案例,未来基因测序还会和很多学科结合,这将是一场测序革命。现在测序技术的成熟,有助于很多生命科学的研究,未来也将会有一大批产品涌现市场。

达安基因拥有专业的测序技术,将有利于中心以后的研究。研究者多是兴趣驱动研究,而达安基因是站在市场的角度进行研究,有很多新颖的想法,而且这些想法都很有研究价值,有达安基因的加入更有助于市场的推动。

生物谷:达安基因跟暨南大学后续还会有什么合作?可以透露一下吗?

回答:后续还会有和达安基因的合作,达安基因是一个生态系统,还有其他的业务,而高校的研究相对单一,两方合作会有更好的结果。目前有一个精准康复的项目,预计会和达安基因合作。

达安基因携手暨南大学,首创"基因测序+分子营养学"预防疾病

采访人物:

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陈龙,美国伊利诺伊大学香槟分校博士,现任暨南大学理工学院食品科学与工程系讲师,长期从事食品成分与健康相关的研究工作。研究方向包括:饮食成分和习惯对疾病易感基因表达的影响、天然产物对人体健康影响等。

邮购基因检测告诉你细胞衰老的速度

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我们都知道自己的年龄,但是你可知道体内细胞的衰老速度可能与年龄差别很大么?现在新型的基因检测能够告诉你体内细胞的衰老速度,对于某些人来说,这意味着他们可能需要对生活习惯做出显著的改变。


这种新型的基因检测可以测量人们体内细胞中染色体的端粒(telomere)长度端粒是染色体末端的特殊DNA重复序列,它像帽子一样扣在染色体两端,起到保持染色体完整性的作用。


每次细胞分裂,端粒的长度都会缩短,所以随着人们年龄的增长,细胞分裂的次数增多,端粒的长度也会越来越短,甚至消失。


当端粒缩短到一定程度时,染色体可能融合在一起或者功能失常,从而造成细胞死亡。自从端粒结构在90年代被发现以来,有数百项科学研究显示端粒的长度可能与心脏病、糖尿病、癌症、阿兹海默病和其它精神疾病有关联。


例如,2014年在《BMJ》发表的一项包括43725名参与者和8400名心脏病患者的综合研究表明,端粒长度位于底部三分之一的人群患上心脏病的风险比端粒长度位于顶部三分之一的人群提高了50%。



邮购基因检测告诉你细胞衰老的速度

端粒随衰老而缩短(图片来源:The Wall Street Journal)


那么端粒缩短的速度受到那些因素的影响呢?虽然首要因素是遗传因素,但是环境和生活方式也会对端粒缩短的速度产生影响。研究表明,较短的端粒长度与缺乏锻炼、睡眠不良和经常食用精致碳水化合物等因素相关。一项2013年发表在《The Lancet》的研究表明,遵循提高饮食、运动、压力管理和社会支持质量方案的人群的端粒长度比不遵循同样方案的人群长10%。


现在新型的端粒长度检测已经可以通过邮购来进行。只要将自己的组织(可以是从口腔中刮下来的一点黏膜细胞或者是一滴血)寄给提供检测的公司,它们就可以对你的染色体端粒的长度进行检测并且告诉你,你的端粒长度与普通人的平均值相比是长还是短。那么我们是不是都应该去做一下这样的检测呢?


先别那么急!虽然端粒的长度与多种疾病有相关性,但是目前没有足够的研究证明端粒的长度是造成这些疾病的原因。端粒的长度也不能提供你还能活多久这样的信息。而且不同人端粒长度的区别很大,科学家们还没有确定到底端粒短到什么程度才对疾病产生重要影响。对于大部分人来说,他们的端粒长度在一生中也不会缩短到造成疾病的程度。所以,进行这样的测试也可能是自己吓自己哦。 

邮购基因检测告诉你细胞衰老的速度

端粒在染色体中的位置


不过这样的测试对有些人是非常重要的。这些人因为遗传原因导致染色体的端粒非常短,因而容易患上肺纤维化、免疫缺失、骨髓损失和某些癌症。 这些人占全体人口的10%,对于他们来说尽早发现自己的端粒异常可以帮助他们获得或避免某些治疗。


而对于广大群众来说,这项检测的意义可能不在于诊断某种疾病,而是对你的身体状况提供一个预警的信号。当看到你的染色体端粒比较短的检查报告时,你是不是会更有动力来改变饮食习惯,加强锻炼呢?


参考资料:

[1] Mail-Order Tests Check Cells for Signs of Early Aging

[2] What is a telomere?

[3] Leucocyte telomere length and risk of cardiovascular disease: systematic review and meta-analysis

[4] Effect of comprehensive lifestyle changes on telomerase activity and telomere length in men with biopsy-proven low-risk prostate cancer: 5-year follow-up of a descriptive pilot study


JAD:基因突变研究指出阿尔茨海默症病因新方向

基因君

JAD:基因突变研究指出阿尔茨海默症病因新方向
2016年6月29日讯 /生物谷BIOON/ –来自澳大利亚阿德莱德大学的研究人员对可能引起早发阿尔茨海默症的基因突变进行了分析,为该病病因研究开辟了新的方向。
 
之前研究已经证明beta淀粉样蛋白出现异常积累是引起阿尔茨海默症的重要原因。但是也有研究人员对此表示担忧,认为上述情况并不能解释所有病因,并且至今没有开发出成功的治疗方法。阿德莱德大学的科学家们与澳大利亚其他大学的研究人员共同合作,通过一系列分析提出了关于PSEN1基因突变如何触发早发阿尔茨海默病的新理论。
 
相关研究结果发表在国际学术期刊Journal of Alzheimer`s Disease上。
 
在这项研究中,研究人员对过去关于PSEN1基因的研究进行了分析,他们注意到该基因的突变类型与其是否能够引发阿尔茨海默病之间存在关联。正常PSEN1基因编码的蛋白产物在细胞中发挥许多不同作用,许多科学家都曾对PSEN1基因发生突变后如何影响beta淀粉样蛋白产生进行研究,阿德莱德大学的研究人员希望从一个更加广阔更加全面的角度对该基因的突变数据进行分析,不仅仅局限在beta淀粉样蛋白的产生,这样可以讲述一个不同的故事。
 
当PSEN1蛋白在细胞内发挥作用,其能够参与两条信号途径,其中一条能够导致beta淀粉样蛋白产生,而另外一条研究相对较少的信号途径控制着许多其他重要活动,包括细胞如何回收胞内成分以及如何应答氧气供应的限制。
 
研究结果表明基因突变如何影响PSEN1蛋白结构及其与其他蛋白的相互作用对第二条信号途径的影响更大。研究人员认为这项研究提出的理论或可扩展到对迟发性阿尔茨海默病发病机制的理解,他们现在正在阿尔茨海默病的动物模型上进行更进一步的研究。(基因宝jiyinbao.com)
 
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Evidence For and Against a Pathogenic Role of Reduced γ-Secretase Activity in Familial Alzheimer’s Disease
 
Jayne, Tanyaa | Newman, Morgana | Verdile, Giuseppeb; c; d | Sutherland, Grege | Münch, Geraldf | Musgrave, Iang | Moussavi Nik, Seyyed Hania | Lardelli, Michael
 
The majority of mutations causing familial Alzheimer’s disease (fAD) have been found in the gene PRESENILIN1 (PSEN1) with additional mutations in the related gene PRESENILIN2 (PSEN2). The best characterized function of PRESENILIN (PSEN) proteins is in γ-secretase enzyme activity. One substrate of γ-secretase is encoded by the gene AMYLOID BETA A4 PRECURSOR PROTEIN (AβPP/APP) that is a fAD mutation locus. AβPP is the source of the amyloid-β (Aβ) peptide enriched in the brains of people with fAD or the more common, late onset, sporadic form of AD, sAD. These observations have resulted in a focus on γ-secretase activity and Aβ as we attempt to understand the molecular basis of AD pathology. In this paper we briefly review some of the history of research on γ-secretase in AD. We then discuss the main ideas regarding the role of γ-secretase and the PSEN genes in this disease. We examine the significance of the “fAD mutation reading frame preservation rule” that applies to PSEN1 and PSEN2 (and AβPP) and look at alternative roles for AβPP and Aβ in fAD. We present a case for an alternative interpretation of published data on the role of γ-secretase activity and fAD-associated mutations in AD pathology. Evidence supports a “PSEN holoprotein multimer hypothesis” where PSEN fAD mutations generate mutant PSEN holoproteins that multimerize with wild type holoprotein and dominantly interfere with an AD-critical function(s) such as autophagy or secretion of Aβ. Holoprotein multimerization may be required for the endoproteolysis that activates PSENs’ γ-secretase activity.

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