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Cell:鉴定出弥漫大B细胞淋巴瘤的驱动基因

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Cell:鉴定出弥漫大B细胞淋巴瘤的驱动基因
图片来自Cell, doi:10.1016/j.cell.2017.09.027。

2017年10月9日/生物谷BIOON/—淋巴瘤是一种最为常见的血癌,但是对这种疾病的诊断却掩盖了它的极为多样化的且鲜为人知的遗传基础,这阻碍了对它的成功治疗。

在一项新的研究中,来自美国杜克大学癌症研究所等研究机构的研究人员正在努力更好地理解这种癌症的最为常见形式—弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma)—的基因基础,以及这些基因如何可能在患者对治疗作出的反应中发挥作用。

这些研究人员分析了来自1001名在过去10年已被确诊患上弥漫大B细胞淋巴瘤的患者的肿瘤样品。这些患者已在全球的12个研究机构中接受治疗。

利用全外显子组测序,这些研究人员确定了这种疾病的150个驱动基因,它们中的多数是新鉴定出的。他们随后进行测试以便观察这些基因是否与患者如何很好地对标准疗法作出反应之间存在任何关联。他们采用一种被称作CRISPR的基因组编辑技术敲除淋巴瘤细胞中的2万个基因中的每一个,以便鉴定出那些对淋巴瘤细胞生长至关重要的基因。通过评估遗传结果、CRISPR结果和临床结果,他们发现几种至关重要的基因关联可能有助指导治疗。相关研究结果发表在2017年10月5日的Cell期刊上,论文标题为“Genetic and Functional Drivers of Diffuse Large B Cell Lymphoma”。

论文通信作者、杜克大学医学教授Sandeep Davé博士说,“就研究和临床优先事项而言,这项研究提供了一幅完整的路线图。我们如今有非常好的数据来寻找新的和现有的疗法,这些疗法可能靶向我们鉴定出的基因突变。此外,这一数据可能也被用来发现基因标志物,从而引导患者接受最为有效的疗法。”(生物谷 Bioon.com)

参考资料:

Anupama Reddy, Jenny Zhang, Nicholas S. Davis et al. Genetic and Functional Drivers of Diffuse Large B Cell Lymphoma. Cell, 5 October 2017, 171(2):481–494, doi:10.1016/j.cell.2017.09.027

基因驱动(gene drive)研究最新进展

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2017年10月15日/生物谷BIOON/—近年来,“基因驱动”成为生物学界的新兴热门研究领域之一,它指的是特定基因有偏向性地遗传给下一代的一种自然现象。最近几年发现的CRISPR基因编辑技术有潜力构建、简化和改进针对基因驱动的开发。借助被誉为“基因剪刀”的CRISPR基因编辑技术,科学家研发出人工“基因驱动”系统,并在酵母、果蝇和蚊子中证实可实现外部引入的基因多代遗传

基因驱动(gene drive),最早在2003年由伦敦帝国理工学院进化遗传学家Austin Burt提出,是一个能够快速将特定性状扩散到群体中去的系统。一般来说物种中都会存在这样一些基因,它们在繁殖的过程被遗传的概率比普通基因高出50%。因此,这些基因就可以很容易在群体中散播,即使它们可能导致个体的适应性下降。借由与这些特殊基因类似的遗传“偏向性”,基因驱动在理论上可将这些人为改造的基因散播到野生群体中。而这些改造可以包括基因的增添、破坏或者修饰,也可以包括减少个体的生育能力从而可能导致整个物种的毁灭。

人工改造的基因驱动有潜力将所需的基因在野生种群(wild population)中扩散,或者抑制有害的生物物种。因有潜力控制诸如携带寨卡病毒(Zika virus)、疟原虫和登革热病毒的蚊子之类的有机体,它最近获得了人们的大量关注。

基于此,小编针对基因驱动研究取得的进展以及引起的争论,进行一番盘点,以飨读者。


1.Nat Rev Genet:人工改造的基因驱动系统操纵野生种群命运
doi:10.1038/nrg.2015.34

基因驱动(gene drive)研究最新进展

在一篇高度创新性和技术性的综述文章,美国加州大学河滨分校昆虫学助理教授Omar Akbari说,“尽管基因驱动存在所有的潜在益处,它们仍然未获得充分研究。考虑到这一点以及技术进步产生得如此之快,我们想退一步考虑,从一个更宽广的角度看看到底发生了什么。”

Akbari是加州大学河滨分校病媒研究中心和整合基因组生物学研究所的一名研究员,也是这篇发表在Nature Review Genetics期刊上标题为“Cheating evolution: engineering gene drives to manipulate the fate of wild populations”的文章的通信作者。这篇文章的其他作者还有Jackson Champer和Anna Buchman,这两位都是与Akbari一起工作的博士后。

在这篇文章中,作者们着重关注了几种类型的基因驱动,包括基于归巢内切酶的基因驱动、性连锁减数分裂驱动、medea 基因驱动和显性不足基因驱动。他们从不同的属性上描述了这些基因驱动,包括扩散速率、物种特异性、适合度代价(fitness cost)、抵抗易感性、可移除性和可逆性。

他们还讨论了这些基因驱动是否归于修饰驱动(modification drive)类型或抑制驱动(suppression drive)类型,其中修饰驱动旨在将目标性状在群体之间进行扩散,而抑制驱动具有降低目标物种群体的效果。

最后,作者们提出安全和监管问题。他们提出与基因驱动相关的威胁,包括导致靶物种灭绝、扩散到目标地理区域之外的地方和影响另外一种物种的潜力,以及导致经济损失甚至生物恐怖主义的潜在滥用。


2.Nat Biotechnol:提出解决CRISPR基因驱动问题的方法


doi:10.1038/nbt.3412

在一项新的研究中,美国哈佛医学院遗传学教授George Church和哈佛医学院生物工程师Kevin Esvelt博士领导的一个研究团队提出了利用基因驱动开展研究实验的几个有效而又安全的保障机制并且提供首个逆转基因驱动扩散导致的改变的方法。

他们通过让分开向导RNA和Cas9,使得它们不在同一个生物体内共同表达,或者插入一个人工序列到靶基因中,这样基因驱动仅在实验室的有机体中被激活,因此无法在野外发挥作用。

他们还在酵母中证实能够逆转基因驱动给有机体群体施加的一种性状。


3.基因驱动技术或可被恐怖分子利用研制生物武器
新闻来源:‘Gene drive’: Scientists sound alarm over supercharged GM organisms which could spread in the wild and cause environmental disasters

基因驱动(gene drive)研究最新进展

据国外媒体报道,一种被称为“基因驱动”的基因技术近期引起了科学家们的担忧。“基因驱动”技术可以令两只昆虫交配时产生基因突变,形成的“超动力基因”可遗传至下一代。科学家警告称,这一技术如果被恐怖分子利用,就可能生产出传播致命疾病的“基因修正”昆虫,从而导致一场史无前例的环境灾难。

以色列特拉维夫大学遗传学家大卫-古尔维兹介绍说,“基因驱动”技术可以令两只昆虫交配时产生基因突变,而且极有可能将这种突变基因遗传至下一代。研究人员将这一技术比作“无法停止的核链式反应”,因为基因经修改后遗传至后代,而不管是否会对后代有害。

理论上来说,如果“基因驱动”技术被合法利用,可用于消灭经蚊子传播的疾病,如疟疾、黄热病等。但是,如果被某些人恶意利用,则经基因修改后的昆虫可用来大规律传播致命疾病。古尔维兹解释说,“正如‘基因驱动’技术可以让蚊子不再携带和传播疟疾一样,该技术也可以用来修改蚊子基因,让蚊子携带致命细菌或病毒,并传染给人类。”

近日,27位著名遗传学家在《科学》杂志上发表文章呼吁,科学界应向普通民众澄清“基因驱动”技术的利与弊,向人们解释该技术可能会带来灾难。科学家们表示,“它们的隐患极大,可能给人类健康、农业生产以及环境保护带来全球性灾难。”

古尔维兹认为,“基因驱动”技术的具体使用方法应该严格保密,和核武器技术一样。但是,美国哈佛大学遗传学家凯文-埃斯维尔特及其他26位科学家并不认同古尔维兹的说法,他们声称,完全公开和透明是防止“基因驱动”技术被用来制造生物武器的最佳方法。科学家们呼吁,应制定一系列安全规程,要保证被基因修正的物种不得逃散至野生种群中,比如开展相关实验只能在没有相关野生种群的区域进行。


4.Science:科学家称基因灭虫技术前景喜人却面临困境
doi:10.1126/science.aad6143

如果这种方法起作用,并通过监管和伦理审批,那么“基因驱动”可能是一种清除携带疟疾蚊虫的新方法。这个想法听起来简单诱人:通过在一群动物中间迅速散布一种基因,可以阻止其传播疾病,或者直接杀死如农业害虫等物种。但美国国家科学院、工程院和医学院(NAS)近日在华盛顿特区主办的一次研讨会上明确表示,这种概念的核心,即基因驱动技术当前仍然面临各种科学和监管上的不确定性。因此,基因驱动技术的产业应用依然“任重而道远”,英国伦敦帝国学院人类遗传学家Austin Burt说。

NAS组织了一个委员会评估这一技术,该委员会组织了4次关于基因驱动研究的科学、伦理和监管信息研讨会,此次在华盛顿举行的会议为其中的第二次。援救人员讨论了现有监管和伦理框架是否足以指导和管制基因驱动技术的发展,会议报告称,目前仍须了解更多关于基因驱动技术的生态效应、基因驱动目标的具体性以及研究人员在某个种群之间进行基因改变的有效性。“很明显,关于这个系统,我们知道的是如此之少。”弗吉尼亚理工学院暨州立大学分子遗传学家Zach Adelman说。但Burt表示,考虑到目前基因驱动技术仍处于早期研究阶段,因此NAS有充分的时间就这个问题理清头绪。


5.PNAS:用于疟蚊控制的基因驱动
doi:10.1073/pnas.1521077112

在一项新的研究中,来自美国加州大学欧文分校的研究人员开发出一种基于CRISPR/Cas9的基因驱动系统原型,用于对蚊子基因改造,以便抵抗疟原虫产生的耐药性。

具体而言,他们构建出一种基于CRISPR/Cas9的基因驱动系统,该系统能够将一种抗疟原虫基因导入到蚊子中,并加以扩散。在一项以斯氏按蚊(Anopheles stephensi)为研究对象的概念验证中,他们证实这种经过改造的基因驱动系统能够在蚊子中传播一种双重抗疟原虫效应基因。这种基因靶向恶性疟原虫在感染阶段产生的两种关键蛋白,并且一个高度特异性的基因转换时间中,它在雄性和雌性蚊子谱系中扩散。


6.首次在哺乳动物中实现“基因驱动”,可用于清除物种入侵

基因驱动(gene drive)研究最新进展

一些与美国保护组织合作的科学家声称,他们首次成功地在哺乳动物中建立了一种被称作“基因驱动”的技术,并且可以利用它来消灭在岛上抢夺海鸟生存空间的侵入性啮齿动物。

目前有分别来自澳大利亚和德克萨斯州的两个科学团队表示,他们对家鼠进行了基因编辑,使其基因组包含了野生种群的一些基因特征。这些改良的啮齿类动物在最近两个月才出生,因此还未有实验结果。

另外,在哺乳动物身上建立基因驱动模型还得益于一个“保护岛屿”行动的支持和努力。这是一个来自加州圣克鲁兹的保护组织,他们的座右铭是“防止灭绝”,并专长于在岛中广撒杀鼠剂来拯救濒危海鸟。

但是杀鼠剂不能在大型或人口稠密的岛屿上用来杀灭啮齿类动物,这也是基因驱动技术被该组织看好的原因。“我们正在寻找一些真正有创造性的方法”,该项目主任卡尔·坎贝尔说。如果当局允许该项目计划的话,每年则可拨出约700万美元,让他们能够在一个偏远的岛屿上进行初步试验,以加快技术开发进程。


7.Science:生物界“新宠”基因驱动,消除疟疾的“利器”
doi:10.1126/science.aal0797

作为一种可以修饰DNA遗传的方法,“基因驱动”可以使蚊子的遗传物质发生改变,最后甚至导致其数量骤减。科学家正在使用该方法来降低疟疾传播率,以保护非洲儿童免受疟疾侵袭


如果我们知道决定疟蚊关键性特征的基因或基因变异,如与原虫转阴及产卵等特性相关的基因,从理论上来说就可以将某些基因修改引入蚊子种群来降低疟疾传播率。目前,研究人员已对多个种类的疟蚊进行了基因组测序,包括那些几乎造成了非洲所有地方疟疾传播的疟蚊。他们希望通过基因改造整个蚊子种群来保护非洲儿童免受疟疾侵袭。

近日,来自亚利桑那州大学(Arizona State University)的进化生态学家詹姆斯·科林斯(James Collins)在美国科学促进会年度会议(AAAS)上关于“基因驱动”消除疟疾的专访被Science刊发。

基于基因组编辑技术CRISPR的进步,“基因驱动”在抗寄生虫领域也得到了重要运用。但如美国科学、工程、医学院( National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine )去年所言:由于对整个人口的遗传信息的改造可能产生的意想不到的后果,因此其在释放到任何环境中时都应该采取广泛的测试。


8.Science:防范与管理新兴技术
doi:10.1126/science.aah5125

在一项新的研究中,美国海斯汀中心(The Hastings Center)研究学者Gregory Kaebnick作出结论,鉴于管理新兴技术需要对技术的使用进行限制,这是因为这些技术的潜在伤害和其他后果是高度不确定性的,在管理新兴技术时采取的防范方法经常被批评为反映“风险恐慌”,但是防范能够与对科学的支持是相一致的。相关研究结果发表在2016年11月11日那期Science期刊上,论文标题为“Precaution and governance of emerging technologies”。

这篇论文讨论了在基因驱动(gene drive)的情形下,采取防范方法的益处,其中基因驱动有望解决根除蚊媒传染病和保护濒危物种等长期存在的问题但也会冒着伤害整个生态系统风险的技术。Kaebnick是美国国家科学、工程与医学研究院(U.S. National Academies of Science, Engineering, and Medicine, NASEM)基因驱动委员会的成员。该委员会在去年夏天发布一篇推荐采取防范方法的报告。他的论文共同作者是这个委员会的一些成员和员工。

这篇论文详细叙述NASEM这篇报告提出的建议。不是对所有关于基因驱动的研究采取防范方法—比如暂停所有这方面的研究直到严格的全球监管措施被执行,这篇报告号召采取“针对性的但有意义的措施”。这样的措施会鉴定出特定的易于控制的担忧,比如基因驱动能够对有机体的基因组产生不想要的影响,一种基因驱动修饰的有机体能够对一种生态系统产生不想要的影响,而且对什么是“不想要的”影响可能在不同人之间差异较大。


9.Science:在实验室中开展基因驱动实验应谨慎
doi:10.1126/science.aac7932

基因驱动(gene drive)研究最新进展
图片来自Caroline Davis2010/Flickr。

近期,来自美国、英国和日本的研究人员探讨了开发基于CRISPR的基因驱动系统,并指出在实验室中开展这种基因驱动实验时,应当慎之又慎。相关探讨结果发表在Science期刊上,标题为“Safeguarding gene drive experiments in the laboratory”。

Valentino Gantz和Ethan Bier之前利用CRISPR/Cas9基因编辑系统的优势,开展基因驱动实验:他们开发出一种被称作突变链式反应(Mutagenic Chain Reaction, MCR)的系统。利用MCR系统,他们可将一种杂种突变转化为一种纯合突变。他们已在果蝇体内证实了MCR系统的有效性:在97%的情形下,它可将携带的突变导入到染色体的靶位点上。

虽然这些研究人员采用严格的屏蔽方法和额外的预防措施,但是一些科学家仍然认为在未来,在实验室中操纵基于CRISPR的实验,应当尤为谨慎。

最后,这些研究人员建议,在基因组上开展基因驱动实验在实际应用时多采用替代方法,从而降低带来的风险。(生物谷 Bioon.com)

基因靶向药物或有望减缓帕金森疾病的进展

基因君

2017年10月27日 讯 /生物谷BIOON/ –在过去10年里,作为一名专门从事帕金森疾病研究的医生,我(原文笔者)常常会被很多患者问道帕金森疾病是否能被彻底治愈,我常常会很乐观地回答这个问题,但实际上在帕金森疾病的临床试验中有一连串的失败案例。

基因靶向药物或有望减缓帕金森疾病的进展

然而,最近有研究人员通过研究鉴别出了和帕金森疾病相关的基因,这或许就为后期我们开发帕金森疾病新型疗法提供了新的希望;理解这些基因发生错误诱发帕金森疾病的分子机制或将预示着帕金森疾病治疗的黄金时代的到来,同时研究者还能够揭示帕金森疾病患者大脑细胞中出现错误的细胞分子通路。

2004年科学家在帕金森疾病研究上取得了重大突破,研究者在遗传性帕金森疾病中发现了一种名为PINK1的基因,该基因能够编码一种特殊激酶,研究人员常常会在多种类型的癌症中发现这种激酶的异常,因此这种激酶或许就能够成为研究人员开发治疗多种疾病新型药物的靶点。

然而,帕金森疾病中该激酶通路所扮演的角色还是一个全新的概念,而且并没有研究人员对此进行研究过,基于遗传学的发现,研究人员(笔者等人)对PINK1基因的功能进行了深入研究,他们从大脑细胞中许多信号通路中鉴别出了一种特殊通路。基于实验室一系列研究,研究人员发现,PINK1能够扮演一种分子开关的角色,其能够保护大脑抵御帕金森疾病的发生,在微观尺度下,PINK1是大脑中的主要防御蛋白,其能够维持脑细胞中的线粒体处于健康状态,因此研究人员就有望开发出靶向作用PINK1并开启其活性的新药,来减缓人们患帕金森疾病的症状。

基因靶向药物或有望减缓帕金森疾病的进展

一项激动人心的突破性成果

为了加速诸如此类药物的研究进展,研究人员通力合作确定了PINK1酶类的原子结构,这个过程包括了一系列挑战性的步骤,首先研究人员需要在检测管中对PINK1酶类进行改造,随后这些酶类被制成有序的晶体结构,并且暴露于高能量的X射线下来使其以特殊的方式散开,对酶类晶体散开模式的研究就能够帮助研究人员对晶体内部原子进行重排,从而解析该酶类的生物分子结构。

在经过了漫长的8年研究后,研究人员终于解析出了PINK1的结构,同时研究者也揭开了该酶类的内部工作机制,他们发现,酶类PINK1与该酶类家族的其它500名成员并不相同,同时研究者还精确解释了酶类PINK1如何与其靶点相互作用在细胞中催化反应的。首次看到PINK1的结构是一个激动人心的时刻,同时这也是很多科学家通力合作的成果,但更重要的是,这对于阐明引发人们患帕金森疾病的原因更重要。

解析了PINK1的结构就能够帮助研究人员发现携带错误PINK1基因的患者以及为何这些患者会患上帕金森疾病,这或将能帮助快速诊断帕金森疾病,而且也能够解释PINK1基因的改变如何影响其结构和功能。在研究者的临床经验中他们非常关心帕金森疾病患者,因为很多患者都是在很年轻的时候患上了这种疾病,同时相关研究结果也将帮助研究者开发新型药物来抵御帕金森疾病。

毫无疑问,作为一名治疗帕金森患者的医生,我(笔者)或许不善言辞,但这项研究发现对于我们鼓舞极大,后期我们还将继续努力,同其他神经生物学家一起合作来开发更多治疗帕金森疾病患者的新型疗法。(生物谷Bioon.com)

参考资料:

【1】What is Parkinson’s?

【2】PINK1 gene—PTEN induced putative kinase 1

【3】Kinase

【4】WHAT ARE MITOCHONDRIA AND WHAT DO THEY DO?

【5】Structure of PINK1 and mechanisms of Parkinson’s disease associated mutations

eLife     DOI:10.7554/eLife.29985

【6】Genetic Etiology of Parkinson’s Disease

【7】A new discovery means gene-targeting drugs could slow down the progression of Parkinson’s

Sarepta公司GALGT2基因疗法新药临床获FDA批准

基因君

 

Sarepta公司GALGT2基因疗法新药临床获FDA批准

这种称为GALGT2的疗法,与现有的基因疗法不同,它针对蛋白聚糖,这是与肌萎缩蛋白dystrophin结合的膜蛋白。

作为一种酶,GALGT2将一种称为galNac或N-乙酰半乳糖胺的糖放在特定的蛋白质上,肌营养不良蛋白聚糖就是其中的靶点之一。

GALGT2在非常特定区域的骨骼肌中表达,并且高度集中在运动神经接触肌肉的一个小区域中,称为神经肌肉接头。

它是由肌萎缩蛋白锚定的蛋白质复合物中的一部分,当它移动时,有助于保持肌肉细胞的稳定性.

Sarepta公司最近于11月3日宣布, GALGT2基因疗法的新药临床试验(IND)已被FDA批准。今年年底,将在全国儿童医院开始进行DMD患者的1 / 2a期临床试验

这是在短短10个月后的最新进展。Sarepta在一月份宣布了和全国儿童医院就GLGT2基因疗法项目达成许可协议。

GALGT2疗法,和utrophin疗法类似,是一种替代基因疗法。

这种疗法的以下三点优势:

即使在肌萎缩蛋白dystrophin不存在的情况下,GALGT2的过度表达在动物模型中,也能帮助肌肉正常发挥功能。

其应用范围比较广泛。由于GALGT2针对的不是dystrophin本身,因此,GALGT2项目具有治疗大多数突变导致的DMD疾病的潜力,此外,GALGT2在其他肌营养不良中也具有潜在的应用价值。

GALGT2基因的序列比dystrophin短小。这解决了AAV基因疗法的问题,因为dystrophin比较大,因此无法用腺相关病毒(AAV)转入人体,但在GALGT2就不成问题了。

Sarepta公司进行的其他肌萎缩研究:

除了GALGT2,Serapta现在还在进行其他DMD基因疗法的研究。健点子上周报道,Serapta获得了杜克大学的CRISPR-Cas9基因疗法授权。

杜克大学生物医学工程系副教授Charles Gersbach实验室通过去除或“切除”肌萎缩蛋白基因中的外显子,来恢复肌萎缩蛋白的表达。该疗法可能治疗大多数的DMD患者。

Gersbach博士对此表示,研究还处于早期阶段,但是动物模型已经显现希望。

“虽然CRISPR技术还处在发展早期,但是代表了大部分DMD患者的希望。 切除某些外显子有可能纠正大部分DMD突变。 为了实现这一目标,我们已经在小鼠模型中证明,可以从肌萎缩蛋白基因中切除外显子,导致肌萎缩蛋白的功能性恢复和肌肉力量的提高。”

Serapta并不是唯一一家看好CRISPR/Cas9治疗潜力的公司。其他的领先者包括:

治疗无义突变

Exonics公司设计的CRISPR/Cas9进入细胞内部后,会在dystrophin基因的特定序列上面造成一个单一的切口,然后利用细胞非同源末端连接的方式修复DNA损伤。

这样的修复方式会在基因组上形成新的突变,从而缓解dystrophin外显子跳跃,无义突变或是终止子突变带来的功能缺失。利用细胞非同源末端链接的方式修复dystrophin蛋白的功能是一种非常高效的选择。该疗法也具有治疗多种DMD基因突变的潜力。

但是Exonics公司也坦言,如果突变发生在drstrophin基因的两端,该公司的CRISPR/Cas9疗法可能无法达到理想的效果。

但是人们难免会担心CRISPR/Cas9的脱靶毒性,Exonics公司表示目前还没有检测到脱靶效应。

由于完整dystrophin的基因序列过于庞大,AAV载体无法将全部序列装载,并输入患者体内。因此研究人员另辟蹊径,将具有一定功能的微型dystrophin利用AAV输入患者体内。但是我们需要清醒的认识到,微型dystrophin还是不可能完全替代dystrophin的功能。

上述的多个基因疗法实在是值得我们期待,我们也能看到,单个的基因疗法都存在自己的缺陷,如果能将其组合起来,对症用药,才能达到最好的效果。(生物谷Bioon.com)

基因泰克淋巴瘤新药获批

基因君

基因泰克淋巴瘤新药获批
罗氏(Roche)集团成员基因泰克(Genentech)宣布,美国FDA批准Gazyva(obinutuzumab)与化疗联合用于先前未经治疗的晚期滤泡性淋巴瘤患者(II期庞大、III期或IV期)。在治疗出现缓解的患者随后可单用Gazyva治疗。此次Gazyva获批是基于一项3期临床试验GALLIUM的结果。该研究显示,与初始接受Rituxan(rituximab)作为一线治疗方案的患者相比,接受Gazyva治疗方案的患者具有更优的无进展生存期(PFS)。
滤泡性淋巴瘤是最常见的一种生长缓慢的非霍奇金淋巴瘤(NHL),约占NHL病例的五分之一。这种肿瘤无法治愈,并且经常复发,每次复发后都会变得更加难治,早期的病情进展可能与长期的预后不良有关。今年,美国估计有超过14000例新的滤泡性淋巴瘤病例将被诊断出来。这一患者群体急需一种新的疗法来控制病情。
Gazyva有望为这些患者提供疾病缓解。它是一款可以结合CD20的单克隆抗体,CD20是在某些类型的B细胞上发现的一种蛋白质。它被认为会直接或与身体的免疫系统一起攻击目标细胞。研究Gazyva与其它获批或在研药物(包括癌症免疫疗法和小分子抑制剂)联合抗癌的试验正在一系列血液肿瘤中进行。
Gazyva的疗效在临床试验GALLIUM中获得验证。这是一项全球3期开放性、多中心、随机双臂研究,头对头的试验,比较Gazyva联合化疗、随后单用Gazyva治疗达两年,与Rituxan联合化疗、随后单用Rituxan治疗达两年的疗效和安全性。化疗方案在开始招募前由每个参与研究的地点选择。GALLIUM研究共招募了1385名先前未经治疗的NHL患者,其中1202名是晚期滤泡性淋巴瘤(II期庞大、III期或IV期)患者。经过中位时间为38个月的观察后发现,与Rituxan治疗方案相比,Gazyva治疗方案显着降低疾病恶化或死亡风险28%(独立评审委员[IRC]评估的PFS; HR=0.72, 95%CI: 0.56-0.93; p=0.0118)。
安全性方面,在Gazyva治疗组中最常见的3-5级副作用(在至少5%的患者中发生)包括白细胞计数低、输液反应、白细胞计数低伴有发热和血小板计数低。最常见的副作用(在至少20%的患者中发生)包括输液反应、白细胞计数低、上呼吸道感染、咳嗽、便秘和腹泻。
基于以上数据,Gazyva的补充生物制剂许可申请(sBLA)被授予优先审评资格并于近日获批。目前,Gazyva在美国已经有三种获批的适应症,包括两种常见类型的血癌。
“今天Gazyva的获批对每年数千名诊断出滤泡性淋巴瘤的患者来说是一个重要进步,他们希望尽可能延缓疾病的进展,”罗氏首席医学官兼全球产品开发负责人Sandra Horning博士说:“我们很高兴现在可以为这类无法治愈的血癌患者提供一种效果优于Rituxan的初始治疗选择,这一标准治疗已经使用超过10年。”
我们祝贺基因泰克的这款药获批!也希望这款新药能有效控制滤泡性淋巴瘤患者的疾病复发。(生物谷Bioon.com)

PNAS:重大进展!制定出利用CRISPR/Cas9高效编辑基因组规则

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PNAS:重大进展!制定出利用CRISPR/Cas9高效编辑基因组规则
图片来自Alexandre Paix。

2017年12月3日/生物谷BIOON/—CRISPR/Cas9系统是目前发现存在于大多数细菌与所有古生菌中的一种免疫系统,被用来识别和摧毁入侵的噬菌体和其他的病原体。在这种系统中,CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)的简称。在过去5年里,CRISPR/Cas9作为一种有效切割DNA的工具在科学界广受欢迎。它经改造后用于哺乳动物细胞中。本质上,这种工具是一套精简的分子“剪刀”。

科学家们普遍认为,细胞通过随机地插入一组核苷酸来修复CRISPR/Cas9系统诱导的DNA断裂。这通常会破坏任何位于发生断裂的DNA位点处的基因。

科学家们已知细胞有时利用供者DNA来修复细胞基因组中的断裂。然而,这种供者DNA序列本身不会自我插入到细胞基因组中的空白位点上。相反,这种供者DNA的每个末端都存在着一种同源臂(homology arm)以便封闭这种切割造成的空隙。

这些同源臂由与遗传密码匹配的DNA的完整部分重叠的核苷酸组成。这有助这种供者DNA“粘附到”完整的DNA上。

然而,鉴于供者DNA需要比较长的同源臂(特别是当插入较长的DNA序列、单链DNA或环状DNA时,而且也很难制备出较长的单链DNA和环状DNA),科学家们认为利用供者DNA修复DNA断裂是一种低效的方法。随着科学家们在CRISPR方面积累了更多的经验,关于供者DNA的最佳设计规则和供者DNA的同源臂长度的问题就出现了。

为了解答这些问题,在一项新的研究中,来自美国约翰霍普金斯大学的研究人员将不同的供者DNA组合插入到人胚胎肾细胞中,这些细胞以其生长良好的能力和经常用于癌症研究中而为人所知。他们使用携带着编码一种绿色荧光蛋白的基因的供者DNA,当这种基因成功地插入到细胞基因组中时,这种绿色荧光蛋白就会在细胞的核膜上发出绿色荧光。相关研究结果于2017年11月27日在线发表在PNAS期刊上,论文标题为“Precision genome editing using synthesis-dependent repair of Cas9-induced DNA breaks”。

约翰霍普金斯大学助理研究员Alexandre Paix发现线性DNA片段非常适合作为供者DNA,而且它们在人细胞中编辑DNA的效率比环状DNA(这里指质粒)高2~5倍。Paix说,“线性DNA在实验室中很容易通过PCR扩增法加以制备。”

Paix也测试了不同长度的同源臂。他发现最佳的同源臂长度大约为35个核苷酸(35nt),比科学家们通常使用的要短得多。

具体而言,这些研究人员发现长度为33~38nt的同源臂与长度为518nt的同源臂具有相同的编辑成功率,在最佳条件下产生10%~20%的编辑成功率。相反之下,当他们利用长度为15~16nt的同源臂进行测试时,这种基因插入成功率下降了一半。他们在人基因组的三个不同的位点上重复了这些结果。他们还发现新插入的DNA序列能够长达1000nt(不包括同源臂)。

这些研究人员利用长度为57~993nt的供者DNA序列取得的编辑成功率在10%~50%。更短的供者DNA要比更长的供者DNA取得更高的编辑成功率。比如,长57nt的供者DNA、长714nt的供者DNA和长993nt的供者DNA插入到细胞基因组靶位点上的成功率分别为45.5%、23.5%和17.9%。当长度超过1000nt时,长1122nt的供者DNA和长2229nt的供者DNA具有非常低的插入成功率—大约为0.5%。

约翰霍普金斯大学医学院基础研究副主任Geraldine Seydoux博士说,“在序列长度比较大时,导入编辑所需的供者DNA数量是非常困难的。细胞往往会因具有这么多的DNA而窒息。”

最后,这些研究人员还发现当供者DNA距离CRISPR/Cas9切割位点不到30nt时,编辑成功率达到最高。Seydoux说,“当这种距离超过30nt时,这种插入是不可行的。”

Seydoux补充道,“这些参数应当能够适用于科学家们试图编辑的大多数基因。事实上,大多数实验涉及对距离CRISPR切割位点仅两到三个核苷酸的位置进行编辑。”

这些研究人员也测试了这种方法是否能够在小鼠胚胎中发挥作用。通过使用具有长36nt的同源臂的PCR扩增片段,他们在87种小鼠胚胎中,成功地将一种长739nt的DNA序列(编码一种绿色荧光蛋白)插入到27种小鼠胚胎中。

这些研究人员已正在利用这些修复规则来研究秀丽隐杆线虫中的DNA,而且他们正在研究这些修复规则是否也适用于其他类型的人细胞。

Seydoux说,在这些修复规则被广泛采用之前,它们应当在更多的人细胞类型和其他的有机体中接受测试。(生物谷 Bioon.com)

参考资料:

Alexandre Paix, Andrew Folkmann, Daniel H. Goldman et al. Precision genome editing using synthesis-dependent repair of Cas9-induced DNA breaks. PNAS, Published online: 27 Nov 2017, doi:10.1073/pnas.1711979114

AJHG:重磅!科学家发现能够促进机体肥胖的“滚雪球效应”基因

基因君

2017年12月11日 讯 /基因宝jiyinbao.com/ –日前,一项刊登在国际杂志The American Journal of Human Genetics上的研究报告中,来自麦克马斯特大学的研究人员通过研究发现,如果你拥有较高的体重指数(BMI),那么你机体中或许就有9个基因会让你增重。

AJHG:重磅!科学家发现能够促进机体肥胖的“滚雪球效应”基因

图片来源:medicalxpress.com

研究者David Meyre教授说道,这就好像山顶上的一个小雪球一样,当其从山上滚下来的时候会越滚越大;如果我们将体重指数最低端的10%的人群同最高端的10%人群进行对比的话,这些基因的效应就会被放大四倍,尽管在高收入国家中人群的平均体重指数不断增加的趋势已经趋于稳定,但研究者在文章中指出,极端形式的肥胖案例仍然在不断增加,处于病态肥胖的人群患多种疾病的风险也相对较高,比如糖尿病、心血管疾病、高血压、癌症和过早死亡等。

诸如不健康饮食、不锻炼以及遗传因素等因子在这些疾病的发病上也扮演着关键角色,而50%至80%的体重指数都和机体自身的遗传因素直接相关。文章中,研究人员对75230名具有欧洲血统的成年人机体中的37个基因进行研究发现了其中9个基因都具有这种滚雪球效应。这些基因或许能够帮助解释为何有些人会在其一生中经历不受控制且持续的体重增加,尽管他们采用了不同的治疗手段,一种可能性的解释就是滚雪球式的肥胖基因和风险性环境因素之间或许存在一定的相互作用。

研究者指出,对于高度遗传性肥胖的人群应该首先考虑有效预防其发胖,当然,对于携带这些基因的人群而言,通过合适的生活方式来有效控制其体重指数处于较低水平,或许就能够有效降低机体中滚雪球式肥胖基因的效应了。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Arkan Abadi, Akram Alyass, Sebastien Robiou du Pont, et al. Penetrance of Polygenic Obesity Susceptibility Loci across the Body Mass Index Distribution. The American Journal of Human Genetics (2017). DOI: 10.1016/j.ajhg.2017.10.007 

“基因魔剪”首批临床试验将展开

基因君

 

“基因魔剪”首批临床试验将展开

《麻省理工技术评论》杂志官网19日的一篇报道,对2018年“基因魔剪”研究进行了展望——鉴于从2013年科学家首次使用CRISPR-Cas9编辑人类活细胞以来,其治疗疾病的可能性似无止境,预计明年首批临床试验将在美国和欧洲展开。

过去几年,CRISPR发展速度惊人,各公司纷纷将该技术商业化,而欧洲和美国的患者更有可能在2018年接受这种新型治疗方法。欧洲约有1.5万人患有β地中海贫血症,美国约有10万人患有镰状细胞病,两种疾病都是由基因突变引起的遗传性疾病。科学家希望利用这项技术修复人体DNA中的遗传错误,从而从根源上治疗疾病。

美国一家名为“CRISPR治疗”的公司,是第一家获得欧洲监管机构许可在明年开展临床试验的公司,其将利用CRISPR技术解决β地中海贫血患者的遗传缺陷。该公司还计划在明年上半年向美国食品和药物管理局(FDA)申请批准CRISPR治疗镰状细胞病的临床试验

斯坦福大学医学院研究人员也在推进CRISPR治疗镰状细胞病的临床试验,预计可于2018年获得FDA批准,并于次年开始试验。但其方法与“CRISPR治疗”公司不同。

此外,宾夕法尼亚大学去年也获得了美国国立卫生研究院和FDA的许可,使用CRISPR来治疗黑色素瘤、肉瘤和多发性骨髓瘤。但其拟议的方法需删除病人的T细胞,现在整个试验陷入停滞。“爱迪塔斯医药”公司曾宣布率先用CRISPR治疗遗传性失明,但其临床试验计划因故推迟。中国也在进行一些试验,针对的是不同类型的癌症,但尚未公布任何早期结果。

耶鲁—纽黑文医院先进细胞疗法实验室主任艾利克斯·博森涅夫表示,“该领域目前对临床试验可能出现的结果过于乐观”,估计到2019年才会真正有所起色。(生物谷Bioon.com)

基因疗法重编程β细胞,实现血糖水平长期正常!

基因君

基因疗法重编程β细胞,实现血糖水平长期正常!
【基因疗法使糖尿病小鼠血糖恢复正常】1型糖尿病是一种慢性疾病,其中免疫系统攻击和破坏胰腺中产生胰岛素的β细胞,导致高血糖水平。“细胞干细胞”1月4日发表的一项研究表明,基因治疗方法可以在糖尿病小鼠中导致功能性β细胞的长期存活以及长时间的正常血糖水平。研究人员利用腺相关病毒(AAV)载体将两种蛋白质Pdx1和MafA递送到小鼠胰腺中,Pdx1和MafA将丰富的α细胞重编程为功能性的产生胰岛素的β细胞。
匹兹堡大学医学院的高级研究作者George Gittes说:“这项研究基本上是临床上可实现的,对自身免疫糖尿病的简单单一干预的首次描述,导致正常的血糖,重要的是没有免疫抑制。 “在可预见的未来,1型和2型糖尿病患者的临床试验是相当现实的,糖尿病逆转以及患者进行AAV基因治疗的可行性是相当令人激动的。”
全世界大约有9%的成年人患有糖尿病,这会导致严重的健康问题,如心脏病,神经损伤,眼睛疾病和肾脏疾病。糖尿病治疗的一个基本目标是保存和恢复功能性β细胞,从而补充称为胰岛素的激素水平,其将血糖转移到细胞中以促进其能量需求。但在1型糖尿病患者中,β细胞替代疗法很可能注定失败,因为新细胞可能成为破坏原始细胞的同一自身免疫的受害者。
这个问题的一个可能的解决方案是将其他细胞类型重新编程成功能性的β样细胞,其可以产生胰岛素但是不同于β细胞,因此不被免疫系统识别或攻击。为了探索这种方法的可行性,匹兹堡大学医学院的Gittes和第一作者Xiangwei Xiao设计了一种AAV载体,向小鼠传递胰腺蛋白质(称为Pdx1和MafA,它们支持β细胞的成熟,增殖和功能)。目标是从胰腺α细胞产生功能性β样细胞,这可能是β细胞替代的理想来源。例如,α细胞丰富,类似于β细胞,处于正确的位置,所有这些都可以促进重编程。
通过比较正常β细胞和源自α细胞的产生胰岛素的细胞的基因表达模式,研究人员证实几乎完全的细胞重编程。这种基因治疗方法在糖尿病小鼠中恢复了长时间的正常血糖水平,通常约四个月,新的产生胰岛素的细胞几乎全部来自α细胞。而且,该策略成功地从人类α细胞中产生功能性的产胰岛素的细胞。
Gittes说:“病毒基因疗法似乎创造了这些新的产生胰岛素的细胞,这些细胞对自身免疫攻击相对有抵抗力。 “这种抵抗似乎是由于这些新细胞与正常胰岛素细胞稍有不同,但没有如此不同以至于不能很好地发挥作用。”
这种方法的几个特点可以促进其在人类中的转化。首先,本研究中使用的AAV载体目前正在进行各种人类基因治疗试验。此外,病毒载体可以通过常规进行的非手术内窥镜程序直接递送至人类胰腺;然而,这个程序可以引起胰腺炎症。另外,不需要免疫抑制,所以患者可以避免相关的副作用,如感染风险。
然而,一个主要的担心是小鼠最终会回到糖尿病状态,这表明这种治疗方法不能代表该疾病的明确治疗方法。 Gittes说:“对小鼠复发性糖尿病的保护并不是永久性的,尽管一些研究表明在小鼠中的过程高度加速,所以在小鼠中4个月可能会相当于人类中的几年。”
目前,研究人员正在灵长类动物测试他们的方法。 Gittes说:“如果我们能够在非人类灵长类动物中表现出疗效,我们将开始与FDA合作,获得在1型和2型糖尿病患者中使用这种病毒基因疗法的批准。”(生物谷 Bioon.com)

Nat Genet: 你为什么胖?可能是这个基因发生了突变!

基因君

2018年1月13日讯 /基因宝jiyinbao.com /——研究人员已经找到了一个和肥胖相关的基因发生的突变,为人类对抗这种全球流行的疾病提供了新的治疗方向。

Nat Genet: 你为什么胖?可能是这个基因发生了突变!

研究导致肥胖及相关疾病的遗传因素对于找到疾病的治疗方法至关重要。尽管目前已经有一些药物在进行试验,但是找到引起肥胖的特定基因突变将帮助科学家们找到可以特异性靶向这些基因的药物。

这项新研究由帝国理工大学领导,并于近日发表在Nature Genetics上,研究人员聚焦于巴基斯坦的肥胖儿童,此前该研究团队已经发现这些人群中30%的病例存在遗传联系。

基因与肥胖之间存在联系是因为像巴基斯坦这样的地区近亲关系更多,从而导致隐形突变更容易遗传。这是由于血缘关系越近的人群越容易携带相同的突变,因此孩子更可能遗传到两个隐性基因突变,从而产生相应的疾病。

这项新研究使用了基因测序,结果发现一个与肥胖相关的基因(腺苷酸环化酶3,ADCY3)发生了突变。当ADCY3发生突变之后,它编码的蛋白发生异常,无法正常工作。这就导致与饮食控制、糖尿病甚至嗅觉相关的功能异常。

帝国理工大学遗传医学系主任Philippe Froguel教授说道:“早前在缺失ADCY3的小鼠身上进行的的研究发现这些小鼠出现肥胖症状,同时缺失嗅觉功能(嗅觉缺失症)。当我们对病人进行检测时,我们发现他们也患有嗅觉缺失症,同时我们再一次发现这和ADCY3突变相关。”

目前认为ADCY3会影响一个将下丘脑与生成荷尔蒙联系在一起的系统,这些荷尔蒙调节一系列生理功能,如胃口。

在巴基斯坦病人身上发现这些突变之后,研究人员将他们的结果输入到GeneMatcher中,Froguel教授将之描述为基因婚介所。这引起了荷兰另一个研究团队的注意,该团队联系他们并描述了他们在一个糖尿病人身上关于ADCY3的发现。

这个新的欧洲病人遗传了父母同一个ADCY3基因上的不同突变,因此他的ADCY3基因无法正常工作,从而导致了肥胖。

同时丹麦一组研究格陵兰岛因纽特人的科学家也发现了相似的联系。尽管不是传统意义上的血亲关系,但是由于人群较少,因此更容易发生近亲结婚。这项研究也发现ADCY3突变与肥胖之间存在联系,相关研究也同时发表在Nature Genetics上。Froguel教授强调,这种合作非常有价值,尤其表现在研究和发现的可重复性方面。

Froguel教授补充道:“肥胖不总是由于暴饮暴食。我认为我们应该对新疗法的到来报以期望。这种关于肥胖起因和治愈的探索是帝国理工研究人员和医学系的动力所在。”(生物谷Bioon.com)

原文出处:

Sadia Saeed et al, Loss-of-function mutations in ADCY3 cause monogenic severe obesiy, Nature Genetics (2018). DOI: 10.1038/s41588-017-0023-6

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