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IOVS:利用基因疗法治疗青光眼有效!蛋白酶体抑制增加眼睛小梁网中的基因运送效率

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2018年1月19日/生物谷BIOON/—当通过降低眼内压力来测试治疗青光眼的基因时,来自美国威斯康星大学麦迪逊分校的研究人员偶然发现了一个问题:他们无法有效地将基因运送到控制眼内液体压力的细胞中。基因仅在进入细胞之中才能够发挥作用。

青光眼是最为常见的致盲性疾病之一,是由于眼内压力过高造成的,其中眼内压力过高通常是眼睛中的液体排出管(fluid drain)堵塞引起的。威斯康星大学麦迪逊分校眼科与视觉科学教授Paul Kaufman说,“大多数青光眼病例能够通过每日药物处理来加以治疗。在理论上,替代性基因可能恢复持续多年的正常液体流动,而无需每天自行给予眼药水,毕竟后者是不便利的,而且可能具有局部的甚至全身的副作用。

如今,在一项新的研究中,Kaufman和威斯康星大学麦迪逊分校眼科与视觉科学教授级研究员Curtis Brandt展示了一种改进的将新的基因运送到这种被称作小梁网(trabecular meshwork)的液体排出管中的策略。相关研究结果发表在2018年1月的Investigative Ophthalmology and Visual Science期刊上,论文标题为“Proteasome Inhibition Increases the Efficiency of Lentiviral Vector-Mediated Transduction of Trabecular Meshwork”。

IOVS:利用基因疗法治疗青光眼有效!蛋白酶体抑制增加眼睛小梁网中的基因运送效率
图片来自Investigative Ophthalmology and Visual Science, doi:10.1167/iovs.17-22074。

这些研究人员一直在测试一种基于猫免疫缺陷病毒(FIV)的载体来运送基因。与相关的人类免疫缺陷病毒(HIV)一样,FIV能够将基因插入到宿主的DNA中。然而,眼睛对FIV产生的先天性免疫防御干扰这种基因运送。

病毒颗粒含有包裹在被脂质膜包被的蛋白外壳中的基因。Brandt说,在病毒进入细胞并脱落它的脂质膜之后,来自宿主的防御分子能够“将这种病毒颗粒拖到细胞的被称作蛋白酶体的垃圾处理厂中,在那里它被降解。我们想知道暂时地阻断蛋白酶体是否能够阻止这种基因运送载体遭受破坏从而增强基因运送。”

在当前的这项研究中,这些研究人员在存在或不存在一种阻断蛋白酶体的化学物的情形下,将携带一种标记蛋白的FIV病毒放置在小梁网的细胞上。

Brandt说,在超过剂量阈值时,这种处理方法将基因转移到靶细胞中的效率增加一倍。这些新的基因也在整个小梁网组织中更加均匀地扩散。运送更多的基因拷贝应该提供更大的治疗效果,打开小梁网中的液体排出管,从而降低眼内压力。

Brandt说,当前的这项研究关注的是用于基因转移的工具,而不是基因本身。但是,他说,即使在当前的这项研究之前,他和考夫曼“已经鉴定出至少两个可能疏通这种液体排出管的基因”。

Brandt说,在进行基因替换和治愈疾病的长期斗争中,“眼睛是最成功的故事之一”。一种被称作利伯氏先天性黑内障(Leber’s congenital amaurosis)的致盲性眼病会破坏让感光细胞保持健康的细胞的功能;替换发生突变的基因已保存甚至改善了年轻患者的视力。如今,这种基因疗法正在等待美国食品药物管理局(FDA)的批准。

为了阻止病毒注射带来的危险,Brandt说,“我们几乎移除了这种病毒中的所有基因,因此它没有机会从最初注射的地方进行复制和扩散。”

虽然这种技术确实干扰了眼睛的抗病毒免疫防御,但这种影响是暂时的。Brandt说:“眼睛一旦遇到这种药物,那么它就会被代谢掉,这样先天性免疫抑制就会消失。”

Brandt说,“我们证实这种策略确实在眼部器官培养物中发挥作用。一旦我们进一步开展效率研究并鉴定出要运送哪种基因,那么我们很可能准备好迈向临床试验阶段。”(生物谷 Bioon.com)

参考资料:

Zeynep Aktas, Hongyu Rao, Sarah R. Slauson et al. Proteasome Inhibition Increases the Efficiency of Lentiviral Vector-Mediated Transduction of Trabecular Meshwork. Investigative Ophthalmology and Visual Science, January 2018, 59(1):298-310, doi:10.1167/iovs.17-22074

2018基因编辑与基因治疗国际研讨会日程安排

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小编推荐会议:2018基因编辑与基因治疗国际研讨会

前言:2018基因编辑与基因治疗国际研讨会将于2018年3月24日到25日在上海召开,欢迎大家过来参会!

2003年,深圳赛百诺基因技术有限公司推出了p53 抗癌注射液Gendicine(又名“今又生”, 重组人p53腺病毒注射液),由我国SFDA批准上市,它也成为了全世界第一个正式用于临床基因治疗的药物, 用于治疗头颈部肿瘤的基因疗法药物。
 
2012年10月, 荷兰UniQure生产的Glybera获得欧盟批准,治疗超级罕见病脂蛋白酯酶缺乏症。
 
2014年,Glybera正式上市
 
2016年5月,葛兰素史克公司(GSK)的Strimvelis在欧洲上市,成为全球首个用于治疗儿童腺苷脱氨酶重症联合免疫缺陷(ADA-SCID)的基因疗法
 
2016年9月,Sarepta Therapeutics的Eteplirsen被FDA批准,成为首个治疗杜氏肌营养不良(DMD)的基因治疗药物
 
2016年12月,首个治疗脊髓性肌萎缩症( SMA)的基因治疗药物也被FDA批准
 
2017年11月,首个针对运甲状腺素蛋白(TTR)的在研RNAi疗法patisiran颁发了突破性疗法认定(BTD)
 
以CRISPR-Cas9为代表的基因编辑技术从发现到应用, 至今已经走过5年多的时间。毋庸置疑,它开辟了生命医学研究的一个新时代。然而,如何规范基因编辑技术的合理应用,如何促进基因编辑技术的临床转化,是值得探讨的问题。另外也有许多科研工作者和临床医生关心基因治疗的临床进展。为此,生物谷将举办2018基因编辑与基因治疗国际研讨会,邀请国内外一线专家, 临床医生深入研讨,推动交流与合作。
 
主办单位:生物谷

支持单位:深圳细胞治疗技术协会

时间:2018-3-24到25日

地点:上海好望角大酒店(肇嘉浜路500号)

官网:http://meeting.bioon.com/2018GeneEditing?__token=richen

以下是本次研讨会的日程安排:

2018年3月24日
 
08:55-09:00 开幕致辞(TBD)
 
09:00-09:40 应用CRISPR和大数据挖掘技术筛选新药(拟) 刘小乐 哈佛大学公共卫生学院生物统计与计算生物学系终身正教授

09:40-10:20 利用基因编辑敲除CAR-T细胞免疫检查点 王皓毅 中国科学院动物研究所基因工程技术研究组组长

10:20-10:40 茶歇&展台参观
 
10:40-11:20 演讲题目待定 谢震 清华大学特别研究员

11:20-12:00 基因编辑在疾病模型建立及疾病治疗中的应用 杨辉 中科院神经所研究员

12:00-14:00 午餐&休息
 
14:00-14:40 Using stem cell and gene editing techniques to study and treat aging-associated disorders  刘光慧 中国科学院生物物理研究所教授

14:40-15:20 基因编辑大规模筛选在多能干细胞肝向分化和肝脏再生研究中的应用 丁秋蓉 中科院上海生命科学研究院研究员

15:20-15:40 茶歇&展台参观
 
15:40-16:10 脊髓性肌萎缩症新药Spinraza的研发与现状 华益民 苏州大学神经科学研究所教授

16:10-16:50 TBD
 
16:50-17:30 圆桌讨论:
面对基因编辑技术的快速发展与基因治疗取得的临床突破,我们是否做好了准备?(技术的安全性、有效性、如何监管以及医保支付)
 
2018年3月25日

09:00-09:40 微生物基因编辑技术及在合成生物学中的应用 温廷益 中国科学院微生物研究所研究员

09:40-10:20 基因治疗leber遗传性视神经病变 李斌 华中科技大学同济医院教授、主任医师

10:20-10:40 茶歇&展台参观
 
10:40-11:20 基因治疗 1 型糖尿病(拟) 赵子建 广东工业大学教授

11:20-12:00 Synthetic designer cells for biomedical applications 叶海峰 华东师范大学生命科学学院教授

12:00-14:00 午餐&休息
 
14:00-14:40 基因治疗的非病毒与病毒载体系统 蔡宇伽 上海交通大学研究员

14:40-15:20 我国原发性免疫缺陷病诊治现状 陈同辛 上海儿童医学中心主任医师、教授

15:20-15:40 茶歇&展台参观
 
15:40-16:10 TBD
 
更多详情请点击:阅读原文

《自然》:基因治疗再显神威!改造干细胞换掉7龄童80%的皮肤,治愈罕见病,堪称现代版「画皮」

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《自然》:基因治疗再显神威!改造干细胞换掉7龄童80%的皮肤,治愈罕见病,堪称现代版「画皮」
不知出于什么缘故,奇点糕一直有些怕蛇,所以如果在看动物纪录片时这些冷血杀手们上了镜,就会毫不犹豫的换台。不过任何生灵都不易,蛇也有必须读过的难关,那就是蜕皮了。只有痛苦地蜕去旧皮,蛇才能继续生长。
人不需要经历蜕皮,可惜世界上偏偏有那么一种疾病——大疱性表皮松解症(EB),只要轻轻一碰,患者的皮肤表层就会形成水疱,损伤脱落,这种每时每刻都在发生的痛苦远比蛇的蜕皮要惨烈,因此有人将这种疾病称为“不为人知的最恶疾病”。(奇点糕友情提示,心理承受能力不足者请不要搜索疾病图片,也不要取关奇点糕,手动比心)
在EB患者的世界里,滑梯等于让全身皮开肉绽的酷刑
叙利亚小男孩哈桑就是一名不幸的遗传性EB患者,因为祖国的战火,他和全家一起随难民大潮逃亡到德国,逃难的坎坷让哈桑的病情进一步恶化。当2015年6月被收入波鸿鲁尔大学儿童医院时,哈桑全身的表皮已经脱失了60%,身上到处是血红的伤口,且多处严重感染,生命危在旦夕,德国医生们也束手无策。
哈桑的父母不希望就此放弃,告知医生们愿意用试验性的新疗法给儿子最后的机会。一通跨国电话联系到了意大利摩德纳大学的Michele De Luca教授,2006年,他的团队曾成功用植皮手段治疗了一名EB患者的腿部小范围皮肤创伤[1],但哈桑的状况比那位患者严重得多,且随着病情进展,他的表皮脱失已达到80%,用死马当活马医来形容哈桑父母的决定,应该不算夸张。
而两年后,哈桑再也不会经历噩梦般的痛楚了。他已经重回学校,过上了与其他孩子几乎无异的生活,甚至开始踢起了足球。这一堪称奇迹的治疗结果无疑是基因治疗领域的又一大突破性进展!论文刊登在了今天的《自然》上[2]。
同是来自叙利亚,痊愈的哈桑心中的偶像,会不会是难民球星达胡德呢?
虽然遗传性EB的发病机制和相关基因突变已较为明确,但目前仍是一种无药可医的疾病,多种新药都遭遇了临床试验挫折[3]。基因治疗成为了这种发病率约为两万分之一[4]的疾病患者苦苦等待的希望,而哈桑所患的交界型EB则是该病众多表型中预后最为不良的之一,约有40%的患者会因各种并发症活不到成年[4],且表皮的不断脱落和修复也会显着增加患者皮肤癌的发病风险。
从疾病表现来说,EB患者的皮肤状况与重度烧伤颇有相似之处,而植皮手术已经广泛用于烧伤患者的治疗。1981年,哈佛大学的Howard Green教授首次使用“实验室表皮”挽救了两名全身烧伤面积超过90%患者的生命[5],而De Luca教授正是Green教授曾经的门生,对哈桑治疗采用的就是传承自Green教授的体外表皮培养技术。
最早成功应用体外表皮培养技术的哈佛大学教授Howard Green(左,已故)和他的门生,本次治疗的主导者和论文通讯作者Michele De Luca教授
但对于EB患者来说,单纯移植人工表皮还是不够的,因为残留的表皮仍携带着致病的基因突变,会导致植入的表皮难以存活并实现正常功能。因此De Luca教授决定结合基因治疗这一新时代的利器,对已明确突变类型的部分类型EB患者开展“转基因植皮”治疗,但这种方法从未在像哈桑这样病情严重的患者身上进行尝试,因此还事先报请了德国相关部门的批准。
在确定哈桑存在LAMB3的致病基因突变后,医生们从他的腹股沟区获取了邮票大小的正常表皮,先用逆转录病毒载体将正常的LAMB3基因整合到表皮角质细胞中,再以这些已被修复缺陷的角质细胞作为“种子”进行实验室培养,得到最终移植所用的表皮。在第一次手术移植的四肢表皮顺利成活并自我再生后,医生们又对哈桑进行了两次植皮手术,总计给哈桑成功换掉了80%的身体表皮!
培养出的“人造表皮”就是这样
在哈桑2016年2月基本痊愈出院后,医生们又进行了长达21个月的随访以确定治疗效果,先后进行3次皮肤活检的结果显示,移植到哈桑体内的表皮功能一切正常,而且体内也几乎探测不到致病基因突变编码的异常蛋白质Laminin 332-β3和异常自身抗体,治疗大获成功!
进一步的分析显示,移植表皮中一小部分被称为全克隆细胞(Holoclone)的干细胞在表皮成活中起到了关键的作用,在移植的角化细胞大部分凋亡后,这些细胞可以继续分化增殖,产生表皮中几乎全部的新生细胞,因此研究人员认为,今后可以让这类干细胞成为“转基因植皮”的主角[6]。
移植完成的几个月后,表皮细胞基本都是由Holoclone细胞产生的了
当然,许多EB患者存在的基因突变与哈桑并不相同,但这并不是什么难题。两周前奇点糕曾给大家介绍过,基因编辑进入了单碱基时代:《科学》《自然》双重磅:见证历史!华人科学家把基因编辑带入单碱基时代!人类拿起了上帝的手术刀 | 科学大发现
将CRISPR等基因编辑技术与表皮培养技术进一步结合应用,就真的有望得到彻底攻克EB的杀手锏了。美国EB研究协会的执行主席Brett Kopelan就表示:“虽然这只是一例治疗成功,但对于EB患者们来说无疑是翻天覆地的改变,如果这种治疗方法能正式上市,无疑会受到EB患者的热烈欢迎。”
目前De Luca教授已经联合了斯坦福大学同样在进行植皮治疗EB[7]的团队,准备开展更大规模的临床试验。奇点糕也真心希望,这种“转基因植皮”的妙招可以用到更多与基因缺陷相关的皮肤病上,解除众多患者的漫长痛苦。(生物谷Bioon.com)

OXB与Bioverativ合作开发血友病基因疗法

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OXB与Bioverativ合作开发血友病基因疗法
血友病为一组遗传性凝血功能障碍的出血性疾病,其共同的特征是活性凝血活酶生成障碍,凝血时间延长,终身具有轻微创伤后出血倾向,重症患者没有明显外伤也可发生“自发性”出血。
专注基因和细胞治疗的生物医药公司Oxford BioMedica(OXB)日前宣布,该公司与Bioverativ公司达成一项重要的新合作和许可协议,开发和生产用于治疗血友病的慢病毒载体。该协议包括许可Bioverativ使用OXB专有的LentiVector Enabled技术和其工业规模的制造技术。
根据协议条款,OXB公司将从Bioverativ获得500万美元的预付款,以及1亿美元的多项里程碑付款。Bioverativ还将资助Oxford BioMedica的慢病毒载体血友病产品的工艺开发和扩大生产。该协议还允许双方在OXB公司生产GMP标准的血友病产品达成临床供应协议。
OXB首席执行官John Dawson先生在评论这一消息时表示: “今天的新闻证明了我们的LentiVector Enabled平台的价值,以及我们在临床和商业级的慢病毒载体产业规模上的领先能力和声誉。Bioverativ在血友病基因治疗方面的投资凸显了慢病毒载体用于体内基因治疗的潜力。这项新的合作价值可能超过1亿美元,证明了OXB与行业领导者建立多种合作伙伴关系的战略是正确的,并将支持集团的持续增长。OXB公司被公认为慢病毒载体开发和生产领域的全球领先企业,我们很高兴能够支持Bioverativ开发治疗血友病的基因治疗产品。”
我们祝贺两家公司的合作,也期待有新型的基因治疗方法来缓解血友病患者的病痛。(生物谷Bioon.com)

科学家绘制基因图谱揭秘大象“杂交史”

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科学家绘制基因图谱揭秘大象“杂交史”

一个国际科研团队最新的研究报告说,通过绘制大象基因组图谱,他们发现大象数百万年的进化过程复杂,曾存在广泛的种间杂交。

这项研究由美国、加拿大、德国、瑞典等国的研究人员联合展开,他们对现存和已灭绝的象类的14个基因组进行了测序,其中已灭绝的有美洲乳齿象、古棱齿象、哥伦比亚猛犸象和真猛犸象,现存的有亚洲象、非洲森林象和非洲草原象。

这项26日发表在美国《国家科学院学报》上的研究显示,古棱齿象混合了古非洲象、真猛犸象和非洲森林象的基因。

此外,哥伦比亚猛犸象和真猛犸象之间也有杂交现象,尽管两者体型和栖息地不同。研究人员推测,在当时覆盖大陆大部分地区的冰川与北美洲温带地区交汇的地方,真猛犸象与哥伦比亚猛犸象相遇。

研究报告作者之一、加拿大麦克马斯特大学进化遗传学家亨德里克·波伊纳说:“基因组数据表明,大象的进化并非以有组织的、线性的方式展开。”

在现存的大象中,关于非洲森林象和非洲草原象是否是两种不同的物种,学术界一直存在争议。新研究发现,非洲森林象和非洲草原象不存在杂交的基因证据,尽管两者的栖息地相邻,但它们在过去50万年中近乎完全隔绝繁衍。

研究人员表示,未来将继续研究新基因的引入是否有利于大象适应新栖息地和波动变化的气候。(生物谷Bioon.com)

Science:任性!基因组中的一些CpG故意地发生半甲基化

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2018年3月12日/生物谷BIOON/—在一项新的研究中,来自美国埃默里大学的Chenhuan Xu和Victor Corces发现基因组中的一些CpG位点能够故意地而不是偶然地发生半甲基化(hemimethylated)。相关研究结果发表在2018年3月9日的Science期刊上,论文标题为“Nascent DNA methylome mapping reveals inheritance of hemimethylation at CTCF/cohesin sites”。在这篇论文中,这两名研究人员描述了他们对DNA甲基化和在DNA复制后子链中的半甲基化DNA命运的研究。日本综合医学科学中心发育遗传学小组的Jafar Sharif和Haruhiko Koseki针对这项研究在同期Science期刊上发表了一篇观点类型的标题为“Hemimethylation: DNA’s lasting odd couple”的论文。

Science:任性!基因组中的一些CpG故意地发生半甲基化
图片来自Christoph Bock, Max Planck Institute for Informatics。

DNA甲基化(甲基添加到DNA分子上)是一种修饰,用于调节植物和动物中的基因转录、胚胎发育和细胞分化。在动物(特别是哺乳动物)中,甲基化对称性地发生在CpG二核苷酸上,这导致CpG组分上相应的胞嘧啶碱基发生甲基化。但是,正如这两名研究人员指出的那样,这个过程在DNA复制过程中停止了,在这段时间内,一条未甲基化的子链和一条甲基化的母链一起工作,从而产生半甲基化的CpG二联体。此时的DNA就被称作半甲基化的DNA(hemimethylated DNA)。

之前的研究已表明这种半甲基化的DNA通常倾向于发生完全甲基化,或者在某些情况下通过稀释而发生去甲基化。但是,大约10%的滋养层细胞或胚胎干细胞仍然保持半甲基化。在此之前,这是出于简单的偶然性还是有其他的过程在发挥作用一直是个谜。在这项新的研究中,这两名研究人员发现至少有一些半甲基化的事件是故意发生的。再者,他们发现半甲基化的事件是遗传性的而且是在几次细胞分裂过程中发生的。

为了更多地了解关于这个过程的信息,这两名研究人员绘制出三类DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase, DNMT)靶向的DNA甲基化组(methylome),这显示了DNMT和子链中的胞嘧啶之间发生一些相互作用。他们还证实在多能性细胞的相互作用位点上,CpG半甲基化具有遗传性。更具体地说,他们发现在DNA复制过程中,在复制叉处,半甲基化的DNA被UHRF1(一种读取蛋白)结合,此后,DNMT1经招募后用于将半甲基化的CpG转化为对称性甲基化。这会重新恢复DNA复制之前存在的原始的对称性甲基化。他们还发现DNMT1结合的新生DNA片段绝大部分是半甲基化的。这提示着半甲基化实际上可能起着稳定染色质相互作用的作用。(生物谷 Bioon.com)

参考资料:

Chenhuan Xu, Victor G. Corces. Nascent DNA methylome mapping reveals inheritance of hemimethylation at CTCF/cohesin sites. Science, 09 Mar 2018, 359(6380):1166-1170, doi:10.1126/science.aan5480

Jafar Sharif, Haruhiko Koseki. Hemimethylation: DNA’s lasting odd couple. Science, 09 Mar 2018, 359(6380):1102-1103, doi:10.1126/science.aat0789

首个人类试验发现基因疗法治疗庞贝氏症中肺功能障碍是安全的

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首个人类试验发现基因疗法治疗庞贝氏症中肺功能障碍是安全的

近日来自佛罗里达大学健康系统(Universityof Florida Health)的研究者们发现,一种治疗早发型庞贝氏症(Pompe disease)呼吸问题的基因疗法在首个人体试验中被证明是安全的。这种遗传病会造成一种复合糖在细胞内积聚,导致肌肉和神经细胞功能异常。

该疗法使用一种无害的腺相关病毒将受影响基因的功能性拷贝递送到存在呼吸问题的患者膈肌肌肉细胞。佛罗里达大学鲍威尔基因疗法中心(UF Powell Gene Therapy Center)主任、佛罗里达大学医学院儿科学教授Barry J. Byrne博士说:“9名患者完成该临床试验,没有出现不良反应,且呼吸功能得到改善。”这项研究成果近期发表于《人类基因疗法临床发展》(Human Gene Therapy Clinical Development)杂志上。

庞贝氏症目前无法治愈,全球每4万人中就有1人罹患此病。患者因基因突变不能合成一种分解复合糖(糖原)的蛋白质,而糖原被储存用于能量生产。多余的糖积累会导致心脏和呼吸问题以及肌肉无力。

佛罗里达大学健康系统研究者们较早时候发表的论文建立了他们基因疗法的有效性:9名参与试验的患者呼吸功能与仅做呼吸锻炼的患者相比有所改善。此次的安全性发现延续了之前的研究。

Byrne说,基因疗法较之需要定期静脉输注的酶替代疗法是一个重大进展。虽然酶疗法可以减轻症状并防止长期损伤,但价格昂贵而且不能解决庞贝氏症中的神经问题。目前的酶替代疗法无法穿透血脑屏障。

恢复神经元或神经细胞中的基因功能是尤为重要的,因为这影响着肌肉细胞功能和信号传导。

“我们方法的基础是:我们知道当全身治疗时,基因疗法载体实际上会进入大脑,并纠正在庞贝氏症中与肌肉细胞有相同缺陷的神经元,”该研究第一作者、佛罗里达大学健康系统研究员Manuela Corti博士说道。

在最近的研究中,患者被分为两组,给予不同剂量和数量的基因疗法治疗。两组都没有任何归咎于疗法的不良反应。一名患者因脑出血死亡,但被认为与基因疗法无关,而是疾病发展的一部分,研究者们报告道。

一个值得继续研究的问题是基因疗法(疗效)的持久性。Byrne说,孩子的生长可能会减少基因疗法的治疗效果,意味着效果在学龄儿童中可能维持5-10年,而婴儿则可能时间更短,除非后续再次接受治疗。

下一步,研究者们将于明年夏天进行一项试验,通过静脉给药全身性测试该基因疗法。Corti说美国国立卫生研究院(NIH)已经批准了3年期拨款,患者招募工作将在短期内开始。通过静脉给药,研究者们期待治疗大部分受影响的组织,包括神经组织、心脏、膈和外周肌肉。他们还将应用免疫抑制剂来预防对治疗的潜在反应并允许将来重复给药。研究者们说,这种方法将解决治疗持久性有限的问题。该研究将与NIH合作者一同进行。(生物谷Bioon.com)

《Nature Methods》终于撤稿斯坦福大学基因编辑造成突变最具争议性文章!该领域的几十位顶尖学者纷纷出示证据回应!

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《Nature Methods》终于撤稿斯坦福大学基因编辑造成突变最具争议性文章!该领域的几十位顶尖学者纷纷出示证据回应!

 

基因编辑技术无疑是人类最了不起的发明之一,而基于CRISPR的第三代基因编辑技术更是可以称之为分子生物学上的耀眼明珠,其在生物医学领域的应用之广泛,少有其他的生物医学技术能够望其项背。

正是因为其显示出的巨大应用的前景,因此,基因编辑技术的一举一动似乎都在人们的“众目睽睽之下”。

人们对CRISPR基因编辑技术寄予厚望,希望能够借此攻克诸多疾病,目前也有一些临床实验正在进行。

既然要应用于人体,那么,自然就会问,“它安全吗?”

因此,去年(2017年)由斯坦福大学、哥伦比亚大学、爱荷华州立大学等研究机构的研究者们在《Nature Methods》上面的发表一篇题目为“Unexpected mutations after CRISPR–Cas9editing in vivo”的文章,其得出的研究结论表明CRISPR-Cas9基因编辑会在小鼠体内造成基因组意想不到的基因突变。

当时,这些研究者们本来是希望通过CRISPR-Cas9基因编辑技术来修正带有Pde6b基因突变的小鼠动物模型,在将Pde6b基因的突变修复之后(即Pde6b基因的突变的小鼠通过CRISPR-Cas9基因编辑之后变成了Pde6b基因正常的小鼠),这些研究者们并没有就此打住,而是进一步通过测序的方法进一步去检测小鼠基因组上面的单核苷酸变异(single-nucleotide variants, SNVs)。

结果,意想不到的是,经过基因编辑的小鼠相比于对照组小鼠竟然携带了上千个单核苷酸变异SNVs。

彼时,这篇文章一发表出来,就引起了全球广泛关注和对基因编辑技术安全性的广泛担忧,对该领域造成了巨大的负面效应。

著名期刊《Nature Methods》确实也搞了一个大新闻了!

不过很快,就有该领域的许多研究者们怀疑这篇文章的结论。

当然,这样的文章对于该领域的领头羊公司Intellia Therapeutics和Editas Medicine更是产生了巨大的杀伤威力-股价暴跌!毕竟绝大多数股民朋友只知道这是能够改变人类未来的尖端高科技,而如今蒙上一层巨大的阴影,那还得了?赶紧卖股票吧!

而Intellia Therapeutics和Editas Medicine这样的公司自然更是坐不住了,当时这两家基因编辑公司就强烈反击批评CRISPR导致突变的这篇文章,称应将其撤稿。

而《Nature Methods》这回也尝到了搬起石头砸自己的脚的痛苦,其编辑部随后也发表了一个“Editorial Note”提醒大家,紧接着又表达了“concern”,到了现在就直接“retraction”。

虽然到目前为止,一切又归于平静,然而,对于这篇引起巨大争议的文章而言,还需要一个最终结果向大家公布。

因此,Nature出版社旗下国际著名学术期刊《Nature Methods》在3月30日最新在线发表来自基因编辑领域数十位顶尖学者和机构的多篇通讯文章,回应由斯坦福大学发表的题为“Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”的这篇2017年全球最具争议性的文章之一,并且进行了撤稿处理。

那么,《Nature Methods》撤稿的理由是什么呢?

主要是这篇争议文章所采用的小鼠的问题,因为,虽然这些小鼠来源于同一“祖先”,然而,基因编辑的小鼠和对照小鼠也并非属于亲兄弟姐妹的关系(即便是亲兄弟姐妹,其基因组本身存在的突变也可能具有很多不同),遗传背景来源不清楚,这就造成一个巨大问题:这些小鼠在采用CRISPR基因编辑技术之前,其基因组本来就已经存在许多突变了,而非基因编辑之后造成的。

而其他研究团队经过分析之后,也没有证据显示CRISPR基因编辑之后会造成突变。

《Nature Methods》对此也做了一个声明,解释了撤稿的原因。

不得不说,Nature出版社旗下的全球著名学术期刊《Nature Methods》常常怀着一颗不安分的心,总是想搞个世界大新闻!

结果这一回还是操之过急了。其编辑部在“CRISPR off-targets: a reassessment”中表示,大致意思是,尽管这篇争议文章在发表之前也经历过严格的同行评议,然而,这些审稿专家中并没有一位熟悉小鼠遗传背景的专家,因此,在以后将注意这方面。

然而,还不得不注意的是,这篇文章的第一作者Kellie A Schaefer和共同第一作者Wen-Hsuan Wu均同意撤稿,而包括通讯作者Alexander G Bassuk以及Vinit B Mahajan在内的其余四位作者则不同意撤稿。

这与通常的撤稿情况还是有所不同,一般的撤稿大多数情况貌似都是通讯作者要撤稿,这篇争议性文章通讯作者则坚持了自己的意见。

同时也可以看出,这篇文章在研究者们内部也有巨大分歧。

然而,关键问题仍然待解:那就是,CRISPR基因编辑之后,是否真的会造成基因组中其他位置的突变?

目前这方面的数据还太少,这可能需要更多的研究来排除这一问题。(生物谷Bioon.com)

突破:研究人员修复阿尔茨海默氏症基因

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突破:研究人员修复阿尔茨海默氏症基因
开创性的研究首次表明,最广为人知的阿尔茨海默病遗传风险因子是如何在人类脑细胞中产生信号的。此外,科学家们成功地纠正了这种基因并消除了它的有害影响。
广泛研究了载脂蛋白(APOE)基因在阿尔茨海默病发展中的复杂作用。
例如,研究人员知道,有一份APOE4基因变体的拷贝会使患老年痴呆症的风险增加两到三倍。
而且,拥有两份这种基因变体,人们的风险就会高出12倍。
通常,APOE的作用是为创建相同名称的蛋白质提供指导。
与脂肪结合,APOE产生脂蛋白,这有助于运输和调节血液中胆固醇水平。
然而,E4的基因似乎对大脑特别有害,有几项研究表明,这种基因变异增加了有毒淀粉样蛋白和tau蛋白积累的风险。
但这是为什么呢?是什么使得E4基因变体比其他变体更有害?
位于加州旧金山的格莱斯顿研究所的研究人员想要找出答案。他们的发现刚刚发表在《自然医学》杂志上。
APOE4首次在人类细胞中研究。
更具体地说,研究人员希望找到并了解E3和E4变异之间的细微差别,这使得APOE4基因具有毁灭性。
研究人员想知道,E4的变异使APOE3失去了一些功能,这是一个例子吗?还是说更多的APOE4有毒性作用?
首席研究员黄亚东博士是旧金山加利福尼亚大学的神经病学和病理学教授,他解释了这个问题的重要性。
他说:“解决这个问题至关重要,因为它改变了你对待问题的方式。”如果损害是由于蛋白质功能的丧失造成的,你就需要增加蛋白质含量来补充这些功能。
“但是,如果蛋白质的积累导致了有毒的功能,你就想降低蛋白质的产量,以阻止它的有害影响。”
为了找到答案,研究人员对人类细胞中的疾病进行了建模,首次检验了APOE4对人类大脑细胞的影响。黄博士解释了为什么改变疾病模型本身就是老年痴呆症研究的一个重要步骤。
“许多药物,在小鼠模型中效果很好,但到目前为止,它们都在临床试验中失败了。”该领域的一个担忧是,这些老鼠模型到底有多糟糕,实际上是在模仿人类疾病。
小鼠和人类:研究发现差异。
黄博士和他的团队利用干细胞技术从阿尔茨海默氏症患者身上提取了两份APOE4基因。
研究人员还利用没有老年痴呆症的人的皮肤细胞制造了脑细胞,并有两份APOE3基因。
科学家们发现,在人类的脑细胞中,APOE4蛋白有一个“致病的构象”——这意味着它有一种异常的形式,阻止它正常运作,导致一系列的致病问题。
也就是说,“apoe4表达的神经元的tau蛋白磷酸化水平更高,”作者写道,“这与他们增加淀粉样蛋白的产量无关,而且他们表现出GABAergic神经元退化。
重要的是,他们还发现“APOE4增加了人体内的淀粉样蛋白,而不是老鼠,神经元。”
“APOE4对淀粉样蛋白的影响有重要的物种差异,”第一研究作者王成忠解释道。
“增加的淀粉样蛋白的生产在老鼠的神经元中是看不到的,这可能解释了老鼠和人类在药物功效方面的一些差异。”这将是未来药物研发的重要信息。(生物谷 Bioon.com)

上科大王皞鹏团队利用全基因组CRISPR筛选探索全新肿瘤免疫药物靶点

基因君

上科大王皞鹏团队利用全基因组CRISPR筛选探索全新肿瘤免疫药物靶点
近日,PNAS杂志上发表了一篇题为“A genome-wide CRISPR screen identifies FAM49B as a key regulator ofactin dynamics and T cell activation”的研究论文,这篇文章是目前世界上首次报道的基于T细胞功能调控的全基因组CRISPR筛选。此项研究是由上海科技大学生命学院的王皞鹏教授课题组领衔,与国际上多个课题组合作的研究成果。
目前,基于T细胞的肿瘤免疫疗法可以分为两大类。
第一类是利用遗传改造(如CAR-T/TCR-T)或者大分子药物 (例如,BiTE 双特异性抗体)来增强T细胞的肿瘤靶向性;
第二类是针对CTLA-4和PD-1 等共刺激分子的检查点阻断剂,用于增强T细胞的抗肿瘤活性。这些疗法在临床上的成功说明了针对T细胞自身的功能调控是一个行之有效的肿瘤免疫治疗的策略。
因此,深入地了解T细胞活化的分子机制,可以给我们提供肿瘤免疫治疗的新思路。
王皞鹏教授课题组的研究首次绘制出人类T细胞功能的调控图谱,对于免疫细胞的激活和信号传导领域具有重要贡献。除已知的T细胞调控基因外,该图谱还包含了一批尚未见报道的参与T细胞信号传导的基因。其中,研究者们发现了一个全新的调节T细胞功能的负调控因子FAM49B。虽然FAM49B基因功能尚且未知,但研究发现,FAM49B是一个全新的Rac抑制因子。如果阻断FAM49B和Rac的相互作用,同样可以增强T细胞活性。由此表明,FAM49B很可能是一个能够增强T细胞活性的,全新的肿瘤免疫药物靶点。
不仅如此,该项研究中所建立的全基因组筛选实验手段,也可以用于研究PD-1,CD28等重要的肿瘤免疫调控通路,帮助开发肿瘤免疫治疗的新策略。
王皞鹏教授
据悉,王皞鹏教授是一位研究T细胞功能调控的免疫学者。其博士导师是圣祖德儿童医院的Dario Vignali教授,现任匹兹堡大学肿瘤免疫中心主任。Dr. Vignali长期从事免疫检查点LAG3的功能研究,也是调节性T细胞(Treg)方向的领军人物。王皞鹏教授的博士后导师是加州大学旧金山分校医学院ArthurWeiss院士。Dr. Weiss教授是HHMI研究院、美国科学院士、前美国免疫协会会长,更是T细胞信号传导领域的开创者之一,发现和克隆了T细胞中关键激酶ZAP-70,并于1991年研发了第一个嵌合型抗原受体(CAR),为现在的CAR-T治疗打下夯实的基础。
2015年7月,王皞鹏教授加入上海科技大学生命科学与技术学院,任助理教授、研究员。承担国家自然科学基金,入选2015年“青年千人”计划。(生物谷Bioon.com)

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