一个国际科研团队最新的研究报告说，通过绘制大象基因组图谱，他们发现大象数百万年的进化过程复杂，曾存在广泛的种间杂交。
这项研究由美国、加拿大、德国、瑞典等国的研究人员联合展开，他们对现存和已灭绝的象类的１４个基因组进行了测序，其中已灭绝的有美洲乳齿象、古棱齿象、哥伦比亚猛犸象和真猛犸象，现存的有亚洲象、非洲森林象和非洲草原象。
这项２６日发表在美国《国家科学院学报》上的研究显示，古棱齿象混合了古非洲象、真猛犸象和非洲森林象的基因。
此外，哥伦比亚猛犸象和真猛犸象之间也有杂交现象，尽管两者体型和栖息地不同。研究人员推测，在当时覆盖大陆大部分地区的冰川与北美洲温带地区交汇的地方，真猛犸象与哥伦比亚猛犸象相遇。
研究报告作者之一、加拿大麦克马斯特大学进化遗传学家亨德里克·波伊纳说：“基因组数据表明，大象的进化并非以有组织的、线性的方式展开。”
在现存的大象中，关于非洲森林象和非洲草原象是否是两种不同的物种，学术界一直存在争议。新研究发现，非洲森林象和非洲草原象不存在杂交的基因证据，尽管两者的栖息地相邻，但它们在过去５０万年中近乎完全隔绝繁衍。
研究人员表示，未来将继续研究新基因的引入是否有利于大象适应新栖息地和波动变化的气候。(生物谷Bioon.com）
2018年3月12日/生物谷BIOON/—在一项新的研究中，来自美国埃默里大学的Chenhuan Xu和Victor Corces发现基因组中的一些CpG位点能够故意地而不是偶然地发生半甲基化（hemimethylated）。相关研究结果发表在2018年3月9日的Science期刊上，论文标题为“Nascent DNA methylome mapping reveals inheritance of hemimethylation at CTCF/cohesin sites”。在这篇论文中，这两名研究人员描述了他们对DNA甲基化和在DNA复制后子链中的半甲基化DNA命运的研究。日本综合医学科学中心发育遗传学小组的Jafar Sharif和Haruhiko Koseki针对这项研究在同期Science期刊上发表了一篇观点类型的标题为“Hemimethylation: DNA’s lasting odd couple”的论文。
DNA甲基化（甲基添加到DNA分子上）是一种修饰，用于调节植物和动物中的基因转录、胚胎发育和细胞分化。在动物（特别是哺乳动物）中，甲基化对称性地发生在CpG二核苷酸上，这导致CpG组分上相应的胞嘧啶碱基发生甲基化。但是，正如这两名研究人员指出的那样，这个过程在DNA复制过程中停止了，在这段时间内，一条未甲基化的子链和一条甲基化的母链一起工作，从而产生半甲基化的CpG二联体。此时的DNA就被称作半甲基化的DNA（hemimethylated DNA）。
之前的研究已表明这种半甲基化的DNA通常倾向于发生完全甲基化，或者在某些情况下通过稀释而发生去甲基化。但是，大约10％的滋养层细胞或胚胎干细胞仍然保持半甲基化。在此之前，这是出于简单的偶然性还是有其他的过程在发挥作用一直是个谜。在这项新的研究中，这两名研究人员发现至少有一些半甲基化的事件是故意发生的。再者，他们发现半甲基化的事件是遗传性的而且是在几次细胞分裂过程中发生的。
为了更多地了解关于这个过程的信息，这两名研究人员绘制出三类DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase, DNMT）靶向的DNA甲基化组（methylome），这显示了DNMT和子链中的胞嘧啶之间发生一些相互作用。他们还证实在多能性细胞的相互作用位点上，CpG半甲基化具有遗传性。更具体地说，他们发现在DNA复制过程中，在复制叉处，半甲基化的DNA被UHRF1（一种读取蛋白）结合，此后，DNMT1经招募后用于将半甲基化的CpG转化为对称性甲基化。这会重新恢复DNA复制之前存在的原始的对称性甲基化。他们还发现DNMT1结合的新生DNA片段绝大部分是半甲基化的。这提示着半甲基化实际上可能起着稳定染色质相互作用的作用。（生物谷 Bioon.com）
参考资料：
Chenhuan Xu, Victor G. Corces. Nascent DNA methylome mapping reveals inheritance of hemimethylation at CTCF/cohesin sites. Science, 09 Mar 2018, 359(6380):1166-1170, doi:10.1126/science.aan5480
Jafar Sharif, Haruhiko Koseki. Hemimethylation: DNA’s lasting odd couple. Science, 09 Mar 2018, 359(6380):1102-1103, doi:10.1126/science.aat0789
近日来自佛罗里达大学健康系统（Universityof Florida Health）的研究者们发现，一种治疗早发型庞贝氏症（Pompe disease）呼吸问题的基因疗法在首个人体试验中被证明是安全的。这种遗传病会造成一种复合糖在细胞内积聚，导致肌肉和神经细胞功能异常。
该疗法使用一种无害的腺相关病毒将受影响基因的功能性拷贝递送到存在呼吸问题的患者膈肌肌肉细胞。佛罗里达大学鲍威尔基因疗法中心（UF Powell Gene Therapy Center）主任、佛罗里达大学医学院儿科学教授Barry J. Byrne博士说：“9名患者完成该临床试验，没有出现不良反应，且呼吸功能得到改善。”这项研究成果近期发表于《人类基因疗法临床发展》（Human Gene Therapy Clinical Development）杂志上。
庞贝氏症目前无法治愈，全球每4万人中就有1人罹患此病。患者因基因突变不能合成一种分解复合糖（糖原）的蛋白质，而糖原被储存用于能量生产。多余的糖积累会导致心脏和呼吸问题以及肌肉无力。
佛罗里达大学健康系统研究者们较早时候发表的论文建立了他们基因疗法的有效性：9名参与试验的患者呼吸功能与仅做呼吸锻炼的患者相比有所改善。此次的安全性发现延续了之前的研究。
Byrne说，基因疗法较之需要定期静脉输注的酶替代疗法是一个重大进展。虽然酶疗法可以减轻症状并防止长期损伤，但价格昂贵而且不能解决庞贝氏症中的神经问题。目前的酶替代疗法无法穿透血脑屏障。
恢复神经元或神经细胞中的基因功能是尤为重要的，因为这影响着肌肉细胞功能和信号传导。
“我们方法的基础是：我们知道当全身治疗时，基因疗法载体实际上会进入大脑，并纠正在庞贝氏症中与肌肉细胞有相同缺陷的神经元，”该研究第一作者、佛罗里达大学健康系统研究员Manuela Corti博士说道。
在最近的研究中，患者被分为两组，给予不同剂量和数量的基因疗法治疗。两组都没有任何归咎于疗法的不良反应。一名患者因脑出血死亡，但被认为与基因疗法无关，而是疾病发展的一部分，研究者们报告道。
一个值得继续研究的问题是基因疗法（疗效）的持久性。Byrne说，孩子的生长可能会减少基因疗法的治疗效果，意味着效果在学龄儿童中可能维持5-10年，而婴儿则可能时间更短，除非后续再次接受治疗。
下一步，研究者们将于明年夏天进行一项试验，通过静脉给药全身性测试该基因疗法。Corti说美国国立卫生研究院（NIH）已经批准了3年期拨款，患者招募工作将在短期内开始。通过静脉给药，研究者们期待治疗大部分受影响的组织，包括神经组织、心脏、膈和外周肌肉。他们还将应用免疫抑制剂来预防对治疗的潜在反应并允许将来重复给药。研究者们说，这种方法将解决治疗持久性有限的问题。该研究将与NIH合作者一同进行。(生物谷Bioon.com）
基因编辑技术无疑是人类最了不起的发明之一，而基于CRISPR的第三代基因编辑技术更是可以称之为分子生物学上的耀眼明珠，其在生物医学领域的应用之广泛，少有其他的生物医学技术能够望其项背。
正是因为其显示出的巨大应用的前景，因此，基因编辑技术的一举一动似乎都在人们的“众目睽睽之下”。
人们对CRISPR基因编辑技术寄予厚望，希望能够借此攻克诸多疾病，目前也有一些临床实验正在进行。
既然要应用于人体，那么，自然就会问，“它安全吗？”
因此，去年（2017年）由斯坦福大学、哥伦比亚大学、爱荷华州立大学等研究机构的研究者们在《Nature Methods》上面的发表一篇题目为“Unexpected mutations after CRISPR–Cas9editing in vivo”的文章，其得出的研究结论表明CRISPR-Cas9基因编辑会在小鼠体内造成基因组意想不到的基因突变。
当时，这些研究者们本来是希望通过CRISPR-Cas9基因编辑技术来修正带有Pde6b基因突变的小鼠动物模型，在将Pde6b基因的突变修复之后（即Pde6b基因的突变的小鼠通过CRISPR-Cas9基因编辑之后变成了Pde6b基因正常的小鼠），这些研究者们并没有就此打住，而是进一步通过测序的方法进一步去检测小鼠基因组上面的单核苷酸变异（single-nucleotide variants， SNVs）。
结果，意想不到的是，经过基因编辑的小鼠相比于对照组小鼠竟然携带了上千个单核苷酸变异SNVs。
彼时，这篇文章一发表出来，就引起了全球广泛关注和对基因编辑技术安全性的广泛担忧，对该领域造成了巨大的负面效应。
著名期刊《Nature Methods》确实也搞了一个大新闻了！
不过很快，就有该领域的许多研究者们怀疑这篇文章的结论。
当然，这样的文章对于该领域的领头羊公司Intellia Therapeutics和Editas Medicine更是产生了巨大的杀伤威力-股价暴跌！毕竟绝大多数股民朋友只知道这是能够改变人类未来的尖端高科技，而如今蒙上一层巨大的阴影，那还得了？赶紧卖股票吧！
而Intellia Therapeutics和Editas Medicine这样的公司自然更是坐不住了，当时这两家基因编辑公司就强烈反击批评CRISPR导致突变的这篇文章，称应将其撤稿。
而《Nature Methods》这回也尝到了搬起石头砸自己的脚的痛苦，其编辑部随后也发表了一个“Editorial Note”提醒大家，紧接着又表达了“concern”，到了现在就直接“retraction”。
虽然到目前为止，一切又归于平静，然而，对于这篇引起巨大争议的文章而言，还需要一个最终结果向大家公布。
因此，Nature出版社旗下国际著名学术期刊《Nature Methods》在3月30日最新在线发表来自基因编辑领域数十位顶尖学者和机构的多篇通讯文章，回应由斯坦福大学发表的题为“Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”的这篇2017年全球最具争议性的文章之一，并且进行了撤稿处理。
那么，《Nature Methods》撤稿的理由是什么呢？
主要是这篇争议文章所采用的小鼠的问题，因为，虽然这些小鼠来源于同一“祖先”，然而，基因编辑的小鼠和对照小鼠也并非属于亲兄弟姐妹的关系（即便是亲兄弟姐妹，其基因组本身存在的突变也可能具有很多不同），遗传背景来源不清楚，这就造成一个巨大问题：这些小鼠在采用CRISPR基因编辑技术之前，其基因组本来就已经存在许多突变了，而非基因编辑之后造成的。
而其他研究团队经过分析之后，也没有证据显示CRISPR基因编辑之后会造成突变。
《Nature Methods》对此也做了一个声明，解释了撤稿的原因。
不得不说，Nature出版社旗下的全球著名学术期刊《Nature Methods》常常怀着一颗不安分的心，总是想搞个世界大新闻！
结果这一回还是操之过急了。其编辑部在“CRISPR off-targets： a reassessment”中表示，大致意思是，尽管这篇争议文章在发表之前也经历过严格的同行评议，然而，这些审稿专家中并没有一位熟悉小鼠遗传背景的专家，因此，在以后将注意这方面。
然而，还不得不注意的是，这篇文章的第一作者Kellie A Schaefer和共同第一作者Wen-Hsuan Wu均同意撤稿，而包括通讯作者Alexander G Bassuk以及Vinit B Mahajan在内的其余四位作者则不同意撤稿。
这与通常的撤稿情况还是有所不同，一般的撤稿大多数情况貌似都是通讯作者要撤稿，这篇争议性文章通讯作者则坚持了自己的意见。
同时也可以看出，这篇文章在研究者们内部也有巨大分歧。
然而，关键问题仍然待解：那就是，CRISPR基因编辑之后，是否真的会造成基因组中其他位置的突变？
目前这方面的数据还太少，这可能需要更多的研究来排除这一问题。(生物谷Bioon.com）
2018年5月2日讯 /基因宝jiyinbao.com /——尽管我们对胶质瘤的生物学的理解有了迅猛的进展，但是胶质瘤的预后仍然很差。为了找到和胶质瘤相关的基因突变，来自印度科学理工学院的科学家们对印度胶质瘤患者进行了全外显子测序（WES），并将之与TCGA的数据联合在一起，结果找到了一个和胶质瘤相关的重要信号通路，相关研究成果于近日发表在《Clinical Cancer Research》上。
图片来源：Jagriti Pal et. al.
研究人员对42名星形细胞瘤患者的肿瘤组织进行了WES，并将之与TCGA的数据进行了对比。同时他们对印度患者数据及TCGA数据中的基因突变进行了综合分析以找到和胶质瘤相关的突变的信号通路。研究人员使用病人来源的胶质瘤干细胞样细胞、胶质瘤细胞系和小鼠移植模型对降钙素受体（calcitonin receptor，CALCR）进行了功能分析。
研究人员发现印度患者和TCGA收录患者的突变谱很相似。综合分析显示刺激神经组织配体-受体相互作用的信号通路缺陷的胶质瘤(n = 23; 9.54%)预后很差（P < 0.0001）。此外，CALCR突变或者转录水平较低也意味着患者预后较差。外源性加入降钙素（CT）可以以CALCR依赖性方式抑制胶质瘤细胞的各种性质致癌信号通路。CALCR突变导致这些功能缺失与病人生存率负相关。携带正常CALCR的细胞可以在体外抑制Ras介导的向永生性细胞的转化。此外，CT可以抑制病人来源的神经球的生长以及小鼠模型中胶质瘤的生长。
综上，研究人员发现CT-CALCR信号通路是一个重要的胶质瘤抑制因子信号通路，这表明CALCR是胶质瘤的一个新型治疗靶标。（生物谷Bioon.com）
参考资料：
Kumaravel Somasundaram et al.Loss-of-Function Mutations in Calcitonin Receptor (CALCR) Identify Highly Aggressive Glioblastoma with Poor Outcome.Clinical Cancer Research (2017). DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-17-1901
2018年5月14日讯 /基因宝jiyinbao.com /—根据一项最新研究，一些基因可以决定哪些人被晒伤的风险更高，这可能影响人因此患皮肤癌的风险。通过对180000名具有欧洲血统的英国、澳大利亚、荷兰及美国人的基因进行分析，研究人员找出了20个晒伤基因，其中有8个基因已经被以前的研究证明与皮肤癌有关，相关研究成果于近日发表在《Nature Communications》上。
图片来源：CC0 Public Domain
至少在基因组中的一个位置，“我们发现了表明基因涉及黑素瘤风险的证据，主要通过增加晒伤风险发挥作用。”该研究共同作者、伦敦大学国王学院的 co-author Mario Falchi说道。
接受阳光对人体产生维生素D是很关键的，而维生素D控制着骨胳、牙齿和肌肉健康，科学界认为维生素D可以帮助延缓慢性疾病，甚至是癌症。
但是接受太多阳光会产生痛感、同时对健康也有害。这项研究是迄今为止规模最大的关于晒伤基因的研究，帮助解释了为什么具有相同肤色的人光照后皮肤的反应不同——一些人会晒伤发红，而另一些人会变棕色。该研究也可能帮助解释皮肤癌风险的影响因素。
“更深入地解释这些基因的作用以明白它们控制人们晒伤风险的机理很有必要。”Falchi说道。未来研究人员也许可以通过基因测试帮助找出高风险人群。
“人们似乎已经忘了晒伤很危险。”Falchi说道。“考虑到皮肤癌发病率逐渐上升，我们希望知道晒伤和皮肤癌之间有基因的联系可以帮助人们建立更健康的生活习惯。”（生物谷Bioon.com）
参考资料：
Mario Falchi et al.Genome-wide association study in 176,678 Europeans reveals genetic loci for tanning response to sun exposure, Nature Communications (2018).Doi:10.1038/s41467-018-04086-y
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