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南京农大构建世界首个植物重复基因数据库

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南京农大构建世界首个植物重复基因数据库

2月21日,南京农业大学园艺学院教授张绍铃团队在国际著名学术期刊Genome Biology在线发表研究论文,系统鉴定了梨等141种植物基因组中不同类型重复基因,构建世界首个植物重复基因数据库,揭示重复基因进化的普遍规律。

植物在千百年的进化中,怎样变得越来越多姿多彩?一个重要因素就是植物会复制自己基因,丰富自己的基因库数量。团结起来力量大,多了自己的“同胞胎”兄弟姐妹,基因在生物体中就“声势”壮大了,不仅能抵御外界复杂多变的环境,还能增加进化变异机会,实现物种分化和多样性。

以往研究发现,有的植物有复制自己基因的功能,即通过不同类型复制方式产生一个与原基因序列相同的新基因。基因复制产生的两个同源基因称为重复基因或“姊妹基因”。近年来,越来越多的植物基因组被破译,目前已经完成全基因组测序的植物超过200种,但仍缺乏一个具有广泛适用性的鉴定不同种类植物重复基因的方法。

该团队前期系统鉴定梨基因组中重复基因的基础上,开发了一个具有普遍适用性的生物信息学方法(命名为DupGen_finder),用于鉴定植物界中不同种类植物基因组中的重复基因。深入分析141种植物基因组中重复基因含量随时间变化规律发现,基因串联复制和邻近复制在植物漫长的进化过程中始终保持较高的发生频率,为植物适应复杂多变的外界环境提供了源源不断的遗传变异材料。

同时该研究揭示,基因组加倍发生后的较短时间内,重复基因之间发生高频率的基因置换(geneconversion),随着时间的推移,重复基因之间会发生广泛的时空表达分化。最后,利用141种植物基因组中包含的所有蛋白序列构建了大规模的植物直系同源基因家族(86,831)。

此外,通过大规模收集整合国内外植物基因组数据资源,构建了世界首个植物重复基因数据库(PlantDGD,http://pdgd.njau.edu.cn:8080),目前已收录141种完成基因组测序的植物,包含大豆、水稻、小麦、玉米等大宗粮食作物,以及梨、桃、葡萄、蔬菜、花卉等园艺作物,并将拓展为植物相关的所有类别。该数据库将为深入研究重复基因的进化机制提供宝贵的数据资源。

该研究成果以南京农业大学为第一完成单位,园艺学院博士生乔鑫为论文第一作者,南京农业大学教授张绍铃和美国佐治亚大学教授Andrew H.Paterson为共同通讯作者;并得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金重点项目、美国国家科学基金等项目的资助。(生物谷Bioon.com)

 

基因疗法大受青睐 渤健8亿美元收购这家眼科基因治疗公司

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基因疗法大受青睐 渤健8亿美元收购这家眼科基因治疗公司

日前,Biogen(渤健)宣布将以总计约8亿美元(每股25.50美元)的价格收购眼科基因治疗公司NightstarTherapeutics。收购消息公布后,Nightstar公司股票3月4日早盘飙升逾66%。该协议将使得Biogen获得Nightstar旗下一系列的眼科基因治疗候选药物,这也是该公司的业绩增长领域,收购将使得Biogen闯入该竞争市场。据悉,此次收购计划将通过现金完成,Biogen预计交易将在2019年年中完成。

英国Nightstar公司在研药物主要是针对遗传性视网膜疾病的腺相关病毒(AAV)的治疗。对于Biogen而言,收购将获得Nightstar的主要资产为NSR-REP1,这是一种治疗无脉络膜症(CHM)的治疗方法。CHM是一种罕见的X染色体连锁遗传性眼疾,主要影响男性。罹患该疾病的患者在儿童期会出现夜盲症状,然后病情不断进展,视野逐渐受限,导致在成人期出现视觉丧失,完全失明,目前全球范围内尚无批准的治疗脉络膜血症的方法,而NSR-REP1已于2018年获得美国FDA再生医药先进疗法(RMAT)认定,成为一款治疗无脉络膜症颇具潜力的基因疗法。该疗法能通过AAV2载体,编码REP1蛋白的重组人类cDNA递送到眼中表达,弥补患者眼中REP1的缺陷,可以减缓、停止或潜在地逆转患者视力的下降。

在I/II期临床试验中,与自然病史相比,NSR-REP1显示出视力下降显着减缓。此外,该试验还观察到一些患者在治疗后出现视力提高的迹象。NSR-REP1目前正在III期STAR试验中进行评估,预计具体的临床数据将在2020年下半年得到公布。

除了NSR-REP1,Nightstar还对X连锁视网膜色素变性(XLRP)进行了基于AAV的基因治疗研究,这也是一种罕见的遗传性视网膜疾病。XLRP的特征在于视网膜色素变性GTP酶调节基因的突变,异常导致感光细胞的损失,导致患者视网膜功能障碍。该疾病主要影响男性,并且也没有批准的治疗方法。用于该疾病的候选药物NSR-RPGR的I/II期试验的初步结果显示,高剂量组中大约一半的患者获得了视力改善。来自治疗患者的可用安全性数据表明,NSR-RPGR具有良好的耐受性,未报告与治疗相关的严重不良事件,未观察到早期中断或剂量限制性毒性。这些乐观的数据使Nightstar可以将基因疗法NSR-RPGR推进到II期临床试验

此外,收购还将使得Biogen获得Stargardt疾病的临床前候选药物,以及针对卵黄状黄斑营养不良(best病)和其他遗传形式的视网膜色素变性的潜在研究计划。

Biogen公司首席执行官Michel Vounatsos在一份声明中表示,“眼科医学是Biogen旗下一个新兴增长领域。公司对收购Nightstar将带来的市场机会感到兴奋。通过此次收购,我们将继续加强产品线引入,并进一步执行我们的发展战略,以开发和扩展跨越互补模式的多样性特许经营神经科学管道。通过获得两个中后期基因治疗资产,Nightstar将加速我们进入眼科学市场的可能,有可能创造出长期的股东价值。”

Nightstar在无脉络膜症市场的竞争中仍处于领先位置,Spark制药作为其最主要的竞争对手,其药物仍处于1/2期试验阶段。不过,Spark的优势在于其已经成功将首款“体内给药式”基因疗法Luxturna推入了眼科市场,用于特定遗传性眼疾的治疗,此外罗氏的收购还将为其提供强大的资源支持。此次Biogen宣布对Nightstar的收购也将使得罗氏与Biogen在无脉络膜症市场的竞争趋于白热化,同时也可能重塑更广泛的基因治疗领域的市场生态。随着罗氏、诺华、Biogen纷纷以收购的模式涉足该领域,基因治疗领域市场现状已经发生了巨大的转变。(生物谷Bioon.com)

研究揭示头小畸形致病基因Cenpj的新功能

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研究揭示头小畸形致病基因Cenpj的新功能

 

3月13日,中国科学院生物物理研究所王晓群研究组在神经科学杂志The Journal of Neuroscience 发表了题为Cenpj regulates cilia disassembly and neurogenesis in the developing mouse cortex 的研究成果,该工作阐明了在小鼠大脑皮层发育过程中中心体蛋白Cenpj对体内纤毛解聚和神经发生的调控作用。

头小畸形是一类神经系统发育型疾病,头小畸形患者的头部尺寸仅为正常同龄人的三分之一,伴有智力发育障碍、情绪失控等症状,严重影响患者的正常生活。导致头小畸形的突变大都是编码中心体蛋白的基因,该文关注一种导致头小畸形的中心体基因Cenpj,它不仅可以调控中心粒的生长,也可以控制细胞骨架结构。

为了探讨人类Cenpj突变引起脑发育缺陷的病理机制,研究人员首先利用Cre-Loxp技术在小鼠的大脑皮层中特异性敲除Cenpj基因后得到Cenpj条件敲除小鼠(CenpjCKO)。这些小鼠稳定地出现了类似于头小畸形病人的病理特征,包括头小、皮层变薄、神经元数量减少的表型。该研究发现胚胎期的Cenpj条件敲除小鼠(CenpjCKO)的神经干细胞数量显着减少,增殖分裂能力明显降低,并伴随有大量的细胞凋亡现象。研究人员还发现由于Cenpj基因的缺失,纤毛,这种真核细胞表面的细胞器也会发生结构的改变。神经干细胞的纤毛由于Cenpj基因的缺失而变长,纤毛附属物结构也变得异常。此外,在成体期,Cenpj缺失会导致成体神经干细胞中的初级纤毛和运动纤毛变得细长,脑室下区( SVZ )的细胞增殖减少以及嗅球新生神经元数量降低。通过转录组学的研究和分析,研究人员发现Cenpj通过一种末端导向的运动蛋白Kif2a调节纤毛的分解和神经发生,当纤毛不能在细胞周期发生前分解可能是神经前体细胞周期延迟和神经发生障碍的原因。这项研究为深入了解纤毛在人类皮层发育和Cenpj突变引起的原发性头小畸形中的作用提供了依据。(生物谷Bioon.com)

 

日研究者破译樱花基因组 未来或可预测开花时间

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日研究者破译樱花基因组 未来或可预测开花时间

 

据香港《文汇报》3月31日报道,日本岛根大学、京都府立大学和千叶县Kazusa DNA研究所组成的研究团队近日透露,已破译樱花代表性品种“染井吉野樱”的基因组,未来或可以准确预测樱花开花时间。

据报道,基因组被称为形成生物的设计图,与各种生命活动相关。日本团队此次发现在开花时活动的基因,如果进一步展开研究,或许能正确预测开花时间。

研究团队于川崎市举行的园艺学会上发表成果,表示他们采集了岛根大学农园中约140个品种的樱花,以及被认为是染井吉野樱原木的东京上野公园树木组织,破译了全部遗传信息。结果与公认说法一致,证实染井吉野樱的祖先为“江户彼岸”和“大岛樱”两个品种。该团队还在开花前一年中,调查花蕾基因的活动,锁定与开花有关的基因。

报道称,团队发现被称为“成花素”的基因,与开花存在关系,抑制“成花素”活动的另一种基因,在冬天以后由于长时间处于低温状态而活动减弱,促使“成花素”开始活动,促进开花。

Kazusa DNA研究所主任研究员白泽健太表示,将推动研究锁定开花时间,也将分析各地的染井吉野樱,提高研究准确度。(生物谷Bioon.com)

Cell Rep:新发现!抑癌明星基因p53或能保护雌性个体抵御脊柱裂等出生缺陷

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2019年4月14日 讯 /生物谷BIOON/ –近日,一项刊登在国际杂志Cell Reports上的研究报告中,来自澳大利亚沃尔特和伊丽莎-霍尔医学研究所等机构的科学家们通过研究发现,著名的肿瘤抑制基因p53或许对于雌性胚胎的神经管发育至关重要,这项研究非常重要,因为神经管的健康发育对于机体大脑和脊髓的正常形成都是非常必需的。

Cell Rep:新发现!抑癌明星基因p53或能保护雌性个体抵御脊柱裂等出生缺陷

图片来源:en.wikipedia.org

文章中,研究者解释了p53是如何参与到对雌性胚胎非常特殊的分子过程中,该过程为X染色体的失活过程(X chromosome inactivation),相关研究发现或能帮助阐明为何雌性在出生时更易比雄性患上神经管出生缺陷,比如脊柱裂等。研究者指出,能保护机体抵御癌症的明星基因p53或在健康神经管的发育中扮演着关键角色,文章中,研究者揭示了p53如何影响促进雌性胚胎健康神经管细胞产生的关键基因的功能。

研究者表示,机体的健康发育是一种非常精准且不确定的平衡过程,p53能通过产生正常水平的Xist RNA(失活X染色体特定转录RNA,X-inactive specific transcript RNA)有助于在雌性胚胎中实现这种平衡,Xist RNA的产生是对X染色体失活非常重要的部分精细化分子过程,上述过程就会促进健康神经管的发育,简单来讲,雌性胚胎中健康神经管的发育需要p53的帮助。

Voss教授说道,这项研究证实了长期存在的一种理论,即雌性或存在额外的神经管缺陷风险,而且与X染色体失活过程相关的破坏或能帮助解释为何雌性个体相比雄性更易于患上神经管相关的出生缺陷。雌性机体中拥有两个拷贝的X染色体,而雄性仅有一个拷贝;为了维持雌性机体的健康,其中一个X染色体在早期发育阶段就必须处于失活状态,如果这种失活过程并不能有效发生的话,神经管就不会合适地形成;此前研究结果表明,p53在正常神经管发育过程中扮演着关键角色,但研究人员截止到目前为止并未阐明其中的具体分子机制。

最后研究者表示,本文研究中我们发现了抑癌基因p53的新作用,后期我们还将继续深入研究探索其在机体出生缺陷中扮演的关键角色。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Alex R.D. Delbridge,Andrew J. Kueh,Francine Ke, et al. Loss of p53 Causes Stochastic Aberrant X-Chromosome Inactivation and Female-Specific Neural Tube Defects, Cell Reports (2019) doi:10.1016/j.celrep.2019.03.048

基因疗法Zolgensma试验中2例患者死亡 诺华展开调查

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基因疗法Zolgensma试验中2例患者死亡 诺华展开调查

诺华公司上周宣布了其用于脊髓性肌萎缩症(SMA)的实验性基因疗法Zolgensma临时中期试验结果,并于周五(4月19日)表示,正在调查试验中的死亡案例是否与该基因治疗有关。

2019年肌营养不良协会临床与科学会议上周在美国举行。此次会议上,诺华旗下基因治疗公司AveXis公布了备受业界关注的基因疗法Zolgensma治疗1型SMA的III期临床研究STR1VE中期数据。

据路透社报道,诺华已经向美国食品药品监督管理局(FDA)申请审批该基因治疗Zolgensma,并且预计将在几周内有进一步进展。申请的依据是STR1VE试验的积极结果,结果显示,Zolgensma治疗后患者无事件生存期(EFS)延长;运动技能的进步也令人鼓舞,例如独立坐起能力增加。(详见:诺华脊髓性肌萎缩基因疗法公布新数据 预计5月获批上市)

但Zolgensma治疗也导致试验中1名患者死于呼吸衰竭,研究者和独立监测员认为,其死因与基因治疗无关。诺华公司人员还透露,除此之外,1名6个月大的1型SMA患者最近在欧洲试验中死亡。

诺华发言人Eric Althoff上周五在电子邮件声明中表示,“初步调查结果表明,这种情况发生在伴有严重的呼吸道感染的1型脊髓性肌萎缩患者身上,属于神经系统并发症,并被认为可能与基因治疗Zolgensma相关。已经对死亡患者进行了尸检,检测结果正在等待当中。同时,试验调查员和监管机构已获悉了此消息。”

脊髓性肌萎缩症是由于SMN1基因缺陷或缺失造成的遗传疾病。由于SMN1基因不能正常工作,患有1型SMA 的婴儿会迅速失去掌管肌肉功能的运动神经元。这会导致患者无法进行呼吸、吞咽、说话和行走等基本功能。如果不接受治疗,婴儿的肌肉会出现进行性肌无力,最终导致瘫痪或死亡。该病患者通常无法活过两周岁。诺华预计,如果不进行治疗,50%的1型SMA婴儿将无法生存,或者在10.5个月大的时候需要永久的呼吸支持。

基因疗法Zolgensma通过使用工程病毒将健康的遗传物质携带到人体细胞中,以替代导致疾病的有缺陷或突变的基因。Althoff表示,“会随着调查了解的进一步深入,对外提供进一步的更新信息。”

Zolgensma是诺华在2018年5月以87亿美元收购AveXis获得的一款一次性脊髓性肌萎缩基因疗法,目前正在接受美国FDA的优先审查,预计2019年5月将收到审查结果;在日本和欧盟预计今年上半年和下半年收到审查结果。诺华表示,Zolgensma的价格将在与健康计划的谈判中确定,但它相信基因疗法作为一次性治疗将具有400-500万美元的成本效益,虽然价格高昂,但诺华认为此价格物有所值。(生物谷Bioon.com)

Nat Sci Rev:中国科学家成功将人类大脑基因插入到了猕猴基因组中

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2019年5月6日 讯 /生物谷BIOON/ –近日,一项刊登在国际杂志National Science Review上的研究报告中,来自中国科学院昆明动物研究所的科学家们通过将参与大脑生长的人类基因插入到猴子的基因组中,制造出了多个转基因猕猴,文章中,研究人员描述了他们如何在猕猴出生后对其进行相关的实验。

Nat Sci Rev:中国科学家成功将人类大脑基因插入到了猕猴基因组中

图片来源:CC0 Public Domain

如今生物学家开始在人类机体中利用基因编辑技术,旨在预防人类疾病的发生并深入研究人类的发育奥秘。这项研究中,研究人员将名为MCPH1的人类基因插入到了多个猕猴机体中,并以这种方法来研究人类大脑发育的机制;此前研究结果表明,MCPH1基因会参与大脑的生长发育,而不携带该基因的婴儿则会出现大脑变小的状况。

为了将基因整合到猴子基因组中,研究人员将携带该基因的病毒注射到猕猴胚胎中,并促进猕猴自然发育,最后11只携带修饰后基因组的猕猴出生了,但仅有5只存活了下来,研究人员对这5只猕猴进行了检测来阐明人类基因对其发育和机体能力会产生什么影响。研究者表示,没有一直猕猴的大脑比正常水平大,但在记忆测试和处理能力方面,所有猕猴都要比平均水平表现得更好。

这项在中国进行的研究具有一定的争议,因为相关研究并未获批在别的国家进行;目前科学家们已经达成共识,即将与人类大脑发育相关的基因插入到猴子基因组中去,这无疑跨越了一条道德底线;有些研究者则认为该研究会制造出像电影《人猿星球》中出现的猴子,如果这些猴子被修饰成为像人类一样思考的物种的话,那么其地位又该如何呢?

基于这一原因,大多数科学家都并不愿意参与这样的研究,实际上,参与这项研究且来自美国北卡大学的研究人员表示了他们的想法,他们认为,创造在某些方面具有人类大脑力量的猴子或许并不是一个好的研究思路和方向,但目前他们仅协助对基因组修饰后的猴子进行MRI的分析来评估其大脑的容量。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Lei Shi,Xin Luo,Jin Jiang,et al. Transgenic rhesus monkeys carrying the human MCPH1 gene copies show human-like neoteny of brain development, National Science Review (2019). DOI: 10.1093/nsr/nwz043

基因测序同质化严重 100美元测序门槛待突破

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基因测序同质化严重 100美元测序门槛待突破

全球基因测序产业市场规模在2022年将达到124.5亿美元,其中亚太地区将达到23.9亿美元。到2020年,中国基因测序行业市场规模将达到98亿元左右。

基因测序行业市场规模有多大?仅以人体来说,全世界现在有超过70亿人口,但是有基因数据的才不到3000万。目前全球各国政府正主导本国人类基因组计划,共有13个国家出台人类基因组计划,覆盖全球数百万人口。

中国基因测序行业大致经历了无监管、政府叫停、卫计委监管、全面发展四个阶段,2014年3月,卫计委监管基因测序行业之后,国家政策频频出台,助推行业发展。“十三五”期间,国家多项规划提出支持基因测序行业发展,研发基因测序新技术,将新型基因测序仪纳入重大产品研发重点发展方向等。

尽管有政策利好不断推出,但决定基因测序爆发的关键因素在于测序价格。

100美元关口等待突破

未来对测序的需求还处在起步阶段,其中核心工作之一就是有能让人接受的测序服务价格。将人类全基因组测序价格降至100美元是基因测序行业追逐的共同目标。

其中,基因测序仪资产重、投入大,处于基因检测行业上游位置,也是整个行业门槛最高的一环,降低基因测序价格,基因测序仪是最重要的环节之一。

Illumina2010年推出HiSeqX,将基因组的成本降至1000美元。在推出NovaSeq6000时,Illumina称这款机器会带领行业走进100美元时代。

可以预测的是,测序仪市场已经在爆发前夜,100美元时代或许已经不远。国内不少基因测序概念股今年年初也一度快速拉升,包括北陆药业(300016.SZ)、贝瑞基因(000710.SZ)、迪安诊断(300244.SZ)、安科生物(300009.SZ)、金域医学(603882.SH)、佐力药业(300181.SZ)、达安基因(002030.SZ)等。

北陆药业是因为公司持有世和基因20%股份,后者为国内基因测序龙头企业之一,其国内首批肺癌靶点全覆盖NGS试剂盒已经获批,有望带动收入高速增长,2018年收入增速超过50%。

在NIPT业务板块的发展上稳扎稳打,技术上依托Illumina的NextSeqCN500测序平台的贝瑞基因,产品可搭载高通量芯片和中通量芯片两种测序芯片。

安科生物上市十年,通过自主创新与外延收购丰富产品线和产业布局,目前已形成基因检测、诊断、靶向药物开发、肿瘤免疫治疗、细胞治疗等精准医疗全产业链布局。

在质谱和基因检测两大平台逐步完善下,迪安诊断的产品竞争力和产品线优势都得到增强,正在全国化布局下进一步延伸渠道网络,中银国际对此给出了买入评级。

金域医学则在2017年新增基因检测项目44项,并先后与全球基因测序巨头Illumina、“NIPT(无创产前检测)之父”卢煜明开展深度合作。随着公司技术的不断成熟和高端个性化检测项目需求的提升,特检类收入占比有望进一步提升。

此外,国内不乏基因测序仪相关概念股,也有创业公司切入该领域。因操刀人类首例基因编辑婴儿陷入舆论旋涡的贺建奎,亦曾创立公司发布测序仪。

梳理发现,目前国内从事基因测序服务的公司已超过600家,其中华大基因前高管出走成立的公司就超过30家。这600多家公司里有自己的技术、产品、实验室的公司不超过200家。

生产测序仪需要机械、电子、化学、物理、分子生物学、信息软件等多学科技术结合,高端装备制造业似乎也难以涵盖测序仪的生产工艺范围。除了新能源和空间技术,测序仪的研发生产融合了所有在第三次工业革命中出现的新技术。用于临床需要大规模试验,量产更是需要对供应链的掌控,这并非创业公司所能切入的。

实际上,如此细分领域有数百家公司,致使国内基因测序服务同质化严重,对营销的投入力度远超过研发。部分创业公司发布的测序仪实际上是“贴牌”测序仪,即采购测序仪后稍加改造贴上公司商标;也有不少名字里含有“基因”的公司,业务仍以销售为主。

基因测序谁是王者

目前全球范围内拥有高深度人全基因组测序技术平台的代表企业主要是中国的华大智造和美国Illumina,后者为全球测序仪的主导者。

从财务数据看,华大智造和Illumina不在一个量级。2018年上半年,Illumina营收为16.12亿美元,是华大智造同期的40倍左右。但华大智造营收增速更快,三年来收入复合增速超过200%。而Illumina2018年收入较之三年前(2015年,22.20亿美元)只增长了50%,三年来收入复合增速不足20%。

Illumina最新的测序仪NovaSeq6000发布于2017年,NovaSeq6000系统最大输出为6000Gb(接近6TB),运行时间为19~40小时,如果要完成6000Gb的输出量NovaSeq6000运行时间为40小时。这也是当时市场上最为先进的测序仪。

2018年10月,华大智造发布超高通量测序仪MGISEQ-T7。T7单日数据量可达6Tb,仅以日产出6TB数据的速度来看,T7已经超过Illumina的NovaSeq6000。华大智造称,T7目前已收到来自全球客户共两位数的预定意向。

从研发投入来看,2016~2018年,Illumina研发费用分别为5.04亿美元、5.46亿美元和6.23亿美元。相比之下,华大智造成立至今研发投入总计50亿余元人民币,并不算多。

在测序仪盈利能力方面,尽管华大智造管理层三缄其口,但作为华大基因关联公司,华大智造核心财务数据还是得以暴露。

华大智造2017年收入为5.03亿元,净利润仅为619.22万元。进入2018年后,华大智造盈利能力迅速提高。2018年上半年,华大智造营收为2.76亿元,净利润为4954.17万元,占比达17.95%;同期华大智造全资子公司武汉华大智造科技有限公司营收为5673.44万元,净利润为1079.72万元,占比为19%。截至目前,华大智造测序仪全球装机量超过1100台,范围涵盖16个国家及地区,用户超过300家,累计产出数据超过20PB,发表高水平科研论文超过300篇。

但值得注意的是,华大智造的关联交易占比非常高,甚至因此遭到深交所问询,其最大的客户是华大基因,两家公司最终实控人可追溯至华大控股。2017年华大基因向华大智造采购额为2.92亿元,为华大智造贡献超六成收入;2018年上半年,华大基因向华大智造采购额为1.37亿元,占华大智造营收比例接近一半;同时期华大基因向武汉华大智造科技有限公司采购额为4285.12万元,占后者营收比例超过七成。

如果说高关联交易率令华大智造盈利能力存疑,美股上市公司、全球基因测序仪龙头公司Illumina的财务数据,则能作为测序仪公司盈利能力的重要参考。Illumina财报显示,2018财年公司收入为33.33亿美元,净利润为8.26亿美元,净利率为24.78%。(生物谷Bioon.com)

中国科学家破译距今约3800年古小麦全基因组

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中国科学家破译距今约3800年古小麦全基因组

小麦进入中国后是如何传播扩散的。中国科学家近期在古代小麦研究领域取得重大进展,成功测定并分析了首例距今约3800年的小麦全基因组序列,证明了古代小麦与中国西南地区现存的普通小麦地方品种的密切关系,提出普通小麦从青藏高原边缘到长江流域的扩散路线。

这项研究系古代小麦基因组研究的首次尝试,为理解东西方文化交流以及农业传播提供了跨时间维度的直接证据。

吉林大学生命科学学院、吉林大学边疆考古研究中心教授崔银秋介绍,六倍体普通小麦是世界上最重要的粮食作物之一。普通小麦驯化始于大约1万年前近东的新月沃地,然后向西扩散到欧洲,向东扩散到东亚。然而,小麦进入中国的传播途径仍不清楚。

为揭开未解之谜,研究人员克服了古植物中DNA含量极低、降解损伤严重的困难,从新疆文物考古研究所提供的距今3800年的单粒小麦种子中成功提取到其基因组DNA,并利用新一代测序技术对中国新疆小河和古墓沟墓地出土的7粒古代小麦种子进行了全基因组测序和序列组装。

崔银秋介绍,基因组数据分析和形态学观察均证明出土的小麦为六倍体普通小麦;通过与来自中国以及世界各地的现代六倍体小麦品种的RNA-seq(转录组测序)数据进行系统发育分析,证明了古代小麦与中国西南地区现存的普通小麦地方品种的密切关系。

研究发现,青藏高原现代地方品种与古代小麦高度相似的等位基因频率,为小麦向高原传播的西南途径提供了更加直接以及有力的分子依据。同时,该项研究还提出了普通小麦从青藏高原边缘到长江流域的扩散路线。

专家认为,该研究结果为中国种植的现存小麦地方品种的栽培起源、扩散和遗传改良提供了重要信息。(生物谷Bioon.com)

 

Nat Commun: 新研究揭示面部容貌与基因的关联

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2019年6月12日 讯 /基因宝jiyinbao.com/ –根据最近发表在《Nature Communications》杂志上的一项研究,研究者们找到了DNA与面部容貌之间的关系。

我们的外表,包括面部容貌,都与遗传因素相关。科学家已经确定了多个影响我们脸部形状的基因,然而,这并不意味着我们可以根据DNA样本绘制某人的脸。 “我们相信我们脸部的形状是由数以千计的基因决定的,也取决于其它环境因素,例如我们吃的食物和其他生活条件等。因此,我们不可能单独用DNA来准确预测容貌。”然而,对于法医分析和其他应用来讲,找到DNA样本与DNA数据库中的某个人之间的匹配关系就已经足够。

Nat Commun: 新研究揭示面部容貌与基因的关联
(图片来源:Www.pixabay.com)

如今,研究人员开发出一种反向的识别方法:“我们不是通过DNA检测确定面容,而是试图通过面容特征确定DNA。使用特殊的软件,我们测量每个面部特征,并检查这个面部特征是否反映了某个特定的遗传特征。“随着我们识别的基因越多,这种方法就越准确。”

然而, 要想真正推进这一技术,需要首先普及大型面部数据库。此外,还有一个需要考虑的道德法律问题。 “使用包含DNA或面孔等私人信息的数据库需要严格监督,以防止滥用造成负面的影响。”(生物谷Bioon.com)

资讯出处:From face to DNA: New method aims to improve match between DNA sample and face database

原始出处:Dzemila Sero, Arslan Zaidi, Jiarui Li, Julie D. White, Tomás B. González Zarzar, Mary L. Marazita, Seth M. Weinberg, Paul Suetens, Dirk Vandermeulen, Jennifer K. Wagner, Mark D. Shriver, Peter Claes. Facial recognition from DNA using face-to-DNA classifiers. Nature Communications, 2019; 10 (1) DOI: 10.1038/s41467-019-10617-y

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