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基因疗法获FDA再生医学先进疗法认定 3期试验今年启动

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基因疗法获FDA再生医学先进疗法认定 3期试验今年启动

 

日前,Krystal Biotech公司宣布,其基因疗法KB103在2期临床试验中取得积极结果,治疗营养不良性大疱性表皮松解症(DEB)。该疗法同时获得了FDA授予的再生医学先进疗法(RMAT)认定,RMAT认定旨在加快再生医疗产品(包括基因治疗产品)的开发和批准。

DEB是一种罕见的慢性遗传性疾病,患者编码VII型胶原蛋白(COL7)的基因出现突变,皮肤中缺少胶原蛋白,从而导致表皮与真皮分离。患者皮肤异常敏感脆弱,轻微的摩擦或打击便会导致皮肤起泡或脱落,为其带来难以忍受的痛苦。目前尚无这种疾病的获批治疗方法。

KB103是一种复制缺陷型、非整合型病毒载体,利用Krystal公司的STAR-D平台进行工程化生产,可将具备正常功能的人类COL7A1基因直接递送至患者的分裂和未分裂皮肤细胞。HSV-1与其他病毒载体相比,可更有效地穿透皮肤细胞。同时,HSV-1可以容纳体积大且数量多的基因,加之其低免疫原性,成为直接和重复递送转基因至皮肤细胞的合适载体

在KB103的2期临床试验(GEM-2)中,6名皮肤受伤患者通过KB103治疗后5名患者达到100%伤口闭合,KB103处理伤口达到100%伤口闭合的平均时间为23天。除了其中一例慢性伤口,其余经KB103治疗后可保持90天的100%伤口闭合。

GEM研究的首席研究员、斯坦福大学的皮肤病学副教授Peter Marinkovich博士提到,目前迫切需要为大疱性表皮松解症(EB)患者提供新的治疗方法,尤其是为患有这种疾病的患者提供简便、无痛的治疗方法缓解其病痛。KB103的1、2期临床试验的积极结果让人们看到了治疗大疱性表皮松解症的新希望。该公司计划在今年年底之前启动关键性3期临床试验。(生物谷Bioon.com)

Nature:揭秘BRCA1基因功能有望帮助开发治疗乳腺癌和卵巢癌的新型疗法

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2019年7月8日 讯 /生物谷BIOON/ –近日,一项刊登在国际杂志Nature上的研究报告中,来自伯明翰大学等机构的科学家们通过研究发现了BRCA1基因发挥功能的新型通路,其或有望帮助理解卵巢癌和乳腺癌发生的分子机制。

Nature:揭秘BRCA1基因功能有望帮助开发治疗乳腺癌和卵巢癌的新型疗法

图片来源:NIH

研究者Manolo Daza-Martin表示,没有两个人从生下来就是一样的,因此不同人在一生中患病的风险也是并不相同的,这或许就是机体基因天然改变所造成的结果。除了发生自然变异以外,大约每一千人中就有一人会从父母一方遗传BRCA1突变基因。此前研究结果表明,在细胞中BRCA1基因能够产生帮助修复破碎DNA损伤的特殊蛋白,因此遗传了错误BRCA1基因的人群或许就不太能够有效修复机体中积累的DNA损伤了,这就会使其患卵巢癌和乳腺癌的风险增加。

当细胞在复制DNA上出现困难使其更容易发生破碎时就会引发DNA损伤,当细胞中的复制机器出现故障时,BRCA1就能保护DNA免于损伤,但研究人员并不清楚其中的分子机制;这项研究中研究人员通过研究发现,BRCA1能够改变形状来保护易损的DNA直到细胞中的复制机器重新恢复功能;此外,研究者还发现,在乳腺癌和卵巢癌(含有家族史的人群)患者中,BRCA1在DNA复制过程中的保护性角色或许处于失活状态,而其破碎修复功能仍然处于活性状态。

研究者Ruth Densham指出,BRCA1就好像一个DNA损伤现场协调员(DNA Damage Scene Coordinator),其角色就是协调应急反应单元来帮助修复DNA损伤,BRCA1会根据场景来改变自身的形状,这种形状变化会改变细胞的反应方式。本文研究对于理解癌症发生的机制非常重要,同时研究人员也有望找到抑制肿瘤进展的新方法。后期研究人员将会深入研究阐明在癌症发生过程中BRCA1在DNA复制功能中所扮演的关键角色。

英国女性在其一生中患乳腺癌的概率为12.5%,在每年被诊断为乳腺癌的5万名患者中,大约有5%的患者会携带像BRCA1这样的遗传基因缺陷。BRCA1携带者患乳腺癌的概率为60%-90%之间,而且其患卵巢癌的概率大约为40%-60%,而每名女性患病的确切数字会因很多事件而改变,比如年龄、受影响家庭成员的数量及基因缺陷的确切性质。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Manuel Daza-Martin, Katarzyna Starowicz, Mohammed Jamshad, et al. Isomerization of BRCA1–BARD1 promotes replication fork protection, Nature (2019). DOI: 10.1038/s41586-019-1363-4

宏基因组&代谢组学:两大组学共同揭示结肠直肠癌中肠道菌群的阶段特异性表型

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宏基因组&代谢组学:两大组学共同揭示结肠直肠癌中肠道菌群的阶段特异性表型

 

近期,日本大阪大学 Shinichi Yachida 及其研究团队在医学著名期刊 Nature Medicine (IF=30.641)上发表题为“Metagenomic and metabolomic analyses reveal distinct stage-specific phenotypes of the gut microbiota in colorectal cancer ”的文章。采用宏基因组和代谢组联合分析,检测结肠直肠癌不同阶段的粪便样本,揭示结肠直肠癌中肠道菌群的阶段特异性表型,为 CRC 发展阶段的诊断提供方法。

研究结果

1.粪便样本中宏基因组和代谢组学特征

为研究 CRC 中宏基因组和代谢组的特征,根据结肠镜和组织学检查结果分为9组,图1分别对616例宏基因组数据和406例代谢数据进行分析,结果发现富含芽孢杆菌属的受试者具有低丰度的普氏菌,与健康对照组相比 Megamonas 菌属(巨单胞菌属)在118例患者中为高丰度,在 CRC 发展的各个阶段显着升高。主成分分析(图 1 b)确定了拟杆菌属和普氏菌为人类肠道肠型的主要贡献者,在 PCA 中二氢尿嘧啶和尿素差异明显,但 PCA 分析未呈现出阶段的特异性。

2.癌症不同阶段特异性分类和代谢组学特征

为研究癌症不同阶段特异性分类和代谢组学特征,通过 CRC 不同阶段与健康对照组相比,在 MP 和 S0组微生物转移差别较大,Fusobacteria(梭杆菌门)、Firmicutes(拟杆菌门)、Bacteroidetes(硬壁菌门)随着肿瘤恶性程度增加而增加,其中 Fusobacteria 在两个阶段均升高,Firmicutes 和 Bacteroidetes 具有阶段特异性(图 2a)。与健康对照组相比,共有65种代谢物在至少一个阶段为显着差异。胆汁酸,短链脂肪酸,氨基酸和中心碳代谢物质与肠道微生物群密切相关(图2c)。与健康对照组相比在 MP 中脱氧胆酸(DCA)浓度增加,在 S0中甘氨酸盐、牛磺酸盐和支链氨基酸(异亮氨酸、亮氨酸、缬氨酸等)浓度增加。B. wadsworthia是 MP 中唯一与 DCA 相关的物种(图 2d)。A. parvulum 在 MP 和 S0组中丰度显着增加,且与A. parvulum 相关的细菌显着增加(图 2e,f)。

3.KEGG 和 GO 分析微生物基因与 CRC 相关的变化

为找到微生物基因与 CRC 的关系,通过对微生物基因组进行 KEGG 和 GO 分析,发现与健康对照组相比,1,243个 KEGG 和 KO 基因显着上调,96个下调(图 3a)。通过修改 KEGG 途径模块,限制细菌生成和降解的途径,重新呈现基因丰度(图 3b)。芳香族氨基酸代谢和硫化物生产途径与 CRCs 相关,参与苯丙氨酸和酪氨酸生物合成的基因显着升高,其中 PHC 为鉴别 S0患者与健康对照组的首选指标(图 3b)。参与苯丙氨酸降解的基因主要在 MP 中增加,参与产生遗传毒性硫化氢的 DSRA(异化硫酸盐还原酶亚基A)在 SIII/IV 中显着升高(图 3b)。

4.CRC 进展期的微生物动力学及其诊断

为研究肠道宏基因组和代谢组学数据可以作为诊断标志物,作者构建了随机森林和 LASSO 逻辑回归分类来区分健康对照与 S0、SIII / IV 病例。分别基于物种、 KO基因、代谢物或三者的组合构建了四种模型。在 S0、SIII / IV 分类中组合型模型的分类潜力优于单个模型(图4b,c),随机森林分类区别 CRC 患者 S0和 SIII / IV 期的 ROC 曲线下面积分别为0.78和0.85。

总结: 本文对616名接受结肠镜检查的人进行了粪便宏基因组和代谢组学研究,发现除了晚期病变外,在 MP 和 S0病例中生微生物组和代谢组变化明显。核梭杆菌属相对丰度在 S0至 SIV 期持续升高,Atopobium parvulum 和 Actinomyces odontolyticus 在 MP 和 S0中显着增加。代谢物分析表明 S0支链氨基酸和苯丙氨酸含量显着增加,胆汁酸(包括脱氧胆酸)在 MP 和 S0中显着增加。微生物群和代谢物的变化发生在结直肠癌发展的早期阶段,这具有重要的病因和诊断意义。(生物谷Bioon.com)

 

 

 

小编推荐会议  2019临床质谱与高端医学检验发展论坛

http://meeting.bioon.com/2019CMSPMT?__token=liaodefeng

Science:癌基因的另类用途——帮助鹿角生长!

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2019年8月24日讯 /生物谷BIOON /——鹿角是动物王国中生长最快的骨头之一:鹿、驼鹿、麋鹿和驯鹿在交配季节前的一个月内会长出长达半米的新骨头。现在,研究它们基因组的研究人员已经发现了其中的原理。促进和抑制癌症的基因是部分原因,这表明骨组织可能揭示了对抗癌症的新方法。
这项研究始于中国科学家和他们在国外的同事对44种反刍动物的基因组进行测序,包括牛、鹿、长颈鹿、叉角羚和其他具有复杂胃来消化植物的哺乳动物。这些反刍动物中有许多会长出骨质突出物,包括长颈鹿的皮肤和毛发覆盖的骨小骨;牛的角,有一个额外的硬鞘;叉角羚,每年都有鞘脱落;还有每年脱落的鹿角、麋鹿角和驼鹿角。
Science:癌基因的另类用途——帮助鹿角生长!
图片来源:https://cn.bing.com
然后,科学家们寻找这种头饰进化和发展的基因基础。来自中国西安西北工业大学的遗传学家Qiang Qiu和他的同事们在绵羊、山羊和鹿的16个活组织中,包括角和鹿角,找出了哪些基因是活跃的。他们还评估了哪些基因在某些动物的胚胎发育中起作用。
他们发现,所有这些动物的祖先都曾进化出角和鹿角。此外,Qiu和他的同事近日在《Science》杂志上报道说,当帮助构建神经、骨骼和皮肤组织的基因发生变化,并在形成这些骨突起时变得活跃时,就会出现这些新的结构。特别是,与骨骼形成和胚胎组织神经嵴的发育有关的基因的改变,可能是导致头饰出现的首要原因。作为骨帽起源单一的进一步证据,中国水鹿和两种没有鹿角的麝都有一个与骨形成相关的基因突变。
研究人员在普通鹿身上发现了八种活跃的基因,它们通常参与促进肿瘤的形成和生长。Qiu说,这表明鹿角的生长更像骨癌,而不是典型的骨头。然而,与肿瘤生长不受控制的骨癌不同,鹿角的生长受到抑制肿瘤和抑制肿瘤生长基因活性的严格控制。
Science:癌基因的另类用途——帮助鹿角生长!
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俄勒冈大学尤金分校的进化古生物学家Edward Davis没有参与这项研究,他表示:”鹿角基本上是利用一种可控的骨癌生长方式。”肿瘤促进基因的参与并不令人惊讶;令人惊讶的是癌症控制基因的参与。
但这一惊喜可能不仅仅是促进了鹿茸的生长。Qiu说,抑制癌症生长的基因通常也能预防癌症。例如,动物园记录的鹿患癌症的几率比其他哺乳动物低5倍,Davis说,这可能是鹿角进化的”意外惊喜”。(生物谷Bioon.com)
参考资料:

【1】Elizabeth Pennisi. Cancer genes help deer antlers grow. Science. DOI:10.1126/science.aay4620

【2】Yu Wang et al. Genetic basis of ruminant headgear and rapid antler regeneration. Science  21 Jun 2019: Vol. 364, Issue 6446, eaav6335 DOI: 10.1126/science.aav6335

新研究:成年肥胖可能源自幼年基因变异

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新研究:成年肥胖可能源自幼年基因变异

英国和芬兰研究人员的一项最新研究显示,与成年人肥胖风险相关的众多基因变异可能在幼年阶段就开始显现迹象,这一新发现或许有助找到更好的预防肥胖方式。

婴儿出生后,身体质量指数往往会快速上升,直到9个月大,相关数值才开始下降,这一状态会维持到5至6岁左右。此前研究显示这段时期的身体质量指数变化较大,对日后是否会出现肥胖非常重要。一般来说,过了这个时期,幼儿的身体质量指数会稳步回升直到成年的早期阶段。身体质量指数是国际上衡量人体胖瘦程度与健康状态的一个较常用标准。

为了找到这种变化背后的原因,英国帝国理工学院、英国萨里大学以及芬兰奥卢大学的研究团队分析了超过2.2万名幼儿的身体质量指数等指标,并对比了他们的遗传构成。

这项刊登在新一期美国《科学进展》杂志上的研究成果显示,尽管与婴儿阶段身体质量指数相关的一组独特基因变异对日后的体重变化影响很小,但部分与成年后身体质量指数有关的基因变异却在幼儿阶段(4岁至7岁)就开始发挥作用。

报告作者之一、帝国理工学院的玛丽奥-里塔·耶尔韦林教授说,有近100个基因变异会在一个人成年后增加肥胖风险,而这些变异似乎在大约4岁的阶段就开始发挥作用。“我们的研究显示成年人肥胖的源头或许在童年早期阶段,并且在人的生命轨迹中有一个清晰的窗口期可考虑用于更好地预防肥胖”。(生物谷Bioon.com)

 

丙肝泛基因型疗法!艾伯维Mavyret(艾诺全)8周方案获批,治疗初治伴代偿性肝硬化患者!

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丙肝泛基因型疗法!艾伯维Mavyret(艾诺全)8周方案获批,治疗初治伴代偿性肝硬化患者!
2019年09月28日/基因宝jiyinbao.com/–生物技术巨头艾伯维(AbbVie)近日宣布,美国食品和药物管理局(FDA)已批准泛基因型丙肝药物Mavyret(中文商品名:艾诺全,glecaprevir/pibrentasvir,GLE/PIB,格卡瑞韦/哌仑他韦)每日一次8周方案,用于治疗初治(未接受治疗)、伴代偿性肝硬化、全部基因型(GT1-6)丙肝儿童(年龄≥12岁,体重≥99磅)和成人患者。之前,Mavyret在伴有代偿性肝硬化丙肝患者中批准的治疗方案为12周或更长疗程。在美国,Mavyret于2017年8月获得FDA批准,作为一种8周泛基因型方案,用于初治、无肝硬化的丙肝患者。
此次批准,使Mavyret成为美国市场批准治疗所有初治、无肝硬化或伴有代偿性肝硬化的全部基因型(GT1-6)丙肝成人和某些儿童患者的第一个8周治疗方案。
此次标签扩展基于IIIb期EXPEDITON-8研究的数据。这是一项非随机、单臂、开放标签、多中心研究,评估了Mavyret在初治、伴有代偿性肝硬化、全部基因型(GT1-6)丙肝成人患者中的疗效和安全性。该研究包括2个队列:队列1为初治、伴有代偿性肝硬化的基因型1、2、4、5、6丙肝患者,队列2为初治、伴有代偿性肝硬化的基因型3丙肝患者。研究中,共343例患者接受了Mavyret(每日口服一次)8周方案治疗。
结果显示,Mavyret 8周方案的病毒学治愈率达到了98%(SVR12,n=335/343)。研究中报告了一次复发,没有患者因不良事件停止治疗。代偿性肝硬化患者(n=343)中报告的不良事件(>5%)包括疲劳(8%)、瘙痒(7%)和头痛(6%)。
艾伯维综合医学和病毒学治疗领域副总裁、医学博士Janet Hammond表示:“虽然美国已经为超过10万例慢性丙型肝炎患者处方了Mavyret,但仍有相当数量的患者需要选择,这项批准为更多的丙型肝炎患者提供了一个在8周内治疗其疾病的选择。”
美国威尔康奈尔医学院医学教授Robert S. Brown指出:“目前的指南建议对初治、伴有代偿性肝硬化的丙肝患者采用12周的泛基因型疗法。来自EXPEDION-8研究的数据显示,Mavyret 8周方案的病毒学治愈率高达98%,此次批准将简化对初治、伴代偿性肝硬化丙肝患者的护理。由于美国仍有230多万人患有慢性丙型肝炎,获得短疗程的8周治疗方案可以帮助我们更接近实现世界卫生组织(WHO)提出的2030年消灭丙型肝炎的目标。”
丙肝泛基因型疗法!艾伯维Mavyret(艾诺全)8周方案获批,治疗初治伴代偿性肝硬化患者!
Maviret是一种泛基因型、每日一次、无利巴韦林方案,由固定剂量的2种独特抗病毒制剂组成,其中glecaprevir(格卡瑞韦,100mg)是一种NS3/4A蛋白酶抑制剂,pibrentasvir(哌仑他韦,40mg)则是一种NS5A抑制剂。在美国,Mavyret被FDA批准用于全部基因型(GT1-6)慢性丙型肝炎病毒(HCV)成人感染者。用药方面,Maviret每日服药一次,每次服用3片,与食物同服。
Mavyret是一种8周泛基因型方案,用于治疗初治、无肝硬化或伴有代偿性肝硬化的全部基因型(GT1-6)丙肝患者,这些患者占丙肝患者群体的大多数。Mavyret也被批准用于治疗有特殊挑战的患者,包括那些既往接受过蛋白酶抑制剂或NS5A抑制剂治疗(但不是同时治疗)未能治愈的GT1丙肝患者、治疗方案有限的患者,如伴有重度慢性肾脏病(CKD)的患者或基因型3(GT3)丙肝患者。
Mavyret是一种泛基因型疗法,已被批准用于伴有各个阶段CKD的丙肝患者。需要指出的是,Mavyret禁止用于伴有中度或重度肝损害(Child-Pugh B或C)或有任何肝失代偿史的患者,同时也禁止用于服用阿扎那韦(atazanavir)和利福平(rifampin)的患者。
值得注意的,今年8月底,FDA发布药物安全警告:3款丙肝药物导致严重肝损伤的罕见发生。该机构表示,已收到报告称,使用艾伯维Mavyret(艾诺全®)、默沙东Zepatier(中文商品名:择必达®,elbasvir/grazoprevir,艾尔巴韦格拉瑞韦片,)、吉利德Vosevi(sofosbuvir/velpatasvir/voxilaprevir,索磷布韦/维帕他韦/伏西瑞韦片)治疗伴有中度至重度肝功能受损的慢性丙型肝炎(CHC)患者导致肝功能恶化或肝功能衰竭的罕见病例。
在中国市场,上述三款丙肝药物中,默沙东Zepatier(择必达®)于2018年4月28日获得批准,用于基因型1、4慢性丙肝成人患者。艾伯维Maviret(艾诺全®)于2019年5月15日获得批准,用于治疗全部主要基因型(GT1-6)HCV感染的无肝硬化或代偿期肝硬化丙肝成人患者。Maviret可8周治愈丙肝,凭借”较上市产品有治疗优势”纳入国家局发布的第二批临床急需境外新药名单中。
今年6月12日,吉利德Vosevi(索磷布韦/维帕他韦/伏西瑞韦片)在中国的上市申请获得承办,受理号为JXHS1900078,该药已被纳入国家局发布的第一批临床急需境外新药名单中。(生物谷Bioon.com)

Nature:重磅!科学家在人类癌症基因组非编码区域中鉴别出关键的致癌突变

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2019年10月14日 讯 /生物谷BIOON/ –近日,一项刊登在国际杂志Nature上的研究报告中,来自加拿大安大略省癌症研究所的科学家们通过研究在人类癌症基因组中的大量非编码区域(也被称之为人类癌症DNA的“暗物质”)中发现了一种新型的致癌突变;这种突变或能作为一种新型潜在的治疗靶点,帮助科学家们开发治疗多种类型癌症的新型疗法,包括脑癌、肝癌和血液癌症等。

Nature:重磅!科学家在人类癌症基因组非编码区域中鉴别出关键的致癌突变

图片来源:CC0 Public Domain

研究者Lincoln Stein表示,非编码DNA在基因组中占到了98%的比例,其对于科学家们而言非常难以研究,而且其因为不编码蛋白质经常会被忽略。通过仔细分析这些区域,研究人员在DNA代码的一个碱基中发现了改变,其或能驱动多种类型癌症的发生,研究人员或能利用这种新型癌症机制来开发治疗包括癌症在内多种疾病的新型疗法。

这种名为U1-snRNA突变的特殊突变会干扰正常RNA的剪接过程,从而改变致癌基因的转录,这些分子机制或能提供新型通路帮助治疗携带特殊突变的癌症类型,其中一种潜在的治疗手段包括重新定向当前的药物,通过绕过早期药物的开发阶段加速临床应用等。这项研究中,研究人员意外发现了一种全新的方法来治疗多种难以治疗、且死亡率较高的癌症类型,研究者表示,只要DNA编码出现一个“错误”,其就会产生数百种突变蛋白,研究者能够利用当前现有的免疫疗法来锁定这些突变蛋白。

研究者在特定脑癌亚型患者中发现了U1-snRNA突变,这些亚型患者的样本包括几乎所有来自成年sonic hedgehog髓母细胞瘤患者的样本;此外,这种突变还存在于慢性淋巴细胞白血病患者和肝细胞癌患者机体中。最后研究者Laszlo Radvanyi说道,基于本文研究结果,后期我们还会继续深入研究,利用这种新型致癌突变作为新型靶点开发治疗多种癌症类型的新型疗法。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Shimin Shuai, Hiromichi Suzuki, Ander Diaz-Navarro, et al. The U1 spliceosomal RNA is recurrently mutated in multiple cancers, Nature (2019) doi:10.1038/s41586-019-1651-z

Hiromichi Suzuki, Sachin A. Kumar, Shimin Shuai, et al. Recurrent non-coding U1-snRNA mutations drive cryptic splicing in Shh medulloblastoma, Nature (2019)  doi:10.1038/s41586-019-1650-0

重磅基因编辑工具诞生 它究竟牛在哪里?

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重磅基因编辑工具诞生 它究竟牛在哪里?

 

今日,顶尖学术期刊《自然》在线发表了一篇关于基因编辑的重要论文。来自Broad研究所的CRISPR大牛刘如谦(David Liu)教授团队开发了一种新型的基因编辑技术,有望修复大约89%的已知人类致病变异。这项研究在发表之前,就已经在一些学术会议上得到了很多科学家的关注。正式上线后,更是引起了业内的点赞和热议,被认为是“极为重要”的成果。

那么,这项技术究竟牛在哪里?要讲清楚这一点,我们还要先看看传统的基因编辑是怎么做的。

目前,应用最为广泛的基因编辑技术之一,便是CRISPR-Cas9系统。在这套系统里,Cas9蛋白会在目标DNA序列上切出口子,造成双链DNA断裂。随后,再利用同源重组等方法,在DNA修复的过程中对基因组进行编辑。

这一方法虽然有效,但很粗暴。打个比方,这就好像一页书上有错别字,为了修正书上的错误,要把这整页书给撕下来,再重新粘上一页那样。可以想象,这样的工作谈不上优雅,也容易产生潜在的问题。

过去,包括刘如谦教授课题组在内,一些科学家们开发出了“单碱基编辑系统”。与传统的CRISPR-Cas9系统不同,它将经过修饰的Cas9蛋白与另一种酶直接融合在一起。在目标DNA位点,它不会切开DNA链,而是对单个碱基进行修改,如将A变成G,或是把C变成T。这一方法能够对点突变进行“微调”,不过并不适合大段大段的修改。此外,它只能进行四种修改(比如不能把T变成A),还存在潜在的脱靶问题。

而在今日的这项研究中,我们见证了一种新型基因编辑技术的诞生。这种技术被称为“先导编辑”(prime editing),核心之一是一种由Cas9蛋白与逆转录酶(reverse transcriptase)融合而成的特殊蛋白。该技术的另一个关键是一种特殊的gRNA,它被研究人员们称为“pegRNA”,其中pe是“先导编辑”英文单词的两个首字母。

与普通的gRNA不同,这种pegRNA不但能够结合想要进行编辑的特定DNA区域,还自带“修改模板”。Cas9-逆转录酶融合蛋白会在pegRNA的引导下,精准地切开一条DNA链,然后根据“修改模板”,合成含有正确序列的DNA。细胞内的DNA修复机制会自动把这段新合成的序列整合进基因组。

随后,研究人员们故技重施,在另一条DNA链上进行同样的操作。这样一来,两条DNA都能得到正确的编辑。

“结果就是(给基因组带来)永久的改变,这些改变来源于pegRNA所编码的信息。”刘如谦教授说道。

正是由于这套系统的灵活性,原本不可能实现的单碱基编辑(如将T转变为A),也成为了可能。与单碱基编辑只能进行4种转换相比,这套先导编辑系统能进行12种单碱基的转化。也就是说,他们可以把任何碱基转化为任何其他碱基,包含了所有的12种可能性。

在多种人类细胞中,研究人员们证实了这一系统的编辑能力。此外,它的编辑潜力在小鼠神经元里也得到了证实。除了对单个碱基进行修改之外,这一系统还能够插入或删除特定的DNA序列。根据论文,研究人员们最多可以插入44个碱基,或是删除80个碱基。

“通过先导编辑技术,我们能直接修正镰状细胞贫血症的突变(学术经纬注:A突变成了T),让序列回归正常。我们也能移除戴萨克斯症(Tay Sachs disease)多出的4个碱基。这都不需要完全切开DNA,或添加DNA模板,”刘如谦教授在Broad研究所的新闻稿里说道:“这一系统的美丽之处在于几乎对编辑的序列没有限制。由于添加上的碱基仅由pegRNA来决定,我们能加上与原本序列仅差1个碱基的序列,也可以加上多了几个,或少了几个碱基的序列。我们还可以对这些变化进行排列组合。”

可喜的是,研究人员们还发现,与需要断开双链DNA的传统方式相比,先导编辑系统的脱靶编辑风险更低。

目前,这一系统已向学术界和非营利组织免费公开。

当然,由于这一系统依旧是一类全新的基因组编辑方法,因此还需要进一步的检验和改良,才能用于人类。不过,这一系统展示的潜力,已经让我们看到了一个能够有效治疗罕见遗传病的未来。我们期待这一天的早日到来。(生物谷Bioon.com)

研究人员发布全基因组单核苷酸变异数据库

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研究人员发布全基因组单核苷酸变异数据库
10月22日,国际学术期刊Genome Biology 以PGG.SNV: understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse populations 为题,在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所/马普计算生物学研究所徐书华团队基于20万人基因组的单核苷酸变异数据库——PGG.SNV(https://www.pggsnv.org)。PGG.SNV收录的基因组数据涵盖了800多个现存人类族群和来源于古DNA研究的100多个已消亡人类族群,总共超过20万个基因组;因而在代表性人群数量和样本量上均超过目前被广泛使用的由西方学者主导的gnomAD数据库。PGG.SNV更显着的科学价值在于提供了人群、个体、基因和变异多个层面的种群遗传多样性和进化参数的估计,有助于更深入地解析人类基因组变异的功能和表型效应以及理解其进化和医学意义。
该研究通过全基因组深度测序技术新产生并收集、整合公共人类基因组数据获得2.5亿以上人类单核苷酸变异(SNV),并进行了变异频率、基因多样性、群体分化、功能效应、进化保守性、自然选择信号、连锁不平衡等多方面的解析和注释。通过对人类孟德尔遗传疾病关联变异的频率分析,该研究发现7%的此前报道的罕见病风险变异在很多人群中处于高频状态,提示疾病分析中突变的稀有性不是确定该变异与疾病关联的金标准;孟德尔疾病突变在不同族群中频率存在差别,表明不同族群的遗传负荷存在差异,因而用西方族群的基因组来研究或预测其他族群的突变功能和疾病风险可能会导致误判。
即便是对于大多数出于医学诊断或研究目的或其他兴趣仅仅需要简单查询基因变异频率信息的人来讲,PGG.SNV数据库也具备独特的优势。在医学遗传学领域的实践中,人们往往通过突变位点的频率比较分析来筛选并判别突变是否可能致病。其潜在假设是孟德尔疾病相关的致病突变在自然人群中是稀有的。比较广泛使用的查询突变频率的数据资源为基于全基因组信息的千人基因组数据集和gnomAD数据库以及基于外显子测序的ExAC数据库。但是以它们为唯一参考来研究突变的频率可能存在以下问题:首先,以上基因组数据资源均未能很好地覆盖代表人类族群的多样性;其次,gnomAD和ExAC中将近一半的基因组来自西方人群,而遗传多样性最高的非洲人群的基因组仅仅占9%,东亚人基因组所占比例则更少,因此此库存在显着的西方白人族源偏向性;再次,gnomAD数据库主要以大洲对人群进行分类,而缺少基因组对应的族群信息。举例来讲,由于缺乏代表性亚洲人群的数据,gnomAD将亚洲人群分为“韩国人”、“日本人”和“其他东亚人(other East Asian)”,因此它不能精确反馈给用户每个族群的突变频率信息。尤其是当研究对象为特定的亚洲人群时,gnomAD和ExAC并不是合适的参照数据集,对于亚太地区的研究者来讲实际应用价值存在较大的局限性。
实际上,亚洲人群的人口数量和族群多样性远高于欧洲人群。PGG.SNV数据库更好地覆盖了目前西方学者主导的数据库所缺乏的东亚和东南亚人群的基因组数据。除了广泛收集和收录了800多个现代人族群和100多个古人族群组成的20万人以上基因组突变以外,PGG.SNV数据库还包括了新测得的来自东亚和东南亚的16个族群共1009个全基因组测序的突变信息。这些信息在我国以及周边国家的实际应用中更具有参考价值。因此PGG.SNV数据库的发布对于我国及周边国家人群的进化遗传和医学研究具有迫切性和必要性。
为了方便微信用户通过智能手机查询特定的变异信息,PGG.SNV数据库同时开通了配套的微信公众号“PGGbase”,公众号内提供搜索服务,实时获取变异位点在各群体中的频率信息,并在线生成频率分布地图,为手机用户提供一个简便快捷的查询途径。
考虑到全球人类基因组数据资源发展不平衡以及我国和周边国家的人类遗传资源管理政策变化,未来PGG.SNV基因组变异数据库的发展将通过广泛合作、重点收录和整合我国和亚洲的人类基因组数据,从(1)持续增加样本量和数据质量、(2)提高样本的族源多样性、(3)重视和加强亚洲人群代表性、(4)提升查询和分析功能以及信息共享等四个方面进一步完善和维护。(生物谷Bioon.com)

plos biology:我们对基因表达数据存在普遍误解

基因君


2019年11月14日 讯 /基因宝jiyinbao.com/ –数据可重复性一直以来都是实验生物学的一个主要问题,随着基因组技术的发展以及相关数据复杂性的不断提高,这一问题的严重性又得到了很大程度地提升。
 
11月12日,特拉维夫大学的Shir Mandelbaum,Zohar Manber,Orna Elroy-Stein和Ran Elkon在《PLOS Biology》上发表文章,指出RNA-seq技术产生的数据经常出现技术偏差,进而导致错误的结论。
 
通过分析数十个可公开获得的,针对细胞对多种不同压力的反应的RNA-seq数据集合, Mandelbaum及其同事注意到,长度过短或过长的基因集合反复显示出表达水平的变化。

plos biology:我们对基因表达数据存在普遍误解
(图片来源:Www.pixabay.com)

 
作者对此感到困惑,然后试图搞清楚这一现象背后究竟是真实的生物学反应,还是实验过程引入的人为误差。为了解决这个问题,他们比较了相同生物学条件下的重复批次的样本。重复样品之间基因表达的差异可以反映与生物学因素无关的技术性影响。结果表明,在不同的重复中,长度过短或过长的基因都显示出“表达差异”,因此这一现象似乎是基因长度差异引起的“技术性误差”。
 
RNA-seq实验的主要目的是表征受特定因素影响而被激活或抑制的生物学过程。Mandelbaum及其同事证明,在许多RNA-seq数据集中,基因长度偏差以及统计分析中的一些缺陷会导致对特定生物学功能出现错误识别。通过消除这种偏见,能够滤过滤虚假信息,同时保留了生物学上真实信息。(生物谷Bioon.com)

资讯出处:Widespread misinterpretation of gene expression data

原始出处:Shir Mandelboum, Zohar Manber, Orna Elroy-Stein, Ran Elkon. Recurrent functional misinterpretation of RNA-seq data caused by sample-specific gene length bias. PLOS Biology, 2019; 17 (11): e3000481 DOI: 10.1371/journal.pbio.3000481

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