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大豆生育期基因克隆与功能解析方面取得进展

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大豆生育期基因克隆与功能解析方面取得进展

 

大豆开花是作物重要农艺性状之一,对作物产量形成、植株形态建成、驯化以及生态适应性等方面具有显着影响。大豆开花是在外部环境和内部因素共同作用下,从营养生长转变为生殖生长的结果。大豆是典型的光周期敏感短日照作物,光照是决定开花时间最重要的外界环境因素之一,短日照促进开花,长日照抑制开花,它是由光周期途径感知和传递外部信号并整合一系列内部调控基因来控制完成的。目前通过经典遗传学方法,先后已成功克隆了E1、E2、E3、E4、E6、E9、E10和J等主效基因,初步解析了大豆光周期调控开花机理;但是人们尚未能明确生物钟基因与大豆开花间的精细调控关系。

中国科学院东北地理与农业生态研究所大豆分子设计育种实验室夏正俊团队利用栽培品种与农家品种杂交制备了一个遗传群体,在12号染色上定位调控生育期的主效QTL位点qFT12-1,并通过图位克隆法成功地鉴定了调控qFT12-1的生物钟基因GmPRR7。该基因含CCT结构域,属于生物钟调控基因TOC1基因家族。表达分析表明因GmPRR7及同源基因在表达上呈明显的日节律性变化规律。在野生及栽培大豆品种间的等位变异分化表明,GmPRR7与大豆的驯化关系密切。该研究成果揭示了生物钟基因与大豆光周期反应之间的内在联系,丰富了人们对大豆光周期调控机制的认识,同时为大豆分子设计育种提供重要的分子元件。

本成果发表在国际植物期刊Frontier in Plant Science上,东北地理所博士研究生李玉秋与吉林省农业科学院董英山为共同第一作者,夏正俊为通讯作者。该研究得到国家重点研发项目(2016YFD0100201, 2016YFD0101900)、中科院先导项目及国家自然科学基金项目的资助。(生物谷Bioon.com)

西瓜甜瓜“甜蜜基因”双双被揭示

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西瓜甜瓜“甜蜜基因”双双被揭示
作为甜蜜美味的世界性水果,西瓜和甜瓜同属于葫芦科作物。北京时间11月2日,《自然—遗传学》以两篇长文形式在线发表了两项由中国农业科学院联合国内外优势单位完成的瓜类作物基因组研究成果。两项研究分别构建了西瓜和甜瓜的全基因组变异图谱,揭示了两种水果的驯化历史及果实品质的遗传分子机制。
论文共同通讯作者、中国农科院郑州果树研究所研究员徐永阳介绍,他们联合中国农科院深圳农业基因组研究所、西班牙巴塞罗那基因组中心、青岛农业大学、中国农科院蔬菜花卉研究所、中国农业大学、美国康奈尔大学、法国农业科学院等19个国内外科研机构,历时5年,共同构建了世界第一个甜瓜全基因组变异图谱,首次系统阐释了甜瓜的复杂驯化历史及重要农艺性状形成的遗传基础。
论文第一作者、郑州果树所副研究员赵光伟告诉《中国科学报》,甜瓜研究团队分析了千余份甜瓜种质资源的基因组变异,共鉴定了560余万个SNP。群体结构分析发现,甜瓜至少经历过3次独立的驯化事件(两次发生在印度,一次发生在非洲)。薄皮甜瓜和厚皮甜瓜亚种分别从印度不同的野生群体驯化而来。
苦味的丧失、甜味的出现,是葫芦科物种驯化过程中选择的最重要的特征之一。研究人员发现,两个不同基因分别与两个甜瓜亚种的苦味丧失有关,其中厚皮甜瓜驯化了CmBi基因,薄皮甜瓜驯化了CmBt基因。有趣的是,他们还发现两个亚种在失去酸味的过程中也分别驯化了不同的基因,进而都导致野生甜瓜失去了苦味和酸味,获得了甜味。此外,通过全基因组关联分析等手段,研究团队还定位了200余个与甜瓜苦味、酸味、果实大小、果肉颜色等性状相关的候选基因和位点。
西瓜大约在4000年前就已驯化。国家西甜瓜产业技术体系首席科学家、论文共同通讯作者北京市农林科学院研究员许勇介绍,他们联合中国农科院郑州果树研究所、美国康奈尔大学、中国农科院农业基因组研究所组成科研攻关团队,采用单分子测序、光学图谱与Hi-C三维基因组联合分析,完成了新一代西瓜基因组精细图谱绘制和驯化历史解析,首次系统揭示了西瓜果实品质性状进化的分子机制。
论文第一作者、北京农林科学院研究员郭绍贵告诉《中国科学报》,西瓜研究团队基于新一代西瓜基因组精细图谱对400多份种质资源开展了基因组变异分析,共鉴定近2000万个SNP。通过群体结构分析,他们首次明确了西瓜7个种之间的进化关系,发现野生黏籽西瓜是距现代栽培西瓜亲缘关系最近的种群,也发现了利用野生西瓜进行抗性改良的基因组痕迹。此外,鉴定获得了与果实含糖量、瓤色、形状等性状关联的43个信号位点和候选基因,并对参与调控光合产物卸载的α-半乳糖苷酶基因ClAGA2等重要基因进行了功能验证,首次揭示了西瓜“甜蜜基因”驯化的秘密。
基因组所研究员黄三文是两篇论文的共同通讯作者。他在接受《中国科学报》采访时指出,种质资源是育种的基础,这两项成果为西甜瓜种质资源研究提供新的理论框架和组学数据,也为西甜瓜分子育种提供了大量的基因资源和选择工具,具有重要科学价值和实践意义。
《自然—遗传学》同时配发了三位德国科学家Murukarthick Jayakodi、Mona Schreiber和Martin Mascher的评论。他们认为,两项基因研究揭示了驯化如何改变甜瓜和西瓜的果实品质性状。这些研究利用群体遗传学和QTLs定位等方法研究了甜瓜和西瓜的驯化历史,并为育种者提供了重要的数据支撑。
上述研究受到中国农科院科技创新工程、国家西甜瓜产业技术体系、国家自然科学基金、国家重点研发计划、北京学者、广东省珠江计划、深圳市孔雀计划和大鹏新区等资助。(生物谷Bioon.com)

2019AHASS:为何有些人不爱吃蔬菜?原来是基因在作怪!

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2019年11月14日 讯 /生物谷BIOON/ –即将在费城举办的2019年美国心脏协会会议上,来自肯塔基大学医学院的研究人员将会报告其最新研究成果,一种特殊的基因会使得某些化合物尝起来有苦味,这或许会使得一部分人很难在饮食中添加并摄入有益机体心脏健康的蔬菜。

2019AHASS:为何有些人不爱吃蔬菜?原来是基因在作怪!

图片来源:Wikibooks

研究者Jennifer L. Smith表示,机体的遗传特性或会影响味觉,而味觉是选择食物的一个重要因素;如果我们真的想让患者遵循营养指南的话,我们就必须考虑到食物的味道,每个人都携带者两个拷贝的味觉基因TAS2R38,遗传了两个拷贝AVI基因突变的人群会对来自特定化合物的苦味变得并不敏感,而携带一个AVI拷贝和另一个PAV拷贝的人群则能感觉到这些化合物的苦味,然而,拥有两个PAV拷贝的人群(通常被称为味觉超常者)却会对相同的食物表现出格外苦的味觉。

当参与者品尝了测试的化合物后,可能会讨论其一天的苦涩水平,这些人群可能会发现西蓝花、包子甘蓝和白菜很苦,也可能对黑巧克力、咖啡和啤酒产生负面效应。研究者分析了来自175名参与者(平均年龄52岁,超过70%的女性)的食物频率调查问卷,结果发现,携带PAV基因的人群在摄入蔬菜水平的排名上往往靠后,而苦味的状态丝毫不影响参与者摄入的盐分、脂肪和糖类的水平。

最后研究者Smith说道,我们认为,参与者可能会摄入更多的糖分和盐分来抵消其它食物的苦味,但事实并非如此;后期我们还希望能通过更为深入的研究,利用遗传信息来找出不同人群更容易接受哪些蔬菜,并找出哪些香料对味觉超常者更有吸引力,这样就能让其更容易地摄入更多蔬菜来保持机体健康。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Sensitivity to bitter tastes may be why some people eat fewer vegetables

A specific gene makes certain compounds taste bitter, which may make it harder for some people to add heart-healthy vegetables to their diet, according to preliminary research to be presented at the American Heart Association’s Scientific Sessions 2019—November 16-18 in Philadelphia.

“Your genetics affect the way you taste, and taste is an important factor in food choice,” said Jennifer L. Smith, Ph.D., R.N., study author and a postdoctoral fellow in cardiovascular science at the University of Kentucky School of Medicine in Lexington. “You have to consider how things taste if you really want your patient to follow nutrition guidelines.”……

Nat Biotech:DNA重复片段——基因组中的“黑物质”

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2019年11月25日 讯 /基因宝jiyinbao.com/ — 基因组的大部分区域由重复片段组成。这些“ DNA重复序列”在错误位置的扩增可能会产生严重后果。然而,DNA重复序列的扩增非常难以分析。柏林马克斯·普朗克分子遗传学研究所的研究人员最近开发的一种方法可以详细查看这些以前无法进入的基因组区域。它结合了纳米孔测序,干细胞和CRISPR-Cas技术。该方法可以改善未来各种先天性疾病和癌症的诊断。
 
Nat Biotech:DNA重复片段——基因组中的“黑物质”
(图片来源:Www.pixabay.com)
在脆性X综合征中,重复序列已在X染色体上的一个名为FMR1的基因中扩增。 文章作者Müller说:“细胞识别出重复区域,并通过将甲基连接到DNA来关闭它。”这些小的化学变化具有表观遗传效应,因为它们使基础遗传信息保持完整。 Müller解释说:“不幸的是,表观遗传标记扩散到了整个基因,导致其被完全关闭。”已知该基因对于正常的大脑发育至关重要。他说:“没有FMR1基因,我们会看到严重的发育迟缓导致不同程度的智力残疾或自闭症。”
 
在大多数情况下,女性个体受疾病影响较小,因为重复区通常仅位于两个X染色体之一上。由于未改变的基因的第二个副本没有在表观遗传上发生改变,因此它能够弥补遗传缺陷。相比之下,男性只有一个X染色体和一个受影响基因的副本,并显示出更加严重的临床症状。
 
在这项研究中,Müller和他的团队研究了源自患者组织的干细胞的基因组。他们能够确定重复区域的长度及其表观遗传特征。研究人员还发现,即使在单个患者的细胞之间,重复区域的长度也会有很大的差异。
 
研究人员还用源自患者的细胞测试了其过程,该细胞在C9orf72基因的两个拷贝之一中包含一个扩展的重复序列。这种突变导致额颞叶痴呆和肌萎缩性侧索硬化的最常见的单基因原因之一。
 
“关于高度重复的DNA序列,常规方法受到限制。而且无法同时检测重复序列的表观遗传特性”。然而,科学家通过使用纳米孔测序技术能够成功地分析这些区域。
“借助CRISPR-Cas系统和我们的算法,我们可以检查基因组的任何部分-尤其是那些使用传统方法难以检查的区域,” Müller说:“有证据表明,重复序列在神经系统发育过程中会增长,我们希望对此进行仔细研究。”(生物谷Bioon.com)
原始出处:Pay Giesselmann, Björn Brändl, Etienne Raimondeau, Rebecca Bowen, Christian Rohrandt, Rashmi Tandon, Helene Kretzmer, Günter Assum, Christina Galonska, Reiner Siebert, Ole Ammerpohl, Andrew Heron, Susanne A. Schneider, Julia Ladewig, Philipp Koch, Bernhard M. Schuldt, James E. Graham, Alexander Meissner, Franz-Josef Müller. Analysis of short tandem repeat expansions and their methylation state with nanopore sequencing. Nature Biotechnology, 2019; DOI: 10.1038/s41587-019-0293-x

Cell Reports :果蝇模型揭示“肥大心肌症”关键基因突变导致心脏功能障碍的机制

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2017年10月11日讯 /基因宝jiyinbao.com/ –以果蝇为研究对象,来自约翰霍普金斯大学的研究者们发现了一种人类心脏疾病遗传性突变导致心脏增大变厚以及功能衰竭的分子机制。作者们发现这种突变会影响心肌收缩后的放松能力,并且阻止心脏再次充血以及泵血。特别地,研究者们认为这种突变会导致负责心脏肌肉收缩的分子机器僵化,肌肉不再能够完全地收缩与舒张。
由于该蛋白在进化历史中十分保守,因此这一发现能够帮助许多与人类心脏肥大症状有关的疾病的治疗。相关结果发表在最近一期的《Cell Reports》上。
Cell Reports :果蝇模型揭示“肥大心肌症”关键基因突变导致心脏功能障碍的机制
(图片来源:Cammarato Lab)
心肌肥大症,指的是心室增厚的一种症状,患这种疾病的概率大致为1/500。35岁以下的患者往往会出现心跳不规律、心脏衰竭以及猝死等症状。
研究者们关心的这一突变蛋白为ACTC A295S。ACTC是一类alpha心脏肌动蛋白,能够帮助心肌细胞骨架形成有伸缩性的元件。上述突变是蛋白的第295位氨基酸由丝氨酸变为丙氨酸。1999年,来自丹麦的研究者们首次发现了心肌肥大症患者中存在这一突变。
为了研究ACTC A295S会对果蝇的心肌细胞产生怎样的影响,研究者们利用遗传修饰的方法对果蝇心脏中的这一蛋白进行了相应的突变。果蝇的心脏是一个简单的管道,里面充斥着血淋巴液。舒张之后能够将其“泵”出去。研究者们通过视频录制的方式,比较了正常果蝇与突变体果蝇泵血的能力。结果显示,肌动蛋白突变的果蝇心脏的直径与厚度又有着明显的减少,对于一周左右的果蝇来说,正常个体泵血的频率为125nl/分钟,而突变体则仅有75nl/分钟。
进一步,作者发现突变体果蝇心脏细胞中的myosin分子难以与肌动蛋白完全解离,这也许是患心肌肥大症患者泵血能力降低的原因。(生物谷Bioon.com)
原始出处:Meera C. Viswanathan et al. Distortion of the Actin A-Triad Results in Contractile Disinhibition and Cardiomyopathy, Cell Reports (2017). DOI: 10.1016/j.celrep.2017.08.070 

Circulation:血液癌症基因或是有效预防个体心力衰竭发生的关键

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2017年10月18日 讯 /生物谷BIOON/ –日前,一项刊登在国际杂志Circulation上的研究报告中,来自格拉斯格大学的研究人员通过研究发现,当个体心脏病发作后,其机体中损伤的心肌组织中Runx1基因的表达水平会明显增加。研究者表示,增加Runx1基因活性能力有限的小鼠往往会受到保护而低于不利改变所导致的心力衰竭。

Circulation:血液癌症基因或是有效预防个体心力衰竭发生的关键

图片摘自:University of Glasgow

冠心病是引发全球人口死亡的主要原因,据英国心脏基金会(the British Heart Foundation)数据显示,每年英国大约会有7万人因冠心病而死亡,很多患者的死亡都是因心脏病发作而致,即流向心脏的血液被急性阻断从而诱发心肌出现不可逆的损伤。过去几十年里,以研究为主导的医疗保健改革意味着很多人可以免于心脏病发作而死亡,然而患者心肌所受到的损伤常常会使其更易患心力衰竭,即患者的心脏无法将血液泵送至机体所需的组织。

如今研究人员已经在白血病发病和正常血细胞产生过程中广泛研究了Runx1基因所扮演的角色,然而截至目前为止研究人员并不清楚Runx1基因在心脏健康过程中所扮演的关键角色。研究者认为,患者心脏病发作后出现的Runx1基因表达水平的增加或许会诱发不利改变,从而影响心脏的形状及泵血功能。

Christopher Loughrey博士表示,这项研究中我们发现了Runx1基因和心肌梗死之间的关联,研究结果表明,和血液癌症相关的基因Runx1 或许在心脏病发作后患者的心肌损伤上扮演着关键角色。目前英国有50多万人被诊断为心力衰竭,尽管如今患者在医疗保健方面得到了大量的关爱,但死亡率依然很高,目前研究人员急需开发出新型疗法来治疗心脏病发作患者的心力衰竭疾病。

最后研究者说道,这项研究不仅描述了Runx1基因在心脏中所扮演的关键角色,而且还为我们提供了一种新型治疗靶点来帮助开发新型疗法改善患者心脏泵血的能力,同时也有效改善了心力衰竭患者的生活质量。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Charlotte S. McCarroll, Weihong He, Kirsty Foote, et al. Runx1 Deficiency Protects Against Adverse Cardiac Remodeling Following Myocardial Infarction. Circulation (2017) doi:10.1161/CIRCULATIONAHA.117.028911

FDA授予BioMarin A型血友病基因疗法BMN270突破性药物资格

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FDA授予BioMarin A型血友病基因疗法BMN270突破性药物资格

 

2017年10月29日讯 /生物谷BIOON/ –知名罕见病制药商BioMarin近日宣布,美国食品和药物管理局(FDA)已授予实验性基因疗法valoctocogene roxaparvovec(又名BMN270)突破性药物资格(BTD),该基因疗法开发用于重度A型血友病患者的治疗。在欧盟,今年年初欧洲药品管理局(EMA)授予了BMN270优先药物资格(PRIME)。此外,在美国和欧盟,BMN270均被授予了治疗组A型血友病的孤儿药地位。BioMarin预计将在今年年底之前启动一项全球性III期临床开发项目。

BTD是FDA在2012年创建的一个新药评审通道,旨在加快开发及审查用于治疗严重或威及生命的疾病并且有初步临床证据表明该药与现有治疗药物相比能够实质性改善病情的新药。获得BTD的药物,在研发时能得到包括FDA高层官员在内的更加密切的指导,保障在最短时间内为患者提供新的治疗选择。

PRIME是EMA在去2016年3月创建的一个快速审评项目,旨在加速医药短缺领域重点药品的审评进程。入围PRIME的实验性药物,将在临床试验及药品开发方面获得EMA的大力支持,以加速真正创新药物的开发及审批,来满足对有前景新药的医疗需求。

FDA授予BMN270 BTD,是基于一项正在开展的开放标签I/II期临床研究的数据。该研究中,共有15例重度A型血友病患者接受了单剂量BMN270治疗,其中7例以6e13 vg/kg的剂量治疗,其余6例随后以4e13 vg/kg的较低剂量治疗。研究中另外2例患者以较低剂量治疗,作为研究中剂量递升的一部分,未达到治疗效果。根据世界血友病联合会(WFH)关于血友病定义的疾病严重程度,无疾病个体凝血因子VIII活性水平的正常范围为50%至150%(体现为血液中正常因子活性的百分比),轻度A型血友病患者凝血因子VIII活性水平介于5%-40%之间,而重度A型血友病患者体内凝血因子VIII活性水平低于1%。

截至2017年9月14日的数据显示,研究前进行预防性治疗的6例患者,接受4e13 vg/kg单剂量BMN 270治疗后,从第4周至36周,中位因子VIII水平一直保持在4%以上,中位年出血率(ABR)从8.0降至0.0,中位年因子VIII输注次数从155.5降至0.0;平均因子VIII水平一直保持在5%以上,平均ABR从12.2降至0.8,平均年因子VIII输注次数从146.5降至2.7。

A型血友病也被称作凝血因子VIII缺陷或经典血友病,这是一种X染色体连锁的凝血因子VIII量或分子结构异常引起的隐性遗传性出血性疾病,多发于男性。A型血友病通常是由体内VIII因子缺乏引起,其特点是患者血液不能正常凝固,导致不受控和频繁的持续或自发性出血,特别是出血进入关节、肌肉或其他组织,导致慢性关节损害。外部伤害,即使是轻微的,也可能导致严重后果。与正常人相比,A型血友病患者凝血时间显著延长。据估计,A型血友病的发病率约为5000分之一,美国大约1.4万例,欧洲大约3万例患者。(生物谷Bioon.com)

原文出处:FDA Grants Breakthrough Therapy Designation for BioMarin’s Valoctocogene Roxaparvovec (formerly BMN 270), an Investigational Gene Therapy for Hemophilia A

Acta Neuropathol:一种新型基因疗法或能有效治疗罕见大脑疾病

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2017年11月13日 讯 /生物谷BIOON/ –日前,一项发表在国际杂志Acta Neuropathologica上的研究报告中,来自新南威尔士大学的研究人员通过研究成功开发出了一种新型基因疗法,这种疗法能帮助成功治疗名为卡纳万病(海绵状脑白质营养不良症)的罕见遗传障碍,这种疗法最终或有望帮助治疗那些影响机体大脑的其它遗传性疾病。

Acta Neuropathol:一种新型基因疗法或能有效治疗罕见大脑疾病

图片来源:Shutterstock

这种新型的基因疗法或能逆转诸如卡纳万病等大脑障碍患者的严重疾病症状;卡纳万病是一种罕见具致死性的遗传性障碍,患者机体中的天冬氨酸酰酶处于失活状态,而这种酶类能帮助有效破碎机体中的乙酰天门冬氨酸(一种氨基酸)。

在卡纳万病患者机体中,乙酰天门冬氨酸并不会被破碎,从而就会对患者大脑的白质产生进行性的损伤,而且其还能够支持患者机体神经系统中细胞的交流,随着时间延续,这种损伤就会诱发患者出现一系列症状,比如缺少运动机能、肌肉张力变弱、发育迟缓及癫痫发作等。

此前,在对患卡纳万病的大鼠进行研究时,研究者就利用基因疗法成功恢复了大鼠大脑神经元细胞中的天冬氨酸酰酶,但这种效应比较微弱,因此研究人员就推测是否存在一种能够直接靶向作用的大脑细胞类型。

随后通过对小鼠进行工程化修饰后,研究者深入研究发现,小鼠大脑中名为少突神经胶质细胞或许就是能正常制造天冬氨酸酰酶的主要脑细胞,而且这种细胞中的天冬氨酸酰酶能够抑制过量乙酰天门冬氨酸对大脑的损伤,因此研究人员就能够运动新型基因疗法来围绕这些细胞进行作用。

研究者将编码天冬氨酸酰酶的正常基因拷贝运输到神经元细胞中的基本技术如今已经使用了将近20年了,但如今他们所开发的方法能够限制治疗性的天冬氨酸酰酶基因进入到少突神经胶质细胞的能力。运用这种新型基因疗法研究人员就能够有效治疗患卡纳万病的小鼠,当利用磁共振技术对小鼠大脑进行扫描并且检测其运动和行为机能时,研究者发现,这种新型疗法能有效逆转小鼠的疾病症状。

最后研究者Klugmann教授表示,后期我们将会选择卡纳万病来检测这种新型基因疗法的有效性,但从长远角度来讲,这种技术或许还能被用来治疗不同的脑白质营养不良症,这是一种遗传性疾病,即患者大脑白质会受到明显影响。(生物谷Bioon.com)

原始出处:

Georg von Jonquieres,Ziggy H. T. Spencer,Benjamin D. Rowlands,et al. Uncoupling N-acetylaspartate from brain pathology: implications for Canavan disease gene therapy. Acta Neuropathologica (2017). DOI: 10.1007/s00401-017-1784-9

弥补测序短板 能更快更准研究大片段基因组

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弥补测序短板 能更快更准研究大片段基因组

 

 

据美国弗吉尼亚联邦大学(VCU)官网报道,该校科学家研发出一种全新纳米成像技术,能更快、更准地为大片段基因组绘制图谱。发表在21日出版的《自然·通讯》杂志上的相关论文称,新技术将高速原子力显微镜(AFM)与“基因剪刀”CRISPR化学条形码技术相结合使用,为致病性基因变异提供了革命性诊断工具。

人体细胞在分裂过程中,DNA会进行复制以生成新的细胞。但在此过程中,一些DNA片段会连接到错误位点,发生遗传变异,引起癌症等病变。而人类基因组由数十亿碱基对组成,现有DNA测序技术只能对小片段DNA内的碱基对进行精确分析,当要从大片段基因组中寻找基因变异时,还需将基因组分解成无数个小片段,导致成本过高。另一方面,用来分析DNA序列的生物医学成像技术,在分辨率上存在局限性。

VCU大学物理学家杰森·里德和同事这次研发出的新方法,对物理成像技术进行了改进,弥补了DNA测序技术的短板,从而能更快速、更准确地分析大片段DNA中的基因变异。一方面,他们使用光学仪器将传统原子力显微镜处理样本的速度提高了1000多倍,从而能对包含数百万碱基对的长片段DNA进行精准分析;另一方面,他们利用CRISPR基因编辑技术能对基因变异位点的基因进行精准修复的原理,研发出一种CRISPR化学条形码技术,让CRISPR酶只与变异基因结合不对其进行剪切。由于CRISPR蛋白比DNA分子更大,高速原子力显微镜能捕捉到DNA中的基因变异。

为验证新技术的有效性,里德团队对淋巴瘤患者的淋巴结切片组织进行了分析,描绘出其中导致癌变的基因错位。里德表示,他们正在开发能分析百万碱基对DNA的算法软件,一旦完成,鞋盒大小的基因变异成像仪将会出现在病理学实验室,帮助诊断和治疗遗传变异性疾病。(生物谷Bioon.com)

碳离子束辐射对拟南芥基因组诱变效应研究获进展

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碳离子束辐射对拟南芥基因组诱变效应研究获进展

重离子辐射诱变育种是植物品种改良的重要手段,辐射诱变效应及分子机制的研究是涉及多学科交叉的重要共性课题。目前,对重离子辐射诱变效应的研究集中在表型、染色体畸变、遗传物质多态性及特定基因序列分析等方面,而分子水平的突变特征研究仍相对薄弱,欠缺全基因组水平大视角、多方位及大样本量数据支持。

中国科学院近代物理研究所研究人员依托兰州重离子研究装置(HIRFL)浅层治疗及生物辐照终端提供的碳离子束,结合高通量测序技术对模式植物拟南芥基因组的诱变规律进行研究,获得新发现。

研究人员采用200Gy的碳离子束,传能线密度(LET)为50keV/μm,辐照诱变拟南芥干种子,构建突变种子资源库。通过高通量测序技术,对11个M3代突变材料进行全基因组重测序分析,共检测到320个碱基置换(substitutions)和124个小的插入缺失(small INDELs),研究结果表明,200Gy的碳离子束(LET:50keV/μm)辐射对拟南芥基因组的突变率为3.37×10-7,为自发突变的47倍。碱基置换以G:C>A:T为主,Ti/Tv为0.99,远低于自发突变中的比值(2.73)。有67.2%的C>T变异发生在嘧啶二核苷酸处。单碱基INDEL更倾向于发生在A和T碱基处,且该类型的突变与homopolymer和polynucleotide repeats相关。

该研究成果首次从全基因组层面揭示了碳离子束辐射对拟南芥的诱变分子频谱及突变率,进一步补充了对重离子辐射诱变植物的理论认知,为重离子束辐射诱变育种提供一定的科学基础。相关研究成果发表在Frontiers in Plant Science上。(生物谷Bioon.com)

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