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Nat Med:癌症专家倡议共享癌症基因组信息 共建大数据网络

               Nat Med:癌症专家倡议共享癌症基因组信息 共建大数据网络

2016年5月21日讯 /生物谷BIOON/ –据贝尔法斯特女王大学的一位癌症研究专家介绍,全世界癌症患者的基因信息共享或可成为癌症预防和治疗的关键所在。

相关内容发表在国际学术期刊Nature Medicine上,文章通讯作者是来自女王大学癌症和细胞生物学中心的Mark Lawler教授。这篇文章着重强调了大数据在癌细胞研究和开发有效个体化治疗策略方面的潜在作用。Lawler教授还是GA4GH组织的联合主席,该组织成立于2013年,主要进行病人临床和基因数据的可靠,自愿和安全共享,为癌症研究建立一个共同框架。

GA4GH组织包含了40多个国家的超过400个机构,其中既有科学家,临床医生,还有病人以及IT和生命科学领域的公司企业。Lawler教授希望通过这篇文章的发表能够勾画出一个病人数据共享,帮助改善病人治疗效果的蓝图。

Lawler教授这样说道:“‘大数据’这个概念意味着需要通过高性能计算机分析的大量信息,能够从中找到一些模式,趋势以及相关性。在医学领域中,大数据包含了在疾病诊断和治疗过程中从病人处获得的临床以及基因信息。”

癌症是一类非常复杂的疾病,并且一直处于变化状态,每个病人的病情都不太相同。想要走在癌症斗争的前沿,关键在于正确理解癌症的进化过程。这需要对不同数据库以及不同研究机构掌握的信息进行分析,通过比较不同群组的病人,从中找到规律。因此必须打破“数据竖井”,共享基因和临床信息。

Lawler教授最后表示,数据共享就会带来技术以及伦理等方面的挑战,这篇文章对这些挑战进行了汇总和分析,并提出了一些可能的解决办法保证数据能够通过及时,可靠并且有效的途径进行共享。他们希望全世界的研究人员能够参与到这一蓝图中,共同开发“大数据”中蕴含的价值,最终建立一个癌症基因组的大数据网络。(基因宝jiyinbao.com)

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Nat Med:癌症专家倡议共享癌症基因组信息 共建大数据网络

doi:10.1038/nm.4089 

Facilitating a culture of responsible and effective sharing of cancer genome data

Lillian L Siu, Mark Lawler, David Haussler, Bartha Maria Knoppers, Jeremy Lewin, Daniel J Vis, Rachel G Liao, Fabrice Andre, Ian Banks, J Carl Barrett, Carlos Caldas, Anamaria Aranha Camargo, Rebecca C Fitzgerald, Mao Mao, John E Mattison, William Pao, William R Sellers, Patrick Sullivan, Bin Tean Teh, Robyn L Ward, Jean Claude ZenKlusen, Charles L Sawyers & Emile E Voest

Rapid and affordable tumor molecular profiling has led to an explosion of clinical and genomic data poised to enhance the diagnosis, prognostication and treatment of cancer. A critical point has now been reached at which the analysis and storage of annotated clinical and genomic information in unconnected silos will stall the advancement of precision cancer care. Information systems must be harmonized to overcome the multiple technical and logistical barriers to data sharing. Against this backdrop, the Global Alliance for Genomic Health (GA4GH) was established in 2013 to create a common framework that enables responsible, voluntary and secure sharing of clinical and genomic data. This Perspective from the GA4GH Clinical Working Group Cancer Task Team highlights the data-aggregation challenges faced by the field, suggests potential collaborative solutions and describes how GA4GH can catalyze a harmonized data-sharing culture.

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