乳腺癌易感基因新位点

2015年3月11日讯 /生物谷BIOON/ –乳腺癌的研究持续发力，3月9日，Nature Genetics杂志发表了一项关于乳腺癌的新的研究，该研究是由英国癌症研所资助，科学家通过全基因组关联研究（Genome-wide association studies, GWAS），发现了了15个新的乳腺癌易感基因位点。

GWAS研究和大量的重复研究已经鉴定了79个和乳腺癌相关的位点，这在一定程度上解释了乳腺癌的家族风险。为了鉴定新的易感基因位点，研究人员对11个GWAS研究和41个独立研究进行了Meta分析。这11个GWAS研究共包含了15748个乳腺癌病例和18084个对照；而这41个独立的研究包括了46785个病例和42892个对照。所纳入的对象都是具有欧洲血统的女性。

研究人员从超过1.1千万个单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）中，鉴定出15个新的乳腺癌相关的基因位点。加上之前已经鉴定的79个位点，研究人员已经揭示了超过90个与乳腺癌相关的SNPs。在这90多个位点上出现的乳腺癌相关的遗传变异，能在16%的范围内解释遗传的可能性。

研究人员还利用ENCODE计划（相关阅读：http://xy.bioon.com/course_video/ni-di-gu-shi-bian-ma-huo-ren-lei-ji481817.html）完成的增强子元件图谱，以及癌症基因组图谱所产生的表达数量性状位点的模式，深入研究了这些新位点中潜在的致病SNP。

人类逐渐从基因水平上揭开了乳腺癌的秘密，并了解如何针对性地治疗。这项新研究为乳腺癌风险遗传图谱提供了更多的细节，对于新办法的开发具有积极的作用。（生物谷Bioon.com）

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doi：10.1038/ng.3242

PMC：

PMID：

Genome-wide association analysis of more than 120，000 individuals identifies 15 new susceptibility loci for breast cancer

Kyriaki Michailidou， Jonathan Beesley， Sara Lindstrom， Sander Canisius， Joe Dennis，Michael J Lush， Mel J Maranian， Manjeet K Bolla， Qin Wang， Mitul Shah， Barbara J Perkins，Kamila Czene， Mikael Eriksson， Hatef Darabi， Judith S Brand， Stig E Bojesen， Brge G Nordestgaard， Henrik Flyger， Sune F Nielsen， Nazneen Rahman， Clare Turnbull， BOCS，Olivia Fletcher， Julian Peto， Lorna Gibson et al.

Abstract

Genome-wide association studies (GWAS) and large-scale replication studies have identified common variants in 79 loci associated with breast cancer， explaining ~14% of the familial risk of the disease. To identify new susceptibility loci， we performed a meta-analysis of 11 GWAS， comprising 15，748 breast cancer cases and 18，084 controls together with 46，785 cases and 42，892 controls from 41 studies genotyped on a 211，155-marker custom array (iCOGS). Analyses were restricted to women of European ancestry. We generated genotypes for more than 11 million SNPs by imputation using the 1000 Genomes Project reference panel， and we identified 15 new loci associated with breast cancer at P < 5 × 10？8. Combining association analysis with ChIP-seq chromatin binding data in mammary cell lines and ChIA-PET chromatin interaction data from ENCODE， we identified likely target genes in two regions： SETBP1 at 18q12.3 and RNF115 andPDZK1 at 1q21.1. One association appears to be driven by an amino acid substitution encoded inEXO1.