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全基因组分析:儿童肿瘤突变基因全景建构

全基因组分析:儿童肿瘤突变基因全景建构
近年来,随着人类基因组图谱的绘制,以及新一代基因组测序技术的爆炸性发展,彻底改变了我们对于癌症的认识。这些进步为癌症的精准治疗奠定了基础。
近日,《Nature》上发表了两篇论文,系首次刊发儿童癌症全基因组分析报告。在第一项研究中,Gr?bner等对涵盖24种癌症类型的961个癌症样本进行全外显子或全基因组测序分析,中枢神经系统肿瘤是此次分析的重点。在第二项研究中,Ma等用类似的方法分析了涵盖6种肿瘤类型的1699个癌症样本,尤其是白血病。这些研究对于认识儿童癌症突变基因图谱提供了难得的观察“窗口”。
1、儿童肿瘤:罕见而特殊
与成人肿瘤相比,儿童肿瘤较为罕见,仅占所有肿瘤发病的 0.6%-0.8%。0~14岁儿童发病率约为14.6/10万,据统计,我国每年新增恶性肿瘤患儿3-4万人,其中白血病位占据 1/3。尽管儿童肿瘤比较罕见,但在儿童死因中仍占据重要位置。根据我国第三次死因调查,恶性肿瘤在我国儿童死因中的排序如表1所示。
白血病位居我国儿童肿瘤发病率和死亡率首位,约占儿童恶性肿瘤的40%。按照发病率排序,之后依次为中枢神经系统肿瘤、淋巴瘤以及来源于骨、肾、肝、甲状腺、卵巢、睾丸以及口咽的恶性肿瘤
儿童恶性肿瘤是目前少数可以治愈的癌症之一。肿瘤5年生存率代表着国家的肿瘤诊治水平,美国儿童肿瘤5年生存率平均为78%,我国儿童肿瘤5年生存率平均为72%。
从疾病谱来看,儿童肿瘤与成人肿瘤截然不同。成人肿瘤以肺癌、食管癌、肠癌等为主,发病原因 80%与环境因素相关。而儿童肿瘤主要分实体瘤和血液系统肿瘤两大类,发病原因与遗传的关系更大。
在儿童恶性肿瘤的治疗中,药物的研发是一个短板。目前针对儿童患者的抗肿瘤药物几乎没有,一是因为病人总体数量太少,药厂不愿投入研发经费;还有就是由于法规的限制,导致一些效果较好的药物,不能在患儿身上做临床试验
2、全基因组分析:厘清差异,寻找药物靶点
上文提及的儿童癌症全基因组分析报告正是利用基因组学抵御儿童癌症的运动的一部分。在世界各地,研究人员联合起来分享基因组学数据、技术和细胞系,这些技术和细胞系可用于研究这些疾病。归纳起来看,该报告披露了儿童肿瘤突变基因的四个要点。
第一,与成人癌症相比,儿童肿瘤的基因突变和染色体结构变异更少。例如,Gr?bner等报告了一个基因,其在儿童癌症突变率比成人癌症低14倍。此外,两组研究人员都发现,儿童癌症基因组的总变异数与患者年龄呈正相关。这些发现与细胞随着年龄增长而发生突变的观点是一致的。
第二,与成人癌症伴多种突变基因不同,儿童癌症通常由单一的突变基因引起的。例如,在Gr?bner和他的同事分析中,57%的癌症都是由单个突变基因引起的。众所周知,成人癌症在发展过程中往往会累积各种突变,这是药物产生耐药性的一个原因,同时也会干扰研究者对致病基因的甄别。
第三,在肿瘤突变基因图谱上,儿童与成人有较大的差异。在儿童肿瘤中,只有30%的显着突变基因被Gr?bner和他的同事所鉴定;而Ma和他的同事发布的报告中,儿童肿瘤突变图谱与成人只有45%的重叠。
第四,或许也是最有趣的,突变基因在儿童癌症中具有特异性。突变基因在不同类型的儿童肿瘤中重叠程度很小,这与成人癌症形成了鲜明的对比,因为不同类型的成人癌症之间更频繁地“共享”相同的基因突变。目前的研究结果可能反映了成人和儿童癌症发展的不同路径。
以上四点介绍了该报告的基本轮廓。
3、结 语
儿童癌症是罕见的肿瘤,需要持续的协作和数据共享,才能从每种类型的肿瘤中收集足够的样本进行分析。这些新发现对于儿童肿瘤的发病机制、检测手段、治疗药物甚至精准治疗都有很大的启迪。这是关键的一步,为下一步大样本儿童肿瘤的分析工作铺平了道路。(生物谷Bioon.com)
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