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2015年10月22日讯 /生物谷BIOON/ –近日，来自美国的科学家将两个开放的”组学”数据库进行了整合，得到了一个新的癌症驱动基因目录。相关研究结果发表在国际学术期刊Plos Computational Biology上。
癌症驱动基因是一类一旦发生改变就有可能促进癌症进展的基因，研究人员使用癌症突变基因与蛋白质结构数据库在病人肿瘤中发现了导致正常蛋白间相互作用发生改变的基因突变。通过这种方法，他们共发现了超过100个新的癌症驱动基因，或可帮助解释为什么由相同基因驱动的肿瘤会导致不同病人出现不同结果。
研究人员表示，这是首项基于大数据将蛋白质三位结构特征用于发现癌症驱动基因的研究，他们的分析结果发现了一些已知的癌基因，如TP53,HRAS,PI3KCA以及EGFR，表明这种方法的确可以发现一些相关癌症驱动基因，并且蛋白质相互作用位点的改变可能是癌细胞中一种常见的病理机制。
癌症的发生主要是由于DNA突变的累积所导致，直到现在，科学家们仍然将研究重点放在单个基因的改变以及可能导致癌症发生的细胞信号途径改变上。最近美国NIH鼓励科学家们分享研究数据，这才让系统性分析基因组，临床以及分子数据以更好解释和预测病人患病结果成为可能，同时也促进了预防，治疗甚至彻底治愈癌症的新药开发。
研究人员表示，他们在这项研究中提出的方法能够帮助人们发现新的癌症驱动基因，并可以提出分子层面的假设帮助解释为何相同基因驱动的肿瘤却会导致病人出现不同结果。
随着这项研究的出现，基于大数据的疾病分析将会得到越来越多的关注。（基因宝jiyinbao.com）
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A Pan-Cancer Catalogue of Cancer Driver Protein Interaction Interfaces
Eduard Porta-Pardo , Luz Garcia-Alonso , Thomas Hrabe, Joaquin Dopazo , Adam Godzik
Despite their importance in maintaining the integrity of all cellular pathways, the role of mutations on protein-protein interaction (PPI) interfaces as cancer drivers has not been systematically studied. Here we analyzed the mutation patterns of the PPI interfaces from 10,028 proteins in a pan-cancer cohort of 5,989 tumors from 23 projects of The Cancer Genome Atlas (TCGA) to find interfaces enriched in somatic missense mutations. To that end we use e-Driver, an algorithm to analyze the mutation distribution of specific protein functional regions. We identified 103 PPI interfaces enriched in somatic cancer mutations. 32 of these interfaces are found in proteins coded by known cancer driver genes. The remaining 71 interfaces are found in proteins that have not been previously identified as cancer drivers even that, in most cases, there is an extensive literature suggesting they play an important role in cancer. Finally, we integrate these findings with clinical information to show how tumors apparently driven by the same gene have different behaviors, including patient outcomes, depending on which specific interfaces are mutated.